genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533412--2533495	32	2.6	33	79	9	91	59	9	3	27	1.45
2545266--2545301	17	2.0	19	89	10	58	27	8	0	63	1.23
2553248--2553360	54	2.1	54	84	0	145	30	18	15	34	1.93
2555745--2555841	50	1.9	50	83	4	124	20	18	22	38	1.94
2556554--2556617	2	32.5	2	96	3	121	50	0	0	50	1.00
2560008--2560056	20	2.8	17	77	19	55	44	6	24	24	1.76
2560018--2560056	20	2.0	20	100	0	78	46	5	28	20	1.72
2560598--2560633	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2567847--2567954	26	4.2	26	89	1	155	23	13	28	34	1.93
2578836--2578882	13	3.7	13	78	16	62	19	10	4	65	1.39
2580385--2580440	25	2.2	25	84	6	69	78	0	16	5	0.92
2580411--2580456	19	2.4	19	85	10	58	78	0	8	13	0.97
2580775--2580813	21	1.9	19	85	10	51	43	10	7	38	1.67
2582790--2582861	24	3.0	24	100	0	144	33	8	8	50	1.63
2582811--2582857	15	3.5	15	68	31	52	34	6	8	51	1.58
2583533--2583578	24	1.9	24	90	0	74	32	21	17	28	1.96
2585015--2585078	2	32.0	2	96	0	119	48	1	0	50	1.10
2590044--2590089	22	2.1	21	84	15	58	34	0	13	52	1.40
2590518--2590551	12	2.6	13	90	9	52	70	0	8	20	1.13
2591835--2591961	32	3.9	33	82	5	132	29	14	3	51	1.59
2592152--2592196	16	2.8	16	96	0	81	11	33	6	48	1.65
2598883--2599079	102	1.9	102	79	4	218	34	16	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599266--2599454	83	2.3	83	81	0	234	33	28	15	22	1.94
2599492--2599880	122	3.2	121	80	1	427	34	23	14	26	1.94
2601266--2601349	32	2.7	32	90	5	127	32	19	3	45	1.67
2601297--2601422	32	3.9	34	80	7	111	28	15	4	50	1.64
2602828--2602946	59	2.0	59	100	0	238	26	8	13	52	1.69
2603908--2603950	20	2.2	20	100	0	86	32	32	9	25	1.88
2604768--2604812	3	15.7	3	82	13	51	66	0	2	31	1.04
2604753--2604819	24	2.8	23	80	6	62	68	1	2	26	1.12
2613721--2613943	111	2.0	111	100	0	446	26	18	23	31	1.98
2621253--2622131	445	2.0	435	97	2	1659	27	16	17	37	1.92
2623070--2623186	25	4.8	25	74	13	84	41	0	18	39	1.57
2623077--2623186	50	2.3	49	81	9	127	39	0	19	40	1.57
2639402--2639432	16	1.9	16	93	0	53	58	6	6	29	1.48
2639678--2639716	14	2.7	14	88	4	51	69	0	5	25	1.09
2639820--2639861	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2640238--2640263	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2644981--2645123	75	1.9	74	94	1	250	39	18	9	32	1.84
2645456--2645527	20	3.5	20	79	3	90	40	19	23	16	1.91
2645516--2645610	20	4.7	20	78	2	100	34	25	17	22	1.96
2645493--2645629	61	2.2	63	82	7	174	38	22	17	21	1.93
2645496--2645590	41	2.3	42	85	5	124	38	22	17	21	1.93
2645798--2645841	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646085--2646128	20	2.2	20	87	0	61	13	15	20	50	1.78
2647419--2647463	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2647945--2648011	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2648014--2648060	18	2.5	19	86	6	69	51	19	17	12	1.77
2647984--2648049	33	2.1	33	94	5	118	46	21	18	13	1.83
2648109--2648175	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
2648121--2648175	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
2650046--2650081	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2650167--2650204	20	1.9	20	94	0	67	39	21	21	18	1.93
2650240--2650290	20	2.5	20	100	0	102	15	23	27	33	1.95
2651346--2651399	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2653890--2653948	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
2653890--2654015	33	3.8	33	87	4	182	42	18	22	16	1.88
2653893--2654023	66	2.0	66	93	0	226	41	17	22	18	1.90
2654195--2654231	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2655582--2655648	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2655582--2655704	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
