genome.fa.s9074.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009074.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112507_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2143704

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5210--5305	47	2.0	48	91	2	158	40	0	19	39	1.52
5329--5363	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
20193--20252	22	2.7	22	92	0	102	65	15	8	11	1.47
20703--20733	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
20827--20878	16	3.2	16	81	8	61	42	3	1	51	1.31
20830--20886	28	2.1	27	80	9	62	42	3	5	49	1.42
20941--20970	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22839--22880	22	1.9	22	95	0	75	40	4	14	40	1.67
28233--28279	16	2.9	16	80	0	58	42	14	19	23	1.88
28631--28700	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
31263--31288	12	2.2	12	100	0	52	34	26	7	30	1.85
35328--35384	18	3.3	18	67	18	57	40	14	5	40	1.68
44945--44991	23	1.9	24	87	12	69	19	6	10	63	1.47
45131--45167	18	2.0	19	89	5	58	48	8	8	35	1.62
46051--46104	27	2.0	28	88	3	83	61	0	24	14	1.34
46040--46078	17	2.2	18	86	13	55	66	0	17	15	1.25
46047--46113	27	2.5	27	80	9	75	61	0	20	17	1.35
46219--46268	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
48348--48633	84	3.4	86	85	2	400	25	18	23	33	1.97
48662--48819	66	2.4	66	90	0	244	25	13	22	37	1.92
48727--49060	121	2.8	121	86	0	470	23	13	25	37	1.92
48848--49248	187	2.1	187	89	0	606	23	13	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48969--49127	66	2.4	66	91	0	264	24	13	24	37	1.92
48656--49258	308	2.0	308	90	0	956	24	14	25	36	1.93
49035--49253	121	1.8	121	90	0	357	23	15	25	36	1.94
49213--49379	65	2.7	63	85	4	214	26	14	19	38	1.91
49400--50014	64	9.6	64	91	1	973	29	12	21	36	1.90
52509--52636	48	2.6	50	86	9	183	34	39	2	24	1.68
52512--52636	16	7.7	16	85	10	164	35	39	1	24	1.65
53842--53950	16	6.2	17	70	19	55	64	0	18	17	1.30
53883--53950	9	7.6	9	74	12	59	60	0	23	16	1.36
53876--53950	35	2.1	35	85	0	96	64	0	21	14	1.29
53892--53941	25	2.0	26	88	4	75	64	0	22	14	1.29
53958--53982	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
54011--54053	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
56702--56742	20	2.1	19	86	4	55	31	19	14	34	1.92
56580--56748	60	2.8	60	74	5	144	32	20	13	33	1.91
56856--56904	22	2.2	22	92	0	80	16	48	10	24	1.76
57266--57307	20	2.1	20	86	0	57	52	14	14	19	1.75
57255--57329	34	2.2	34	88	4	116	49	18	13	18	1.79
57326--57442	20	6.2	20	73	18	106	22	12	19	45	1.84
59946--60225	31	9.0	31	95	0	472	20	17	22	39	1.93
61462--61666	42	5.0	42	84	1	218	27	35	12	24	1.91
61567--61671	39	2.6	41	81	7	142	30	35	10	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61769--61917	21	7.1	21	75	6	122	23	10	31	34	1.89
61782--61917	42	3.2	41	78	4	137	24	11	29	34	1.91
62290--62385	21	4.6	21	83	12	117	20	38	15	25	1.92
64346--64447	20	5.1	20	72	4	80	44	19	9	26	1.82
64347--64447	40	2.5	39	79	3	103	44	19	8	26	1.80
64447--64505	20	3.0	20	75	5	57	30	8	15	45	1.75
64521--64592	27	2.7	27	91	0	108	23	12	22	41	1.88
64575--64613	20	2.0	20	89	0	60	20	5	23	51	1.67
68184--68311	65	2.0	65	85	1	177	34	21	21	22	1.97
68249--68419	80	2.1	80	88	2	245	28	24	22	23	1.99
72026--72060	12	2.9	12	91	0	52	14	0	28	57	1.38
72395--72450	22	2.5	22	82	0	76	26	10	37	25	1.88
72568--72758	20	9.4	20	68	10	84	36	12	21	29	1.90
72568--72703	60	2.3	60	76	5	141	36	12	21	29	1.90
