genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778110--2778189	37	2.1	39	90	9	130	13	22	43	20	1.86
2780720--2780756	19	1.9	20	88	5	58	43	2	8	45	1.47
2782825--2783142	161	2.0	161	98	1	620	26	21	18	33	1.97
2783773--2783820	20	2.5	21	83	12	59	54	4	10	31	1.53
2785155--2785232	24	3.4	24	70	20	85	39	15	23	21	1.91
2785178--2785273	20	4.6	20	76	14	104	32	16	22	28	1.96
2785155--2785252	44	2.2	44	96	0	178	36	15	23	24	1.93
2788836--2788880	16	2.8	16	79	3	54	60	0	0	40	0.97
2788933--2788962	15	1.9	16	93	6	53	46	6	6	40	1.56
2789093--2789118	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
2791122--2791164	19	2.3	18	84	8	50	53	23	2	20	1.57
2792174--2792222	3	16.3	3	83	12	57	67	4	0	28	1.09
2792447--2792796	123	2.7	130	76	13	393	22	20	31	25	1.98
2792818--2792879	28	2.2	28	88	5	90	51	12	11	24	1.72
2793022--2793213	61	3.2	59	83	10	169	38	13	13	34	1.83
2793085--2793209	61	2.0	61	95	4	225	36	11	13	38	1.81
2793718--2793946	67	3.5	65	89	5	340	44	11	12	31	1.78
2793901--2793963	30	2.1	30	88	2	92	38	14	11	36	1.81
2793915--2793972	30	1.9	30	86	6	82	44	15	8	31	1.76
2794229--2794337	37	2.9	37	71	13	91	36	11	20	31	1.89
2794324--2794552	104	2.3	100	80	11	236	36	11	20	31	1.88
2794731--2794804	38	2.2	31	73	26	78	24	13	28	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2794741--2794817	38	2.0	38	100	0	154	24	18	25	31	1.97
2795040--2795409	4	95.0	4	92	5	634	25	0	25	48	1.53
2797049--2797096	20	2.5	20	89	3	71	37	8	25	29	1.85
2802151--2802201	3	16.3	3	78	15	50	68	3	0	27	1.07
2802174--2802205	13	2.5	13	100	0	64	71	0	0	28	0.86
2804714--2804764	26	1.9	27	88	4	77	66	0	1	31	1.03
2807729--2807797	8	8.6	8	70	10	52	69	5	0	24	1.10
2807729--2807786	16	3.6	16	90	2	80	70	5	0	24	1.07
2808908--2808952	18	2.5	18	81	0	54	28	13	2	55	1.50
2809208--2809261	28	1.9	28	96	0	99	42	27	7	22	1.80
2809207--2809268	28	2.2	28	88	0	97	40	29	11	19	1.86
2811128--2811177	24	2.0	24	85	11	66	50	2	2	46	1.24
2812724--2812930	74	2.8	76	85	4	276	20	24	31	22	1.98
2813537--2813580	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
2813532--2813582	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
2815554--2815616	21	2.9	21	83	4	72	15	25	38	20	1.92
2821380--2821589	75	2.8	76	83	4	273	20	24	31	23	1.98
2823251--2823302	25	2.1	25	100	0	104	34	15	15	34	1.89
2826743--2826771	12	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
2826727--2826784	18	3.3	18	72	15	59	60	0	0	39	0.97
2827992--2828030	14	2.9	14	82	17	55	69	5	2	23	1.21
2831427--2831477	15	3.4	15	86	10	77	25	33	5	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833300--2833352	21	2.5	22	81	6	65	28	33	0	37	1.58
2833300--2833356	24	2.4	24	85	11	73	28	33	0	38	1.57
2833419--2833474	21	2.7	20	72	8	58	25	50	0	25	1.50
2838449--2838515	31	2.2	31	88	0	98	32	22	8	35	1.85
2838456--2838522	31	2.2	31	94	0	116	25	26	11	35	1.91
2842312--2842343	16	1.9	17	93	6	57	6	15	3	75	1.14
2849275--2849308	2	17.0	2	88	11	52	50	0	2	47	1.16
2849317--2849435	37	3.2	36	75	21	113	42	4	11	41	1.61
2849432--2849526	38	2.5	37	86	8	120	46	0	7	46	1.31
2849433--2849621	36	5.4	36	69	21	118	46	1	6	45	1.37
2849493--2849554	25	2.5	25	91	0	97	46	1	6	45	1.38
2849360--2849618	97	2.7	95	83	9	296	45	1	8	44	1.42
2849555--2849641	35	2.5	36	75	7	90	47	2	6	43	1.42
2849711--2849748	20	1.9	20	88	0	58	18	2	0	78	0.86
2850769--2850829	3	20.3	3	96	0	113	32	1	0	65	1.02
2854822--2854882	27	2.3	27	100	0	122	40	3	21	34	1.69
2857282--2857335	20	2.7	20	91	0	81	22	27	31	18	1.97
