genome.fa.s9604.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009604.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3548142

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847928--847966	14	2.7	15	88	4	53	28	0	0	71	0.86
848073--848141	2	35.0	2	97	2	131	49	50	0	0	1.00
848141--848166	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
848396--848468	4	17.8	4	73	18	53	19	4	4	72	1.17
848400--848460	22	2.7	22	87	5	77	18	4	4	72	1.21
848423--848497	22	3.4	21	74	13	62	16	5	2	76	1.09
848422--848496	8	8.5	8	73	17	51	16	5	2	76	1.09
857272--857499	106	2.2	106	80	3	253	35	24	17	22	1.95
857973--858044	35	2.1	35	94	0	126	43	9	19	27	1.82
858528--858561	13	2.6	13	90	0	50	29	2	0	67	1.05
858515--858583	18	3.5	18	79	20	68	28	7	0	63	1.21
859892--859946	21	2.6	21	79	2	56	76	0	5	18	0.97
859828--860005	16	12.4	14	70	20	63	67	2	3	25	1.22
859933--859998	16	4.1	17	73	26	72	63	1	1	33	1.13
859943--860012	31	2.3	30	85	9	88	61	1	2	34	1.20
859974--860030	19	2.9	19	71	7	51	61	0	5	33	1.18
860096--860139	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
861548--861936	106	3.6	107	83	5	439	21	18	23	35	1.95
861550--861936	217	1.8	212	84	2	531	21	18	23	35	1.95
863106--863152	14	3.6	14	77	16	64	34	17	23	25	1.96
863106--863155	25	2.0	25	100	0	100	32	16	24	28	1.96
865249--865307	31	1.9	31	86	6	84	40	18	11	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866012--866104	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
866009--866104	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
866031--866165	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
866093--866187	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
866375--866418	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
866624--866674	19	2.7	19	100	0	102	41	27	21	9	1.84
866701--866738	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
868056--868100	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
868572--868638	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
868627--868684	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
868611--868701	32	2.8	33	93	3	157	47	21	18	12	1.81
868611--868701	14	5.4	18	67	26	65	47	21	18	12	1.81
868713--868823	32	3.4	32	97	1	204	9	18	24	46	1.79
868713--868864	14	8.9	18	73	18	121	11	20	24	44	1.84
868808--868862	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
870728--870763	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
872006--872064	24	2.5	24	82	0	73	28	15	18	37	1.91
872239--872263	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
874556--874653	19	5.7	19	65	22	72	43	17	24	14	1.86
874556--874649	33	2.8	33	93	0	161	43	17	24	14	1.86
874649--874691	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
874677--874710	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874832--874868	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
876224--876290	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
876224--876346	42	2.9	41	80	7	113	22	17	35	23	1.95
878342--878501	19	8.8	19	73	15	115	43	19	23	13	1.86
878367--878501	33	3.9	33	87	5	144	42	20	24	12	1.87
878437--878506	19	3.7	19	98	0	131	45	21	21	11	1.83
878502--878566	19	3.4	18	78	15	60	10	16	24	47	1.79
878512--878567	19	2.9	19	83	2	76	10	17	21	50	1.77
879090--879203	20	5.7	20	84	2	120	23	18	24	33	1.97
879090--879206	61	1.9	61	87	0	171	23	17	23	35	1.96
879192--879287	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
879090--879224	61	2.2	61	82	2	164	22	20	23	34	1.97
879192--879284	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