2657687--2657747	20	3.1	19	75	9	59	45	18	22	13	1.83
2657712--2657808	33	2.9	33	87	1	131	41	24	22	11	1.87
2657687--2657813	19	7.1	19	67	20	76	42	22	22	12	1.87
2658390--2658442	20	2.7	20	90	0	79	26	18	28	26	1.98
2658451--2658504	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658391--2658525	61	2.2	61	80	2	146	22	19	24	33	1.97
2658575--2658615	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2660911--2661111	65	3.1	64	79	5	199	26	17	23	31	1.97
2663017--2663336	160	2.0	160	100	0	640	47	12	10	30	1.74
2663762--2663841	23	3.6	22	76	5	90	25	25	25	25	2.00
2665946--2666008	30	2.1	30	100	0	126	46	22	6	25	1.75
2669719--2669770	19	2.7	19	100	0	104	17	21	34	26	1.95
2669674--2669836	84	2.0	83	86	6	231	25	19	25	28	1.99
2669738--2669902	65	2.5	64	79	5	181	25	18	24	32	1.97
2670675--2670740	32	2.1	32	88	5	98	30	12	16	40	1.85
2670709--2670827	45	2.7	44	89	2	184	37	4	14	43	1.65
2671170--2671261	39	2.4	39	83	3	105	41	7	13	38	1.72
2671190--2671318	39	3.3	39	79	6	136	34	6	11	47	1.65
2671209--2671543	136	2.5	133	76	9	317	37	6	12	44	1.67
2671118--2671455	175	1.9	174	82	4	421	35	7	12	44	1.71
2671345--2671434	39	2.3	39	88	1	128	43	5	11	40	1.64
2671476--2671549	38	2.1	36	85	10	98	37	4	13	44	1.63
2675900--2676284	192	2.0	192	100	0	770	37	16	23	22	1.93
2683752--2683791	21	1.9	21	90	10	64	30	5	7	57	1.48
2694082--2694112	7	4.4	7	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2694096--2694213	42	2.7	44	80	10	143	65	0	6	27	1.18
2695321--2695486	42	3.7	45	75	20	138	61	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695323--2695468	36	4.1	36	74	19	119	61	2	0	36	1.08
2695321--2695486	68	2.4	65	81	15	183	61	2	0	36	1.09
2695325--2695485	41	3.9	41	72	21	115	62	2	0	35	1.09
2695482--2695519	19	2.0	19	89	0	58	52	5	2	39	1.38
2695510--2695753	37	6.6	36	73	15	160	43	9	3	43	1.53
2707859--2708007	46	3.3	45	87	9	205	66	0	8	25	1.19
2707933--2708002	23	3.0	23	69	8	70	67	0	8	24	1.19
2709129--2709213	3	28.7	3	69	23	56	62	1	1	35	1.11
2709084--2709214	44	2.8	45	79	18	128	62	1	0	35	1.10
2709080--2709223	49	2.9	50	79	12	163	61	2	0	35	1.13
2709096--2709223	60	2.1	59	79	12	145	62	2	0	34	1.13
2709227--2709495	37	7.2	38	70	17	113	42	8	4	44	1.54
2709303--2709480	37	4.8	37	76	10	139	43	8	4	43	1.55
2710623--2710678	18	3.2	17	80	12	60	19	3	1	75	1.05
2710632--2710680	18	2.7	18	81	9	64	18	4	0	77	0.92
2723224--2723320	21	4.7	21	75	14	69	27	15	17	39	1.90
2723285--2723324	21	2.0	20	95	5	71	25	20	17	37	1.94
2723605--2723639	16	2.2	16	94	0	61	25	2	25	45	1.67
2727461--2727499	14	2.8	14	92	0	69	0	38	28	33	1.57
2728234--2728280	19	2.5	19	82	6	60	23	6	6	63	1.41
2730587--2730672	42	2.0	42	100	0	172	36	25	16	22	1.94
2739672--2739723	3	17.3	3	95	0	95	65	0	1	32	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739904--2740618	134	5.3	133	79	6	630	29	14	21	33	1.94
2739901--2740618	268	2.7	267	81	5	797	29	14	21	33	1.94
2752600--2752635	7	5.1	7	93	0	63	41	41	0	16	1.48
2767544--2767605	23	2.7	23	82	0	79	22	12	11	53	1.71
2770649--2770825	29	6.1	30	83	9	183	42	20	5	31	1.73
2770649--2770825	58	3.1	57	82	9	216	42	20	5	31	1.73
2777956--2778102	29	5.1	28	86	8	156	42	19	6	32	1.75
2777956--2778102	56	2.6	57	83	4	170	42	19	6	32	1.75
2778109--2778186	20	4.0	19	79	15	88	14	21	43	20	1.87
2778117--2778189	17	4.2	17	81	13	87	12	21	45	20	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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