genome.fa.s9074.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009074.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112507_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2143704

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754258--754327	29	2.4	29	74	11	70	20	12	11	55	1.67
757443--757480	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
757669--757707	12	3.0	13	81	11	53	79	2	10	7	1.02
757668--757707	13	3.2	12	86	13	62	77	2	12	7	1.07
758643--758826	92	2.0	92	93	0	314	32	19	17	30	1.95
759423--759448	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
765761--765800	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
769179--769297	41	2.8	42	83	3	159	28	31	17	22	1.97
769392--769616	121	1.9	121	85	1	317	32	23	19	24	1.98
769709--769805	40	2.4	40	91	0	149	22	30	17	28	1.97
770661--770975	146	2.2	146	83	3	375	33	21	24	20	1.97
770787--771194	146	2.8	147	78	8	356	31	20	24	24	1.98
772012--772187	89	2.0	89	91	0	289	30	16	26	27	1.97
772814--772872	21	2.8	21	74	10	57	30	0	6	62	1.21
773237--773276	21	1.9	21	94	0	71	42	17	0	40	1.49
777676--777716	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
777986--778661	128	5.3	128	96	0	1219	23	25	19	32	1.98
777787--778661	256	3.5	256	95	1	1538	23	25	19	32	1.98
777793--778661	384	2.3	374	94	2	1506	23	25	19	31	1.98
778729--778789	32	1.9	32	83	6	79	45	1	16	36	1.57
779062--779160	33	3.0	34	83	4	139	40	2	4	53	1.31
779679--779814	21	6.5	21	92	3	211	19	26	33	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779679--779838	63	2.5	63	84	6	207	21	24	33	20	1.97
779818--779865	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
781576--781680	17	6.3	17	66	22	53	60	2	0	36	1.18
781596--781683	31	2.7	31	77	13	88	60	2	1	36	1.17
783097--783181	35	2.3	36	78	13	93	52	1	0	45	1.08
784388--784440	19	2.8	18	83	11	61	30	28	18	22	1.98
784390--784443	20	2.8	20	86	11	76	27	27	18	25	1.98
784410--784468	20	3.0	20	85	7	75	32	20	18	28	1.96
784653--784708	22	2.5	22	88	0	85	16	39	12	32	1.85
784666--784715	22	2.3	22	86	6	66	22	32	18	28	1.97
786114--786163	21	2.4	21	82	0	64	18	10	36	36	1.84
786508--786579	21	3.5	20	70	7	56	27	30	12	29	1.93
786543--786601	21	2.8	21	76	0	55	23	32	18	25	1.97
790668--790727	24	2.5	24	80	0	75	40	18	16	25	1.91
790911--790981	20	3.5	20	70	11	63	26	16	22	33	1.96
790973--791025	20	2.6	19	82	11	61	30	11	22	35	1.89
791014--791062	20	2.5	20	96	0	89	16	12	24	46	1.81
791632--791679	23	2.1	23	88	0	69	39	10	18	31	1.85
791484--791816	158	2.1	158	85	0	441	42	9	12	35	1.76
792120--792154	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
793990--794392	203	2.0	202	91	1	646	35	13	10	39	1.80
794421--794463	22	2.0	22	86	9	61	32	16	6	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794827--794858	15	2.1	15	100	0	64	25	6	18	50	1.70
797158--797208	24	2.2	23	86	13	70	45	5	0	49	1.26
803252--803576	179	1.8	177	86	4	465	39	13	14	32	1.85
803396--804036	200	3.2	199	88	3	923	40	12	14	32	1.83
804161--804203	22	2.0	22	86	4	61	37	6	4	51	1.50
804785--804813	14	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
807051--807098	24	2.0	24	83	0	60	33	2	14	50	1.55
808805--809141	182	1.9	182	92	0	566	39	13	13	32	1.84
810962--811015	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
811158--811198	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
811494--811539	23	2.0	24	82	4	58	34	21	13	30	1.91
811758--811808	23	2.2	23	85	0	66	29	21	9	39	1.85
811768--811818	23	2.2	23	89	0	75	29	17	11	41	1.85
