genome.fa.s117.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3231771

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984845--1984876	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1987535--1987587	27	2.0	27	84	0	70	49	16	9	24	1.76
1995495--1995528	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
1998837--1998888	20	2.5	20	81	3	59	51	0	11	36	1.38
2002026--2002055	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2004345--2004381	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
2007937--2007995	25	2.4	25	77	5	66	32	1	8	57	1.39
2010319--2010345	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2010344--2010372	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
2011595--2011666	28	2.6	27	82	8	83	36	8	11	44	1.70
2011647--2011701	24	2.3	24	84	3	76	32	7	9	50	1.61
2016111--2016170	27	2.2	27	81	0	66	36	6	11	45	1.67
2018550--2018587	18	2.1	19	85	5	51	39	5	2	52	1.38
2024652--2024701	20	2.5	21	78	18	61	40	2	0	58	1.10
2026126--2026182	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
2026808--2026838	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
2031457--2031504	24	2.0	24	83	4	60	39	4	4	52	1.40
2035194--2035321	26	4.6	27	69	17	84	57	0	0	40	1.09
2035204--2035310	17	6.4	16	69	21	58	57	0	0	40	1.11
2035304--2035344	11	3.6	11	84	15	57	56	0	0	43	0.99
2035606--2035641	3	12.0	3	93	0	63	30	2	0	66	1.06
2040654--2040687	10	3.5	10	92	4	52	64	5	0	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040936--2041203	134	2.0	133	96	0	491	35	18	16	29	1.93
2043933--2044014	30	2.6	30	82	5	92	7	36	9	46	1.65
2044354--2044395	17	2.4	18	80	8	59	47	0	0	52	1.00
2045493--2045544	15	3.1	16	73	15	52	42	0	0	57	0.98
2045826--2045904	32	2.6	31	75	11	74	55	2	0	41	1.13
2046051--2046124	30	2.5	30	97	0	139	36	13	9	40	1.77
2046335--2046379	2	23.0	2	93	4	74	46	0	2	51	1.13
2046578--2046635	21	2.9	20	75	21	59	46	1	3	48	1.29
2047093--2047133	17	2.3	18	91	4	66	56	0	0	43	0.99
2053047--2053270	39	5.7	39	70	12	129	26	20	14	37	1.91
2053064--2053287	78	2.9	76	78	6	198	26	20	15	37	1.92
2057780--2057816	19	2.0	18	89	5	56	48	0	0	51	1.00
2059374--2059458	29	2.9	29	77	10	93	44	3	16	35	1.65
2060560--2060692	34	3.9	34	86	3	187	39	26	8	25	1.84
2060724--2060786	19	3.3	19	86	0	81	28	17	17	36	1.93
2064852--2065036	34	5.5	34	86	0	255	26	7	25	40	1.82
2065883--2065926	4	11.0	4	85	0	61	29	0	2	68	1.02
2065883--2065917	12	2.9	12	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2066236--2066269	6	5.7	6	85	0	50	41	0	0	58	0.98
2066230--2066274	12	3.7	12	81	3	54	44	2	0	53	1.13
2066259--2066308	24	2.1	25	85	7	68	54	4	0	42	1.19
2074031--2074084	25	2.2	25	86	0	72	38	1	0	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074947--2075005	16	3.6	16	81	2	64	35	3	5	55	1.38
2074963--2075018	16	3.5	16	82	0	76	33	1	3	60	1.24
2074959--2075018	32	1.9	30	86	10	84	31	3	5	60	1.35
2078147--2078206	28	2.1	29	82	14	72	30	13	8	48	1.71
2078241--2078292	17	3.2	17	82	15	58	65	0	0	34	0.93
2080467--2080544	29	2.6	31	78	13	83	50	3	5	41	1.43
2086428--2086464	16	2.2	18	85	9	51	40	0	0	59	0.97
2086604--2086638	19	1.9	18	88	11	54	60	0	2	37	1.12
2086905--2086942	20	1.9	20	88	0	58	63	0	2	34	1.09
2086910--2087160	125	2.0	126	85	9	345	45	4	7	42	1.53
2087684--2087712	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2088141--2088176	12	3.0	12	87	0	54	41	0	0	58	0.98
2088932--2088968	2	18.0	2	88	5	56	51	2	0	45	1.15
2088928--2088967	19	2.1	19	95	0	71	55	2	0	42	1.13
2089586--2089639	23	2.2	26	78	15	62	62	0	0	37	0.95
