genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7465027--7465094	18	3.7	18	76	7	82	26	27	25	20	1.99
7465026--7465102	38	2.0	38	87	5	111	27	25	23	23	2.00
7470746--7470827	22	3.9	22	79	12	100	24	26	20	28	1.99
7470758--7470795	18	2.1	18	100	0	76	23	31	18	26	1.97
7471617--7471678	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
7473819--7473893	18	4.3	17	80	16	82	72	1	17	9	1.18
7473843--7473890	16	3.3	15	75	24	57	72	0	18	8	1.08
7476324--7476465	45	3.2	45	62	16	114	42	4	23	28	1.73
7476309--7476486	89	2.0	89	98	0	347	41	4	23	31	1.74
7477857--7477982	47	2.8	45	85	5	164	39	7	23	29	1.83
7480760--7480792	16	2.1	16	88	11	50	33	0	3	63	1.10
7484090--7484141	12	4.2	12	79	13	52	34	25	1	38	1.67
7488024--7488082	28	2.1	28	84	6	75	71	0	10	18	1.14
7488244--7488281	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
7488484--7488546	29	2.1	30	91	2	101	49	12	17	20	1.79
7488484--7488546	30	2.1	29	91	8	101	49	12	17	20	1.79
7491186--7491369	61	2.8	66	77	15	213	13	22	9	54	1.68
7494384--7494427	23	1.9	23	95	0	79	18	13	18	50	1.79
7498532--7498709	90	2.0	90	93	0	302	44	7	11	36	1.69
7500823--7500866	20	2.2	20	87	0	61	27	27	6	38	1.82
7501247--7501373	63	2.0	63	98	0	245	26	23	25	23	2.00
7503151--7503195	24	1.9	23	82	13	56	68	0	13	17	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7504573--7504619	5	9.6	5	80	11	53	55	0	2	42	1.12
7505168--7505208	18	2.2	19	87	12	59	75	2	2	19	1.03
7509969--7510023	23	2.3	23	87	3	83	21	18	0	60	1.37
7509960--7510014	14	4.3	14	73	21	57	20	16	0	63	1.31
7511572--7511627	23	2.4	23	81	0	67	48	12	5	33	1.64
7511667--7511949	2	145.0	2	66	21	111	41	3	4	50	1.39
7511659--7511691	11	3.2	11	91	8	52	48	15	0	36	1.45
7511700--7511889	72	2.8	70	80	11	184	40	2	4	53	1.32
7511700--7511949	73	3.5	70	77	13	192	40	2	4	52	1.34
7513604--7513667	30	2.1	30	82	5	76	32	9	14	43	1.77
7513745--7513802	28	2.1	28	90	0	89	39	13	8	37	1.76
7514001--7514034	13	2.7	12	86	13	50	32	0	2	64	1.08
7522031--7522064	16	2.1	16	100	0	68	58	11	17	11	1.62
7537282--7537397	57	2.0	57	100	0	232	34	29	15	20	1.94
7540369--7540430	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
7540426--7540515	25	3.5	24	82	16	85	55	1	0	43	1.07
7540468--7540519	13	4.0	13	76	16	54	57	0	0	42	0.98
7540451--7540522	24	3.0	24	89	2	108	55	0	0	44	0.99
7540504--7540554	12	4.3	12	76	18	54	66	1	0	31	1.03
7547612--7547678	33	2.0	33	91	0	107	38	8	10	41	1.71
7552670--7552948	104	2.6	105	84	7	332	23	23	15	37	1.93
7552885--7553487	136	4.5	135	89	3	857	25	22	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7552885--7553487	269	2.2	269	89	2	912	25	22	17	34	1.95
7553788--7553958	76	2.3	72	85	5	216	38	14	21	25	1.91
7553875--7554262	40	9.9	36	89	3	121	39	13	17	28	1.88
7553955--7554405	40	11.3	40	94	0	726	41	12	16	29	1.86
7553954--7554405	159	2.8	159	91	1	726	40	12	16	29	1.86
7554160--7554228	23	3.3	23	61	23	60	40	14	13	31	1.84
7557227--7557271	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
7557239--7557553	149	2.1	149	94	1	542	33	20	17	27	1.95
7557654--7557681	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
7559059--7559103	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
7562236--7562280	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
7562248--7562562	149	2.1	149	95	1	560	34	20	17	27	1.95
7562663--7562690	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
7564064--7564108	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
7570719--7570760	18	2.4	18	76	4	50	54	4	16	23	1.61
