genome.fa.s9072.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2600608

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231854--2231932	26	3.1	26	79	17	85	13	6	1	78	1.00
2235289--2235426	60	2.3	61	87	7	194	32	19	4	43	1.71
2235553--2235667	59	1.9	59	82	3	142	37	5	26	30	1.79
2237660--2238005	45	7.7	45	85	4	380	29	22	9	38	1.85
2237668--2238005	135	2.5	135	85	3	432	29	22	9	38	1.86
2238412--2238466	22	2.7	20	83	10	74	25	25	14	34	1.94
2238422--2238463	22	1.9	22	95	0	75	26	21	14	38	1.91
2238412--2238633	94	2.4	93	80	9	229	28	24	13	32	1.94
2238479--2238651	94	1.8	94	83	9	228	30	23	15	31	1.95
2244762--2245080	127	2.5	127	84	4	394	27	19	26	26	1.99
2245221--2245345	35	3.8	34	75	13	118	35	12	21	31	1.90
2245456--2245535	33	2.4	34	81	4	92	37	13	17	31	1.89
2245848--2245914	34	2.0	34	90	0	107	34	10	20	34	1.87
2247290--2247314	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2251395--2251509	30	3.9	29	75	8	97	57	9	13	20	1.63
2252048--2252093	21	2.2	21	100	0	92	52	8	15	23	1.70
2252934--2253355	123	3.3	126	77	10	417	26	17	28	27	1.98
2253274--2253420	40	3.7	40	87	0	186	21	17	36	25	1.94
2252982--2253370	123	3.0	126	79	8	430	25	17	29	26	1.98
2253326--2253391	20	3.2	21	65	8	64	24	13	40	21	1.89
2253529--2253628	35	2.9	34	82	8	123	36	12	20	32	1.89
2254251--2254325	22	3.7	20	79	11	73	26	26	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2257299--2257467	85	2.0	83	97	2	320	31	14	3	50	1.60
2260243--2260275	4	8.5	4	93	6	59	0	24	0	75	0.80
2261924--2261957	18	2.0	16	88	11	50	70	0	14	14	1.17
2262065--2262118	17	3.2	17	76	10	58	74	0	3	22	0.98
2262121--2262176	16	3.3	16	74	13	58	66	0	7	26	1.18
2262207--2262310	2	52.0	2	83	3	120	51	5	0	41	1.32
2262277--2262337	21	2.8	21	82	9	61	63	0	6	29	1.19
2273276--2273879	302	2.0	302	99	0	1190	40	11	16	32	1.84
2273992--2274369	110	3.2	124	81	6	392	34	16	15	32	1.91
2274045--2274467	232	1.8	232	83	2	562	33	15	16	34	1.90
2276010--2276108	51	1.9	51	93	0	171	29	10	20	40	1.85
2277446--2277481	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2279576--2279604	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
2283515--2283564	6	8.3	6	95	0	82	34	4	16	46	1.65
2284651--2284699	25	1.9	26	84	12	66	42	6	0	51	1.27
2288076--2288139	27	2.4	27	89	5	94	37	15	9	37	1.80
2289440--2289512	30	2.4	30	82	11	87	38	10	8	42	1.70
2290668--2290810	60	2.4	59	79	10	155	29	20	18	32	1.96
2292740--2292797	25	2.3	25	84	3	71	63	1	3	31	1.21
2294189--2294228	21	1.9	21	84	0	53	32	17	10	40	1.83
2300456--2300604	71	2.1	71	80	7	160	28	10	12	48	1.73
2300490--2300715	117	1.9	117	94	1	400	29	11	14	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302200--2302330	58	2.2	58	81	8	140	33	16	18	32	1.93
2306172--2306223	22	2.4	22	80	0	59	19	9	15	55	1.67
2311292--2311430	21	6.8	20	73	4	89	37	25	16	20	1.93
2311397--2311551	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
2311397--2311550	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
2311933--2312003	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2312083--2312188	21	5.6	20	68	16	82	46	18	22	12	1.83
2312083--2312199	33	3.2	35	78	16	139	45	19	23	11	1.83
2312135--2312215	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
2312143--2312199	14	3.7	14	72	20	51	43	22	22	10	1.84
2312211--2312294	19	4.7	19	78	14	106	11	21	21	45	1.84
2312234--2312316	33	2.5	33	98	0	157	10	21	20	46	1.81
2312252--2312308	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
2314035--2314169	19	7.6	19	73	16	119	11	19	24	45	1.82
2314057--2314113	14	3.7	14	72	20	51	10	21	24	43	1.83
