genome.fa.s9604.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009604.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3548142

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675598--675724	59	2.2	59	97	0	236	30	22	23	23	1.99
676828--676999	77	2.2	77	89	0	263	35	12	8	44	1.72
677489--677520	15	2.1	15	94	0	55	43	12	12	31	1.80
679558--679587	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
679658--679762	7	15.1	7	84	2	104	9	0	42	46	1.42
680065--680097	17	1.9	17	88	11	50	57	15	12	15	1.65
681574--681612	12	3.2	12	85	0	51	25	7	25	41	1.82
681600--681632	17	1.9	17	100	0	66	24	18	24	33	1.97
692139--692191	21	2.5	21	85	8	81	32	16	22	28	1.96
693082--693139	29	2.0	29	100	0	116	48	13	6	31	1.69
697714--698012	150	2.0	148	96	3	548	26	23	17	32	1.97
703733--703788	27	2.1	27	80	9	62	37	5	3	53	1.41
703891--703931	15	2.8	15	82	13	50	31	2	0	65	1.05
703910--703975	24	2.7	24	78	19	73	37	0	4	57	1.19
703908--703972	27	2.7	23	75	22	62	36	0	4	58	1.19
710524--710797	137	2.0	137	99	0	539	35	19	17	28	1.94
717912--717957	20	2.4	21	79	17	55	28	21	23	26	1.99
718011--718075	20	3.6	18	76	15	55	33	21	18	26	1.96
718049--718081	16	2.1	16	100	0	66	30	18	27	24	1.98
719658--719706	22	2.2	22	100	0	98	12	34	28	24	1.91
729495--729582	20	4.3	20	72	20	58	43	2	3	51	1.31
729520--729587	31	2.2	31	84	7	84	41	2	2	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730091--730177	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
732251--732450	20	9.9	20	74	10	102	37	23	18	20	1.94
732312--732442	20	6.4	20	80	2	118	36	23	18	21	1.95
732289--732442	61	2.5	60	82	7	177	35	24	18	22	1.95
732312--732442	41	3.2	41	82	1	165	36	23	18	21	1.95
732420--732487	27	2.5	28	95	4	129	38	20	22	19	1.94
732482--732527	20	2.3	20	92	3	76	21	17	23	36	1.94
735943--736088	33	4.2	33	78	11	166	44	19	21	14	1.86
736004--736081	20	4.0	19	81	5	84	43	17	23	15	1.87
736101--736141	18	2.3	18	95	0	73	9	14	24	51	1.72
736132--736184	12	4.2	12	73	21	54	13	20	15	50	1.76
736132--736188	14	4.3	14	70	16	50	12	21	15	50	1.76
736303--736339	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
737688--737748	21	2.9	21	75	0	68	22	19	34	22	1.97
738231--738357	19	7.5	19	68	24	104	44	20	24	10	1.82
738231--738354	33	3.8	33	97	0	230	45	20	24	10	1.82
738246--738333	14	5.6	14	70	23	59	45	20	23	10	1.82
738354--738397	19	2.3	19	92	0	70	11	15	29	43	1.82
738406--738438	16	2.1	16	100	0	66	12	24	21	42	1.86
738364--738446	19	4.8	19	75	22	83	8	19	25	46	1.77
738437--738470	12	2.8	12	91	8	52	14	20	26	38	1.91
738557--738936	94	4.1	94	94	2	649	47	18	12	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740635--740690	20	2.8	20	84	10	87	39	21	25	14	1.91
740626--740771	19	8.1	19	72	17	105	43	19	23	13	1.86
740767--740819	19	2.8	19	94	0	88	9	18	22	49	1.76
741397--741546	20	7.4	20	80	5	176	19	18	25	37	1.94
741377--741486	40	2.7	40	85	1	130	19	16	23	40	1.90
741397--741546	61	2.5	61	90	2	230	19	18	25	37	1.94
741418--741546	41	3.2	40	83	7	154	18	18	24	37	1.93
741404--741569	41	4.1	41	82	3	140	19	18	24	37	1.94
741404--741587	61	3.0	62	81	5	189	19	18	24	37	1.94
741637--741690	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
749941--750013	23	3.4	21	83	5	76	27	23	16	32	1.96
750427--750477	19	2.7	19	87	6	68	19	0	13	66	1.24
752309--752343	12	2.8	13	86	8	54	45	8	5	40	1.58
760436--760490	22	2.5	22	100	0	110	41	7	9	41	1.64
760793--761029	76	3.1	75	83	7	275	36	8	18	36	1.82
760875--760998	37	3.3	37	69	14	101	36	9	20	33	1.85
