genome.fa.s9072.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2600608

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121347--2121482	19	7.6	19	73	17	94	43	23	20	12	1.86
2121489--2121519	14	2.3	13	94	5	53	6	12	25	54	1.62
2121510--2121546	19	1.9	19	100	0	74	13	21	16	48	1.80
2121520--2121593	20	3.8	19	83	1	67	14	21	21	41	1.89
2121541--2121593	20	2.7	20	90	0	79	13	20	24	41	1.88
2121561--2121618	20	3.0	20	75	14	57	20	15	25	37	1.92
2123326--2123377	13	3.9	13	75	5	50	32	0	19	48	1.49
2124177--2124223	15	3.1	15	87	6	76	23	21	36	19	1.95
2124158--2124223	31	2.0	33	88	11	100	25	21	33	19	1.97
2124133--2124268	20	7.2	20	79	14	103	22	19	27	29	1.98
2124211--2124299	41	2.2	41	81	4	99	22	19	22	35	1.95
2124308--2124360	21	2.5	22	78	6	65	33	16	26	22	1.96
2124842--2124889	22	2.1	24	84	7	64	58	8	8	25	1.55
2125036--2125092	30	1.9	29	85	3	78	42	12	17	28	1.85
2129928--2129960	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2130521--2130845	98	3.0	106	67	18	263	40	13	16	29	1.86
2130363--2130950	216	2.7	217	83	4	707	39	12	15	32	1.85
2130961--2131303	130	2.7	128	79	4	325	33	12	12	41	1.81
2131189--2131657	197	2.4	198	82	2	559	34	13	11	40	1.81
2132008--2132048	21	2.0	21	90	9	68	21	7	17	53	1.67
2131193--2132190	533	1.9	530	79	4	1125	34	13	11	40	1.80
2131680--2132303	200	3.1	200	87	3	873	34	12	12	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133485--2133518	14	2.4	14	85	0	50	29	5	0	64	1.17
2133809--2133840	7	4.6	7	100	0	64	15	0	37	46	1.46
2133809--2133849	21	2.0	21	85	0	55	21	0	34	43	1.53
2136033--2136063	6	5.2	6	92	0	53	48	12	3	35	1.58
2138629--2138668	18	2.2	18	86	0	53	37	10	27	25	1.88
2139141--2139478	179	1.9	178	84	2	453	34	11	12	42	1.78
2139275--2140720	201	7.1	197	79	9	1361	34	12	13	40	1.82
2139275--2140720	402	3.6	396	82	8	1600	34	12	13	40	1.82
2140295--2140696	217	1.9	217	81	6	501	33	13	12	40	1.82
2146952--2147022	37	1.9	37	100	0	142	42	19	11	26	1.85
2146957--2147018	21	3.2	21	62	29	55	41	17	11	29	1.84
2147977--2148086	20	5.4	21	72	14	79	30	12	15	41	1.84
2157598--2157708	40	2.8	40	78	0	114	31	28	18	20	1.97
2158059--2158460	178	2.2	178	79	8	413	42	10	10	36	1.73
2157970--2158460	179	2.7	179	75	11	455	41	11	10	36	1.76
2158659--2158782	62	2.0	61	81	3	142	40	12	8	38	1.74
2162247--2162318	36	2.0	36	97	0	135	25	16	31	26	1.96
2162628--2162767	36	3.9	35	88	6	203	38	19	22	19	1.93
2162623--2162767	71	2.0	72	90	6	233	40	18	22	18	1.92
2165473--2165517	23	2.0	23	82	8	56	46	8	11	33	1.70
2165295--2165680	197	2.0	198	87	2	562	47	10	5	37	1.60
2165782--2165824	19	2.2	19	83	8	50	37	4	11	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167365--2167395	15	2.1	15	93	0	53	22	9	6	61	1.50
2167441--2167505	29	2.2	29	83	5	78	29	13	6	50	1.66
2169254--2169381	65	2.0	65	100	0	256	37	14	4	43	1.66
2175499--2175554	27	2.1	27	93	0	94	33	26	12	26	1.92
2176119--2176174	24	2.3	23	82	8	67	35	3	3	57	1.34
2176130--2176174	24	1.9	23	90	4	72	31	4	4	60	1.37
2176485--2176542	18	3.3	19	72	18	52	51	1	8	37	1.43
2179829--2179873	21	2.1	21	91	0	72	40	15	4	40	1.67
2180012--2180074	27	2.3	27	94	0	99	46	4	7	41	1.54
2180013--2180074	13	4.6	14	82	6	83	45	4	8	41	1.55
2181200--2181239	20	2.0	20	85	4	55	35	2	0	62	1.09
2181300--2181334	17	1.9	17	88	11	52	37	0	2	60	1.12
2189169--2189720	277	2.0	273	98	1	951	27	17	15	39	1.90
2194577--2194647	23	3.1	23	81	0	88	32	23	22	21	1.98
2195337--2195475	63	2.2	63	85	0	188	26	20	20	31	1.98
2201039--2201098	22	2.7	23	89	5	95	28	25	26	20	1.99
