genome.fa.s9624.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117016_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8249038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624838--624881	22	2.0	23	86	4	63	34	0	4	61	1.16
625769--625889	47	2.6	46	88	1	179	33	15	20	30	1.94
630302--630530	125	1.8	125	83	3	309	31	17	28	21	1.96
631728--631849	36	3.4	36	72	3	111	36	21	17	25	1.95
632219--632910	54	12.9	54	87	3	909	33	19	25	21	1.97
632861--633132	55	4.9	55	86	7	338	30	15	26	27	1.95
635342--635384	21	2.0	23	86	9	63	34	0	4	60	1.17
639521--639738	75	2.8	77	86	6	325	31	4	5	59	1.38
639970--639996	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
639954--639995	22	1.9	22	85	0	57	71	0	0	28	0.86
640014--640057	16	2.8	16	89	0	70	31	25	20	22	1.98
643660--643694	14	2.5	14	95	0	61	31	5	5	57	1.46
645283--645325	21	2.0	21	86	0	59	9	46	4	39	1.57
646109--646521	138	3.0	138	83	2	519	25	17	29	27	1.97
646966--647118	37	4.1	37	85	6	193	37	11	19	30	1.88
649530--649585	8	6.8	8	75	15	51	3	16	3	76	1.06
649530--649594	31	2.1	31	82	8	78	3	15	4	76	1.07
649542--649606	15	4.1	16	78	9	62	4	15	4	75	1.13
652874--652898	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
654142--655615	55	26.8	56	81	6	1198	28	21	19	31	1.97
654142--655615	110	13.4	110	82	3	1472	28	21	19	31	1.97
660645--660676	6	5.2	6	92	7	55	50	15	15	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660645--660676	13	2.6	12	90	9	55	50	15	15	18	1.79
664248--664297	26	1.9	26	95	0	91	12	26	2	60	1.43
667623--667694	3	24.3	3	88	2	101	63	1	2	31	1.17
668715--669021	94	3.4	92	85	8	404	38	15	8	38	1.78
668862--669188	81	4.0	80	71	13	270	37	15	7	39	1.76
669056--669240	94	2.0	93	88	5	275	38	15	8	37	1.78
669163--669308	66	2.2	66	84	7	179	41	13	7	38	1.72
675145--675235	38	2.3	39	81	9	105	57	4	10	27	1.52
676742--676878	44	3.0	44	87	3	202	47	13	17	21	1.82
677918--677950	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
684875--684951	37	2.1	37	83	9	95	42	6	19	31	1.76
686704--686825	54	2.3	53	84	1	145	32	20	17	29	1.95
691052--691096	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
692692--692736	21	2.1	21	88	8	65	17	22	26	33	1.96
696022--696066	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
697661--697705	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
701475--701530	24	2.5	23	86	11	73	26	26	21	25	1.99
701732--701787	22	2.5	22	91	0	94	25	17	25	32	1.97
705874--705935	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
709913--710430	258	2.0	258	97	0	982	36	12	25	25	1.92
721054--721136	17	4.7	17	89	4	112	24	25	21	28	1.99
721174--721229	21	2.7	21	97	0	103	25	26	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721905--721949	20	2.2	20	84	7	56	31	15	28	24	1.96
734319--734370	26	2.2	23	81	18	70	25	17	23	34	1.96
736235--736524	144	2.0	143	82	5	352	30	16	24	28	1.97
738465--738754	144	2.0	144	82	2	350	29	16	24	28	1.97
745171--745208	18	2.1	19	90	5	60	63	5	7	23	1.42
750508--750664	10	14.1	10	65	19	53	63	15	8	11	1.51
750518--750618	23	4.5	23	84	9	136	66	14	6	11	1.43
750514--750608	44	2.2	44	96	1	174	66	15	7	10	1.43
750574--750621	13	3.9	13	76	15	57	66	10	6	16	1.41
750584--750664	23	3.5	23	87	0	99	61	14	11	12	1.56
750518--750664	46	3.2	46	84	2	154	63	15	8	11	1.50
753837--753923	44	2.0	45	84	6	115	22	22	11	42	1.86
753891--754019	45	2.9	45	88	0	186	24	18	6	49	1.72
753948--754020	22	3.3	22	70	21	62	26	17	6	49	1.72
754122--754656	81	6.6	81	88	1	734	28	24	11	35	1.90