879363--879426	19	3.3	19	88	2	65	23	18	31	26	1.98
879376--879426	19	2.7	19	96	0	93	21	21	31	25	1.98
880891--880971	7	11.4	7	76	2	72	48	30	0	20	1.50
880882--880971	28	3.2	28	85	7	128	46	31	1	21	1.58
881352--881398	22	2.1	22	100	0	94	29	10	10	48	1.71
881487--881517	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
885204--885276	23	3.3	22	81	12	71	21	17	27	32	1.96
886446--886511	33	2.0	33	93	0	114	24	18	22	34	1.96
893203--893272	30	2.3	30	90	4	106	21	15	15	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896549--896602	21	2.6	20	77	13	56	24	24	18	33	1.97
896610--896720	21	5.4	21	85	3	154	20	21	16	41	1.90
896610--896720	41	2.7	41	92	1	177	20	21	16	41	1.90
897254--897332	20	3.9	21	81	5	83	53	18	17	10	1.72
897352--897488	19	7.1	19	90	3	202	13	21	19	45	1.84
899279--899628	94	3.7	94	96	0	630	21	12	19	46	1.82
899169--899628	188	2.5	179	90	5	687	21	12	19	46	1.83
899710--899823	20	5.8	19	86	5	147	50	21	20	7	1.74
899710--899823	58	1.9	59	85	5	160	50	21	20	7	1.74
899824--899906	33	2.5	33	88	0	121	13	24	18	44	1.85
899846--899906	19	3.5	19	68	21	60	11	21	21	45	1.82
900377--900443	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
900325--900443	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
901798--901833	14	2.6	14	86	4	56	33	0	22	44	1.53
901940--902038	19	5.7	19	70	24	76	46	22	20	11	1.81
901940--902033	33	2.8	33	88	3	136	45	22	20	11	1.83
901976--902043	19	3.8	19	78	21	85	48	25	17	8	1.76
902049--902174	33	3.8	33	91	0	198	13	22	17	46	1.82
902083--902174	19	5.4	19	63	24	69	15	21	16	46	1.83
902158--902201	20	2.3	19	84	4	52	22	22	18	36	1.95
902168--902240	20	3.6	20	67	17	60	24	19	23	32	1.97
904708--904751	23	2.0	23	90	4	72	34	22	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905619--905796	21	8.7	21	79	4	121	34	19	21	24	1.96
905628--905777	81	1.9	81	80	2	176	32	19	22	26	1.97
906282--906306	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
908775--908815	21	2.0	21	85	0	55	56	9	12	21	1.65
910966--911031	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
911953--911979	14	1.9	14	100	0	54	37	7	3	51	1.48
912364--912409	19	2.4	19	85	7	58	45	2	2	50	1.26
912725--912801	30	2.6	30	89	0	118	38	12	6	41	1.69
913800--914137	168	2.0	169	99	0	669	27	26	17	28	1.97
924573--924742	85	2.0	85	98	0	331	44	1	18	35	1.61
925912--925969	17	3.4	17	70	13	55	34	6	13	44	1.71
925894--925979	35	2.4	36	88	5	131	31	6	12	48	1.68
925923--925989	18	3.8	18	76	4	73	34	10	10	44	1.73
925894--925992	35	2.8	35	86	4	110	33	8	12	46	1.70
925959--925994	18	2.0	18	88	0	54	33	11	11	44	1.75
943399--943425	10	2.7	10	100	0	54	37	0	11	51	1.37
944162--944208	16	2.9	16	93	0	76	40	4	25	29	1.75
944321--944601	139	2.1	135	86	4	384	44	12	17	25	1.83
946314--946346	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
949760--949920	77	2.0	80	90	7	258	36	1	9	52	1.44
956022--956253	122	1.9	122	82	1	295	48	7	14	30	1.71
957105--957170	2	32.5	2	96	3	123	50	1	0	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973640--973691	26	2.0	26	92	0	86	23	9	21	46	1.80
973696--974436	378	2.0	378	98	0	1428	21	19	25	32	1.97
975127--975180	21	2.6	20	88	8	81	5	14	0	79	0.90
985505--985577	33	2.2	33	83	9	87	76	4	1	17	1.01
985510--985594	28	3.1	28	78	8	84	72	3	2	21	1.10
985521--985587	15	4.3	15	78	10	71	73	1	1	23	1.00
985520--985587	5	14.0	5	77	11	61	73	1	1	23	1.00
990974--991037	35	1.9	34	84	15	89	39	3	14	43	1.61
991029--991060	15	2.1	15	100	0	64	37	6	6	50	1.53
990974--991057	33	2.5	34	78	18	86	39	4	11	44	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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