genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1899367--1899431	23	2.8	23	100	0	130	32	27	21	18	1.97
1902469--1902525	29	2.0	28	86	6	78	36	21	10	31	1.87
1902920--1902948	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
1907685--1907807	32	3.9	32	84	1	140	20	21	29	28	1.98
1907684--1907815	63	2.1	64	82	1	158	18	24	28	28	1.98
1909369--1909404	16	2.2	16	95	0	63	55	30	11	2	1.49
1909415--1909489	34	2.3	33	81	11	91	45	30	9	14	1.77
1920153--1920204	18	2.9	18	75	11	52	73	0	1	25	0.94
1920153--1920223	16	4.3	17	72	17	60	69	0	2	28	1.03
1920846--1921065	76	2.9	76	88	6	317	57	12	0	28	1.41
1922783--1922807	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1928379--1928421	18	2.4	19	84	11	63	69	0	2	27	1.00
1928379--1928426	22	2.2	22	81	7	53	68	2	2	27	1.11
1932015--1932052	20	1.9	20	84	10	51	55	0	42	2	1.14
1939350--1939493	69	2.1	69	96	3	272	22	9	28	38	1.86
1941795--1941836	17	2.5	17	77	11	50	28	11	2	57	1.47
1944904--1944954	23	2.2	23	80	16	61	58	0	7	33	1.27
1944975--1945000	13	2.0	13	100	0	52	76	0	15	7	0.99
1945132--1945178	21	2.2	21	84	0	58	68	2	4	25	1.19
1945882--1945981	35	2.8	36	84	6	121	32	15	14	39	1.86
1946637--1946997	109	3.4	109	87	4	502	20	20	27	31	1.97
1947754--1947836	36	2.3	36	84	11	109	40	14	20	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947690--1948020	101	3.3	102	93	2	562	37	12	20	29	1.90
1949504--1949551	17	2.8	17	87	9	62	2	12	6	79	1.01
1949522--1949563	7	5.6	7	86	13	57	0	14	4	80	0.86
1949513--1949563	23	2.2	23	86	6	68	1	13	3	80	0.94
1949504--1949558	17	3.3	15	80	19	56	1	12	5	80	0.97
1949527--1949577	21	2.3	22	83	6	59	0	19	5	74	1.02
1952862--1952908	21	2.2	21	85	7	60	63	2	4	29	1.25
1953616--1953697	35	2.3	35	85	4	101	32	17	10	39	1.84
1956410--1956437	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
1958649--1958697	12	3.9	13	75	20	50	69	4	6	20	1.27
1958650--1958702	25	2.2	25	90	6	83	71	3	5	18	1.21
1958650--1958706	24	2.4	23	83	11	71	71	3	7	17	1.22
1972467--1972684	18	13.1	18	62	25	61	53	13	0	32	1.40
1972431--1973117	54	12.5	54	72	15	421	52	12	0	34	1.41
1972431--1972847	166	2.5	167	90	3	646	52	13	0	34	1.40
1972607--1972649	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
1972575--1973035	134	3.4	130	86	7	459	52	13	0	34	1.43
1972609--1972657	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
1972526--1973255	220	3.3	220	96	0	1352	52	13	0	33	1.42
1972741--1972783	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
1972827--1972869	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
1973045--1973089	22	2.1	22	91	4	74	53	11	0	35	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1973050--1973098	22	2.2	22	85	7	64	57	12	0	30	1.36
1973106--1973178	22	3.3	22	66	19	53	54	16	0	28	1.42
1972692--1973273	274	2.1	270	85	8	752	52	13	0	34	1.42
1973131--1973232	22	5.4	18	69	23	59	53	12	0	33	1.39
1973182--1973231	22	2.2	22	85	3	73	56	14	0	30	1.39
1973235--1973288	22	2.5	22	96	0	99	50	11	0	38	1.38
1972692--1973277	54	10.7	53	74	17	433	52	13	0	33	1.42
1973276--1973410	15	9.0	15	91	3	209	48	0	0	51	1.06
1972566--1973305	188	3.9	188	72	15	507	52	12	0	34	1.41
1994194--1994238	20	2.2	20	92	0	72	28	28	26	15	1.96
1995568--1996087	261	2.0	260	91	1	835	26	18	20	35	1.95
2002078--2002144	20	3.4	20	85	2	82	34	13	19	32	1.91
2002821--2002872	24	2.2	24	96	0	95	36	23	21	19	1.95
2002864--2002934	23	3.1	23	83	0	88	36	19	15	28	1.92
2003667--2003706	20	2.0	20	85	4	55	22	20	15	42	1.88
2008880--2008981	23	4.4	23	87	2	143	33	27	20	18	1.96