754614--754921	67	4.8	66	84	9	413	27	25	15	31	1.96
754793--754908	57	2.0	58	94	1	207	26	25	16	31	1.96
755511--755569	19	2.9	20	71	11	57	33	20	10	35	1.86
757612--757666	21	2.5	23	80	11	71	36	16	16	30	1.91
771641--771974	140	2.4	141	83	2	422	42	12	14	30	1.82
774136--774185	22	2.3	22	100	0	100	16	30	12	42	1.84
781361--781728	139	2.6	140	87	5	514	26	18	16	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782037--782171	69	2.0	69	90	0	216	40	15	14	29	1.86
782102--782496	95	4.1	95	87	2	520	40	12	13	33	1.83
782268--782323	29	2.0	28	82	3	67	33	14	14	37	1.86
788451--788854	55	7.4	54	84	2	493	29	14	17	38	1.89
788451--788854	165	2.4	165	87	0	576	29	14	17	38	1.89
795346--795686	55	6.2	54	80	6	359	28	14	17	39	1.89
795346--795692	163	2.1	165	84	3	441	28	14	17	38	1.90
797330--797383	12	4.4	12	77	11	56	57	1	3	37	1.27
801198--801246	17	3.0	16	76	11	55	59	0	14	26	1.36
804451--804576	62	2.0	62	92	0	207	32	7	25	34	1.85
806666--806704	20	2.0	20	94	0	69	33	12	17	35	1.88
810505--810567	28	2.2	29	91	2	101	41	12	15	30	1.85
832019--832077	31	1.9	31	89	0	91	44	5	6	44	1.52
832101--832705	22	27.5	22	82	7	673	48	9	0	41	1.37
832101--832705	44	13.8	44	86	5	751	48	9	0	41	1.37
835096--835480	140	2.8	139	81	4	445	43	13	12	30	1.81
835684--835726	23	1.9	23	85	4	61	62	6	2	27	1.33
838225--838377	30	5.0	30	77	6	135	30	13	25	30	1.94
842104--842133	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
847934--848220	142	2.0	142	97	0	538	34	18	11	35	1.87
849404--849443	21	1.9	21	85	10	55	47	10	17	25	1.78
849425--849475	15	3.3	15	69	15	50	43	11	23	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849425--849488	31	2.1	30	88	8	94	43	12	20	23	1.85
851845--851887	22	2.0	22	95	0	77	39	6	11	41	1.68
852042--852154	30	3.6	30	74	9	109	31	13	23	30	1.93
852111--852189	30	2.6	30	83	0	95	29	17	25	27	1.98
852427--852736	155	2.0	155	96	0	566	28	13	20	37	1.91
854471--854530	24	2.5	24	83	0	75	15	10	16	58	1.63
855185--855258	10	7.6	10	68	22	50	9	9	21	59	1.57
855190--855254	16	4.1	16	91	0	112	7	10	23	58	1.57
855324--855356	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
856930--857000	32	2.2	32	94	0	124	38	28	2	30	1.71
857127--857205	30	2.6	30	91	2	122	41	6	18	32	1.76
862300--862326	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
863439--863490	28	1.9	28	84	7	72	15	19	5	59	1.56
867355--867440	35	2.5	34	80	12	95	54	10	8	26	1.62
867680--867705	12	2.2	12	100	0	52	0	26	30	42	1.56
873977--874040	25	2.6	25	89	0	101	43	1	12	42	1.52
876645--876687	22	2.0	22	85	0	59	32	16	16	34	1.91
878016--878088	37	2.0	37	84	10	96	35	13	2	47	1.57
878490--878547	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
878536--878672	65	2.1	65	82	7	165	27	22	16	33	1.96
881956--882016	26	2.3	26	100	0	122	19	3	16	60	1.49
882301--882330	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887215--887244	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
891396--891452	15	3.7	15	77	9	69	15	26	35	22	1.94
891582--891791	101	2.1	100	94	4	379	50	9	9	30	1.66
893488--894270	3	262.3	3	77	8	445	2	41	0	55	1.20
894281--894440	80	2.0	80	93	0	275	24	24	20	31	1.98
895458--895560	49	2.1	49	81	0	125	23	38	8	29	1.85
901570--901692	45	2.8	45	86	3	160	49	6	19	24	1.71
901570--901721	45	3.4	44	83	8	148	48	7	19	24	1.75
905418--905569	45	3.4	44	81	4	164	49	7	19	23	1.73
914735--914784	19	2.8	18	85	11	59	38	2	0	60	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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