genome.fa.s9604.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009604.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3548142

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124667--2124750	31	2.6	33	84	7	118	42	7	5	44	1.56
2124698--2124766	16	4.4	16	75	3	77	42	7	5	44	1.56
2124698--2124799	49	2.1	47	90	3	159	43	6	5	44	1.55
2124698--2124799	16	6.4	16	68	13	66	43	6	5	44	1.55
2124915--2125052	2	70.0	2	69	21	78	43	4	2	49	1.37
2124923--2125024	40	2.6	38	76	15	107	43	4	3	48	1.43
2125005--2125052	13	3.8	13	75	25	57	45	2	0	52	1.12
2125002--2125052	15	3.5	15	78	21	56	45	1	0	52	1.12
2125000--2125048	25	1.9	26	95	4	91	42	2	0	55	1.11
2127447--2127476	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
2133481--2133512	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
2135583--2135662	20	3.9	21	75	15	69	22	31	13	32	1.93
2140725--2140784	13	4.8	12	73	15	50	65	0	3	31	1.09
2140721--2140781	26	2.3	27	83	11	72	65	0	3	31	1.09
2150458--2150529	29	2.3	32	83	9	96	34	5	20	38	1.76
2155086--2155219	67	2.0	67	86	0	187	30	29	14	25	1.95
2156631--2156674	20	2.2	20	88	4	63	36	25	0	38	1.56
2160364--2160414	20	2.6	20	81	3	59	25	29	17	27	1.98
2165020--2165116	23	4.3	23	84	5	119	27	26	17	27	1.98
2165770--2165859	19	4.7	19	93	2	128	22	32	13	32	1.92
2167059--2167251	69	2.7	69	76	13	187	52	5	3	38	1.43
2167056--2167251	75	2.7	73	82	6	231	52	5	3	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168339--2168417	30	2.7	30	88	3	117	37	39	3	18	1.69
2174229--2174287	27	2.1	28	87	9	86	64	1	0	33	1.04
2174402--2174456	28	1.9	28	85	3	74	70	1	3	23	1.12
2174568--2174609	22	2.0	22	85	4	59	26	4	54	14	1.59
2177175--2177214	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2179634--2179752	55	2.2	57	83	8	149	36	21	8	33	1.83
2179926--2180049	42	3.0	42	81	7	144	34	22	18	24	1.96
2179968--2180029	20	2.9	22	69	9	65	33	25	16	24	1.95
2180111--2180279	85	2.0	85	89	2	259	33	15	27	23	1.95
2180406--2180655	52	4.6	53	80	5	252	41	18	8	31	1.81
2180406--2180655	105	2.3	109	82	6	294	41	18	8	31	1.81
2180657--2180848	36	5.1	39	84	4	103	40	11	19	29	1.86
2180715--2180864	36	4.1	36	90	1	228	42	11	21	25	1.86
2180715--2180864	73	2.1	72	89	1	228	42	11	21	25	1.86
2180824--2180993	65	2.6	65	89	1	252	40	12	20	27	1.88
2181261--2181395	73	1.9	72	87	4	200	41	12	16	29	1.85
2181384--2181580	37	5.5	37	73	17	121	40	10	19	29	1.85
2181322--2181562	102	2.3	103	94	0	421	41	8	18	31	1.81
2181487--2181601	37	3.1	37	81	7	133	38	11	20	30	1.87
2183924--2183971	20	2.3	21	89	3	71	52	10	20	16	1.73
2192442--2192470	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2192504--2192530	14	1.9	14	100	0	54	29	7	18	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192557--2192681	33	3.7	33	77	15	105	45	4	8	42	1.52
2192585--2192738	37	4.3	36	83	8	192	44	3	8	43	1.53
2192565--2192738	37	5.0	35	82	9	182	44	4	7	43	1.51
2192573--2192738	72	2.3	70	86	6	228	45	3	7	43	1.50
2192701--2192795	26	3.9	25	81	15	110	42	2	8	47	1.45
2192636--2192750	35	3.2	34	73	13	97	46	4	6	42	1.48
2192739--2192789	21	2.6	20	90	9	79	41	0	7	50	1.31
2192739--2192790	20	2.5	21	90	9	81	40	0	7	51	1.30
2192785--2192869	29	3.0	29	81	8	95	34	1	8	56	1.37
2192782--2192859	18	4.4	17	73	20	54	35	1	6	56	1.33
2192952--2192990	18	2.2	18	100	0	78	23	43	23	10	1.84
2194016--2194047	15	2.1	16	94	5	57	18	12	0	68	1.20
2194053--2194105	22	2.4	22	84	6	63	18	3	1	75	1.05
2194068--2194117	23	2.2	23	89	7	75	14	6	0	80	0.90
2194289--2194546	129	2.0	131	96	3	488	27	15	9	48	1.75
2200086--2200411	85	3.8	85	88	0	472	33	20	19	26	1.96
