genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7714441--7715029	295	2.0	295	98	0	1151	40	16	11	31	1.84
7717741--7717852	35	3.2	35	83	2	145	41	20	0	36	1.59
7718906--7719018	35	3.2	34	86	5	154	34	0	22	42	1.60
7720825--7720855	12	2.6	12	94	0	53	80	6	9	3	0.99
7720828--7720880	19	2.7	20	79	8	63	75	13	9	1	1.12
7736036--7736060	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
7737602--7737647	23	1.9	25	82	8	60	69	6	0	23	1.11
7739358--7739401	21	2.1	21	83	8	54	6	9	40	43	1.63
7739571--7740447	95	9.2	95	85	2	1096	28	16	22	33	1.96
7740949--7741087	62	2.2	62	98	0	269	43	7	10	38	1.69
7741301--7741460	57	2.9	54	77	7	162	41	16	10	32	1.81
7742963--7744753	81	22.1	80	87	1	2364	32	22	10	35	1.88
7757452--7758593	81	14.1	81	86	1	1493	31	22	11	35	1.90
7757452--7758593	242	4.7	243	84	2	1454	31	22	11	35	1.90
7761018--7761071	23	2.3	23	78	12	65	3	31	1	62	1.23
7761004--7761078	22	3.4	21	80	12	80	2	29	1	66	1.13
7761041--7761090	22	2.2	22	82	13	57	2	32	2	64	1.16
7761066--7761103	20	1.9	20	88	0	58	5	26	0	68	1.11
7762959--7763022	28	2.2	29	88	8	94	57	9	17	15	1.63
7765345--7765388	22	2.0	23	95	4	81	59	6	9	25	1.53
7766612--7766657	21	2.2	21	88	7	67	13	15	39	32	1.85
7766653--7766704	23	2.3	23	86	3	70	0	9	44	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7767646--7767670	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7768597--7768622	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7782521--7783143	55	11.3	55	86	4	792	27	17	18	37	1.93
7782521--7783143	276	2.3	273	86	2	856	27	17	18	37	1.93
7783367--7783392	12	2.2	12	100	0	52	0	15	26	57	1.38
7785923--7786088	89	1.9	90	89	3	264	22	25	25	25	2.00
7788077--7788124	22	2.2	22	85	3	62	20	31	22	25	1.98
7790241--7790458	97	2.2	97	93	1	366	29	10	18	41	1.84
7805822--7805865	20	2.2	20	100	0	88	25	22	20	31	1.98
7815766--7815809	23	1.9	23	86	9	63	11	18	6	63	1.48
7822752--7822845	47	2.0	47	100	0	188	31	14	12	40	1.84
7826748--7826782	16	2.1	17	89	5	54	0	25	0	74	0.82
7827031--7827072	18	2.3	18	91	0	66	38	0	42	19	1.51
7829683--7829790	47	2.3	47	87	3	146	50	6	9	34	1.60
7833174--7833198	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7833718--7833773	18	3.2	18	70	10	53	50	3	0	46	1.19
7833706--7833777	34	2.1	35	89	2	110	45	4	1	48	1.30
7835117--7835482	182	2.0	184	98	1	709	37	14	17	30	1.89
7852963--7853245	44	6.4	44	90	2	415	32	21	6	39	1.78
7852963--7853245	87	3.2	87	90	2	404	32	21	6	39	1.78
7852963--7853245	131	2.1	134	88	2	419	32	21	6	39	1.78
7853406--7853573	60	2.8	60	87	1	230	29	24	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7853609--7854066	59	7.8	59	87	2	636	30	23	10	36	1.88
7853526--7854066	118	4.6	118	85	3	660	29	23	10	37	1.88
7878819--7878919	23	4.6	23	79	8	79	24	26	20	27	1.99
7878819--7878898	23	3.6	22	79	6	99	26	25	21	27	1.99
7879380--7879434	26	2.1	27	89	3	85	38	10	5	45	1.63
7881608--7881761	65	2.4	65	82	3	177	29	21	17	31	1.96
7888699--7888915	57	3.8	57	87	3	294	30	10	18	40	1.85
7888973--7889084	42	2.7	42	76	2	109	27	24	16	31	1.97
7889308--7889453	59	2.5	60	81	2	186	26	28	15	30	1.96
7889468--7889573	42	2.5	41	76	10	108	26	19	21	32	1.97
7892010--7892047	20	1.9	19	89	5	58	34	13	31	21	1.91
7892679--7892732	23	2.4	22	81	6	72	14	20	25	38	1.91
7899119--7899354	55	4.3	55	78	6	212	38	11	15	35	1.83
7899134--7899350	110	2.0	110	79	10	239	38	10	15	35	1.81
7899536--7900061	45	11.7	45	87	0	739	42	11	22	23	1.86
7902509--7902622	36	3.2	36	69	12	117	25	23	19	31	1.98
7902497--7902680	71	2.6	71	97	0	341	28	21	16	33	1.95
