genome.fa.s9072.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2600608

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1877709--1877767	24	2.4	24	81	10	66	45	1	11	40	1.51
1877755--1877788	15	2.3	15	94	0	59	35	8	5	50	1.58
1879362--1879398	16	2.3	16	90	0	56	24	10	2	62	1.41
1879751--1879811	5	12.0	5	82	3	68	19	1	4	73	1.10
1879744--1879800	15	3.8	14	80	15	53	22	1	3	71	1.10
1882249--1882403	64	2.4	65	84	4	190	30	18	22	27	1.97
1884494--1884528	13	2.7	13	91	8	54	40	2	17	40	1.64
1884542--1884587	20	2.3	20	88	3	67	67	8	0	23	1.18
1885040--1885100	23	2.7	23	97	0	113	31	22	22	22	1.99
1885019--1885142	21	5.8	21	86	8	119	29	20	21	29	1.98
1886252--1886300	23	2.1	23	85	7	64	55	12	2	30	1.48
1898081--1898190	53	2.0	56	94	5	199	28	18	10	42	1.83
1907449--1907502	19	2.8	18	78	10	54	22	33	27	16	1.95
1914082--1914139	26	2.2	27	84	9	75	27	25	5	41	1.76
1917179--1917259	30	2.7	30	78	0	99	17	6	11	65	1.44
1921745--1921818	32	2.3	32	83	0	85	32	8	24	35	1.85
1922078--1922209	64	2.1	64	91	2	212	37	21	9	31	1.85
1922414--1922522	43	2.5	43	86	0	146	29	30	17	22	1.97
1922414--1922747	168	2.0	168	88	2	501	32	27	14	24	1.95
1922581--1922689	43	2.5	43	86	0	146	31	32	14	22	1.94
1922584--1922708	43	2.9	43	85	2	144	31	30	16	21	1.96
1922725--1923025	114	2.6	116	86	1	426	30	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1931610--1931659	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
1932585--1932618	17	2.0	17	94	0	59	35	0	32	32	1.58
1933317--1933396	36	2.2	36	91	2	126	28	3	37	30	1.75
1937000--1937038	19	2.1	19	85	9	53	28	20	12	38	1.89
1937107--1937158	20	2.6	20	100	0	104	26	26	11	34	1.91
1944768--1944832	13	5.0	13	94	0	103	33	9	23	33	1.86
1946950--1947011	23	2.7	23	92	0	106	30	27	27	14	1.95
1947122--1947165	23	1.9	23	95	0	79	31	25	22	20	1.98
1947746--1947789	22	2.0	22	86	0	61	43	18	20	18	1.89
1953491--1953522	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
1957302--1957337	18	2.0	18	88	0	54	22	13	0	63	1.29
1961240--1961295	18	2.9	19	81	7	78	30	8	5	55	1.53
1962433--1963097	113	6.0	113	88	4	989	37	16	18	27	1.92
1962504--1963097	216	2.7	215	90	3	918	37	15	19	27	1.92
1963423--1963462	3	13.7	3	94	5	73	35	0	0	65	0.93
1963420--1963470	26	2.0	26	88	3	77	39	0	0	60	0.97
1966013--1966190	54	3.2	54	65	14	146	37	20	7	34	1.81
1966023--1966250	112	2.0	112	97	0	429	37	19	8	34	1.82
1966560--1966598	20	1.9	20	84	5	51	38	20	10	30	1.86
1971426--1971468	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
1976348--1976390	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
1978334--1978413	21	3.7	21	78	6	88	31	30	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979471--1979509	19	2.1	19	85	9	53	30	15	10	43	1.80
1982541--1982676	66	2.1	65	84	5	177	33	18	21	26	1.96
1986964--1987009	19	2.4	19	100	0	92	28	26	21	23	1.99
1991138--1991289	65	2.4	65	80	3	164	30	18	21	29	1.97
1999270--1999354	30	2.8	30	90	0	134	36	15	11	36	1.84
2004139--2004179	21	2.0	21	95	0	73	41	17	0	41	1.49
2005487--2005520	15	2.2	16	89	5	52	73	17	2	5	1.16
2007961--2008004	16	2.8	16	80	16	56	22	0	6	70	1.11
2017430--2017478	20	2.5	20	96	0	89	24	28	20	26	1.99
2017648--2017691	19	2.3	19	100	0	88	27	27	20	25	1.99
2017912--2017947	11	3.4	11	96	3	65	58	8	25	8	1.55
2017904--2017947	21	2.1	21	83	8	54	56	11	20	11	1.64
2023470--2023525	24	2.5	21	73	15	58	30	23	19	26	1.98
2023470--2023571	45	2.3	45	81	11	113	28	24	20	26	1.99
2025299--2025333	11	3.3	11	88	4	54	60	8	22	8	1.54
2026204--2026257	17	3.1	17	71	10	54	33	1	3	61	1.25