2200965--2201029	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
2201059--2201084	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2201159--2201329	37	4.8	36	85	7	199	44	3	8	43	1.52
2201324--2201383	2	31.0	2	75	12	54	40	0	5	55	1.22
2201324--2201386	31	2.1	30	85	8	83	39	0	4	55	1.21
2201303--2201397	39	2.5	39	83	8	106	37	0	7	54	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201335--2201408	25	2.8	26	77	16	73	37	0	8	54	1.30
2201381--2201423	14	3.0	15	80	19	56	27	0	11	60	1.31
2201424--2201463	12	3.3	13	80	16	50	7	7	0	85	0.76
2201790--2201820	7	4.4	7	91	0	53	67	32	0	0	0.91
2203164--2203574	206	2.0	205	98	1	797	32	17	22	27	1.96
2208367--2208440	31	2.4	31	88	0	103	28	12	16	43	1.83
2208772--2208805	18	2.0	17	88	11	52	23	0	0	76	0.79
2208816--2208921	39	2.7	39	77	11	126	38	14	2	44	1.60
2209191--2209256	24	2.5	26	77	18	75	42	4	0	53	1.21
2209191--2209258	27	2.7	24	78	13	75	42	4	0	52	1.21
2210677--2210735	24	2.5	23	84	13	68	50	0	6	42	1.28
2210677--2210730	23	2.2	23	84	15	65	51	0	5	42	1.25
2210706--2210766	20	3.1	20	90	6	90	44	1	13	40	1.53
2210718--2210769	20	2.6	20	96	0	95	40	3	13	42	1.62
2210752--2210839	37	2.3	38	84	7	117	42	3	11	43	1.57
2210839--2210876	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2210911--2210958	21	2.2	21	85	3	60	39	2	8	50	1.44
2210975--2211038	13	4.9	13	73	11	60	18	7	0	73	1.07
2210973--2211036	19	3.4	17	77	12	56	18	6	0	75	1.01
2210975--2211038	26	2.5	26	77	12	69	18	7	0	73	1.07
2215164--2215253	45	2.0	45	100	0	180	42	15	24	17	1.88
2219678--2219716	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219869--2219931	23	2.7	23	100	0	126	20	25	33	20	1.97
2227769--2227798	15	1.9	16	93	6	53	33	6	20	40	1.78
2229573--2230063	195	2.5	196	82	3	563	33	18	19	28	1.96
2230600--2230646	21	2.3	20	86	10	69	42	2	10	44	1.51
2230632--2230660	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
2230620--2230744	39	3.2	37	76	13	110	44	5	8	41	1.59
2230786--2230833	21	2.2	20	82	13	60	37	0	10	52	1.36
2230869--2230906	17	2.2	18	85	4	51	21	2	0	76	0.91
2236542--2236583	16	2.5	17	81	14	52	28	2	2	66	1.16
2236806--2236878	33	2.2	33	97	2	137	41	19	17	21	1.91
2238991--2239046	18	3.1	17	73	17	51	57	0	1	41	1.09
2239790--2239832	17	2.6	17	77	3	52	37	27	11	23	1.89
2240308--2240377	34	2.1	32	86	5	95	21	30	17	31	1.96
2240750--2240793	20	2.2	20	87	0	61	34	20	27	18	1.96
2240816--2240892	21	3.7	21	87	1	102	19	19	36	24	1.95
2241115--2241158	21	2.1	21	91	0	70	52	11	9	27	1.67
2244274--2244338	20	3.2	20	91	0	112	36	23	23	16	1.94
2246609--2246647	20	2.0	20	84	0	51	33	23	7	35	1.83
2251912--2251950	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
2252235--2252498	53	5.0	53	89	0	386	40	17	15	25	1.89
2252355--2252439	28	3.1	28	65	27	74	40	18	15	25	1.90
2253570--2254007	241	1.8	242	99	0	869	34	16	9	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254179--2254217	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
2260034--2260090	22	2.6	22	100	0	114	22	22	24	29	1.99
2264179--2264659	240	2.0	239	99	0	953	27	14	23	34	1.94
2264631--2264668	15	2.7	14	88	11	60	44	0	55	0	0.99
2284314--2284362	20	2.5	20	86	0	62	38	12	24	24	1.90
2284784--2284933	53	2.8	54	89	3	230	38	10	16	35	1.83
2285107--2285412	45	6.8	45	86	4	345	43	11	19	24	1.84
2285108--2285401	90	3.3	90	85	1	385	43	11	20	24	1.85
2285108--2285414	135	2.3	135	85	5	413	43	11	19	24	1.84
2289677--2289724	19	2.5	19	96	0	87	37	12	22	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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