72628--72736	40	2.7	40	82	2	112	37	11	22	28	1.88
75775--75807	12	2.8	12	95	0	57	36	9	21	33	1.85
77834--77876	22	2.0	20	91	8	68	37	0	16	46	1.47
77876--77968	36	2.7	34	90	6	150	49	4	9	36	1.55
77876--78076	70	2.8	70	79	12	174	45	4	10	38	1.61
78072--78123	22	2.3	23	81	15	65	46	1	5	46	1.38
78096--78149	29	2.0	26	89	10	81	44	0	7	48	1.31
78096--78149	26	2.0	25	85	10	63	44	0	7	48	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78156--78220	12	5.7	11	81	18	64	33	0	1	64	1.03
78161--78210	19	2.9	16	82	11	55	32	0	2	66	1.03
78155--78220	23	2.8	25	78	21	81	33	0	3	63	1.10
78156--78219	3	21.3	3	73	17	53	34	0	1	64	1.03
89338--89376	5	7.8	5	85	0	51	20	33	41	5	1.74
104028--104064	19	1.9	19	100	0	74	27	21	5	45	1.73
104028--104077	19	2.6	19	90	3	73	24	24	8	44	1.80
109755--109799	18	2.5	18	85	7	56	64	4	4	26	1.32
112217--112262	20	2.3	20	96	0	83	19	19	34	26	1.96
126843--126905	30	2.0	32	84	6	85	7	15	7	68	1.38
126828--127278	227	2.0	227	97	2	854	31	12	17	38	1.87
132963--133160	100	2.0	100	97	3	373	27	24	20	27	1.99
135790--135816	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
137330--137382	21	2.4	22	84	6	63	58	3	0	37	1.16
137581--137676	48	2.0	48	83	4	122	37	17	31	13	1.89
137983--138027	17	2.6	17	86	10	56	31	2	0	66	1.04
137979--138027	9	5.7	9	77	22	52	32	2	0	65	1.04
140609--140641	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
150011--150104	29	3.2	29	81	0	107	44	17	20	18	1.87
153268--153605	140	2.4	139	76	8	335	49	12	13	25	1.77
155766--155822	29	2.0	29	92	0	96	26	26	29	17	1.97
158129--158153	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164931--164962	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
168729--168760	9	3.6	9	91	0	55	21	21	0	56	1.43
172568--172644	18	3.9	19	77	16	70	29	9	5	55	1.53
173795--174342	113	4.9	113	91	0	857	37	14	19	28	1.92
173795--174342	225	2.4	226	91	2	861	37	14	19	28	1.92
174666--174699	3	11.7	3	87	6	52	35	2	0	61	1.11
176914--177013	38	2.6	37	85	4	146	10	10	42	38	1.72
177579--177624	18	2.7	17	90	6	67	28	28	8	34	1.87
190643--190692	19	2.7	18	81	6	55	58	2	0	40	1.10
198221--198302	23	3.6	23	75	20	91	24	25	23	26	2.00
198290--198340	20	2.5	20	96	0	93	29	29	23	17	1.97
200955--201059	46	2.3	45	82	8	115	33	19	19	28	1.96
201046--201097	19	2.7	19	90	0	86	30	30	19	19	1.96
203179--203222	23	2.0	22	81	4	52	15	22	4	56	1.57
214330--214363	13	2.5	14	85	9	52	73	0	14	11	1.10
219315--219383	22	3.1	22	91	0	102	31	14	21	31	1.93
219728--220198	57	8.3	57	90	3	693	34	10	19	35	1.86
219728--220187	227	2.0	227	89	5	698	34	10	19	35	1.85
219728--220198	170	2.8	170	88	3	691	34	10	19	35	1.86
220282--220511	45	5.1	45	85	2	266	45	12	20	21	1.84
223460--223517	20	2.8	20	78	14	64	56	1	0	41	1.09
223460--223513	21	2.7	19	80	11	54	57	1	0	40	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224813--224870	30	1.9	30	93	6	100	34	3	6	55	1.44
225245--225347	3	35.3	3	80	5	104	40	1	0	57	1.10
226908--226975	33	2.2	32	81	7	77	42	0	1	55	1.08
226936--226999	30	2.2	28	83	5	74	40	0	0	59	0.97
228292--228380	42	2.1	42	81	4	99	22	32	17	26	1.97
228358--228430	21	3.5	21	86	0	101	19	34	23	23	1.97
228939--229011	34	2.1	34	89	0	110	50	6	5	36	1.52
229220--229322	23	4.8	22	67	17	63	37	17	1	42	1.60
229204--229328	63	2.0	63	88	3	189	37	20	1	40	1.63
229281--229325	22	2.0	22	87	12	65	35	13	0	51	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11