genome.fa.s8958.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008958.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112289_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2490255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734420--735093	99	6.7	99	87	4	924	33	25	17	22	1.96
735574--735653	21	4.0	21	72	20	82	28	20	11	40	1.86
735592--735672	36	2.2	36	97	0	153	28	22	12	37	1.90
735622--735767	67	2.2	64	85	3	184	28	20	11	39	1.88
735768--735954	84	2.2	84	86	1	259	29	27	21	20	1.98
745925--746104	90	2.0	90	96	3	337	30	12	13	44	1.80
746477--746742	82	3.3	81	76	4	223	31	16	18	33	1.93
748013--748052	16	2.4	16	95	4	71	17	42	25	15	1.88
748059--748137	27	2.8	29	83	11	101	27	5	22	44	1.74
748287--748320	16	2.1	16	100	0	68	38	17	5	38	1.74
748910--748987	24	3.3	24	78	1	86	24	15	17	42	1.88
755276--755331	24	2.3	24	100	0	112	28	17	16	37	1.91
755578--755661	31	2.7	31	92	1	134	9	34	19	36	1.84
755574--755661	30	2.9	30	91	1	140	9	35	20	35	1.84
756382--756439	17	3.2	17	80	17	71	18	44	22	13	1.85
756382--756433	21	2.4	21	93	3	86	19	46	23	11	1.82
756446--756528	30	2.8	30	92	1	132	22	4	22	49	1.69
756506--756660	29	5.3	30	82	10	171	30	5	21	41	1.75
756506--756660	58	2.7	58	84	7	190	30	5	21	41	1.75
756506--756639	29	4.6	30	88	7	179	29	5	23	41	1.76
757359--757436	24	3.3	24	78	1	86	24	15	17	42	1.88
757927--757965	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760004--760127	43	2.9	42	81	4	131	41	14	22	21	1.90
759987--760142	43	3.7	42	76	6	127	38	16	22	23	1.93
761125--761174	14	3.4	14	75	20	57	60	14	2	24	1.45
761118--761179	30	2.1	30	100	0	124	61	12	3	22	1.46
761129--761178	16	3.2	16	70	30	54	62	12	2	24	1.40
765397--765433	15	2.5	15	91	8	58	54	0	5	40	1.24
768125--768149	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
768323--768615	117	2.6	112	86	9	386	24	21	13	39	1.90
768439--769094	334	2.0	334	89	1	1001	25	20	16	37	1.93
769962--770055	13	7.1	13	80	17	88	7	17	1	74	1.10
769987--770028	12	3.3	12	87	12	50	2	16	0	80	0.81
769996--770042	20	2.2	21	82	17	62	6	12	0	80	0.88
783616--783834	117	1.9	117	92	3	370	23	21	13	41	1.89
783732--784387	334	2.0	334	88	1	992	25	20	16	37	1.93
785258--785354	47	2.0	48	86	5	135	8	16	1	74	1.11
785277--785356	13	6.2	13	79	17	71	7	13	1	77	1.04
786738--786809	17	4.2	17	84	8	67	77	1	5	15	1.01
786751--786826	14	5.2	14	77	17	66	76	1	3	18	1.01
786748--786809	4	15.5	4	75	12	56	77	1	3	17	0.98
786759--786826	21	2.9	25	77	16	74	76	1	2	19	0.99
786864--787169	37	8.5	37	79	12	320	46	8	2	43	1.47
786895--787100	98	2.1	98	86	4	281	46	9	1	42	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786968--787026	25	2.4	25	97	0	109	42	10	0	47	1.37
787161--787189	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
786864--787220	172	2.1	173	82	7	435	46	8	1	43	1.44
793619--793664	12	4.0	12	72	11	51	43	19	17	19	1.88
794952--795122	82	2.1	82	100	0	342	33	25	2	38	1.69
797956--797984	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
797944--797983	18	2.2	18	86	0	53	57	0	5	37	1.21
799146--799219	21	3.1	24	75	15	73	72	1	4	21	1.08
799154--799203	12	4.4	12	73	14	52	72	2	4	22	1.12
799171--799232	27	2.4	25	82	15	74	67	1	3	27	1.15
799258--799550	38	7.6	38	82	8	331	44	6	3	46	1.44
799277--799553	79	3.5	78	82	9	332	43	6	2	47	1.43
799265--799585	38	8.1	38	79	9	268	43	6	2	47	1.43
802122--802262	73	1.9	73	98	0	273	34	17	14	33	1.91
813564--813687	15	8.3	15	69	7	81	26	33	4	36	1.75