2026206--2026265	19	3.3	19	68	13	54	35	1	3	60	1.23
2027610--2027682	20	3.7	20	81	9	78	43	15	15	26	1.85
2032137--2032186	25	2.0	25	84	0	64	36	20	20	24	1.95
2032209--2032273	23	2.8	23	79	9	78	32	26	20	21	1.97
2032180--2032273	46	2.0	46	85	0	125	34	23	20	22	1.97
2032365--2032404	16	2.5	16	92	8	64	35	20	7	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034868--2034905	21	1.9	20	84	10	51	36	10	10	42	1.74
2034267--2035475	200	6.2	200	83	7	1437	39	13	12	33	1.83
2034900--2035265	180	2.0	180	87	3	540	40	13	12	33	1.82
2035967--2036012	18	2.6	18	86	10	67	28	30	8	32	1.87
2038615--2038651	18	2.1	18	89	0	56	32	8	2	56	1.43
2038617--2038653	12	3.1	12	88	0	56	35	5	5	54	1.47
2040061--2040688	200	3.1	199	88	1	918	40	14	12	32	1.83
2041433--2041964	226	2.4	225	87	4	763	32	13	13	40	1.84
2041970--2042001	12	2.7	12	95	0	55	31	18	9	40	1.83
2048689--2048716	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2048926--2048962	18	2.1	18	89	0	56	45	2	2	48	1.30
2051374--2051426	16	3.2	16	78	5	61	43	26	0	30	1.55
2051374--2051420	12	4.2	12	76	17	57	42	27	0	29	1.56
2051756--2051847	23	4.0	23	91	0	139	27	25	27	20	1.99
2051869--2052075	103	2.0	103	95	1	371	35	23	13	27	1.92
2058041--2058066	13	2.0	13	100	0	52	7	0	7	84	0.77
2058248--2058305	30	2.0	30	83	10	75	36	17	10	36	1.84
2059884--2060152	93	2.9	93	92	0	439	39	7	9	43	1.65
2061345--2061420	38	2.0	38	89	0	116	40	11	17	30	1.85
2061663--2061707	13	3.5	13	96	0	81	15	40	17	26	1.90
2063686--2063721	8	4.5	8	92	0	54	50	16	0	33	1.46
2063690--2063720	4	7.8	4	92	0	53	51	19	0	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063684--2063721	12	3.2	12	88	0	58	50	15	0	34	1.45
2064632--2064744	34	3.6	31	75	12	90	39	0	0	59	1.04
2066514--2066574	21	2.9	21	92	4	97	19	29	24	26	1.99
2066515--2066584	21	3.3	20	84	11	79	20	28	24	27	1.99
2067095--2067198	33	3.2	33	83	8	131	50	5	6	36	1.53
2067172--2067280	41	2.6	41	74	18	102	43	11	5	40	1.63
2067296--2067402	34	3.1	34	86	0	151	50	5	5	38	1.49
2067858--2068329	127	3.8	127	91	3	771	33	19	23	23	1.97
2067858--2068329	251	1.9	250	91	3	779	33	19	23	23	1.97
2082423--2082451	15	1.9	15	100	0	58	48	27	6	17	1.72
2082531--2082915	182	2.1	184	91	4	622	43	3	7	45	1.48
2083453--2083593	66	2.1	66	97	0	264	41	15	18	24	1.89
2086113--2086151	17	2.4	16	83	8	53	56	2	7	33	1.41
2089139--2089188	23	2.2	22	79	10	55	58	18	16	8	1.62
2095725--2096138	206	2.0	206	98	0	801	36	19	22	21	1.95
2110898--2110944	14	3.2	15	79	11	53	53	0	0	46	1.00
2112939--2112992	22	2.5	22	75	0	54	33	18	20	27	1.96
2115692--2115720	13	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2115951--2115983	16	2.1	16	88	11	50	45	0	12	42	1.41
2116979--2117023	19	2.4	19	96	0	81	31	15	13	40	1.86
2118562--2118613	20	2.5	21	81	3	70	23	26	17	32	1.96
2118565--2118613	21	2.4	20	79	3	62	24	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118640--2118777	41	3.4	41	79	6	136	35	24	16	23	1.95
2118645--2118757	20	5.6	20	78	6	111	32	25	17	23	1.97
2118783--2118995	106	2.0	106	100	0	426	34	23	14	28	1.93
2119349--2119394	20	2.3	20	84	0	56	17	17	26	39	1.91
2119362--2119404	20	2.2	20	91	0	68	9	18	20	51	1.74
2120189--2120319	65	2.0	64	98	1	253	29	16	24	29	1.97
2120771--2120818	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2121347--2121413	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2121402--2121460	14	3.9	14	76	20	64	49	25	16	8	1.74
2121386--2121477	33	2.8	33	98	0	175	47	22	18	10	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13