genome.fa.s117.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3231771

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  13  of  18  ( 2101 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195709--2195748	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2195934--2195997	24	2.7	24	90	2	103	32	0	4	62	1.16
2196210--2196248	19	2.1	19	100	0	78	35	15	5	43	1.69
2197775--2197806	16	2.0	16	100	0	64	31	12	6	50	1.65
2198177--2198239	20	3.0	22	73	17	62	46	0	0	53	1.00
2201804--2201840	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
2203032--2203075	17	2.4	19	77	11	56	38	4	4	52	1.42
2203487--2203518	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2205176--2205209	16	2.1	16	94	0	59	44	11	11	32	1.77
2206322--2206376	27	2.1	27	86	6	78	43	0	0	56	0.99
2207647--2207689	9	4.7	9	85	5	50	79	0	18	2	0.85
2207647--2207688	5	8.6	5	82	12	52	80	0	16	2	0.81
2208812--2208859	21	2.3	21	78	7	53	52	0	0	47	1.00
2208831--2208874	15	3.0	15	80	6	54	47	0	0	52	1.00
2209281--2209328	6	8.0	6	97	0	87	35	0	14	50	1.44
2209942--2210034	24	3.9	25	73	6	68	37	0	2	60	1.09
2209941--2210008	29	2.2	30	82	12	77	41	0	0	58	0.98
2211194--2211242	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
2211689--2211741	25	2.1	26	85	3	72	39	0	0	60	0.97
2211886--2211949	19	3.5	18	76	15	60	65	1	4	28	1.21
2211923--2211951	10	2.9	10	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2212487--2212529	11	3.8	11	84	6	59	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212494--2212551	18	3.3	18	77	13	59	36	0	0	63	0.94
2212517--2212558	20	2.1	20	86	8	59	40	0	0	59	0.97
2212744--2212784	2	21.0	2	90	5	66	53	0	0	46	1.00
2213314--2213351	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
2214158--2214230	38	1.9	38	86	5	103	61	1	2	34	1.19
2214199--2214245	3	16.7	3	82	12	64	70	0	0	29	0.88
2215205--2215276	30	2.4	30	83	2	90	59	2	1	36	1.20
2215531--2215565	14	2.5	13	90	9	52	57	0	0	42	0.99
2215556--2215593	13	2.8	13	88	11	51	47	2	0	50	1.15
2216117--2216163	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
2217073--2217140	23	3.0	22	81	14	84	41	13	0	45	1.43
2217073--2217127	24	2.3	23	87	3	74	43	14	0	41	1.45
2217424--2217467	21	2.0	22	91	4	72	18	0	0	81	0.68
2217416--2217460	17	2.6	17	82	13	56	22	0	0	77	0.76
2218774--2218817	23	2.0	23	91	8	74	50	0	2	47	1.13
2218790--2218834	15	2.8	17	80	10	58	51	0	4	44	1.21
2219190--2219225	14	2.5	14	86	4	54	41	0	2	55	1.14
2219180--2219225	15	3.1	15	81	6	58	36	0	2	60	1.09
2219292--2219370	35	2.3	35	93	4	133	58	1	3	36	1.24
2219309--2219370	20	3.3	20	68	21	62	61	1	3	33	1.22
2219824--2219850	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2219887--2219962	40	1.9	40	86	5	109	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222344--2222400	22	2.7	21	84	10	64	52	0	0	47	1.00
2223137--2223235	27	3.4	28	72	21	87	55	1	1	42	1.13
2227473--2227512	19	2.2	19	86	4	55	30	2	2	65	1.19
2232929--2232980	13	3.9	13	84	2	59	59	3	3	32	1.33
2233409--2233436	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2236138--2236179	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
2237288--2237330	22	2.0	22	85	0	59	41	0	0	58	0.98
2237277--2237445	33	5.2	33	66	24	99	40	0	1	57	1.14
2237267--2237326	27	2.2	27	82	8	68	36	1	0	61	1.06
2237301--2237376	26	3.0	26	76	12	70	44	0	0	55	0.99
2237274--2237364	32	3.0	30	76	12	87	40	0	0	59	0.97
2237274--2237425	14	11.4	13	68	24	61	39	0	1	58	1.11
2237692--2237731	4	10.0	4	83	0	53	67	0	0	32	0.91
2239423--2239468	10	4.3	10	83	10	56	36	0	4	58	1.18
2239439--2239499	24	2.5	24	78	7	61	40	1	3	54	1.27