813564--813828	90	2.9	90	85	3	320	26	34	4	34	1.76
813579--813853	120	2.3	120	89	0	406	26	34	4	34	1.75
813556--813853	60	5.0	60	77	7	291	26	34	3	34	1.74
813579--813853	30	9.2	30	81	5	263	26	34	4	34	1.75
825433--825487	19	2.8	19	83	2	65	40	21	20	18	1.92
825460--825551	33	2.8	33	94	0	157	46	18	22	11	1.82
825440--825557	19	6.7	19	69	19	85	44	19	22	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825552--825615	19	3.4	19	91	0	101	14	17	23	45	1.84
825552--825638	19	4.8	19	77	18	96	12	19	21	45	1.83
825755--825791	14	2.6	14	82	0	56	45	18	0	35	1.50
827661--827787	19	6.8	19	75	12	111	47	20	20	11	1.81
827661--827758	39	2.5	39	88	1	133	48	19	20	11	1.79
827685--827784	33	2.8	36	82	8	116	47	21	21	11	1.81
827793--827830	20	1.9	20	94	0	67	5	13	28	52	1.61
827814--827897	33	2.5	33	90	0	132	7	20	23	48	1.74
827833--827921	19	4.9	19	75	15	89	8	20	20	50	1.74
828013--828388	94	4.1	94	95	2	638	47	19	12	21	1.82
830127--830183	14	3.7	14	70	20	51	10	24	21	43	1.83
830115--830191	33	2.3	33	97	0	145	11	23	16	48	1.79
830175--830246	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
830789--830861	20	3.7	20	92	0	128	20	20	21	36	1.95
830858--830903	21	2.2	21	84	0	56	36	15	28	19	1.92
833035--833116	42	2.0	42	95	0	146	23	18	20	37	1.94
833050--833118	21	3.2	23	70	16	74	21	20	18	39	1.93
833724--833752	6	5.0	6	95	4	51	0	17	51	31	1.45
833850--833896	21	2.2	21	96	0	85	44	17	17	21	1.86
833888--834022	21	6.6	21	77	10	145	34	27	18	19	1.95
833867--833997	40	3.2	40	94	2	226	36	25	18	19	1.94
834795--834844	23	2.3	21	80	13	57	34	2	4	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843868--844249	186	2.0	190	96	2	718	42	17	14	25	1.87
845281--845325	19	2.4	19	96	0	81	48	22	11	17	1.78
848141--848212	29	2.5	29	93	2	119	30	6	0	62	1.21
850722--850753	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
852357--852395	16	2.4	16	95	0	69	17	28	15	38	1.91
852643--852689	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
852642--852691	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
852783--852807	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
853168--853219	7	7.4	7	84	0	59	50	30	0	19	1.48
853210--853277	19	3.6	19	82	5	66	45	10	7	36	1.66
853384--853475	2	46.0	2	70	16	57	46	3	3	46	1.35
853394--853504	15	7.3	15	70	17	52	47	1	2	47	1.26
853421--853522	9	12.5	8	71	14	50	42	1	3	51	1.31
853429--853464	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
853384--853475	11	9.2	10	68	16	57	46	3	3	46	1.35
853490--853532	18	2.4	18	88	0	59	30	4	4	60	1.37
853499--853539	18	2.3	18	95	0	73	26	4	7	60	1.43
853429--853740	13	22.5	13	69	20	120	42	3	5	49	1.42
853585--853706	20	6.3	20	75	12	112	44	3	4	47	1.41
853592--853725	18	7.2	18	75	17	105	45	2	5	46	1.40
853614--853734	40	3.1	40	73	9	124	44	2	4	47	1.38
853580--853744	29	5.3	31	69	19	101	46	2	4	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855563--855612	21	2.4	21	81	15	59	42	12	16	30	1.84
859448--859509	31	2.0	31	96	0	115	32	17	19	30	1.95
905459--905487	15	1.9	15	100	0	58	58	20	0	20	1.39
906277--906323	21	2.2	21	84	0	58	19	34	29	17	1.94
906288--906331	21	2.1	21	91	0	70	20	38	22	18	1.93
906296--906343	21	2.3	21	85	0	60	22	43	20	12	1.86
907505--907592	44	2.0	44	100	0	176	38	11	4	45	1.61
910968--911060	18	4.9	18	79	10	87	27	30	20	21	1.98
910970--911069	38	2.6	38	83	3	137	28	31	20	21	1.98
910970--911063	20	4.9	20	80	7	115	27	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11