genome.fa.s9574.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116939_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2686660

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174901--2174975	20	3.7	20	81	10	98	46	17	22	13	1.82
2174960--2175016	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2174954--2175021	33	2.1	32	97	2	127	47	20	23	8	1.78
2174959--2175029	33	2.2	33	94	0	124	46	23	21	8	1.78
2175049--2175105	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2175028--2175154	33	3.6	33	86	11	157	11	25	18	45	1.81
2175090--2175154	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2175658--2175778	32	3.7	31	85	7	145	45	28	17	9	1.78
2175706--2175762	14	3.8	13	74	26	51	45	29	17	7	1.75
2175721--2175778	14	3.4	18	75	20	70	46	31	15	6	1.72
2175774--2175945	19	9.6	19	75	14	150	9	20	23	45	1.81
2175779--2175870	32	2.8	33	91	3	159	9	21	21	46	1.80
2176553--2176893	169	2.0	171	96	2	634	27	22	24	25	2.00
2178000--2178034	14	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
2178139--2178237	19	5.4	19	83	14	136	45	17	23	14	1.84
2178139--2178255	53	2.2	53	95	4	211	43	17	24	13	1.86
2178245--2178474	20	12.7	19	79	16	258	15	22	16	44	1.86
2178251--2178446	73	2.7	73	97	0	367	15	23	15	45	1.84
2178341--2178474	53	2.5	53	93	3	225	14	21	17	46	1.84
2178345--2178474	34	3.7	34	70	22	108	14	21	17	46	1.84
2178414--2178488	33	2.2	33	86	6	107	13	20	20	46	1.83
2178291--2178507	53	4.1	54	79	11	184	14	22	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180890--2180936	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2181525--2181746	20	11.1	20	84	1	221	19	18	24	36	1.94
2186497--2186534	19	2.0	19	94	0	67	31	5	13	50	1.63
2186697--2186753	28	2.0	28	86	0	78	33	10	17	38	1.84
2187642--2187711	31	2.3	30	85	2	86	41	12	10	35	1.77
2187644--2187716	30	2.4	31	83	2	85	41	12	10	35	1.78
2192362--2192390	15	1.9	15	100	0	58	72	0	13	13	1.13
2194812--2194844	15	2.2	15	94	0	57	39	9	27	24	1.85
2194990--2195030	21	1.9	22	90	5	66	48	17	12	21	1.79
2195249--2195386	60	2.3	58	81	4	143	39	21	14	23	1.91
2195227--2195386	58	2.7	58	80	3	169	38	20	16	25	1.93
2195351--2195564	66	3.4	65	68	19	202	35	25	15	23	1.94
2195341--2195692	121	2.9	121	92	0	571	34	26	15	23	1.95
2196628--2196661	14	2.4	14	90	0	50	64	5	20	8	1.43
2197705--2197745	19	2.2	19	86	8	57	51	4	7	36	1.51
2203562--2203589	14	2.0	14	100	0	56	35	28	28	7	1.84
2205965--2206176	41	5.1	41	87	1	253	27	18	19	33	1.96
2205831--2206195	41	8.8	41	76	8	229	29	19	19	31	1.96
2210577--2210635	21	2.8	21	89	0	82	23	1	20	54	1.54
2210801--2210908	43	2.6	42	88	5	157	33	22	17	26	1.96
2210798--2210935	41	3.3	41	85	7	172	31	23	18	26	1.97
2210798--2210954	84	1.8	86	82	9	205	33	23	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211757--2211789	10	3.4	10	95	4	59	60	0	9	30	1.27
2211752--2211797	20	2.4	19	81	3	56	67	0	8	23	1.18
2212593--2212680	41	2.2	41	85	2	124	67	10	2	20	1.32
2222636--2222673	18	2.1	18	85	9	51	21	0	23	55	1.44
2226231--2226296	20	3.2	22	68	16	68	63	9	3	24	1.38
2227704--2227745	17	2.5	17	76	7	50	54	2	2	40	1.26
2227726--2227750	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
2227742--2227794	18	2.9	18	83	10	72	45	5	3	45	1.45
2227810--2227846	13	3.0	13	88	7	51	48	5	5	40	1.49
2227706--2227935	39	5.9	39	70	14	120	47	3	4	44	1.39
2227833--2227894	23	2.7	23	80	7	72	50	3	4	41	1.40
2227883--2227935	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2227813--2227935	22	5.1	24	81	11	96	48	2	3	45	1.31
2228298--2228451	2	78.5	2	70	15	99	48	2	3	45	1.32