2862877--2862919	20	2.1	21	82	4	52	41	2	13	41	1.57
2862922--2862961	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
2866623--2866653	16	1.9	16	93	0	53	41	29	0	29	1.56
2878478--2878704	113	2.0	113	84	3	296	24	4	17	53	1.63
2878717--2878769	19	2.7	20	79	5	63	41	5	0	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2879171--2879324	77	2.0	77	92	0	254	38	11	10	39	1.76
2880795--2880855	30	2.0	30	84	6	79	39	8	8	44	1.64
2880935--2881022	28	3.1	26	77	18	86	39	13	7	38	1.74
2881984--2882295	30	10.6	29	72	12	172	37	10	1	50	1.47
2881998--2882109	59	1.9	59	85	3	154	33	9	2	53	1.48
2882216--2882269	24	2.2	25	86	6	74	40	9	0	50	1.35
2882226--2882285	25	2.4	24	81	13	68	43	6	0	50	1.28
2882191--2882295	55	1.9	54	86	1	147	40	8	0	51	1.33
2882317--2882475	30	5.4	29	77	7	144	50	0	9	39	1.40
2882425--2882492	27	2.5	28	74	9	70	52	0	7	39	1.29
2882425--2882475	26	1.9	27	84	4	68	52	0	7	39	1.30
2884088--2884112	10	2.5	10	100	0	50	8	12	0	80	0.92
2884059--2884111	21	2.5	22	75	9	56	13	11	1	73	1.18
2884266--2884302	18	2.0	19	89	5	58	48	8	8	35	1.62
2889967--2890045	20	3.9	20	91	1	122	18	35	29	16	1.93
2891381--2891447	22	3.0	22	91	2	107	26	28	25	19	1.99
2893141--2893185	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2896324--2896390	22	3.0	22	91	2	107	26	28	25	19	1.99
2898078--2898122	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2899950--2899997	20	2.5	20	83	10	55	50	4	12	33	1.59
2901426--2901469	21	2.0	21	86	4	61	22	40	25	11	1.87
2901426--2901527	20	5.1	20	77	3	107	18	39	26	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902502--2902544	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
2907685--2907727	20	2.2	20	86	0	59	37	18	11	32	1.87
2909633--2909672	6	6.7	6	94	0	71	17	2	0	80	0.83
2912669--2912693	12	2.1	12	100	0	50	68	8	16	8	1.38
2916775--2916813	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2917896--2917961	29	2.3	29	81	0	78	21	7	10	60	1.54
2917929--2918116	42	4.4	42	76	12	161	27	11	5	55	1.57
2917936--2918270	45	7.7	43	75	14	140	26	17	6	50	1.70
2918022--2918281	45	6.0	44	82	6	239	25	20	6	47	1.74
2918926--2918950	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2919502--2919535	17	2.1	17	88	5	52	52	26	0	20	1.46
2921000--2921258	125	2.0	127	94	5	450	31	6	14	47	1.71
2921717--2922034	159	2.0	159	100	0	636	35	16	14	32	1.90
2923319--2923356	12	3.2	12	88	7	51	31	0	0	68	0.90
2923327--2923358	15	2.1	16	88	11	50	25	0	0	75	0.81
2925618--2925711	35	2.7	34	82	7	127	19	4	10	65	1.39
2926943--2927006	23	2.8	23	85	0	92	28	25	28	18	1.98
2927017--2927234	98	2.2	101	93	4	379	36	25	13	24	1.92
2927984--2928212	64	3.5	64	81	9	225	28	19	19	32	1.96
2933073--2933209	20	6.8	20	79	9	127	41	24	16	18	1.89
2935299--2935426	40	3.2	40	73	1	130	42	22	15	19	1.89
2935311--2935430	20	5.9	20	83	1	114	41	21	16	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2938662--2938698	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2940875--2940984	3	37.0	3	89	1	141	59	0	0	40	1.04
2941144--2941428	123	2.3	123	90	1	439	24	18	16	40	1.91
2941275--2941688	196	2.1	197	94	2	728	29	17	14	37	1.90
2941541--2941878	113	3.0	112	88	2	482	29	18	13	37	1.90
2941203--2941805	319	1.9	315	85	7	834	29	18	15	37	1.91
2942667--2942866	93	2.2	93	94	0	346	34	21	15	29	1.93
2943858--2943912	16	3.2	17	85	12	69	52	5	7	34	1.52
2944232--2944293	1	62.0	1	73	0	52	0	12	0	87	0.55
2944231--2944301	11	6.3	11	84	10	72	0	16	0	83	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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