genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  1  of  38  ( 4514 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2097--2132	15	2.4	15	100	0	72	25	27	22	25	2.00
9192--9309	54	2.2	53	82	7	150	44	7	14	33	1.74
9525--9558	6	5.7	6	100	0	68	64	0	0	35	0.94
9983--10431	229	2.0	227	94	2	785	44	8	7	39	1.62
10498--10543	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
10665--10711	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
11720--11782	20	3.1	20	91	8	101	55	11	15	17	1.68
11903--11949	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
14239--14304	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
16095--16138	19	2.4	19	92	3	72	31	2	9	56	1.43
16220--18638	199	12.1	200	98	0	4588	37	15	15	32	1.88
20513--20576	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
20513--20585	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
20943--21006	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
20943--21015	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
21374--21437	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
21374--21446	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
20414--21867	431	3.4	431	99	0	2874	40	8	13	38	1.74
21805--21869	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
22073--22109	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
35772--35806	17	2.0	18	88	5	54	20	8	0	71	1.11
41940--41973	11	3.0	11	87	8	50	8	14	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41932--41973	12	3.5	12	83	6	50	7	16	0	76	1.00
58713--58958	44	5.7	42	73	15	141	26	16	6	50	1.69
58734--59071	171	2.0	167	97	2	631	26	16	6	50	1.69
58821--59098	84	3.3	83	72	13	273	26	17	5	50	1.68
58720--59108	43	9.1	43	72	10	237	26	16	6	50	1.68
73935--74250	157	2.0	157	92	1	526	38	17	16	27	1.91
79241--79280	13	3.1	13	86	13	64	77	0	2	20	0.88
79318--79371	26	2.1	27	80	16	69	70	0	9	20	1.14
79450--79475	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
80715--80957	37	6.6	36	76	10	165	41	7	5	46	1.55
80715--80897	73	2.5	74	79	12	189	40	7	6	46	1.56
80722--80957	73	3.2	72	77	11	178	41	7	5	45	1.56
80713--80957	110	2.2	111	80	12	265	41	7	5	46	1.54
81404--81742	85	4.0	85	90	0	507	24	20	20	34	1.96
81412--81742	171	1.9	170	90	0	527	24	20	19	34	1.96
87955--88018	21	3.0	21	81	2	65	71	0	4	23	1.04
88036--88089	26	2.1	26	89	0	81	70	0	11	18	1.16
88469--88520	26	2.0	26	85	3	70	46	25	0	28	1.53
89306--89350	21	2.0	23	83	12	58	66	0	2	31	1.04
89409--89498	36	2.5	34	79	15	92	41	7	4	46	1.53
89397--89571	73	2.3	74	80	9	169	41	7	4	46	1.52
89409--89610	37	5.5	37	77	10	146	40	7	5	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89472--89609	74	1.9	74	84	3	188	39	6	5	47	1.53
89934--90032	44	2.3	42	73	14	94	26	15	4	54	1.58
90736--90778	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
91315--91523	75	2.8	76	85	4	253	24	31	23	21	1.98
92432--92485	17	3.2	17	82	15	67	77	0	7	14	0.97
100107--100314	76	2.8	77	88	2	289	25	31	23	20	1.98
101222--101273	17	2.9	18	83	11	63	76	0	11	11	1.01
101226--101285	25	2.5	24	75	20	61	78	0	8	13	0.96
102563--102997	37	12.2	35	77	14	267	43	5	3	47	1.44
102608--102697	29	3.0	28	72	20	81	40	6	5	47	1.53
102629--102995	36	10.2	37	78	15	321	43	5	4	46	1.46
102629--102997	73	5.1	73	82	10	395	43	5	4	46	1.46
103564--104287	164	4.3	164	75	7	534	25	19	24	30	1.98
103571--104307	85	8.8	85	76	7	521	25	19	24	30	1.98
103608--104287	249	2.7	247	84	5	834	25	20	23	30	1.98
