genome.fa.s117.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3231771

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789614--789680	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
789961--789999	20	1.9	20	89	5	60	41	23	12	23	1.88
790049--790088	14	2.9	14	92	0	62	30	20	5	45	1.72
792224--792271	19	2.4	20	86	6	62	64	0	16	18	1.29
794622--794663	20	2.1	20	95	0	75	19	11	14	54	1.70
794712--794808	29	3.2	30	77	11	92	32	6	26	34	1.81
795795--795837	10	3.9	10	78	21	50	25	25	9	39	1.85
795795--795854	24	2.5	24	88	0	84	26	26	8	38	1.85
795871--795904	13	2.6	13	90	0	50	32	14	17	35	1.91
796276--796341	27	2.4	27	97	0	123	19	9	13	57	1.63
796965--797007	7	5.9	7	84	10	59	30	4	0	65	1.13
797360--797432	20	3.5	20	79	18	69	43	0	0	56	0.99
797372--797438	16	4.5	15	75	16	68	47	0	0	52	1.00
804707--804749	12	3.7	11	84	9	59	2	13	4	79	1.00
809000--809040	11	3.5	11	81	12	55	2	19	0	78	0.87
809000--809054	24	2.3	22	77	17	56	9	20	0	70	1.13
809395--809439	22	2.0	22	82	4	54	17	17	15	48	1.81
809428--809456	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
815278--815319	18	2.2	20	87	8	61	28	0	2	69	1.01
815702--815738	12	3.2	12	78	21	51	64	2	0	32	1.07
816202--816246	17	2.6	18	80	13	58	37	2	0	60	1.09
817080--817134	15	3.8	16	70	20	57	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817071--817154	27	3.0	28	83	10	77	44	1	1	53	1.16
817147--817203	27	2.2	24	84	9	69	26	0	0	73	0.83
817147--817198	24	2.2	23	83	13	61	26	0	0	73	0.84
838362--838472	53	2.1	53	93	0	186	27	8	9	54	1.62
842887--842920	9	3.7	9	84	7	50	58	0	0	41	0.98
842887--842920	5	7.2	5	87	12	54	58	0	0	41	0.98
842887--842920	14	2.4	14	95	0	59	58	0	0	41	0.98
844694--844770	14	6.0	13	70	16	54	38	0	1	59	1.06
844685--844743	24	2.5	23	82	15	68	38	0	0	61	0.96
846450--846491	16	2.5	17	84	3	50	40	0	2	57	1.12
846566--846609	13	3.2	13	78	12	52	47	0	0	52	1.00
846596--846633	20	1.9	20	88	0	58	39	0	0	60	0.97
847068--847115	25	1.9	25	83	8	62	52	0	2	45	1.12
847451--847493	15	2.9	15	79	10	52	58	0	0	41	0.98
848778--848844	33	2.0	33	85	5	91	52	0	0	47	1.00
848820--848870	22	2.3	22	81	15	61	49	1	0	49	1.12
851363--851576	106	2.0	105	95	0	383	28	17	14	39	1.89
857697--857798	21	4.8	20	72	9	87	34	5	4	54	1.46
857812--857891	11	7.5	11	67	17	53	41	1	3	53	1.27
857802--857949	21	7.0	21	70	10	88	40	2	5	51	1.39
857722--857888	90	1.9	89	80	8	196	35	2	6	55	1.39
861673--861733	19	2.9	22	67	18	58	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861743--861776	18	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
862394--862451	22	2.6	22	80	20	68	50	0	0	50	1.00
863110--863167	19	3.2	17	81	18	64	72	1	0	25	0.94
863110--863171	9	6.7	9	76	20	65	70	1	0	27	0.96
863186--863277	34	2.6	35	77	10	89	34	1	2	61	1.15
863176--863303	53	2.5	51	81	12	129	32	0	1	64	1.08
863182--863282	45	2.2	45	85	7	132	32	0	1	64	1.11
863254--863336	35	2.4	33	80	13	87	31	0	1	67	0.98
863195--863301	44	2.4	44	81	7	119	34	0	1	62	1.12
863235--863308	24	2.9	27	77	22	79	32	0	1	66	1.00
863359--863399	14	2.8	15	78	14	50	36	0	0	63	0.95
863355--863393	20	1.9	20	94	5	69	38	0	0	61	0.96
865557--865586	14	2.1	14	93	0	51	26	3	16	53	1.59
867958--868006	15	3.3	15	79	0	53	36	12	32	18	1.88
868102--868179	40	2.0	40	84	5	104	25	10	21	42	1.84
872684--872745	5	12.8	5	71	19	51	38	0	0	61	0.96
872695--872739	16	2.8	16	83	6	56	42	0	0	57	0.98
