genome.fa.s9604.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009604.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3548142

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290094--2290251	55	2.9	55	87	4	246	37	10	16	34	1.83
2290419--2290632	45	4.8	45	86	3	297	44	11	21	22	1.83
2296022--2296109	45	1.9	46	90	2	142	28	25	18	28	1.98
2301911--2301990	23	3.6	23	81	5	87	27	26	22	23	2.00
2304638--2304676	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
2311433--2311458	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2319981--2320083	43	2.4	42	82	7	127	21	16	39	22	1.92
2319984--2320083	21	4.7	21	79	10	105	21	17	39	23	1.92
2321423--2321470	19	2.5	20	86	3	62	29	14	6	50	1.67
2322827--2322881	21	2.6	21	94	0	92	23	14	38	23	1.92
2330246--2330278	17	2.1	16	88	11	50	27	42	6	24	1.78
2333729--2333757	13	2.2	13	100	0	58	27	6	13	51	1.66
2336599--2336651	16	3.4	16	87	7	74	43	0	7	49	1.31
2336607--2336653	15	3.1	15	93	3	76	44	0	6	48	1.28
2336615--2336797	19	9.2	19	72	18	117	46	1	4	47	1.31
2336631--2336797	21	8.1	21	72	19	131	46	1	4	47	1.29
2336631--2336702	24	3.0	23	86	8	101	47	1	1	50	1.18
2336650--2336759	40	2.7	39	81	14	116	46	1	5	46	1.36
2344948--2345006	26	2.3	26	85	5	77	32	3	6	57	1.41
2348099--2348137	20	2.0	20	94	0	69	20	12	20	46	1.83
2349654--2350073	78	5.3	80	79	10	276	34	16	17	32	1.92
2349653--2350091	41	11.0	41	74	10	300	34	15	17	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351843--2351915	37	2.0	37	94	0	128	13	10	35	39	1.80
2352053--2352128	31	2.5	31	97	0	143	13	15	34	36	1.87
2352119--2352207	38	2.4	38	88	7	137	12	10	39	38	1.77
2358045--2358177	60	2.2	59	82	1	149	40	7	19	32	1.80
2358309--2358368	24	2.5	24	77	0	75	53	10	0	36	1.35
2358527--2358570	15	2.8	16	86	3	63	47	0	2	50	1.13
2361112--2361179	24	2.8	24	95	0	118	27	10	5	55	1.56
2361917--2361948	16	2.0	16	93	0	55	40	0	18	40	1.51
2365972--2366017	22	2.1	22	91	0	74	32	19	41	6	1.77
2374478--2374637	64	2.5	63	85	3	214	36	15	18	30	1.91
2380720--2380878	64	2.5	63	87	1	219	37	16	16	28	1.91
2382241--2382280	21	1.9	21	84	0	53	30	12	20	37	1.89
2383478--2383518	18	2.3	18	87	8	57	12	19	9	58	1.61
2386293--2386337	18	2.5	18	96	0	81	46	8	17	26	1.78
2389970--2390017	23	2.1	23	88	7	71	35	14	27	22	1.93
2390961--2391106	55	2.7	55	86	1	195	31	19	17	31	1.95
2391403--2391457	22	2.6	21	83	8	76	25	23	14	36	1.93
2394040--2394103	21	3.0	21	77	4	74	26	20	26	26	1.99
2400802--2400852	22	2.3	22	82	3	66	33	19	19	27	1.96
2409092--2409131	20	2.0	20	90	5	62	67	2	7	22	1.28
2409162--2409192	15	2.1	15	93	0	53	64	0	12	22	1.27
2409294--2409358	21	3.2	20	79	14	64	67	0	3	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410511--2410537	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2410572--2410598	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2410577--2410978	36	10.8	36	79	13	240	45	6	2	45	1.43
2410592--2410655	23	2.7	24	75	7	67	50	3	0	46	1.17
2410600--2410960	38	9.7	35	80	10	127	44	6	3	45	1.44
2410578--2410972	76	5.2	76	80	10	391	44	6	2	46	1.43
2411741--2412006	85	3.1	85	84	1	327	27	19	18	34	1.95
2413345--2413540	99	2.0	98	88	1	293	31	16	16	35	1.91
2417449--2417496	24	2.1	24	84	7	64	68	0	8	22	1.16
2417572--2417611	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2418074--2418185	36	3.1	37	77	10	122	48	7	2	41	1.44
2418948--2418973	9	2.9	9	100	0	52	46	23	7	23	1.78
2419076--2419114	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2419922--2419972	24	2.2	23	92	3	84	9	11	49	29	1.72
2419924--2419967	12	3.8	11	88	11	70	11	6	47	34	1.66
