genome.fa.s9574.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116939_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2686660

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565--8611	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
9657--9690	16	2.1	17	88	5	52	41	11	2	44	1.56
11616--12169	134	4.1	133	82	4	637	29	24	16	29	1.96
11616--12169	270	2.1	267	83	4	686	29	24	16	29	1.96
21017--21100	23	3.7	23	85	0	114	44	8	14	33	1.75
21168--21890	198	3.6	195	80	6	799	32	14	13	39	1.86
25216--25978	199	3.8	200	78	6	820	32	16	13	37	1.88
26288--26339	11	4.5	11	77	13	59	46	9	7	36	1.66
28835--31160	398	5.9	399	88	4	3225	34	15	11	38	1.84
28835--31160	198	11.8	200	87	5	3247	34	15	11	38	1.84
31420--31468	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
33068--33104	18	2.1	18	94	0	65	2	40	0	56	1.13
32998--33092	29	3.3	29	83	0	127	8	37	1	52	1.39
33357--33419	21	3.0	21	97	0	117	14	33	11	41	1.81
33507--33536	15	2.0	15	100	0	60	13	60	6	20	1.55
33565--33599	18	1.9	18	94	0	61	20	48	5	25	1.71
35798--36639	181	4.7	181	85	3	1010	28	16	13	41	1.87
35798--36868	357	3.0	357	84	6	1302	28	17	13	40	1.87
36487--36796	157	2.0	152	92	3	512	26	18	13	42	1.86
38403--38532	64	2.0	65	98	1	253	21	36	18	23	1.95
40939--40990	26	2.0	26	100	0	104	26	23	19	30	1.98
45025--45065	21	2.0	21	90	0	64	58	26	0	14	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45004--45057	13	3.8	13	75	17	54	59	31	0	9	1.29
57011--57063	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
57119--57307	85	2.2	84	89	3	290	32	17	19	30	1.95
57119--57332	85	2.5	85	86	4	245	34	17	17	30	1.93
57312--57355	13	3.4	13	80	0	52	34	15	20	29	1.94
60256--60319	19	3.4	19	100	0	128	29	26	20	23	1.99
80105--80155	20	2.5	20	87	6	68	33	21	23	21	1.97
80681--80729	15	2.9	18	77	20	52	46	6	18	28	1.72
80981--81049	28	2.5	28	78	0	75	21	11	30	36	1.89
82942--82976	18	1.9	18	88	11	54	42	5	22	28	1.76
85190--85262	28	2.6	28	89	8	121	23	13	28	34	1.93
87254--87309	26	2.2	26	100	0	112	21	14	16	48	1.81
99257--99328	32	2.3	31	88	7	108	23	18	6	51	1.70
101126--101187	26	2.3	27	88	5	99	43	9	11	35	1.73
104137--104254	39	3.0	39	93	0	191	37	30	10	22	1.87
109512--109562	26	1.9	25	88	8	66	43	1	21	33	1.64
110188--110667	111	4.3	111	87	2	644	32	10	10	45	1.73
111100--111580	111	4.3	111	91	2	718	32	11	11	44	1.76
111100--111580	221	2.2	222	90	1	759	32	11	11	44	1.76
109871--113427	913	4.0	907	86	6	4607	36	9	10	43	1.72
112046--112382	110	3.1	110	91	2	525	30	11	11	46	1.75
112303--112461	79	2.0	79	87	2	230	32	8	11	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112928--113325	111	3.6	111	90	1	622	32	10	10	46	1.72
113683--113943	87	3.0	87	88	2	355	31	13	10	43	1.79
113778--113837	23	2.6	23	83	0	75	31	15	8	45	1.75
113874--113918	23	2.0	23	90	0	72	40	15	11	33	1.83
116475--116507	14	2.4	14	100	0	66	54	6	0	39	1.25
119077--119244	45	3.8	45	88	0	248	29	20	7	42	1.80
119349--119425	40	1.9	40	94	0	136	31	27	18	23	1.97
122285--122319	12	2.9	12	86	0	52	51	0	48	0	1.00
122285--122322	16	2.4	16	86	4	51	52	0	47	0	1.00
131280--131317	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
131615--131648	12	2.7	13	86	9	52	41	8	8	41	1.67
133899--134047	44	3.4	44	90	0	217	28	17	22	32	1.96
133929--134050	21	5.6	21	68	14	86	24	19	22	33	1.97
133950--134020	23	3.2	23	67	15	67	26	21	23	28	1.99
140083--140124	20	2.1	20	90	0	66	21	33	26	19	1.97