7584280--7584351	28	2.6	28	80	4	74	50	15	4	30	1.63
7584448--7584476	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
7584484--7584519	9	4.2	9	93	6	58	77	0	0	22	0.76
7584478--7584519	17	2.4	16	85	14	57	73	0	0	26	0.83
7586644--7586779	37	3.7	38	87	4	181	48	4	2	44	1.35
7586718--7586777	17	3.4	17	68	20	50	55	1	1	41	1.20
7586638--7586795	74	2.1	74	83	5	194	46	4	3	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7590818--7590877	20	3.0	20	77	0	75	41	30	8	20	1.81
7590819--7590884	20	3.3	20	72	8	62	39	28	9	22	1.85
7590957--7591000	20	2.2	20	83	0	52	27	18	11	43	1.84
7594729--7594986	126	2.0	128	98	1	502	41	13	19	25	1.88
7596220--7596291	34	2.1	34	94	0	126	15	16	13	54	1.72
7597236--7597262	13	2.1	13	100	0	54	51	7	0	40	1.30
7598174--7598223	20	2.6	20	74	25	54	34	24	12	30	1.91
7604145--7604286	8	17.6	8	98	1	275	75	0	0	24	0.81
7604312--7604360	20	2.4	20	90	10	73	69	0	2	28	1.00
7608909--7609321	203	2.1	200	87	6	601	39	17	12	30	1.87
7612396--7612456	15	3.7	16	74	21	54	45	16	9	27	1.79
7620590--7620653	26	2.5	26	82	12	80	68	4	12	14	1.35
7620855--7620907	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
7635389--7635418	10	3.0	10	95	0	51	40	23	0	36	1.55
7645806--7645886	41	2.0	41	85	0	108	34	25	13	25	1.93
7647058--7647100	21	2.0	21	100	0	86	39	4	9	46	1.57
7647664--7647700	15	2.3	17	90	9	60	70	0	0	29	0.88
7653109--7653167	21	2.8	21	86	0	82	22	6	20	50	1.71
7654635--7654677	23	1.9	22	85	4	59	62	6	2	27	1.33
7655850--7656289	37	12.2	36	85	10	571	45	2	7	44	1.45
7655808--7656154	110	3.4	96	76	18	275	44	2	8	44	1.46
7655898--7655957	26	2.3	26	88	2	95	43	0	8	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7655924--7656298	147	2.6	144	89	6	549	44	2	8	45	1.45
7655923--7656289	108	3.3	110	92	4	589	45	2	7	44	1.44
7657012--7657054	17	2.6	17	82	13	54	20	2	0	76	0.89
7663440--7663479	19	2.0	20	90	4	64	45	2	10	42	1.51
7663460--7663715	37	7.2	36	81	14	309	44	2	8	44	1.48
7663508--7663766	62	4.1	62	80	18	284	43	2	8	45	1.47
7663544--7663603	25	2.4	25	94	2	102	46	0	8	45	1.33
7663470--7663677	99	2.1	100	90	4	332	45	2	8	43	1.46
7663625--7663808	94	2.0	92	87	7	264	42	2	8	46	1.47
7663802--7663861	20	3.0	20	92	0	102	38	5	15	41	1.68
7663625--7663841	94	2.3	92	82	10	242	41	3	9	45	1.52
7663891--7663950	7	8.7	7	75	15	54	23	3	0	73	0.98
7666745--7666848	29	3.7	29	81	2	131	43	5	13	37	1.68
7666844--7667033	28	6.8	28	88	2	265	39	3	14	42	1.62
7671146--7671249	29	3.7	29	81	2	131	42	3	15	38	1.65
7671244--7671394	29	5.6	28	77	14	147	43	2	11	42	1.55
7671265--7671307	21	2.1	21	91	4	70	41	4	11	41	1.62
7671293--7671394	28	3.6	28	86	4	134	44	1	10	43	1.50
7675264--7675359	29	3.3	29	89	0	147	39	4	15	40	1.67
7675351--7675556	28	7.2	29	85	7	269	39	3	14	42	1.63
7675351--7675539	57	3.3	57	91	2	301	41	3	13	41	1.62
7689235--7689309	22	3.4	22	80	9	89	21	33	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7689225--7689306	23	3.6	23	80	11	89	24	32	23	19	1.97
7694488--7695223	368	2.0	368	99	0	1463	23	18	12	45	1.84
7698063--7698141	3	26.3	3	89	0	95	29	0	7	63	1.22
7698281--7698310	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
7700180--7700249	16	4.0	19	82	12	80	35	21	20	22	1.96
7705589--7705673	30	2.8	30	92	0	143	25	5	28	40	1.79
7705578--7705673	15	6.4	15	76	9	88	26	5	28	40	1.77
7705779--7705874	24	4.0	24	90	4	124	20	22	23	32	1.98
7705879--7705929	24	2.1	24	92	0	84	15	25	25	33	1.95
7714095--7714161	29	2.3	30	76	5	75	44	32	0	22	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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