7902487--7902680	35	5.5	35	71	8	142	29	21	15	32	1.95
7907019--7907073	24	2.3	24	100	0	110	25	23	10	40	1.87
7912556--7912588	13	2.6	13	90	4	50	54	0	0	45	0.99
7912557--7912591	16	2.3	15	90	5	52	54	0	0	45	0.99
7913132--7913226	20	4.8	20	83	5	111	42	22	13	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7913823--7913875	20	2.5	21	84	6	63	33	15	11	39	1.83
7919863--7919890	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
7920457--7920483	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
7921846--7921883	15	2.8	13	88	11	51	55	0	0	44	0.99
7931675--7931717	21	2.0	21	86	0	59	27	20	2	48	1.62
7932379--7932413	17	2.1	17	89	5	54	45	8	8	37	1.65
7935474--7935525	21	2.6	20	90	6	79	36	13	5	44	1.68
7946846--7946893	17	2.9	16	78	9	60	10	12	10	66	1.44
7951193--7951220	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
7952744--7952796	17	3.1	17	86	0	70	41	7	15	35	1.75
7953963--7954080	40	3.0	39	88	2	173	22	16	26	34	1.95
7954184--7954392	45	4.7	45	88	1	305	40	7	20	32	1.80
7957675--7957960	145	2.0	145	95	0	509	35	12	13	38	1.83
7960487--7960624	35	3.9	34	74	7	114	31	18	15	35	1.91
7960489--7960627	71	2.0	71	83	0	179	30	18	15	35	1.93
7962898--7962943	19	2.4	19	88	0	65	21	28	17	32	1.96
7962908--7962951	19	2.3	19	100	0	88	20	20	18	40	1.91
7963405--7963429	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
7964732--7964853	35	3.5	35	76	10	131	31	18	17	33	1.94
7977798--7977875	30	2.6	30	95	0	138	26	19	30	23	1.98
7978283--7978331	20	2.5	20	90	3	73	28	10	8	53	1.63
7986207--7986237	16	1.9	16	93	0	53	22	32	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7989437--7989712	58	4.7	60	79	4	305	36	10	22	30	1.87
7989437--7989748	117	2.7	117	90	2	500	38	10	22	29	1.87
7989437--7989837	59	6.8	58	74	8	303	36	11	22	29	1.89
7989437--7989848	117	3.5	117	85	4	483	36	11	23	28	1.89
7990385--7990429	23	2.0	23	86	0	63	20	20	20	40	1.92
7994986--7995082	2	48.5	2	100	0	194	50	0	0	49	1.00
7995825--7996027	55	3.7	55	86	2	264	33	18	10	37	1.86
7995825--7996027	110	1.8	112	86	4	295	33	18	10	37	1.86
8004937--8005008	30	2.4	30	92	2	117	19	20	33	26	1.97
8007456--8007506	22	2.4	21	81	12	59	68	1	0	29	1.00
8007455--8007503	19	2.6	19	87	9	73	65	2	0	32	1.04
8008934--8009031	6	16.2	6	75	17	71	1	17	1	80	0.82
8008934--8009025	8	12.0	7	75	21	71	1	16	1	81	0.81
8008946--8009011	21	3.0	21	83	12	80	1	16	0	81	0.76
8008934--8009034	30	3.2	31	83	13	111	0	17	0	80	0.83
8008934--8009035	39	2.7	38	86	10	129	0	18	0	79	0.85
8012571--8012604	16	2.0	18	88	11	54	58	0	17	23	1.38
8016099--8016161	30	2.1	30	87	0	90	33	6	20	39	1.78
8020348--8020401	26	2.1	26	82	6	65	40	3	11	44	1.58
8020608--8020640	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8022261--8022311	3	17.3	3	77	18	54	62	1	0	35	1.06
8026757--8026883	61	2.0	65	93	6	226	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041867--8041915	20	2.6	19	78	9	55	36	0	24	38	1.56
8043241--8043362	64	1.9	64	86	3	174	31	17	23	27	1.97
8043238--8043392	30	5.0	30	78	6	157	30	17	25	26	1.97
8043919--8043949	12	2.6	12	94	0	53	38	0	12	48	1.42
8047587--8047864	39	7.1	39	85	2	335	33	24	26	15	1.95
8048290--8048322	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8049197--8049255	30	2.0	30	86	0	82	38	11	5	44	1.63
8052105--8052254	30	4.9	30	74	6	129	31	14	24	30	1.94
8055375--8055596	49	4.6	49	85	2	295	32	12	26	29	1.92
8061887--8062156	36	7.4	36	75	8	107	50	7	13	28	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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