2426458--2426482	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2428376--2428420	22	2.2	21	88	11	67	6	8	6	77	1.11
2428376--2428412	19	2.0	19	89	5	58	5	8	8	78	1.09
2429213--2429322	32	3.3	32	84	8	123	27	16	4	51	1.63
2429965--2430030	11	5.9	11	74	10	62	19	6	0	74	1.03
2431858--2431916	29	2.0	29	100	0	118	45	20	6	27	1.76
2444841--2445030	61	3.1	61	71	4	159	38	24	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444842--2445129	122	2.4	121	82	2	328	37	23	12	27	1.90
2444878--2445149	121	2.2	121	78	8	300	37	23	12	26	1.90
2445457--2445496	18	2.2	19	90	4	64	5	7	7	80	1.03
2446238--2446339	33	3.1	33	81	7	100	27	15	2	53	1.56
2446221--2446340	32	3.7	33	80	9	131	30	14	2	52	1.54
2449409--2449490	23	3.3	23	73	23	60	56	12	2	29	1.49
2449725--2449765	20	2.0	20	100	0	82	56	4	4	34	1.42
2450951--2450996	21	2.2	20	85	14	58	36	4	19	39	1.72
2452232--2452304	36	2.0	36	94	0	128	38	5	12	43	1.65
2454473--2454530	14	4.1	14	84	8	64	77	0	3	18	0.91
2454485--2454525	13	3.2	13	83	16	59	82	0	0	17	0.66
2454493--2454530	19	2.0	20	94	5	69	78	0	2	18	0.86
2454487--2454530	19	2.2	20	88	12	63	79	0	2	18	0.83
2458049--2458153	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
2458741--2458767	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2458824--2458926	13	7.2	14	70	21	56	28	3	1	66	1.20
2458838--2458935	28	3.3	30	76	13	96	27	3	2	67	1.17
2462933--2463008	23	3.3	23	75	14	84	73	10	11	3	1.22
2462926--2463015	46	2.0	46	91	4	146	72	10	13	4	1.26
2462930--2463011	16	5.3	15	75	15	53	73	9	13	3	1.22
2463620--2463696	22	3.5	22	100	0	154	36	27	12	23	1.91
2464655--2465293	106	6.0	106	92	0	1008	34	25	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466044--2466148	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
2466642--2466681	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
2466639--2466679	19	2.2	19	100	0	82	46	0	0	53	1.00
2466866--2466929	18	3.5	18	77	10	67	25	1	0	73	0.92
2466848--2466904	19	3.0	20	82	5	64	28	1	0	70	0.98
2484973--2485012	21	1.9	21	84	0	53	35	22	10	32	1.87
2485918--2485959	17	2.4	17	88	4	57	30	11	23	33	1.91
2486148--2486210	23	2.7	23	90	0	72	17	15	20	46	1.85
2486643--2486749	43	2.5	42	72	4	99	32	15	25	26	1.96
2487131--2487164	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2496507--2496632	61	2.1	61	81	3	146	28	27	16	26	1.97
2498144--2498210	29	2.2	30	78	5	73	32	20	5	40	1.77
2503109--2503152	23	1.9	23	85	0	61	25	4	11	59	1.51
2512836--2512912	33	2.3	34	88	4	120	42	23	12	20	1.87
2517962--2517988	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2521915--2521952	19	2.1	19	85	5	51	60	2	0	36	1.11
2523043--2523099	3	19.3	3	78	3	62	64	0	33	1	1.04
2526398--2526485	45	1.9	46	88	2	133	28	18	14	38	1.90
2529067--2529105	13	2.9	14	84	7	62	48	0	12	38	1.42
2529608--2529647	20	2.0	20	90	4	64	12	17	5	65	1.44
2530395--2530474	34	2.4	34	91	0	124	37	25	15	22	1.93
2532583--2533020	128	3.4	128	78	6	411	28	17	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533110--2533170	31	1.9	32	83	9	81	47	13	6	32	1.68
2534426--2534469	11	4.0	11	82	11	54	0	13	2	84	0.73
2534427--2534476	15	3.6	13	84	15	57	0	14	2	84	0.72
2534426--2534478	6	9.3	6	81	8	58	0	16	1	81	0.79
2538729--2538892	63	2.6	63	91	0	267	43	14	19	22	1.87
2538857--2538897	19	2.0	21	86	9	59	51	9	21	17	1.74
2538863--2538923	27	2.3	26	88	2	86	50	11	19	18	1.76
2538872--2538923	6	8.2	6	75	12	50	50	13	19	17	1.78
2541455--2541500	17	2.4	21	72	27	64	15	15	4	65	1.43
2541462--2541500	17	2.3	17	100	0	78	15	15	5	64	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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