760853--760969	39	3.1	38	66	14	96	38	7	16	37	1.77
761367--761587	77	2.9	76	79	7	236	37	16	9	36	1.82
764920--764995	39	1.9	39	91	0	125	39	13	22	25	1.90
769683--769742	18	3.3	18	73	19	54	51	0	3	45	1.17
770007--770046	21	2.0	20	85	5	53	42	0	10	47	1.37
769958--770202	122	2.0	123	90	2	386	37	8	15	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770874--771036	36	4.5	36	82	8	195	44	3	6	45	1.46
771003--771065	29	2.2	29	88	0	90	44	6	6	42	1.55
770966--771095	67	2.0	64	87	4	188	41	4	7	46	1.53
770931--771156	103	2.2	101	81	8	237	43	4	6	45	1.50
772663--772692	13	2.3	13	94	0	51	33	3	0	63	1.11
777809--778753	84	11.4	83	78	7	899	29	24	20	24	1.99
777809--778753	249	3.8	248	81	4	1100	29	24	20	24	1.99
779396--779558	36	4.5	36	82	8	195	44	3	6	45	1.46
779525--779587	29	2.2	29	88	0	90	44	6	6	42	1.55
779488--779617	67	2.0	64	87	4	188	41	4	7	46	1.53
780882--780928	21	2.3	21	78	14	53	25	2	4	68	1.19
781180--781209	13	2.3	13	94	0	51	33	3	0	63	1.11
781618--781740	59	2.1	59	81	4	140	39	11	11	37	1.77
786180--786209	9	3.3	9	100	0	60	26	10	20	43	1.83
789401--789475	25	3.0	25	96	0	141	32	18	16	33	1.93
794136--794160	8	3.1	8	100	0	50	48	12	0	40	1.40
797463--797539	33	2.4	32	89	4	127	31	9	15	44	1.78
798357--798518	36	4.6	36	78	12	140	28	17	14	39	1.89
798394--798582	66	2.9	66	87	0	288	29	17	14	38	1.90
798534--798639	37	2.9	37	91	1	160	24	16	16	41	1.89
805806--805845	3	13.7	3	85	15	57	35	0	0	65	0.93
805790--805838	20	2.4	20	93	3	80	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807033--807095	29	2.2	28	81	13	76	33	7	0	58	1.27
809046--809184	40	3.4	40	73	9	145	31	33	15	20	1.93
809078--809225	43	3.5	43	75	10	171	31	33	15	19	1.93
809041--809221	83	2.2	83	96	0	335	32	33	14	19	1.92
809124--809927	139	5.8	139	86	1	994	29	28	15	25	1.96
809124--809924	417	1.9	411	85	3	1097	29	28	15	25	1.96
814524--814609	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
814866--814902	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
815323--815384	23	2.4	26	74	20	67	40	16	4	38	1.69
815332--815385	23	2.3	23	93	0	90	40	16	5	37	1.72
816015--816625	183	3.3	183	97	0	1143	33	16	14	35	1.89
817235--817773	198	2.7	198	97	1	1035	33	17	14	35	1.90
817898--817946	19	2.6	19	90	6	73	55	10	4	30	1.52
819152--819216	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
821441--821483	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
821446--821492	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
821615--821673	20	3.0	20	81	16	70	18	15	11	54	1.71
823104--823133	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
823165--823274	51	2.2	50	83	1	130	54	10	8	26	1.63
823488--823574	39	2.2	39	91	0	147	35	9	8	47	1.65
824146--824192	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
826029--826063	18	1.9	18	100	0	70	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827318--827348	15	2.1	15	100	0	62	58	0	6	35	1.24
837264--837428	57	2.8	58	77	9	183	33	22	6	36	1.80
839673--839744	35	2.1	35	91	0	117	40	9	20	29	1.85
843655--843705	13	4.2	12	81	18	61	78	1	17	1	0.94
843746--844106	179	2.0	180	99	0	715	37	21	16	24	1.93
845445--845516	37	1.9	37	85	0	99	25	22	13	38	1.91
845466--845784	65	4.8	64	73	10	253	28	20	11	39	1.87
845532--845721	36	5.4	36	75	12	180	27	18	12	41	1.87
845679--845848	65	2.6	67	85	3	195	31	21	9	37	1.86
846557--846823	110	2.5	106	82	7	349	33	24	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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