genome.fa.s9574.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116939_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2686660

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1987723--1988658	93	10.1	93	99	0	1840	21	12	19	46	1.83
1987723--1988658	278	3.4	278	99	0	1845	21	12	19	46	1.83
1988396--1988428	17	1.9	17	88	11	50	24	15	15	45	1.84
1988702--1988830	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
1988738--1988830	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
1988702--1988830	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
1988826--1988960	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
1988848--1988904	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1988831--1988923	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
1990884--1990919	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1991026--1991127	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
1991156--1991604	19	25.4	19	80	15	554	14	20	17	46	1.83
1991134--1991604	52	8.9	51	84	9	345	14	21	17	46	1.84
1991118--1991604	142	3.5	142	94	3	801	14	20	17	46	1.84
1993885--1993909	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1994084--1994130	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
1994813--1995181	20	18.5	20	85	4	449	20	18	26	34	1.96
1996713--1996838	62	2.0	62	93	0	216	29	7	17	45	1.77
1998616--1998756	36	3.9	36	81	6	153	34	21	22	20	1.97
2003437--2003562	44	2.9	44	92	0	198	37	20	11	30	1.88
2012575--2012653	23	3.6	22	84	5	115	25	22	25	26	2.00
2012574--2012658	44	2.0	42	88	4	125	27	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2014188--2014251	31	2.1	30	82	5	74	20	0	23	56	1.42
2014905--2014992	45	2.0	45	88	0	131	29	25	17	28	1.97
2016337--2016397	30	2.0	30	84	6	79	39	16	1	42	1.58
2019310--2019349	21	1.9	21	100	0	80	30	30	20	20	1.97
2019313--2019361	21	2.3	21	89	0	71	32	30	18	18	1.95
2019722--2019800	38	2.1	38	85	4	106	39	18	2	39	1.65
2033205--2033286	29	2.8	29	83	9	103	31	3	6	58	1.40
2033319--2033697	192	2.0	187	95	4	681	28	9	10	50	1.68
2033624--2033692	29	2.4	28	79	13	70	27	10	10	52	1.67
2041188--2041356	60	2.8	60	81	9	150	34	22	2	40	1.67
2042172--2042213	22	1.9	22	85	9	59	35	0	0	64	0.94
2042180--2042219	17	2.3	18	87	8	57	35	0	0	65	0.93
2045134--2045167	15	2.2	16	89	5	52	38	32	0	29	1.58
2054767--2054793	14	1.9	14	100	0	54	7	22	3	66	1.33
2058335--2058437	8	13.0	8	80	13	99	79	0	10	9	0.93
2058339--2058450	31	3.9	30	81	12	128	81	0	10	8	0.88
2058355--2058415	1	61.0	1	75	0	50	86	0	6	6	0.69
2058340--2058451	7	17.0	6	75	21	50	80	0	11	8	0.91
2058355--2058451	8	11.8	8	75	19	60	82	0	10	7	0.84
2059361--2060053	105	6.6	105	95	0	1134	36	19	22	22	1.95
2061789--2061855	21	3.2	22	79	14	54	26	1	8	62	1.33
2062160--2062232	21	3.5	21	92	1	112	38	16	23	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062242--2062290	21	2.3	21	89	0	80	24	24	12	38	1.90
2062089--2062290	62	3.3	61	71	8	167	30	21	16	31	1.96
2062879--2062922	18	2.4	19	92	3	72	47	27	15	9	1.76
2062923--2063019	33	2.9	33	95	1	167	11	24	22	41	1.87
2062931--2063017	14	5.2	17	68	26	69	11	25	22	40	1.88
2062918--2063044	20	7.1	19	69	20	85	13	24	19	42	1.87
2065114--2065202	42	2.1	42	80	0	106	21	38	16	23	1.93
2066559--2066594	13	2.6	14	82	8	56	30	0	25	44	1.54
2066700--2066758	19	3.4	19	71	22	65	45	18	22	13	1.84
2066700--2066763	33	1.9	33	93	0	110	45	18	23	12	1.84
2066700--2066766	19	3.8	19	73	18	63	46	17	22	13	1.83
2066775--2066864	32	2.8	32	90	5	139	13	24	20	42	1.87
2070148--2070236	39	2.3	40	80	9	103	40	22	17	19	1.91
2070453--2070511	20	3.0	20	70	9	57	40	22	20	16	1.91