872695--872747	14	3.7	15	75	17	58	41	0	0	58	0.98
877043--877081	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
877402--877456	12	4.8	12	77	18	55	65	0	0	34	0.93
877400--877454	20	2.7	20	83	13	60	65	0	0	34	0.93
892954--893130	89	2.0	90	84	7	236	39	19	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895406--895439	17	2.1	16	89	10	52	52	2	2	41	1.31
896501--896675	87	2.0	88	97	1	334	38	17	10	33	1.84
910909--910941	17	1.9	17	100	0	66	51	0	36	12	1.39
911681--911722	6	7.0	6	78	10	50	35	0	2	61	1.09
911681--911714	11	3.0	11	91	4	50	32	0	2	64	1.08
911679--911722	17	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09
911913--911947	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
912659--912720	23	2.5	26	77	15	69	54	0	0	45	0.99
918093--918125	17	2.0	17	88	5	50	63	9	6	21	1.45
919224--919368	9	16.1	9	66	19	54	41	0	0	57	1.03
919232--919366	5	27.8	5	67	16	70	41	0	0	58	0.98
919232--919322	18	5.5	17	72	19	68	40	0	0	59	0.97
919232--919290	11	5.3	11	75	4	55	38	0	0	61	0.96
919234--919365	47	2.9	45	77	14	137	41	0	0	58	0.98
919275--919351	29	2.4	32	83	10	97	41	0	0	58	0.98
919232--919366	14	9.6	14	69	14	73	41	0	0	58	0.98
919994--920098	55	1.9	55	96	0	192	37	4	12	45	1.63
920874--920924	2	25.5	2	91	0	75	43	0	5	50	1.26
922435--922465	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
922441--922485	16	2.6	18	86	10	58	55	0	0	44	0.99
924728--924757	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
925432--925464	16	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927643--927693	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
929380--929430	24	2.1	24	81	3	57	54	0	1	43	1.11
937420--937460	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
942972--943022	24	2.1	24	100	0	102	64	7	0	27	1.21
951369--951447	22	3.8	21	71	19	51	54	0	1	44	1.08
951876--951904	15	1.9	15	100	0	58	0	48	10	41	1.37
953299--953345	15	3.1	15	75	6	58	53	0	4	42	1.20
955739--955784	15	3.3	14	79	11	51	39	0	4	56	1.19
955801--955856	12	4.8	12	73	18	55	48	0	1	50	1.11
963549--963618	30	2.3	29	83	11	88	38	0	4	57	1.19
963557--963619	29	2.2	29	83	11	85	39	0	4	55	1.21
963917--963963	16	3.1	16	76	11	55	46	0	0	53	1.00
963924--963970	23	2.0	23	88	8	69	46	0	0	53	1.00
964552--964596	24	1.9	23	86	13	65	37	2	0	60	1.09
964579--964627	27	2.0	26	84	15	68	44	0	0	55	0.99
965062--965095	14	2.4	14	90	0	50	41	0	0	58	0.98
972732--972762	13	2.4	13	88	0	53	61	0	0	38	0.96
972913--972954	2	21.0	2	85	0	57	47	0	4	47	1.23
973804--973867	27	2.3	29	78	13	71	64	7	4	23	1.40
974950--974988	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
975223--975339	39	2.9	42	74	18	131	42	4	3	49	1.39
975211--975352	36	3.7	38	74	18	116	41	4	4	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977208--977292	25	3.3	26	72	16	77	44	3	4	47	1.41
977211--977326	53	2.2	53	90	1	180	47	3	3	45	1.36
981923--981953	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
986920--987100	90	2.0	90	96	0	335	32	16	16	35	1.90
992049--992106	12	5.1	10	80	17	53	29	0	3	67	1.07
992046--992106	23	2.7	22	80	9	70	31	0	3	65	1.09
992049--992106	11	5.2	12	86	10	70	29	0	3	67	1.07
992099--992147	19	2.4	21	74	19	50	51	2	0	46	1.12
992086--992180	30	3.4	27	74	20	72	44	1	0	54	1.07
992168--992214	24	2.0	24	95	0	85	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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