2228531--2228588	17	3.2	17	88	11	89	50	6	1	41	1.39
2228520--2228588	17	3.7	19	82	9	88	47	7	2	42	1.46
2228807--2228880	37	2.1	36	87	5	105	41	9	9	39	1.70
2228871--2228924	20	3.1	17	84	15	58	50	7	3	38	1.48
2228900--2228961	20	3.0	20	81	13	63	45	3	6	45	1.45
2228898--2228962	22	3.0	22	80	11	71	46	3	6	44	1.44
2228886--2228945	2	30.0	2	75	12	52	48	3	3	45	1.35
2229006--2229058	21	2.5	21	87	0	79	37	7	5	49	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229105--2229168	21	3.0	21	79	2	74	45	3	4	46	1.39
2229149--2229304	31	5.0	31	73	17	101	45	1	1	50	1.23
2229069--2229268	88	2.4	88	79	15	215	44	3	4	48	1.38
2229005--2229221	110	2.0	109	79	5	231	41	5	5	48	1.47
2229231--2229305	16	5.0	15	78	18	77	48	0	1	50	1.09
2229226--2229303	6	14.3	6	81	16	91	47	0	1	51	1.09
2229226--2229307	43	1.9	42	90	7	130	47	0	1	51	1.08
2229366--2229435	6	12.0	6	71	17	58	48	0	1	50	1.09
2229372--2229403	15	2.1	16	94	5	57	53	0	0	46	1.00
2229366--2229407	21	2.0	22	90	4	68	52	0	0	47	1.00
2229357--2229435	18	4.2	19	80	16	74	50	0	2	46	1.14
2229914--2229966	3	16.3	3	84	11	61	30	1	0	67	1.01
2229914--2229965	7	6.8	8	81	16	58	30	1	0	67	1.02
2229914--2229996	10	8.8	10	83	12	79	22	1	0	75	0.87
2229919--2229996	25	3.3	25	81	12	85	21	1	0	76	0.85
2229958--2230001	11	4.1	11	91	5	72	11	0	0	88	0.51
2229936--2230001	21	3.0	21	88	4	87	18	0	0	81	0.68
2231357--2231397	18	2.4	17	91	4	64	14	2	2	80	0.92
2231413--2231438	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2234945--2234989	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
2234968--2235271	149	2.0	149	97	0	572	34	20	17	27	1.95
2236267--2236301	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236884--2236928	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2238747--2238822	32	2.4	32	84	0	98	28	14	23	32	1.94
2239456--2239736	110	2.6	105	80	7	348	34	24	18	23	1.96
2239733--2240108	124	3.0	124	90	2	576	31	24	19	25	1.98
2240273--2240530	84	3.1	84	87	1	365	29	27	18	25	1.98
2240769--2240815	3	15.7	3	78	8	51	29	2	0	68	1.02
2240756--2240822	16	4.4	15	77	19	59	28	1	0	70	0.96
2240760--2240817	30	1.9	31	89	3	91	27	1	0	70	0.97
2242186--2242234	5	10.0	5	80	10	57	16	2	2	79	0.92
2242186--2242233	18	2.8	17	90	6	71	14	2	2	81	0.88
2242204--2242228	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
2242248--2242273	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2242657--2242706	13	3.9	14	72	17	54	50	16	8	26	1.72
2243505--2243555	23	2.2	24	96	3	95	49	7	0	43	1.32
2243584--2243654	22	3.0	24	72	23	71	42	0	0	57	0.98
2243846--2243900	16	3.4	16	74	0	56	32	18	27	21	1.96
2244960--2245157	43	4.6	42	79	6	200	30	18	25	25	1.98
2244995--2245159	88	1.9	87	86	3	233	29	18	25	26	1.98
2245356--2245399	21	2.1	21	86	0	61	50	25	0	25	1.50
2247992--2248045	18	3.0	18	72	8	56	48	1	14	35	1.55
2248793--2248839	23	2.0	23	91	0	76	36	10	19	34	1.86
2251425--2251569	41	3.5	40	67	12	114	36	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251341--2251789	83	5.4	83	79	4	433	34	19	15	30	1.93
2251548--2251770	42	5.4	42	69	13	156	32	18	17	31	1.94
2252406--2252472	32	2.2	30	83	5	80	50	16	11	20	1.76
2252688--2252722	17	2.1	17	89	10	54	17	20	34	28	1.95
2256912--2256946	18	1.9	18	100	0	70	37	0	22	40	1.55
2258292--2258374	39	2.1	40	95	4	150	39	12	20	27	1.88
2258729--2258840	35	3.2	35	83	0	134	36	0	20	41	1.59
2268436--2268533	20	4.9	20	85	0	106	41	14	19	24	1.88
2268607--2268673	20	3.5	20	82	10	68	29	23	10	35	1.89
2268833--2268871	16	2.4	16	86	0	51	28	5	2	64	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14