811494--811859	135	2.6	141	82	8	417	31	14	14	40	1.85
812080--812104	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
816889--816936	21	2.3	21	92	0	78	29	20	14	35	1.93
817654--817757	51	2.0	51	98	0	199	25	15	17	41	1.89
818006--818055	25	2.0	25	96	0	91	46	4	14	36	1.63
818511--819050	223	2.4	224	83	5	671	33	19	15	31	1.93
819093--819148	16	3.5	15	76	11	58	32	32	1	33	1.69
823040--823101	27	2.3	27	84	13	76	59	9	17	12	1.59
827812--828300	240	2.0	241	99	0	962	39	22	19	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830242--830269	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
831020--831084	5	12.8	5	72	15	53	12	4	3	80	0.99
831010--831112	40	2.6	41	78	9	115	15	6	2	74	1.14
831016--831079	29	2.2	29	81	10	69	12	4	3	79	1.00
835950--836007	29	2.0	29	100	0	116	31	24	17	27	1.97
841636--841674	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
841621--841714	24	3.9	24	85	10	138	26	12	20	40	1.88
845434--845534	32	3.2	32	74	16	102	31	17	19	30	1.95
849600--849651	21	2.4	22	87	9	72	30	15	25	28	1.96
850038--850082	18	2.6	17	80	10	56	24	4	24	46	1.71
851423--851483	24	2.6	23	92	5	104	21	8	18	52	1.71
851983--852020	17	2.2	17	90	0	58	23	7	0	68	1.16
852161--852237	5	15.2	5	70	17	52	15	6	2	75	1.12
852161--852190	16	1.9	16	93	6	53	13	3	3	80	0.97
852203--852268	18	3.8	17	78	6	60	18	3	3	75	1.06
853275--853308	17	2.0	17	100	0	68	35	23	23	17	1.95
856134--856173	10	4.1	10	87	12	57	65	0	0	35	0.93
856133--856166	11	3.2	11	91	8	61	61	0	0	38	0.96
856133--856174	21	2.1	19	91	8	66	61	0	0	38	0.96
858027--858055	15	1.9	15	100	0	58	75	6	10	6	1.17
863372--863462	43	2.2	42	78	11	98	50	7	7	34	1.60
879418--879472	23	2.5	23	82	5	78	38	18	16	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883059--883098	20	2.0	20	85	5	53	20	15	15	50	1.79
885628--885691	29	2.2	29	82	0	74	29	9	9	51	1.65
889321--889345	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
890872--890908	12	3.0	12	88	4	56	45	8	10	35	1.69
891658--891727	22	3.3	21	70	16	63	48	1	5	44	1.35
893724--893805	42	2.0	42	87	0	119	34	15	25	24	1.95
893704--893806	21	4.8	21	71	14	77	33	16	26	24	1.96
895647--895671	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
903445--903513	24	2.7	26	80	13	81	72	1	4	21	1.10
912137--912175	20	2.0	20	89	0	60	28	17	23	30	1.97
912220--912272	21	2.5	21	100	0	106	30	26	15	28	1.96
916202--916252	19	2.8	19	94	5	88	23	31	0	45	1.53
918303--918359	16	3.6	16	77	13	57	45	15	19	19	1.85
919725--919782	29	1.9	31	86	6	84	48	27	13	10	1.75
920011--920365	35	9.8	36	82	9	411	45	3	5	45	1.44
920424--920478	21	2.5	21	82	11	67	34	3	0	61	1.13
922070--922103	16	2.1	16	88	0	50	38	17	20	23	1.93
924007--924052	24	1.9	24	90	0	74	39	23	15	21	1.92
925752--925951	95	2.1	94	87	3	285	35	15	17	32	1.91
927031--927242	86	2.5	86	85	0	271	28	25	22	23	1.99
927303--927719	85	4.9	85	83	2	525	34	18	18	27	1.95
928343--928412	36	1.9	36	85	5	97	30	35	21	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928351--928412	18	3.4	18	90	0	97	32	35	20	11	1.88
930723--931176	38	11.8	38	86	8	584	47	2	5	44	1.39
930718--931176	74	6.0	74	86	9	550	47	2	5	44	1.40
931230--931264	13	2.9	12	88	12	54	40	0	0	60	0.97
932450--932509	24	2.5	24	84	15	72	13	6	3	76	1.11
934170--934259	13	7.4	12	72	18	62	48	4	0	46	1.22
934239--934272	13	2.6	13	85	0	50	44	2	0	52	1.16
934226--934328	55	1.9	52	82	9	127	46	4	0	48	1.23
934601--934640	21	1.9	21	85	10	55	50	0	2	47	1.14
940965--941116	58	2.6	58	84	2	189	32	12	15	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11