2092533--2092567	4	8.8	4	93	0	61	74	0	0	25	0.82
2093920--2093988	17	4.2	17	75	15	56	39	0	0	60	0.97
2094905--2094939	14	2.5	13	86	13	52	48	2	0	48	1.16
2095621--2095667	16	2.9	16	81	6	51	38	0	0	61	0.96
2096406--2096466	19	3.1	19	77	13	61	54	0	0	45	1.00
2096415--2096473	19	3.0	21	76	16	63	55	0	0	44	0.99
2100181--2100232	2	26.0	2	96	0	95	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100982--2101015	12	2.8	12	87	12	52	47	0	0	52	1.00
2103805--2103875	26	2.6	27	74	12	74	60	0	0	39	0.97
2103809--2103874	28	2.3	29	84	10	82	60	0	0	39	0.97
2104281--2104322	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2104465--2104490	7	3.7	7	100	0	52	15	26	0	57	1.38
2105542--2105569	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2128420--2128482	29	2.2	29	82	5	74	50	3	0	46	1.17
2130491--2130555	29	2.2	29	91	0	112	44	13	16	24	1.85
2130996--2131074	11	7.1	11	69	12	54	22	11	34	31	1.90
2130999--2131059	22	2.8	22	94	0	104	22	11	32	32	1.90
2131705--2131859	76	2.0	76	100	0	310	48	6	16	29	1.70
2137626--2137662	18	2.1	18	90	5	58	54	0	8	37	1.30
2137825--2137862	18	2.1	18	85	9	51	0	26	0	73	0.83
2138754--2138805	16	3.2	16	72	2	50	57	5	3	32	1.40
2139143--2139190	16	3.1	15	88	8	69	58	0	2	39	1.10
2139167--2139213	24	2.0	24	91	0	76	61	0	2	36	1.08
2139124--2139232	40	2.7	39	76	13	105	57	3	1	36	1.27
2139413--2139442	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2139677--2139738	20	2.9	22	86	11	76	38	0	1	59	1.07
2139692--2139748	20	2.9	19	82	10	71	42	0	0	57	0.98
2141007--2141043	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2141759--2141801	16	2.4	18	85	11	54	44	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142080--2142133	20	2.7	19	72	22	56	46	0	0	53	1.00
2150378--2150424	21	2.2	21	96	0	85	51	4	6	38	1.47
2150665--2150723	30	2.1	30	81	9	70	33	1	3	61	1.23
2153486--2153518	17	1.9	17	88	11	50	27	3	9	60	1.42
2154758--2154787	13	2.2	13	94	5	51	0	13	0	86	0.57
2156377--2156428	25	2.0	28	81	11	65	50	3	0	46	1.20
2157365--2157407	19	2.4	19	84	7	54	39	0	4	55	1.20
2158543--2158598	16	3.4	16	80	7	51	46	0	0	53	1.00
2158557--2158603	16	2.8	16	78	18	51	44	0	0	55	0.99
2158844--2158870	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2162570--2162601	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2165043--2165086	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2165805--2165845	12	3.5	12	86	6	57	68	0	0	31	0.90
2166347--2166371	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2167146--2167179	6	5.7	6	89	0	50	88	8	0	2	0.62
2167377--2167432	22	2.5	22	82	11	69	48	0	0	51	1.00
2168131--2168161	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
2176288--2176337	14	3.7	13	77	17	57	70	0	6	24	1.10
2177409--2177456	20	2.4	20	82	6	53	62	0	0	37	0.95
2184340--2184397	28	2.1	28	93	0	98	43	6	3	46	1.47
2184888--2185016	26	4.7	26	70	19	86	36	0	1	61	1.11
2184894--2184953	16	3.9	16	74	14	63	31	1	1	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184886--2184959	30	2.5	30	80	6	80	32	1	1	64	1.10
2184909--2184976	15	4.7	16	64	23	51	32	1	0	66	1.01
2189815--2189856	18	2.4	17	78	17	50	38	4	4	52	1.44
2190271--2190317	19	2.5	19	76	16	53	51	6	0	42	1.27
2190451--2190525	21	3.7	21	80	3	64	49	4	0	46	1.20
2190466--2190563	47	2.1	47	83	5	119	51	4	0	44	1.20
2190490--2190553	26	2.4	26	86	5	83	51	4	0	43	1.22
2190490--2190560	28	2.6	26	82	8	79	52	4	0	43	1.20
2190481--2190604	44	2.7	47	81	8	139	53	2	1	42	1.23
2194383--2194412	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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