genome.fa.s9574.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116939_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2686660

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776370--776503	72	1.9	72	82	3	171	37	17	20	23	1.94
780967--781100	72	1.9	72	82	0	169	38	15	21	23	1.92
789870--789963	42	2.2	43	84	1	127	22	4	18	55	1.60
790505--790553	20	2.3	21	79	10	55	38	16	10	34	1.82
792531--792634	51	2.0	53	92	3	176	44	5	23	26	1.76
794391--794419	11	2.6	11	100	0	58	24	10	10	55	1.65
795037--795087	18	2.9	18	75	13	52	31	7	11	49	1.68
795922--795956	12	2.8	13	86	8	54	60	0	5	34	1.21
797340--797372	12	2.7	13	90	9	52	69	0	0	30	0.88
797712--797777	20	3.3	20	64	16	55	16	27	7	48	1.73
797710--797809	40	2.5	40	98	0	191	19	23	10	48	1.78
797607--797928	153	2.2	146	86	7	457	24	20	13	42	1.87
797750--798255	221	2.3	222	94	2	888	26	20	13	39	1.90
797750--798255	113	4.5	113	90	2	799	26	20	13	39	1.90
798968--799149	91	2.0	90	87	7	262	34	20	14	30	1.93
800626--800750	7	18.3	7	82	12	129	0	14	0	85	0.59
800628--800735	11	10.3	11	84	7	120	0	13	0	86	0.58
800626--800744	30	4.3	28	80	14	122	0	13	0	86	0.57
800626--800717	1	92.0	1	80	0	94	0	10	0	89	0.50
808045--808077	15	2.2	15	94	0	57	48	9	18	24	1.76
813460--813506	3	16.0	3	87	12	71	68	0	0	31	0.90
815050--815096	15	3.3	15	80	14	55	59	0	2	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816270--816310	16	2.6	16	96	0	73	17	17	56	9	1.67
816425--816543	3	40.0	3	79	1	132	57	0	2	40	1.12
816890--817383	113	4.4	114	88	2	712	29	18	14	37	1.91
818201--818636	83	5.3	83	98	0	818	36	22	14	25	1.92
819585--819661	9	9.4	8	81	18	88	1	15	0	83	0.72
819585--819661	16	4.8	16	83	12	95	1	15	0	83	0.72
830035--830091	16	3.6	16	97	0	105	17	17	56	8	1.66
830196--830293	3	33.3	3	78	4	101	57	0	2	40	1.10
836132--836164	16	2.1	16	88	11	50	54	0	18	27	1.44
841033--841067	18	1.9	18	88	11	54	31	0	25	42	1.55
842503--842565	31	2.0	31	87	6	92	22	14	20	42	1.88
843407--843710	75	4.1	73	76	9	296	34	3	6	55	1.44
844961--845004	2	23.0	2	90	9	74	50	0	0	50	1.00
845131--845237	2	55.5	2	75	18	86	46	0	6	45	1.35
845315--845411	2	48.0	2	69	20	60	53	2	4	40	1.32
845346--845378	15	2.1	16	88	5	50	51	0	9	39	1.34
845315--845393	22	3.9	21	77	14	76	53	1	5	40	1.31
845272--845413	57	2.5	56	79	15	143	51	2	4	40	1.38
846321--846362	19	2.2	19	86	0	57	47	23	0	28	1.52
846700--846784	35	2.4	37	79	15	99	48	1	0	50	1.08
846872--846939	19	3.6	18	70	18	50	48	1	1	48	1.19
846906--846978	23	3.1	23	82	5	76	52	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847072--847107	19	2.0	18	89	10	56	52	0	0	47	1.00
847339--847372	16	2.1	16	88	0	50	50	14	14	20	1.78
847496--847551	26	2.2	26	93	0	94	21	19	23	35	1.96
850654--850691	20	1.9	20	84	10	51	36	15	15	31	1.90
863566--863634	35	2.0	35	91	0	111	30	14	18	36	1.91
874910--875056	70	2.1	70	97	1	276	35	15	12	36	1.86
876096--876132	18	2.1	18	89	0	56	10	35	8	45	1.69
878278--878337	30	2.0	30	90	0	93	45	8	5	41	1.56
878961--878991	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
880879--880937	21	2.8	21	81	0	73	8	27	40	23	1.83
882832--882988	64	2.5	64	77	11	169	25	19	21	33	1.97
883300--883335	14	2.7	13	91	8	63	36	33	0	30	1.58
887463--887526	23	2.8	23	85	0	83	28	25	26	20	1.99
887542--887759	103	2.1	103	94	0	382	37	23	14	25	1.92
888310--888466	64	2.5	64	78	11	178	26	19	21	33	1.97
889402--889453	23	2.3	23	89	0	77	17	19	28	34	1.94