144943--144994	26	2.0	26	96	0	95	36	21	7	34	1.82
148712--148868	65	2.4	64	82	4	172	31	17	22	27	1.97
148874--148912	20	2.0	20	94	0	69	25	20	28	25	1.99
159689--159732	21	2.1	21	83	8	54	22	9	22	45	1.80
159770--159808	21	1.9	20	89	5	60	30	15	20	33	1.94
160493--160527	16	2.2	16	100	0	70	25	17	11	45	1.81
163118--163227	31	3.4	31	74	16	107	38	21	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163119--163247	66	2.0	66	89	3	197	37	24	18	19	1.93
164558--164916	178	2.0	180	98	1	695	35	16	9	39	1.80
167160--167224	18	3.3	20	79	14	64	69	0	9	21	1.16
169927--169994	25	2.7	25	79	0	64	42	30	2	23	1.69
180833--180865	16	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
182453--182522	35	1.9	38	86	13	103	51	2	0	45	1.16
183255--183288	17	2.0	17	88	11	52	41	2	0	55	1.15
183586--183710	66	1.9	64	85	6	171	38	11	5	44	1.64
195869--195903	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
199464--199502	15	2.7	15	92	4	62	15	25	12	46	1.81
201890--201929	21	2.0	20	85	5	53	30	12	17	40	1.86
205578--205609	6	5.3	6	96	0	55	31	0	0	68	0.90
205719--205750	16	2.0	16	93	0	55	28	25	12	34	1.92
207721--207757	5	7.4	5	100	0	74	56	0	0	43	0.99
211037--211101	22	2.8	23	83	4	78	27	23	29	20	1.98
211020--211103	21	3.9	21	75	13	71	23	23	29	22	1.99
236406--236615	116	1.8	116	83	3	278	26	20	15	37	1.92
237091--237210	37	3.3	35	72	16	100	38	11	20	29	1.88
236997--237237	73	3.3	73	76	1	205	36	11	19	32	1.88
237221--237312	44	2.1	45	81	2	105	39	14	20	26	1.90
237289--237718	37	12.4	36	69	17	241	37	13	20	27	1.91
237374--237546	74	2.3	75	93	2	298	36	13	22	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237503--237680	65	2.8	65	92	0	277	36	13	20	29	1.91
237632--237727	36	2.7	36	78	0	111	43	15	16	23	1.86
242966--243026	26	2.3	26	78	18	72	73	6	1	18	1.12
250157--250214	24	2.4	24	94	2	98	39	27	15	17	1.90
251419--252481	258	4.1	258	84	3	1354	33	14	17	34	1.90
251419--252481	255	4.1	258	84	3	1327	33	14	17	34	1.90
252315--252411	42	2.3	41	78	1	95	21	20	23	34	1.97
251460--252462	514	1.9	517	87	1	1476	32	14	17	34	1.90
251987--252933	453	2.1	453	94	0	1660	31	15	18	35	1.91
252250--252642	198	2.0	197	86	0	552	30	16	18	34	1.93
252448--253119	259	2.6	255	88	0	966	31	16	17	34	1.92
253936--254015	21	3.7	21	79	12	99	42	23	11	22	1.86
253934--254018	44	1.9	44	95	0	152	41	23	10	24	1.86
256006--256042	18	2.1	18	89	0	56	51	0	10	37	1.37
256434--256515	41	2.0	42	87	2	121	26	20	19	32	1.97
256148--256739	259	2.3	256	89	1	907	31	16	17	33	1.93
256874--256899	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
262755--263143	193	2.0	194	97	1	744	37	14	9	38	1.79
263261--263307	24	2.0	23	87	4	67	63	2	4	29	1.25
263858--263911	5	11.6	5	94	6	64	0	22	0	77	0.76
263865--263911	4	10.8	4	97	2	58	0	21	0	78	0.75
266895--266956	3	20.7	3	89	0	97	35	0	1	62	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267183--267210	6	4.7	6	100	0	56	32	14	35	17	1.90
267395--267423	15	1.9	15	100	0	58	27	6	34	31	1.83
272400--272491	32	3.0	32	70	20	106	28	15	18	38	1.91
272382--272474	27	3.3	27	71	19	89	30	13	17	38	1.89
276647--276829	60	3.1	58	80	12	167	32	21	4	40	1.75
276957--277134	59	3.0	60	76	6	168	37	3	25	33	1.74
278780--278813	14	2.4	14	95	0	59	41	8	20	29	1.82
280859--280902	19	2.3	19	84	0	61	40	11	13	34	1.81
281008--281049	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
281078--281117	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14