genome.fa.s9574.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116939_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2686660

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453277--2453343	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
2453332--2453389	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2453316--2453394	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
2453423--2453480	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
2453406--2453496	32	2.8	33	91	3	157	13	18	20	47	1.82
2453481--2453524	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
2454008--2454052	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2455362--2455399	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2455663--2455706	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2455894--2455946	20	2.7	20	91	5	81	26	18	28	26	1.98
2455957--2456032	21	3.7	21	76	3	91	15	23	18	42	1.89
2455939--2456049	41	2.7	41	91	4	179	17	21	18	43	1.88
2455983--2456049	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
2457008--2457059	20	2.5	21	81	3	61	42	17	19	21	1.89
2457048--2457202	20	7.7	20	86	4	168	29	26	20	23	1.99
2457944--2457997	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
2458172--2458196	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2459647--2459693	24	2.0	24	95	0	85	36	6	6	51	1.53
2460548--2460678	19	7.7	19	65	23	76	46	19	22	10	1.81
2460548--2460674	33	3.8	33	94	0	209	46	19	22	11	1.81
2460684--2460788	33	3.2	33	94	0	183	9	22	20	46	1.80
2460722--2460778	14	3.7	14	72	20	51	10	24	21	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460903--2460939	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2462329--2462408	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
2462832--2462897	19	3.7	19	73	19	79	46	22	21	9	1.79
2462864--2462903	19	2.1	19	85	0	53	52	25	15	7	1.68
2462984--2463359	94	4.1	94	92	2	593	47	18	11	22	1.81
2465092--2465180	14	5.6	14	67	23	52	42	22	23	11	1.85
2465071--2465197	33	3.8	33	93	1	191	44	22	22	11	1.85
2465228--2465282	20	2.8	20	83	2	76	14	21	20	43	1.87
2465827--2465920	20	4.7	20	80	2	116	21	22	18	38	1.93
2465827--2466058	41	5.7	41	70	10	127	29	19	18	32	1.96
2465992--2466043	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
2466033--2466085	21	2.5	22	75	6	65	35	18	24	20	1.95
2468977--2469051	35	2.1	35	90	0	114	45	21	0	33	1.52
2469046--2469123	35	2.2	34	84	6	102	37	0	20	42	1.52
2469514--2469632	51	2.3	52	92	2	204	41	8	8	42	1.65
2477601--2477665	24	2.6	26	87	9	107	29	18	9	43	1.81
2489265--2489686	226	1.9	227	86	7	617	29	13	15	41	1.85
2489982--2490065	44	1.9	44	90	0	132	34	21	15	28	1.94
2490054--2490100	18	2.7	17	83	3	58	27	29	6	36	1.82
2492426--2492583	21	7.8	20	71	10	88	38	24	17	20	1.93
2492550--2492700	20	7.7	20	83	4	173	36	26	18	18	1.94
2492550--2492698	39	3.8	39	82	6	176	36	26	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493074--2493141	33	2.1	33	91	0	109	10	22	19	48	1.78
2493222--2493296	20	3.8	20	82	5	98	45	17	24	13	1.84
2493215--2493329	33	3.1	36	81	15	137	46	17	24	12	1.82
2493222--2493321	19	5.4	19	75	16	102	45	20	23	12	1.84
2493280--2493336	14	3.7	14	70	20	51	43	22	22	10	1.84
2493234--2493341	33	3.1	33	89	8	144	46	19	23	11	1.81
2493349--2493411	18	3.7	18	75	18	71	11	23	22	42	1.85
2493371--2493455	14	5.7	14	67	22	57	9	24	22	43	1.82
2493354--2493462	32	3.5	32	88	8	179	10	23	20	45	1.81
2494206--2494611	208	2.0	204	97	2	760	30	14	17	37	1.90
2495318--2495968	93	7.1	93	97	2	1217	21	12	19	45	1.83
2496040--2496152	19	5.8	19	75	20	92	9	18	24	46	1.79
2499389--2499658	20	13.5	20	86	1	281	20	17	24	37	1.94