2239562--2239621	20	3.1	19	75	13	52	35	1	1	61	1.16
2239699--2239747	19	2.5	20	83	6	64	48	2	2	46	1.25
2239733--2239783	25	2.1	25	89	7	79	66	0	0	33	0.92
2239750--2239789	16	2.6	16	88	4	55	62	0	0	37	0.95
2240547--2240578	7	4.7	7	96	3	57	15	31	25	28	1.96
2251845--2251910	21	3.2	20	77	16	71	65	10	4	19	1.41
2251854--2251922	21	3.4	19	77	15	66	66	8	2	21	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251845--2251940	42	2.3	42	88	0	138	63	8	4	23	1.40
2251854--2251930	20	3.8	20	77	13	75	67	7	2	22	1.29
2251865--2251931	21	3.2	20	77	8	71	70	7	1	20	1.20
2252866--2252908	20	2.2	20	91	0	68	60	0	0	39	0.97
2252959--2252997	15	2.5	16	87	4	53	48	2	0	48	1.15
2253651--2253702	25	2.2	25	89	6	81	63	0	5	30	1.18
2254443--2254485	22	2.0	22	86	9	61	69	9	2	18	1.26
2254443--2254496	22	2.6	21	78	16	60	72	9	3	14	1.24
2258496--2258520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2258529--2258653	52	2.4	52	93	0	214	36	18	16	28	1.93
2263893--2263941	27	1.9	25	84	12	64	26	4	22	46	1.69
2269120--2269337	34	6.4	34	79	4	192	27	7	23	41	1.81
2269120--2269338	68	3.2	66	81	3	233	27	7	24	41	1.81
2269120--2269338	102	2.2	102	86	2	298	27	7	24	41	1.81
2273604--2273821	34	6.5	34	84	1	260	26	7	25	40	1.81
2273604--2273820	101	2.2	100	88	3	319	26	7	25	41	1.81
2274101--2274130	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
2276658--2276703	24	1.9	24	90	0	74	21	6	28	43	1.77
2281061--2281122	28	2.2	29	91	5	101	19	6	19	54	1.65
2281096--2281164	24	2.8	24	80	4	66	23	5	24	46	1.74
2283012--2283082	18	3.9	18	81	3	97	40	5	9	43	1.61
2285698--2285769	18	4.1	18	76	3	65	38	8	8	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285693--2285787	35	2.8	35	79	3	95	41	9	7	42	1.65
2285740--2285786	17	2.7	18	77	9	53	48	14	0	36	1.44
2286349--2286381	14	2.3	15	85	15	52	51	0	0	48	1.00
2286805--2286841	6	6.2	6	100	0	74	0	32	0	67	0.91
2290019--2290049	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2290173--2290214	21	2.0	21	90	9	68	38	16	2	42	1.61
2291336--2291399	11	5.5	11	73	10	56	35	0	0	64	0.94
2291375--2291414	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
2291632--2291693	29	2.1	30	84	3	81	48	0	3	48	1.17
2296867--2296903	16	2.3	16	90	0	56	35	0	5	59	1.20
2297138--2297228	33	2.8	33	89	3	130	50	1	1	47	1.15
2297223--2297269	22	2.2	22	88	3	69	44	2	4	48	1.34
2299806--2299861	16	3.5	16	70	0	58	25	10	16	48	1.78
2304796--2304826	2	15.5	2	93	0	53	51	3	45	0	1.17
2306426--2306608	41	4.4	41	67	15	113	57	3	4	34	1.35
2307047--2307091	21	2.1	21	84	8	56	62	2	4	31	1.27
2308474--2308538	27	2.4	27	94	0	112	49	21	4	24	1.68
2310422--2310467	21	2.1	22	88	4	67	19	28	19	32	1.96
2311957--2312021	27	2.4	27	94	0	112	47	20	3	29	1.65
2315292--2315381	27	3.5	26	83	8	105	44	22	8	24	1.81
2315309--2315387	27	2.9	27	92	0	131	44	22	10	22	1.83
2317396--2317441	21	2.1	22	88	4	67	19	28	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318029--2318119	27	3.5	27	83	4	107	41	24	10	23	1.86
2318055--2318132	27	2.9	28	86	5	106	44	19	12	23	1.84
2321833--2321910	27	2.9	27	78	1	93	25	10	16	47	1.78
2326293--2326369	27	2.9	27	78	0	91	27	9	18	45	1.79
2326352--2326397	24	1.9	24	86	0	65	28	6	21	43	1.77
2328069--2328126	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
2328116--2328181	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
2328143--2328212	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
2330757--2330802	21	2.1	22	88	4	67	32	19	28	19	1.96
2332667--2332724	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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