genome.fa.s9072.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2600608

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  13  of  13  ( 1560 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414662--2414695	15	2.2	16	89	5	52	35	0	2	61	1.11
2424916--2424957	15	2.7	15	88	3	57	57	11	21	9	1.63
2428780--2428871	26	3.6	26	68	16	75	52	7	38	2	1.42
2428774--2428886	51	2.2	50	83	12	142	54	6	37	1	1.36
2428826--2428942	39	3.0	39	80	15	118	52	9	36	0	1.40
2431124--2431181	28	2.0	29	83	6	73	31	15	17	36	1.91
2431205--2431238	13	2.6	13	90	0	50	32	23	17	26	1.97
2430933--2431195	85	3.1	85	91	2	395	32	17	20	29	1.95
2432130--2432190	30	2.0	31	87	6	88	39	1	0	59	1.08
2433002--2433030	12	2.4	12	100	0	58	13	20	20	44	1.85
2433101--2433160	28	2.3	26	81	16	63	26	16	10	46	1.78
2433110--2433165	28	2.0	29	82	10	71	28	17	12	41	1.86
2442990--2443022	11	3.1	11	91	4	50	33	24	9	33	1.87
2444573--2444635	18	3.5	19	75	18	71	52	0	3	44	1.17
2444574--2444954	5	75.6	5	64	23	92	55	4	2	37	1.33
2444630--2444756	55	2.5	48	76	14	121	55	4	2	37	1.34
2444559--2444952	26	14.3	26	66	21	125	55	4	2	37	1.33
2454819--2455052	117	2.0	117	90	4	375	32	17	8	41	1.80
2460073--2460302	117	2.0	117	87	5	340	33	15	8	42	1.78
2463382--2463740	9	36.6	10	65	22	108	55	4	1	37	1.31
2463382--2463750	41	9.5	37	67	21	127	55	4	1	37	1.31
2463400--2463755	5	70.8	5	65	24	87	55	4	1	37	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463382--2463751	18	20.4	18	70	20	122	55	4	1	37	1.31
2463504--2463716	37	5.9	37	69	19	130	56	6	0	35	1.32
2463620--2463740	14	8.6	14	77	9	77	55	8	0	36	1.30
2463380--2463742	28	13.4	28	69	20	143	55	4	1	37	1.30
2463555--2463700	44	3.5	41	72	16	115	56	7	0	35	1.33
2463645--2463737	16	5.7	16	71	17	57	54	8	0	36	1.31
2463446--2463755	23	13.5	23	69	18	73	56	5	1	36	1.31
2464082--2464106	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2464052--2464113	25	2.5	26	74	10	67	40	3	0	56	1.15
2464082--2464110	14	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
2473561--2474052	199	2.5	198	87	4	679	40	13	15	31	1.86
2474076--2474121	23	2.0	23	100	0	92	34	21	8	34	1.84
2474231--2474281	23	2.2	23	85	0	66	31	19	9	39	1.84
2474241--2474290	23	2.2	23	88	0	73	32	16	12	40	1.84
2474076--2474475	156	2.5	157	90	4	597	31	13	13	41	1.83
2474387--2474437	23	2.2	23	85	0	66	31	19	9	39	1.84
2474397--2474446	23	2.2	23	88	0	73	32	16	12	40	1.84
2474379--2474585	86	2.4	85	91	2	335	32	14	11	42	1.81
2476224--2476258	2	18.0	2	88	5	54	45	0	0	54	0.99
2477606--2477698	3	31.0	3	74	8	73	60	2	1	36	1.16
2477901--2478218	123	2.6	124	90	2	516	25	19	14	39	1.90
2478076--2478445	196	1.9	196	88	1	562	27	18	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2479987--2480039	18	2.8	19	82	5	81	13	13	0	73	1.10
2480008--2480055	15	3.4	15	76	23	59	10	12	0	77	1.00
2479987--2480050	18	3.5	17	77	10	65	12	14	0	73	1.10
2486997--2487035	15	2.5	15	83	4	51	51	2	20	25	1.60
2490240--2490326	24	3.5	25	72	18	58	64	1	4	29	1.21
2490889--2490954	11	6.0	11	72	13	55	66	3	0	30	1.06
2490889--2490954	22	3.0	22	71	8	62	66	3	0	30	1.06
2492570--2492662	3	31.0	3	76	4	80	60	1	1	37	1.11
2500963--2501063	48	2.1	48	90	3	159	13	38	2	44	1.60
2503082--2503132	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
2503296--2503342	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
2503304--2503347	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
2503313--2503400	38	2.3	39	78	13	101	47	0	2	50	1.13
2504575--2505077	46	11.0	46	88	1	704	20	21	13	44	1.85
2505446--2505618	94	1.8	93	90	3	276	24	24	13	38	1.91