105415--105641	95	2.6	87	80	14	275	31	20	19	28	1.97
105473--105658	95	2.0	94	92	3	311	29	18	19	32	1.96
109512--109569	10	5.9	10	71	18	50	79	0	5	15	0.90
109496--109576	27	3.1	25	76	20	76	77	1	7	13	1.03
109527--109567	21	2.0	21	85	9	57	78	0	4	17	0.93
110683--110727	23	1.9	24	86	13	67	48	11	0	40	1.39
110706--111116	36	11.3	36	77	13	319	44	4	3	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110688--111116	73	5.9	71	79	14	371	44	5	3	46	1.44
110713--110845	66	2.1	62	83	9	162	43	3	4	48	1.41
110749--110813	29	2.3	28	89	5	103	41	3	4	50	1.38
110835--110921	44	2.0	43	90	6	138	48	4	4	42	1.44
110835--110960	44	3.0	44	81	16	137	46	5	3	44	1.45
111105--111141	2	19.0	2	88	5	58	48	0	2	48	1.15
112532--112594	29	2.1	30	94	5	110	52	6	17	23	1.67
113929--113954	12	2.2	12	100	0	52	15	15	7	61	1.55
128996--129420	45	9.4	45	92	1	629	27	22	12	37	1.90
129933--129982	20	2.5	20	100	0	100	28	28	10	34	1.89
135532--135776	45	5.4	45	84	4	271	28	20	11	39	1.88
137630--137702	11	6.5	11	75	12	76	27	21	24	26	2.00
137639--137716	23	3.4	23	90	0	120	30	21	21	25	1.98
137654--137737	12	7.2	12	73	6	57	32	22	21	23	1.98
137630--137737	46	2.4	45	79	4	117	30	21	22	25	1.98
138420--138479	3	20.0	3	96	0	111	65	0	1	33	1.03
142874--143006	67	2.0	67	93	0	230	41	8	24	25	1.83
152681--152706	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
153740--153784	21	2.1	21	100	0	90	35	17	8	37	1.81
156655--156736	29	2.8	29	83	0	101	17	32	32	17	1.93
156788--156839	22	2.4	22	96	3	97	13	34	30	21	1.92
156843--156904	31	2.0	31	96	0	115	24	38	14	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160159--160194	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
160712--160777	9	7.6	8	77	17	53	3	24	0	72	0.98
160728--160779	3	17.7	3	86	4	70	1	28	0	69	0.99
162364--162401	20	1.9	20	94	0	67	26	13	28	31	1.93
162367--162438	36	2.0	36	86	5	101	26	15	26	31	1.95
162466--162575	20	5.7	20	76	9	102	29	16	26	28	1.97
162799--162856	18	3.1	18	83	11	80	48	10	12	29	1.73
162895--162943	21	2.4	21	96	3	91	30	10	12	46	1.74
164822--164863	20	2.1	20	100	0	84	28	9	21	40	1.84
165970--166039	36	1.9	36	85	5	97	30	14	25	30	1.95
166067--166176	20	5.7	20	80	9	138	28	17	29	25	1.97
172394--172463	32	2.2	32	94	0	122	28	34	0	37	1.58
175768--175804	14	2.8	13	88	8	56	54	2	0	43	1.14
176110--176134	7	3.6	7	100	0	50	24	32	0	44	1.54
176606--176638	8	4.1	8	96	0	57	54	0	0	45	0.99
179650--179784	71	1.9	71	89	3	211	45	17	13	22	1.83
180241--180291	18	2.8	18	90	0	75	31	35	7	25	1.85
185706--185758	24	2.2	24	100	0	106	37	7	15	39	1.75
186518--186555	20	1.9	20	88	0	58	36	10	21	31	1.87
188737--188789	22	2.5	22	81	6	65	30	13	33	22	1.92
192370--192550	36	5.0	36	95	0	326	17	27	23	30	1.97
194284--194341	16	3.6	16	92	0	89	41	6	25	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195228--195287	30	2.0	30	100	0	120	46	13	13	26	1.80
198955--198996	16	2.6	16	92	0	75	40	7	28	23	1.81
201822--201857	15	2.4	15	90	0	54	72	2	0	25	0.98
201870--201901	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
202451--202498	7	6.9	7	76	9	53	29	0	2	68	1.01
202451--202498	22	2.3	22	92	7	82	29	0	2	68	1.01
202508--202551	22	2.0	21	82	8	52	43	2	2	52	1.26
203492--203684	92	2.1	93	85	0	253	30	11	8	49	1.69
203677--203708	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
203730--204052	88	3.5	88	79	10	358	24	13	8	52	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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