2499645--2499727	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2499625--2499723	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2507892--2507927	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
2509487--2509546	25	2.4	25	85	0	84	36	13	5	45	1.65
2512745--2512770	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
2514302--2514327	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
2515158--2515225	21	3.2	21	63	29	54	25	8	26	39	1.85
2515140--2515237	42	2.3	42	98	0	187	23	11	28	36	1.89
2520367--2520426	29	2.0	30	87	3	86	33	1	13	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520444--2520489	24	1.9	24	82	8	58	63	2	0	34	1.07
2521521--2521635	54	2.1	54	95	0	203	21	5	20	52	1.66
2524416--2524540	45	2.8	45	85	3	144	32	16	16	34	1.92
2524503--2524539	18	2.1	18	90	5	58	32	21	16	29	1.95
2530327--2530421	23	4.4	21	75	9	77	28	26	22	23	1.99
2530327--2530421	44	2.2	42	87	7	129	28	26	22	23	1.99
2532347--2532375	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
2532655--2532698	23	1.9	23	90	0	70	36	0	36	27	1.57
2533038--2533248	66	3.3	62	77	15	187	32	23	18	25	1.97
2536163--2536274	54	2.1	55	96	1	208	20	9	22	47	1.79
2541040--2541069	15	2.0	15	93	0	51	33	16	20	30	1.94
2541049--2541089	20	2.0	20	100	0	82	29	19	19	31	1.96
2541195--2541243	22	2.2	22	92	0	80	6	51	18	24	1.69
2541845--2541878	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
2544050--2544076	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
2543986--2544192	59	3.5	60	92	4	314	44	12	0	42	1.46
2544050--2544192	21	7.2	21	62	22	58	44	13	0	41	1.48
2544267--2544311	13	3.6	13	85	11	67	44	17	0	37	1.49
2544282--2544389	46	2.4	45	92	3	180	45	12	0	42	1.41
2544280--2544626	102	3.3	99	86	8	376	46	11	0	41	1.43
2544433--2544459	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
2544443--2544555	48	2.4	48	95	3	201	46	12	0	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544474--2544552	24	3.1	27	62	25	64	46	10	0	43	1.37
2544491--2544615	60	2.1	59	95	2	225	45	12	0	41	1.42
2544594--2544832	12	19.3	13	70	18	131	42	8	2	46	1.46
2544596--2544908	26	12.8	26	69	20	144	43	8	1	46	1.45
2544637--2544882	131	1.9	132	91	4	408	43	8	2	45	1.45
2544845--2544882	12	3.2	12	96	3	69	42	7	0	50	1.31
2544615--2544908	106	2.7	105	78	14	298	43	8	2	46	1.45
2548204--2548257	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
2548200--2548264	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
2548234--2548282	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
2548956--2549033	29	2.7	29	84	4	95	16	29	34	19	1.94
2571938--2572117	65	2.8	65	88	2	247	29	16	23	30	1.96
2571938--2572158	64	3.4	64	83	5	223	27	16	24	31	1.97
2572238--2572277	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
2574804--2574881	21	3.7	21	92	0	120	19	19	38	23	1.93
2578826--2578869	22	2.0	22	100	0	88	45	18	13	22	1.84
2579551--2579605	18	3.1	18	89	0	74	20	18	32	29	1.96
2584680--2584723	21	2.1	21	83	8	54	18	11	2	68	1.30
2584773--2584810	20	1.9	20	89	10	60	65	2	7	23	1.32
2585845--2585969	65	1.9	65	95	1	225	46	4	9	39	1.58
2592293--2592324	17	1.9	17	93	6	57	25	6	3	65	1.31
2599732--2599763	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601123--2601210	42	2.1	42	86	0	122	25	4	25	45	1.72
2602099--2602286	81	2.3	81	81	6	238	19	23	21	35	1.96
2602211--2602361	75	2.0	75	83	7	191	17	19	28	34	1.95
2604896--2605000	42	2.5	40	80	13	106	36	20	6	36	1.79
2605281--2605318	15	2.6	15	87	4	51	31	2	0	65	1.06
2605533--2605557	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
2607882--2607907	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
2614602--2614644	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2614624--2614772	65	2.3	67	85	4	196	27	28	26	18	1.98
2615073--2615144	29	2.5	29	95	0	126	40	9	11	38	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14