genome.fa.s117.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3231771

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6181--6478	30	9.7	30	81	3	326	23	28	15	32	1.95
6181--6488	61	5.0	61	81	7	329	22	28	15	33	1.94
6180--6488	91	3.4	91	89	3	442	22	28	15	33	1.94
6459--6980	60	8.2	66	79	12	368	20	32	13	33	1.91
6368--7070	34	22.0	32	73	13	441	20	31	13	34	1.91
6521--6760	27	8.0	26	71	19	84	20	33	13	32	1.92
6524--6986	60	7.3	60	80	9	442	20	31	14	34	1.92
6377--7062	128	5.4	126	78	9	619	20	31	13	34	1.91
6904--6957	27	2.0	27	96	0	99	22	35	14	27	1.93
7128--7556	39	10.0	39	71	17	282	26	27	18	27	1.98
7080--7604	87	6.0	87	89	0	762	25	26	18	28	1.98
7259--7897	49	13.6	49	73	12	477	25	26	18	30	1.98
7080--7802	87	8.0	88	83	5	754	25	26	18	29	1.98
7080--7604	175	3.0	174	89	2	793	25	26	18	28	1.98
7517--7794	150	1.9	149	89	2	432	25	25	18	30	1.98
7522--7907	101	3.9	97	80	4	326	24	25	17	32	1.97
7517--7897	150	2.6	149	82	4	421	24	25	18	31	1.97
12705--12730	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13189--13255	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
16363--16387	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18118--18143	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18602--18668	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20554--20611	21	2.8	21	82	15	75	20	25	1	51	1.57
21052--21107	21	2.7	21	94	0	94	21	35	3	39	1.71
24713--24780	19	3.9	19	76	21	67	35	8	14	41	1.77
24715--24777	32	2.0	32	90	0	99	34	9	15	39	1.80
24820--24845	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24800--24866	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
27215--27603	51	7.4	50	71	17	200	30	25	12	31	1.92
27327--27399	27	2.6	28	81	12	89	24	32	20	21	1.97
27213--27604	52	7.5	53	72	14	249	30	25	11	31	1.92
27384--27604	105	2.1	103	84	5	275	30	25	11	33	1.91
27587--27663	28	2.8	28	86	7	95	23	33	19	23	1.97
27213--27712	264	1.9	262	89	2	777	29	26	13	31	1.93
30050--30142	48	1.9	49	84	6	127	43	15	8	33	1.77
31147--31190	21	2.1	20	84	16	54	22	15	4	56	1.57
31691--31794	19	5.8	19	84	13	157	32	10	19	37	1.86
31749--31773	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31869--31994	52	2.4	52	95	0	225	36	19	18	26	1.94
34100--34153	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
36254--36415	80	2.0	80	97	0	306	54	8	19	17	1.68
36519--36604	34	2.5	35	86	7	113	31	25	12	30	1.93
36541--36707	34	4.9	35	75	15	154	27	26	9	35	1.88
38065--38141	40	1.9	40	84	5	102	58	3	1	36	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38297--38363	29	2.3	29	80	10	82	43	1	4	50	1.31
40621--40655	15	2.2	16	90	10	54	82	2	2	11	0.88
40676--40706	6	5.2	6	92	0	53	29	0	3	67	1.06
40876--40927	25	2.0	27	85	7	72	40	3	0	55	1.18
41101--41138	3	12.7	3	94	0	67	28	0	0	71	0.87
41390--41418	15	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
41738--41838	39	2.6	38	80	6	103	52	1	7	37	1.42
44293--44327	10	3.5	10	84	0	52	62	17	0	20	1.32
44447--44481	15	2.4	14	90	9	52	45	0	0	54	0.99
44457--44542	10	9.0	9	68	19	50	36	1	0	62	1.03
44482--44521	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
44457--44529	21	3.3	21	70	16	58	36	1	0	61	1.05
44477--44558	38	2.2	38	80	10	98	35	1	2	60	1.17
44536--44571	18	2.0	18	89	10	56	38	0	11	50	1.38
45014--45067	15	3.6	14	76	11	54	77	0	1	20	0.86