2511815--2512297	46	10.5	46	86	4	618	22	20	12	44	1.85
2511921--2512097	20	7.9	20	68	23	95	19	23	12	44	1.85
2511809--2512297	138	3.5	138	89	2	714	22	21	12	44	1.85
2512151--2512189	20	1.9	21	89	5	62	20	28	10	41	1.85
2512675--2512717	19	2.3	19	91	0	68	25	34	6	32	1.83
2515749--2515774	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
2516482--2516529	17	2.8	17	80	0	60	20	29	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518134--2518209	32	2.4	31	82	4	98	11	18	34	35	1.87
2519505--2519550	23	1.9	24	82	8	58	28	15	0	56	1.39
2526602--2526652	20	2.6	19	90	9	84	56	11	11	19	1.65
2529424--2529470	22	2.1	23	92	4	78	31	21	25	21	1.98
2529492--2529516	13	1.9	13	100	0	50	24	16	28	32	1.96
2530085--2530581	131	3.8	131	87	2	696	31	12	16	39	1.85
2530085--2530581	260	1.9	261	87	2	721	31	12	16	39	1.85
2537433--2537467	17	2.1	17	94	0	61	11	28	25	34	1.91
2537451--2537492	13	3.2	13	89	3	66	16	23	23	35	1.95
2538922--2538988	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
2540820--2540869	14	3.7	14	81	10	68	46	8	2	44	1.44
2541559--2541598	16	2.5	16	91	0	62	22	22	15	40	1.91
2541753--2541839	43	2.0	43	90	0	138	55	19	2	22	1.55
2545353--2545464	48	2.4	46	85	5	138	31	20	9	38	1.85
2548207--2548261	22	2.5	22	85	8	67	41	20	12	25	1.87
2558029--2558068	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2558515--2558579	22	2.8	23	75	11	62	15	21	13	49	1.79
2564299--2564332	16	2.1	17	88	5	52	32	0	20	47	1.51
2564760--2564817	30	1.9	30	85	0	80	24	17	22	36	1.95
2564974--2565031	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2569509--2569533	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2570727--2570773	19	2.5	19	96	0	85	44	2	14	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2573276--2573375	2	50.0	2	100	0	200	50	0	0	50	1.00
2573745--2573833	30	2.9	31	85	6	119	24	19	22	33	1.97
2577283--2577340	30	1.9	30	86	6	82	75	0	22	1	0.89
2577298--2577340	15	2.9	14	90	10	68	74	0	25	0	0.82
2577272--2577328	12	4.7	12	74	10	53	73	0	21	5	1.02
2579605--2579708	41	2.5	42	80	1	120	28	19	21	30	1.97
2580581--2580627	19	2.5	19	100	0	94	23	17	34	25	1.96
2582049--2582185	61	2.2	61	85	2	177	40	8	11	39	1.71
2587471--2587563	21	4.5	21	75	4	91	40	18	23	17	1.90
2587471--2587563	41	2.3	41	98	0	177	40	18	23	17	1.90
2587490--2587624	41	3.3	41	83	4	139	38	21	20	20	1.94
2587552--2587642	20	4.5	20	79	8	85	32	26	16	24	1.96
2587833--2587876	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
2589493--2589536	17	2.5	18	85	3	63	27	45	15	11	1.81
2590062--2590119	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2590046--2590136	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
2590008--2590141	19	7.6	19	72	18	92	42	23	20	12	1.87
2590153--2590191	14	2.8	14	100	0	78	7	15	28	48	1.72
2590181--2590284	19	5.4	19	79	4	93	14	19	24	42	1.88
2592249--2592350	19	5.6	19	90	9	169	46	17	21	14	1.84
2592370--2592425	20	2.8	20	94	0	94	16	23	23	37	1.93
2593703--2593727	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596011--2596140	19	7.7	19	65	24	85	42	20	23	14	1.88
2596011--2596136	33	3.8	33	87	5	193	42	19	23	15	1.89
2596012--2596143	66	2.0	65	95	1	237	40	19	22	16	1.91
2596136--2596178	20	2.2	20	83	4	52	18	18	20	41	1.90
2596322--2596355	14	2.4	14	90	0	59	44	23	0	32	1.54
2597738--2597821	42	2.0	42	85	0	114	22	16	39	21	1.92
2599760--2599841	38	2.2	38	100	0	164	28	12	15	43	1.83
2599865--2599958	32	2.9	33	78	7	104	39	25	22	12	1.89
2599931--2600017	18	4.7	19	86	9	126	47	20	20	11	1.81
2600013--2600059	19	2.5	19	92	0	76	8	14	25	51	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13

The End!