genome.fa.s9604.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009604.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3548142

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549939--2550027	34	2.6	34	87	0	124	39	21	16	22	1.92
2551107--2551186	26	3.1	26	90	0	124	36	28	13	21	1.92
2558685--2558738	26	2.1	26	89	0	81	35	27	14	22	1.93
2565812--2565845	17	1.9	18	88	5	52	38	8	11	41	1.73
2572089--2573111	511	2.0	511	97	0	1947	29	22	15	32	1.95
2574042--2574414	60	6.4	60	78	7	392	36	11	21	30	1.89
2574223--2574324	48	2.1	48	87	0	141	32	12	23	31	1.92
2574163--2574384	108	2.1	108	89	0	336	34	11	22	32	1.89
2574422--2574547	46	2.7	46	85	2	155	46	13	18	22	1.84
2574422--2574572	46	3.3	46	83	4	137	44	13	19	22	1.86
2575542--2575832	142	2.0	146	94	4	518	39	19	12	28	1.88
2576110--2576157	21	2.2	22	85	10	64	43	4	0	52	1.20
2576286--2576354	13	5.3	14	73	19	53	50	2	1	44	1.25
2576342--2576417	36	2.1	36	95	4	136	44	11	0	43	1.41
2576666--2576700	14	2.5	14	95	0	61	40	8	14	37	1.76
2578252--2578301	21	2.5	20	87	9	66	38	26	6	30	1.80
2582916--2582961	21	2.2	21	92	0	74	28	28	8	34	1.87
2588805--2588849	23	2.0	23	86	0	63	62	6	0	31	1.21
2601585--2601611	14	1.9	14	100	0	54	62	0	7	29	1.22
2602186--2602229	19	2.3	19	84	7	54	38	22	0	38	1.55
2602145--2602262	60	2.0	60	83	9	152	36	22	1	39	1.64
2602153--2602284	60	2.2	60	81	10	146	34	23	2	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612038--2612082	19	2.4	19	76	0	54	42	17	11	28	1.84
2617272--2617338	20	3.3	20	83	4	80	56	5	10	26	1.56
2617282--2617340	21	2.9	21	84	5	75	54	6	10	28	1.59
2623142--2623208	23	3.0	23	82	4	84	34	25	20	19	1.96
2623893--2624014	64	1.9	64	83	3	156	24	17	21	36	1.94
2630118--2630176	23	2.6	23	88	0	82	27	25	27	20	1.99
2630782--2630830	20	2.5	20	100	0	98	30	28	16	24	1.96
2630881--2631002	64	1.9	64	84	0	163	24	18	22	34	1.96
2636357--2636392	18	1.9	19	88	5	56	22	22	11	44	1.84
2642948--2642998	21	2.5	21	87	6	70	47	11	19	21	1.81
2648109--2648517	204	2.0	203	98	1	793	34	14	21	29	1.93
2651034--2651066	11	3.0	11	95	0	57	54	3	18	24	1.57
2651623--2651725	53	2.0	52	94	1	179	25	15	19	39	1.91
2654585--2655019	46	9.6	46	84	5	537	41	15	22	20	1.89
2654638--2654815	26	7.6	25	68	21	125	39	17	24	18	1.91
2654871--2654949	39	2.0	39	87	0	113	41	15	21	21	1.89
2661677--2662122	46	9.7	46	87	1	610	42	13	22	21	1.87
2664946--2665108	63	2.5	63	78	13	161	42	8	5	42	1.58
2667117--2667151	18	1.9	18	88	0	52	57	5	25	11	1.56
2677412--2677486	35	2.1	35	95	0	132	45	24	0	30	1.53
2684380--2684417	20	2.0	20	89	5	60	26	15	21	36	1.93
2692254--2692298	21	2.1	21	92	8	74	15	2	4	77	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692296--2692338	3	14.0	3	87	4	59	62	0	2	34	1.08
2698290--2698347	27	2.0	29	87	9	84	20	13	3	62	1.46
2701990--2702031	16	2.6	16	92	0	66	54	26	0	19	1.44
2702584--2702764	65	2.8	64	83	6	193	23	20	13	41	1.89
2702800--2703153	131	2.7	131	80	5	349	25	31	18	24	1.97
2707938--2708022	12	7.0	12	69	15	59	50	2	0	47	1.14
2708357--2708416	22	2.7	22	77	12	59	53	0	1	45	1.10
2711675--2711709	17	2.1	17	100	0	70	28	28	11	31	1.92
2714300--2714353	21	2.6	21	93	0	90	44	18	16	20	1.87
2717655--2717692	20	2.0	20	89	5	60	26	2	7	63	1.35
2718423--2718483	21	2.9	21	69	26	56	21	11	1	65	1.33
2718532--2718561	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
2724848--2725346	54	9.3	54	88	2	702	33	15	19	30	1.94
2731733--2732232	54	9.3	54	84	3	544	34	15	17	32	1.91
2731736--2732277	161	3.4	159	80	4	543	35	15	17	32	1.91
2732899--2732949	24	2.1	25	92	3	86	7	25	13	52	1.67