2070538--2070624	19	4.8	19	86	9	121	12	21	17	48	1.80
2070767--2070793	14	1.9	14	100	0	54	37	14	0	48	1.45
2072651--2072730	33	2.4	33	91	0	124	46	21	18	13	1.84
2072608--2072709	20	5.5	19	73	14	79	44	19	20	15	1.87
2072668--2072725	14	3.8	14	73	20	53	48	22	17	12	1.80
2072738--2072833	19	5.7	18	69	25	84	13	20	20	44	1.85
2072743--2072833	33	2.8	33	96	1	166	13	19	20	46	1.83
2072818--2072861	20	2.2	20	84	4	54	18	22	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072827--2072869	20	2.2	20	86	0	59	16	18	23	41	1.89
2073344--2073387	18	2.5	17	88	3	61	13	15	43	27	1.85
2073564--2073609	18	2.5	19	85	3	67	13	15	45	26	1.82
2073234--2073674	222	2.0	218	98	1	846	21	19	33	25	1.97
2074909--2074967	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
2075227--2075270	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2075437--2075574	61	2.3	61	84	0	186	24	17	23	34	1.96
2075437--2075571	20	6.7	20	77	7	103	25	17	24	32	1.97
2077456--2077548	3	31.7	3	79	12	95	60	0	2	37	1.09
2077785--2079068	113	11.3	112	79	9	1232	28	19	14	37	1.90
2078198--2078254	17	3.2	17	68	22	53	19	26	7	47	1.74
2078306--2078554	131	1.9	130	87	2	365	27	19	13	39	1.89
2077785--2079068	226	5.7	225	83	7	1612	28	19	14	37	1.90
2079493--2079547	22	2.5	22	96	0	101	36	14	14	34	1.87
2082124--2082459	79	4.2	80	89	7	438	36	22	12	28	1.91
2083792--2084185	197	2.0	196	95	4	715	35	13	16	34	1.88
2084798--2084850	6	8.5	6	77	8	52	0	20	0	79	0.74
2086763--2086824	26	2.4	25	84	5	79	56	8	12	22	1.62
2086875--2086916	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
2088395--2088444	15	2.8	18	71	22	52	74	0	2	24	0.93
2088382--2088431	15	3.3	15	78	13	57	74	0	0	26	0.83
2089129--2089157	12	2.3	13	88	11	51	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089132--2089157	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2090424--2090519	3	31.7	3	78	10	97	59	0	2	38	1.09
2093887--2093926	21	1.9	21	84	0	53	47	2	0	50	1.14
2097479--2097517	5	7.6	5	91	2	60	38	0	5	56	1.22
2098760--2098784	12	2.1	12	100	0	50	16	8	48	28	1.74
2103466--2103537	30	2.4	30	92	0	117	30	25	20	23	1.99
2103524--2103648	31	4.0	31	75	9	119	32	17	19	30	1.95
2104803--2105023	64	3.5	64	79	6	171	27	19	19	32	1.97
2108090--2108161	30	2.4	30	90	0	108	30	23	20	25	1.99
2108148--2108271	31	4.0	31	80	9	137	33	19	18	29	1.96
2109413--2109589	64	2.8	64	82	6	182	26	19	20	32	1.97
2109413--2109637	64	3.5	64	79	6	179	28	20	19	32	1.96
2114159--2114218	21	2.8	21	80	9	59	43	1	5	50	1.34
2116119--2116482	183	2.0	181	97	2	694	38	17	18	25	1.93
2117479--2117554	37	2.0	38	97	2	145	14	15	26	43	1.85
2121905--2121944	20	2.0	20	100	0	80	20	5	10	65	1.42
2123767--2123877	55	2.0	55	81	10	127	32	21	18	27	1.96
2129820--2129875	15	3.7	15	90	2	76	7	19	12	60	1.55
2132985--2133015	16	1.9	16	100	0	62	67	0	32	0	0.91
2134645--2134684	19	2.0	20	85	4	55	52	7	0	40	1.30
2137167--2137228	23	2.7	23	84	0	88	30	17	25	25	1.97
2142894--2142950	22	2.6	22	81	13	66	21	21	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143207--2143246	19	2.0	20	85	4	55	52	7	0	40	1.30
2145257--2145492	113	2.1	113	92	2	395	41	9	11	36	1.75
2151702--2151774	31	2.4	31	92	0	119	32	16	20	30	1.95
2153145--2153202	13	4.1	13	80	20	71	15	46	22	15	1.83
2153155--2153196	18	2.3	18	95	0	75	16	47	23	11	1.80
2155903--2156025	32	3.9	31	71	8	88	18	27	26	26	1.98
2172784--2172843	31	1.9	31	83	10	77	61	16	10	11	1.55
2174063--2174220	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
2174188--2174380	20	9.6	20	82	5	228	35	26	18	19	1.95
2174751--2174819	32	2.2	32	91	0	111	13	23	17	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14