2314040--2314132	33	2.8	33	91	0	159	10	20	22	46	1.81
2316094--2316129	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2316236--2316333	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
2316236--2316352	53	2.2	53	96	1	218	43	17	24	13	1.86
2316342--2316530	19	10.7	19	78	17	219	15	21	17	45	1.85
2316342--2316544	52	3.9	52	86	10	281	14	21	18	45	1.85
2316399--2316544	33	4.2	33	81	13	195	13	21	18	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318967--2319013	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2319695--2320004	20	15.5	20	87	1	352	20	17	24	37	1.94
2321044--2321096	11	5.0	11	78	17	67	45	0	0	54	0.99
2324453--2324579	68	1.9	68	90	1	202	33	25	11	29	1.91
2327897--2327958	16	3.9	16	93	0	106	58	20	11	9	1.61
2328198--2328239	11	3.7	11	79	17	50	23	23	23	28	2.00
2328173--2328240	23	2.9	24	84	2	84	27	23	23	25	2.00
2329493--2329569	31	2.5	30	81	4	91	40	12	7	38	1.73
2329888--2329943	29	1.9	29	88	0	85	30	23	26	19	1.98
2330013--2330087	32	2.3	32	95	0	132	21	25	18	34	1.96
2330877--2331018	29	4.9	29	69	21	84	52	1	1	45	1.18
2331787--2331863	37	2.1	37	97	0	145	32	7	23	36	1.83
2347210--2347247	15	2.4	16	95	4	69	28	0	34	36	1.58
2348441--2348478	20	1.9	20	100	0	76	34	0	15	50	1.45
2350478--2350511	3	11.0	3	87	6	50	61	0	2	35	1.11
2351301--2351352	21	2.5	21	93	6	88	26	25	15	32	1.95
2351279--2351358	21	3.8	21	81	6	74	30	25	18	26	1.98
2351387--2351617	20	11.6	20	74	7	193	37	24	18	19	1.94
2351387--2351617	40	5.8	40	84	4	270	37	24	18	19	1.94
2351364--2351620	20	12.9	18	73	11	131	36	24	17	20	1.94
2351668--2351714	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
2351704--2351760	20	2.8	20	91	0	78	35	28	19	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351710--2351811	20	5.1	20	92	2	120	36	23	18	21	1.95
2351710--2351811	40	2.5	40	87	6	136	36	23	18	21	1.95
2351725--2351817	20	4.7	20	91	2	134	38	21	18	21	1.93
2355058--2355152	20	4.7	21	85	6	126	34	25	21	18	1.96
2355057--2355180	60	2.0	61	79	13	132	37	21	21	19	1.95
2355161--2355196	18	1.9	18	88	5	54	52	11	16	19	1.73
2355252--2355345	33	2.8	33	85	7	120	13	23	21	41	1.89
2357483--2357531	14	2.9	17	77	22	59	6	16	30	46	1.71
2357645--2358009	92	4.1	94	85	8	460	47	18	11	22	1.80
2357853--2358009	83	1.9	81	85	7	219	45	17	12	24	1.83
2359437--2359594	78	2.0	79	95	4	284	33	17	20	28	1.95
2359772--2359808	14	2.6	14	95	0	65	40	21	27	10	1.86
2359799--2359849	19	2.7	19	90	0	75	45	19	19	15	1.86
2359861--2359912	14	3.7	14	77	10	52	13	21	19	46	1.84
2359866--2359920	28	2.0	28	96	0	101	12	20	16	50	1.77
2360492--2360705	20	10.6	20	79	6	243	18	18	25	37	1.93
2360494--2360705	41	5.2	41	93	1	347	18	18	25	37	1.93
2360821--2360870	20	2.5	20	77	6	57	16	18	32	34	1.92
2361328--2361367	20	2.0	20	90	0	62	52	0	2	45	1.14
2361459--2361496	16	2.4	16	86	0	58	5	39	10	44	1.61
2362569--2362637	33	2.1	33	97	0	129	21	11	20	46	1.82
2364099--2364163	19	3.4	19	97	0	121	23	30	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371954--2372305	176	2.0	176	98	0	688	32	12	13	41	1.82
2372518--2372659	46	3.1	46	98	0	275	29	15	9	45	1.77
2372634--2372693	31	2.0	29	81	15	70	25	15	11	48	1.78
2373528--2373620	43	2.2	43	84	0	114	47	5	13	33	1.66
2377016--2377070	21	2.6	22	82	5	69	32	0	25	41	1.56
2377735--2377835	48	2.0	49	88	5	150	40	3	39	15	1.66
2396190--2396243	27	2.0	27	100	0	108	37	14	11	37	1.82
2400305--2400345	21	2.0	21	90	0	64	53	7	9	29	1.60
2400305--2400361	18	2.9	19	82	12	71	50	8	10	29	1.67
2407821--2407853	16	2.1	16	94	0	57	57	21	12	9	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13