2733383--2733422	18	2.2	19	86	8	57	20	7	0	72	1.08
2735725--2735786	12	5.2	12	68	24	51	46	19	16	17	1.84
2735691--2735800	24	4.6	25	75	10	97	48	16	14	20	1.81
2737374--2737432	24	2.5	24	78	10	68	54	13	8	23	1.66
2739898--2739931	15	2.1	16	89	10	52	23	26	35	14	1.94
2739921--2739950	13	2.3	13	94	0	51	16	23	46	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739888--2739934	10	5.5	8	82	14	51	23	25	34	17	1.96
2742036--2742107	24	3.0	23	82	6	81	51	15	9	23	1.73
2746669--2746740	24	3.0	24	79	2	83	55	16	6	20	1.64
2749203--2749232	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
2751659--2751710	16	3.2	16	76	10	61	32	13	17	36	1.89
2751661--2751725	32	2.0	32	84	0	85	29	10	15	44	1.80
2757995--2758054	27	2.2	27	100	0	120	21	21	23	33	1.97
2769328--2769386	30	2.0	30	83	6	75	37	5	18	38	1.73
2772454--2772500	25	1.9	24	83	12	60	36	8	21	34	1.84
2774519--2774570	20	2.5	21	87	6	70	32	23	19	25	1.97
2776025--2776087	3	21.3	3	96	3	119	68	0	0	31	0.90
2776352--2776381	5	6.0	5	92	0	51	20	3	60	16	1.50
2784980--2785006	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2786675--2786721	14	3.4	14	82	5	51	65	0	2	31	1.04
2786739--2786787	5	9.8	5	97	0	89	40	16	0	42	1.48
2788489--2788566	18	4.2	18	85	8	102	0	32	1	66	1.00
2788499--2788566	13	4.7	15	75	18	65	0	32	1	66	1.01
2788490--2788546	3	19.7	3	76	20	59	0	33	0	66	0.92
2788891--2789220	146	2.3	144	88	5	506	24	13	36	25	1.92
2789597--2789645	24	2.0	24	96	0	89	30	10	8	51	1.65
2791484--2791536	24	2.2	24	93	0	88	13	35	26	24	1.92
2793976--2794015	20	2.0	20	95	0	71	40	22	20	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805986--2806029	18	2.4	18	96	0	79	31	29	11	27	1.91
2810635--2810671	15	2.5	15	95	0	65	45	18	13	21	1.84
2824700--2824771	24	3.0	24	79	0	90	20	11	15	52	1.72
2829456--2829519	24	2.7	24	87	4	94	23	12	17	46	1.81
2831151--2831677	182	2.9	177	73	8	461	39	11	11	37	1.77
2831503--2832283	412	1.9	418	84	4	1076	39	10	8	42	1.68
2835333--2835471	33	4.3	32	70	8	93	49	7	6	35	1.58
2835222--2835665	197	2.2	197	87	1	620	46	10	6	37	1.63
2835527--2835662	33	4.2	33	75	7	100	48	8	4	38	1.54
2835328--2835662	98	3.4	97	65	16	247	46	9	6	37	1.62
2837052--2837108	9	6.3	9	79	0	60	56	0	5	38	1.22
2837052--2837108	6	9.5	6	80	0	60	56	0	5	38	1.22
2841050--2841112	24	2.8	21	77	13	63	33	11	6	49	1.64
2841777--2842344	106	5.4	106	93	0	947	34	25	18	21	1.96
2842281--2842417	43	3.5	42	69	24	125	36	24	20	18	1.95
2842270--2842419	75	2.0	75	94	0	264	36	24	20	18	1.94
2842058--2842631	287	2.0	287	93	0	977	34	24	19	21	1.96
2842164--2842525	181	2.0	181	95	0	643	35	25	19	20	1.96
2842345--2843019	106	6.4	107	90	2	997	33	24	18	23	1.97
2841846--2842843	499	2.0	499	92	0	1672	34	24	18	22	1.96
2841777--2842949	605	1.9	605	91	0	1925	34	24	18	22	1.96
2843768--2843864	37	2.6	37	86	0	140	40	16	10	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2846162--2846212	17	3.1	16	78	10	57	37	5	0	56	1.23
2846237--2846337	5	18.8	5	73	23	73	20	3	0	74	1.04
2846237--2846332	6	16.3	6	77	13	69	20	4	1	73	1.05
2846237--2846338	10	9.4	11	75	18	90	20	3	0	74	1.03
2846240--2846306	33	2.0	35	85	11	95	20	5	0	73	1.04
2846212--2846337	45	2.8	45	82	13	129	19	5	1	73	1.12
2847767--2847808	2	21.0	2	85	0	57	2	52	0	45	1.13
2847767--2847808	12	3.5	12	93	0	66	2	52	0	45	1.13
2855357--2855390	16	2.1	16	100	0	68	17	11	11	58	1.62
2859277--2859311	18	1.9	18	100	0	70	25	57	5	11	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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