48239--48280	20	2.0	22	86	9	61	40	0	0	59	0.97
48248--48307	29	2.1	29	81	9	70	36	0	3	60	1.14
48553--48578	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
51069--51105	17	2.2	17	90	0	56	35	5	5	54	1.47
54678--54704	14	1.9	14	100	0	54	29	22	11	37	1.89
58805--58909	11	9.6	10	71	24	63	1	20	0	77	0.87
58802--58909	19	5.4	19	76	16	87	1	21	0	76	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58805--58888	12	7.4	11	76	16	73	2	19	0	78	0.86
58816--58909	28	3.1	29	79	14	102	1	21	0	77	0.83
58815--58909	39	2.4	41	84	8	124	1	22	0	76	0.84
58817--58889	31	2.4	31	86	9	96	1	20	0	78	0.83
58802--58889	11	7.9	11	73	20	76	2	20	0	77	0.88
60367--60407	22	1.9	21	85	5	55	21	17	17	43	1.87
71012--71457	85	5.2	85	81	3	423	19	21	12	46	1.83
72327--72872	165	3.3	164	77	6	425	32	10	7	49	1.66
72482--72904	165	2.6	162	77	6	433	32	9	8	49	1.65
74529--74903	156	2.4	154	80	6	425	25	16	19	39	1.92
75725--75777	23	2.3	23	83	3	72	75	1	0	22	0.90
75732--75815	29	3.0	28	77	19	77	71	3	0	25	1.02
76030--76096	30	2.3	28	87	5	89	25	20	11	41	1.87
76373--76458	44	2.0	44	97	0	163	41	18	22	17	1.90
76760--76827	35	1.9	36	81	3	84	39	30	11	17	1.86
85640--85664	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
90105--90350	97	2.5	97	81	5	293	37	11	22	28	1.89
97041--97115	39	1.9	39	88	0	114	37	1	4	57	1.26
97273--97388	32	3.2	36	75	13	114	36	5	7	50	1.53
97470--97551	39	2.2	37	82	10	96	47	6	3	42	1.45
97541--97569	14	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
97665--97700	16	2.2	16	90	0	54	33	8	0	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100217--100291	15	5.3	14	78	9	73	82	1	16	0	0.73
100217--100291	9	7.9	9	72	20	55	82	1	16	0	0.73
100222--100286	34	1.9	34	90	3	105	80	1	18	0	0.80
100217--100290	8	8.8	8	72	16	60	82	1	16	0	0.74
101231--101270	15	2.7	15	80	0	53	80	0	17	2	0.83
101722--101757	8	4.6	8	86	6	56	86	0	13	0	0.58
101723--101757	15	2.3	15	95	0	61	85	0	14	0	0.59
102725--102791	20	3.7	19	70	25	65	38	19	10	31	1.85
102726--102790	33	2.0	33	90	6	105	36	20	10	32	1.87
102820--102875	20	2.8	20	94	0	94	32	16	14	37	1.88
111506--111570	33	2.0	33	90	6	105	33	18	13	33	1.90
111505--111571	20	3.7	19	70	25	65	35	17	13	32	1.89
111604--111654	20	2.5	20	93	0	84	35	17	11	35	1.87
112033--112105	22	3.2	23	80	16	89	31	0	2	65	1.06
112035--112101	11	6.0	11	78	14	75	31	0	2	65	1.07
112019--112100	35	2.2	37	83	12	98	29	1	3	65	1.17
112103--112174	30	2.6	26	77	12	72	40	1	1	56	1.16
112625--112685	25	2.5	24	74	10	61	32	0	3	63	1.10
112878--112942	14	4.3	16	74	16	59	60	0	0	40	0.97
113193--113232	20	2.0	20	90	0	62	70	0	7	22	1.12
113148--113205	7	7.9	7	85	11	80	84	0	15	0	0.62
113418--113476	28	2.1	27	82	14	68	27	1	5	66	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113598--113639	21	2.0	21	86	9	59	28	2	0	69	1.01
113605--113639	10	3.4	10	84	7	52	25	0	0	74	0.82
114313--114374	15	4.3	15	75	15	60	43	0	0	56	0.99
114559--114594	18	2.1	18	89	5	56	77	0	8	13	0.98
114553--114594	18	2.3	19	80	12	52	78	2	7	11	1.04
115375--115419	23	1.9	23	86	4	63	68	2	6	22	1.24
115706--115773	31	2.2	31	82	7	84	50	1	10	38	1.46
117581--117638	18	3.3	19	76	13	61	50	0	3	46	1.18
117233--117693	229	2.0	226	87	4	660	41	7	9	41	1.66
118712--118744	13	2.4	14	90	5	50	30	0	0	69	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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