2204263--2204385	61	2.0	62	96	1	230	34	25	9	30	1.88
2205625--2205693	25	2.5	26	84	15	86	55	17	10	17	1.69
2206879--2206936	22	2.8	20	80	19	66	24	13	17	44	1.85
2207725--2207758	17	2.0	17	88	0	50	26	14	17	41	1.88
2210848--2211041	100	2.0	100	95	3	356	26	20	30	21	1.98
2210955--2211209	125	2.0	124	95	4	460	25	20	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210954--2211565	307	2.0	304	96	3	1124	25	20	30	23	1.99
2214434--2214531	21	4.8	20	74	10	81	36	20	21	21	1.95
2214498--2214720	20	11.2	20	79	7	213	35	24	19	20	1.95
2215396--2215442	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2217854--2218047	33	5.9	33	75	21	176	46	18	21	13	1.82
2217886--2218035	47	3.1	46	75	20	162	47	18	21	13	1.82
2217986--2218025	19	2.1	19	100	0	80	50	15	20	15	1.79
2218058--2218162	49	2.1	51	87	10	164	14	23	18	43	1.86
2218073--2218162	19	5.2	18	81	17	111	15	23	17	43	1.87
2218363--2218399	12	3.2	12	84	7	58	62	18	0	18	1.34
2220249--2220304	14	3.7	14	80	17	67	44	23	21	10	1.83
2220230--2220321	32	2.8	33	91	3	159	46	21	20	10	1.81
2220193--2220326	19	7.6	19	78	15	119	45	23	19	11	1.82
2220322--2220436	19	6.3	19	82	10	141	8	16	28	46	1.77
2220483--2220944	92	5.1	93	96	3	859	45	19	12	22	1.84
2222631--2222725	20	5.2	20	69	22	82	45	17	24	12	1.83
2222676--2222732	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2222658--2222749	33	2.8	33	96	1	166	45	20	22	10	1.82
2222629--2222754	19	7.1	19	69	20	85	44	19	24	11	1.84
2222766--2222822	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2222750--2222830	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2222807--2222882	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222806--2222883	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
2222961--2223027	29	2.2	32	86	10	95	47	19	22	10	1.79
2223204--2223257	21	2.5	22	78	3	65	20	16	38	24	1.92
2223401--2223594	20	9.6	20	81	5	212	19	19	25	36	1.95
2223401--2223594	60	3.2	60	82	0	244	19	19	25	36	1.95
2223587--2223637	21	2.4	21	80	6	59	23	15	21	39	1.92
2224061--2224110	22	2.3	22	76	10	57	46	2	2	50	1.24
2229858--2229930	31	2.3	31	88	6	103	49	1	5	43	1.34
2229884--2229941	11	5.4	11	69	19	50	43	0	8	48	1.34
2229877--2229937	31	1.9	32	96	3	115	45	0	8	45	1.33
2229916--2229941	12	2.2	12	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2229947--2230452	36	13.7	36	73	15	271	45	3	5	45	1.41
2229947--2230466	74	7.1	73	68	21	274	45	3	5	45	1.41
2229958--2230151	37	5.5	36	78	7	193	46	3	4	45	1.39
2230179--2230216	17	2.2	18	85	4	51	34	0	7	57	1.28
2230178--2230216	18	2.2	18	86	9	53	33	0	7	58	1.26
2230136--2230242	45	2.4	45	89	7	173	43	1	4	49	1.34
2230267--2230318	26	2.0	26	96	0	95	42	1	7	48	1.43
2230214--2230397	102	1.8	99	86	2	260	45	2	5	46	1.40
2230067--2230362	158	1.9	155	80	10	343	44	2	5	47	1.39
2230454--2230592	37	4.0	35	75	16	105	47	2	7	42	1.46
2230469--2230540	31	2.3	31	77	15	76	48	1	5	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230457--2230576	33	3.5	33	75	15	93	46	2	7	43	1.45
2230500--2230592	37	2.6	36	81	10	109	48	4	6	40	1.48
2229994--2230588	297	2.0	290	80	11	647	45	2	5	46	1.41
2230602--2230644	7	5.7	7	79	15	50	23	0	2	74	0.93
2230605--2230648	4	11.2	4	81	13	56	22	0	2	75	0.92
2230598--2230644	16	2.9	16	87	6	69	23	0	2	74	0.93
2231854--2231995	17	7.9	18	65	22	66	17	7	1	73	1.14
2231854--2231957	28	3.8	26	73	16	77	16	7	0	75	1.09
2231855--2231957	42	2.5	40	81	9	116	16	7	0	74	1.09
2231894--2231949	20	2.7	21	76	15	62	17	10	0	71	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13