890208--890284	25	3.4	21	80	15	91	14	3	22	59	1.51
890200--890284	11	7.5	11	79	10	91	15	3	21	60	1.50
893938--893981	22	2.0	22	95	4	81	47	13	0	38	1.43
896962--897217	128	2.0	128	99	0	503	30	17	11	40	1.85
899522--899558	17	2.1	18	95	5	67	16	62	10	10	1.55
902730--902914	87	2.1	87	95	0	334	23	13	22	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909034--909081	21	2.3	21	85	7	62	52	0	0	47	1.00
912062--912109	16	3.0	16	70	11	53	29	25	12	33	1.92
918917--919043	20	6.3	20	90	0	182	27	25	22	24	2.00
918893--919028	60	2.3	60	83	2	166	29	24	22	24	1.99
919214--919267	23	2.4	23	93	3	92	29	37	16	16	1.91
919653--919739	20	4.4	20	84	4	97	12	16	20	50	1.77
919674--919739	20	3.3	20	87	2	98	12	16	21	50	1.77
921647--921692	20	2.3	20	96	0	83	39	23	21	15	1.92
921735--921810	20	3.8	20	94	0	125	19	19	23	36	1.95
921735--921821	20	4.5	19	90	5	95	19	19	24	36	1.95
922311--922409	21	4.7	21	71	6	67	23	34	20	22	1.97
922336--922418	42	2.0	42	83	4	105	21	38	19	20	1.93
923804--923865	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
923964--924016	20	2.7	20	81	0	61	45	24	16	13	1.83
923980--924017	20	1.9	20	94	0	67	50	21	21	7	1.74
924011--924052	20	2.2	20	82	4	50	23	21	26	28	1.99
924060--924324	20	13.9	20	77	10	268	26	19	21	32	1.97
924080--924222	74	1.9	74	87	2	207	25	19	22	32	1.97
924020--924242	94	2.4	94	88	0	320	24	20	21	33	1.97
924059--924316	54	4.6	54	77	13	218	25	19	22	32	1.97
924062--924324	114	2.3	114	86	5	370	26	19	21	33	1.97
924298--924564	140	1.9	140	97	0	507	41	15	13	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924624--924658	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
926694--926729	14	2.6	14	95	0	63	5	19	22	52	1.66
926919--926972	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
927809--927944	40	3.4	40	95	0	236	22	22	19	36	1.95
927794--927944	20	7.6	20	75	8	128	23	21	19	34	1.97
927936--927987	21	2.4	22	74	6	61	36	19	25	19	1.95
927958--928045	40	2.2	40	84	10	108	29	17	27	26	1.97
932246--932491	108	2.3	108	80	9	270	40	16	12	30	1.85
932304--932509	54	3.8	53	86	3	279	39	16	11	32	1.84
933312--933352	12	3.6	12	80	12	59	51	19	12	17	1.76
933354--933394	21	2.0	21	90	0	64	26	26	21	24	2.00
934101--934220	62	1.9	63	84	5	163	31	20	18	29	1.96
934101--934225	31	4.0	32	76	11	123	32	20	18	28	1.96
936016--936303	43	6.8	42	84	5	350	34	21	23	20	1.97
936016--936303	85	3.4	85	88	4	406	34	21	23	20	1.97
937243--937448	29	7.0	28	86	7	216	50	13	4	31	1.61
937275--937448	29	5.9	29	91	4	260	52	12	4	30	1.57
937275--937436	89	1.8	87	92	2	270	52	11	4	32	1.56
937469--937493	13	1.9	13	100	0	50	16	20	48	16	1.82
948079--948103	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
948960--949005	14	3.3	14	84	9	67	28	0	0	71	0.86
949259--949320	13	4.8	13	78	21	76	70	1	0	27	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949260--949316	23	2.4	24	85	5	80	70	1	0	28	0.98
952295--953222	226	4.1	229	95	2	1639	44	7	8	39	1.63
953258--953315	23	2.6	23	88	2	91	34	5	22	37	1.76
953731--953793	23	2.7	23	92	0	99	38	4	19	38	1.73
953021--954667	472	3.5	479	95	2	2995	41	7	10	40	1.67
954203--954266	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
956097--956152	7	7.7	7	73	15	51	28	0	0	71	0.86
956091--956153	22	2.9	22	90	6	101	28	0	0	71	0.86
958343--958370	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
961366--961405	15	2.7	14	81	11	53	62	2	5	30	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14