2009063--2009172	57	1.9	56	87	5	159	39	17	7	36	1.77
2009635--2009672	20	2.0	20	94	5	69	28	21	10	39	1.86
2023342--2023379	20	1.9	20	84	10	51	39	18	5	36	1.73
2026149--2026194	23	2.0	23	100	0	92	30	13	17	39	1.87
2028840--2028891	19	2.7	20	73	8	54	36	13	15	34	1.87
2029597--2029672	39	1.9	39	87	10	111	50	1	13	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2047701--2048099	137	2.9	136	79	4	426	37	15	17	29	1.91
2047666--2048095	139	3.1	136	78	5	445	38	14	18	28	1.91
2048090--2048136	22	2.1	22	88	0	67	40	17	27	14	1.89
2047968--2048260	159	1.8	161	85	1	410	37	17	19	25	1.93
2052354--2052398	20	2.3	20	88	3	65	51	6	8	33	1.59
2057370--2057419	20	2.4	21	77	12	59	52	10	10	28	1.67
2059647--2060598	472	2.0	473	88	2	1410	29	13	20	36	1.90
2061940--2061995	3	18.3	3	88	3	85	35	1	0	62	1.06
2062008--2062058	17	3.1	17	77	2	59	23	7	0	68	1.15
2063126--2063154	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2063466--2063497	14	2.3	14	100	0	64	65	18	15	0	1.27
2065096--2065133	21	1.9	20	89	10	60	28	0	15	55	1.41
2065715--2065756	17	2.4	18	88	4	59	23	4	0	71	1.05
2068320--2068387	14	4.5	15	72	20	54	20	7	0	72	1.09
2070789--2070830	17	2.4	18	88	4	59	21	7	2	69	1.25
2071840--2072101	95	2.7	95	83	6	323	33	15	17	33	1.91
2073198--2073913	167	4.3	167	79	5	537	32	23	19	25	1.97
2073444--2073889	163	2.7	162	82	3	547	32	22	19	26	1.97
2073198--2073933	83	8.9	83	80	4	639	32	23	19	25	1.97
2073198--2073929	247	3.0	247	75	8	639	32	23	18	25	1.97
2075811--2075856	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
2075881--2075929	17	3.1	16	79	5	55	18	6	0	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080236--2080282	19	2.4	20	89	3	69	51	6	10	31	1.62
2082627--2082658	16	2.0	16	93	0	55	15	40	25	18	1.90
2091732--2091843	54	2.1	55	86	5	156	18	3	30	47	1.66
2095162--2095234	23	3.2	23	78	0	65	24	15	16	43	1.86
2095195--2095253	23	2.5	23	77	2	64	22	23	20	33	1.97
2098226--2098286	18	3.2	18	86	11	77	19	45	21	13	1.84
2098248--2098280	14	2.4	14	90	5	50	21	45	24	9	1.80
2100763--2100853	24	3.8	24	83	2	112	26	17	18	37	1.93
2100931--2101005	35	2.1	35	95	0	132	9	28	28	34	1.88
2102285--2102351	22	3.0	22	95	2	116	47	22	7	22	1.76
2108322--2108400	31	2.5	31	87	0	104	46	11	16	25	1.80
2118856--2118930	31	2.4	31	88	4	98	41	6	22	29	1.79
2127087--2127144	12	4.8	12	82	0	71	51	18	15	13	1.76
2135546--2135585	21	2.0	21	85	5	55	25	15	22	37	1.93
2140180--2140341	86	1.9	87	93	1	281	29	19	10	41	1.84
2147953--2147985	16	2.1	16	100	0	66	42	30	21	6	1.77
2161253--2161285	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
2163049--2163125	40	1.9	40	91	0	127	18	11	19	50	1.77
2189673--2189826	59	2.6	60	83	6	188	26	25	15	32	1.95
2191779--2191834	29	1.9	29	89	7	87	19	14	7	58	1.58
2193814--2193841	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2197058--2197210	3	51.0	3	100	0	306	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197631--2197762	39	3.4	39	87	0	174	18	28	18	34	1.95
2203310--2203343	18	1.9	18	88	5	52	29	5	5	58	1.45
2203556--2203649	39	2.4	39	87	0	125	17	26	24	31	1.97
2209939--2209995	24	2.4	24	88	5	80	42	22	15	19	1.89
2210661--2210691	15	2.1	15	100	0	62	41	19	6	32	1.77
2222998--2223059	14	4.1	16	71	21	53	66	0	32	1	1.02
2225451--2225517	24	2.8	24	76	0	71	31	7	5	55	1.52
2225557--2225618	32	1.9	32	87	6	90	59	11	3	25	1.46
2225557--2225625	32	2.2	32	84	5	86	60	11	2	24	1.44
2234243--2234274	11	2.9	11	100	0	64	62	9	0	28	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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