genome.fa.s117.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3231771

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119060--119126	3	22.7	3	76	14	59	31	0	4	64	1.14
119129--119185	30	2.0	30	83	13	75	54	0	0	45	0.99
122557--122601	21	2.0	21	87	8	63	46	0	0	53	1.00
122592--122652	2	31.0	2	80	3	70	49	0	1	49	1.10
124185--124251	29	2.3	30	87	7	102	34	0	7	58	1.26
124821--124867	13	3.8	12	80	8	58	80	0	19	0	0.70
124823--124857	18	1.9	18	88	0	52	80	0	20	0	0.72
126004--126031	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
128354--128497	51	2.8	51	79	8	175	31	22	11	34	1.89
128485--128554	28	2.5	27	86	9	88	28	31	14	25	1.95
128592--128656	28	2.3	28	84	5	78	23	23	23	30	1.99
128435--128744	108	2.9	107	79	2	354	27	25	13	32	1.94
128621--128910	79	3.7	80	76	11	274	26	24	14	33	1.95
128780--128948	79	2.1	79	82	5	198	28	22	14	34	1.93
131717--131848	51	2.6	51	85	0	174	32	13	25	28	1.94
134210--134251	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
134276--134329	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
134997--135096	42	2.4	42	78	8	107	40	11	31	18	1.85
135049--135453	214	1.9	215	87	2	591	37	15	26	20	1.93
135618--135812	43	4.5	42	79	13	182	38	14	25	21	1.91
135780--135988	55	3.6	58	80	10	209	25	19	29	25	1.99
135848--135988	55	2.6	55	90	1	212	21	19	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136002--136302	55	5.5	55	88	3	446	21	21	28	27	1.99
135908--136078	94	1.8	94	94	2	308	22	21	29	26	1.99
135794--136188	204	1.9	205	87	5	571	23	20	29	26	1.99
136318--136527	62	3.4	63	88	3	304	27	18	28	25	1.98
142503--142631	52	2.5	52	100	0	258	27	17	18	35	1.94
142707--142769	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
142702--142799	32	3.0	32	95	1	169	34	16	12	36	1.86
142726--142782	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
146342--146534	79	2.4	79	80	5	201	33	13	25	27	1.93
146470--146601	51	2.6	51	86	0	183	34	12	24	28	1.92
148945--148969	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148957--148998	21	2.0	21	95	0	75	26	19	9	45	1.80
157949--158153	79	2.6	77	83	6	241	30	15	27	26	1.96
158026--158229	107	1.9	107	84	7	272	31	15	25	26	1.96
158165--158261	51	1.9	51	82	0	122	34	9	24	31	1.87
158216--158391	80	2.2	80	83	1	219	28	13	27	30	1.94
158398--158584	51	3.6	51	83	2	239	33	11	25	29	1.91
161792--161892	42	2.4	43	80	5	107	47	12	23	15	1.80
161909--162162	61	4.3	59	81	8	277	25	21	26	25	2.00
162177--162608	116	3.8	114	81	10	492	25	21	27	26	1.99
162209--162605	171	2.3	171	87	4	566	24	21	27	26	1.99
162182--162605	55	7.4	55	84	7	467	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166309--166437	52	2.5	52	97	0	240	27	17	18	35	1.94
166309--166457	52	2.9	51	91	4	228	29	17	18	34	1.94
166446--166470	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
166513--166610	19	5.8	18	69	28	81	35	17	12	34	1.87
166508--166608	32	3.1	32	94	1	175	34	17	11	35	1.87
166532--166588	13	3.9	13	72	24	51	31	17	14	36	1.89
173211--173235	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
173191--173257	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
173298--173322	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173331--173459	52	2.5	52	96	0	231	34	19	17	28	1.94
187289--187369	1	81.0	1	80	0	90	90	9	0	0	0.47
187287--187369	9	9.1	9	89	7	132	89	10	0	0	0.50
187287--187369	19	4.5	19	92	7	145	89	10	0	0	0.50
188747--188834	30	3.0	30	81	3	97	25	32	17	25	1.96
188814--188886	35	2.1	34	87	2	101	23	28	9	38	1.86
188822--188932	30	3.4	34	79	10	97	23	26	14	36	1.93
188877--189000	28	4.3	29	83	9	148	37	29	15	17	1.91
189117--189205	43	2.1	43	91	0	142	26	24	17	30	1.98
189066--189249	92	2.0	94	88	5	275	26	23	16	32	1.96
189159--189312	52	2.9	53	76	4	166	25	23	15	35	1.94
190115--190139	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190202--190226	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193389--193413	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
193483--193538	20	2.8	20	86	5	69	32	16	12	39	1.85
195490--195532	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
195963--196000	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
198073--198110	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
199911--199955	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
201836--201894	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
202175--202200	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
202154--202218	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
203893--203933	20	2.0	21	85	9	57	34	17	9	39	1.82
204924--204992	33	2.1	32	81	7	77	31	2	1	63	1.18
205561--205634	21	3.4	21	77	11	60	44	0	4	51	1.20
205593--205635	10	4.4	10	82	2	52	44	0	2	53	1.13
205566--205643	24	3.3	24	74	15	65	42	0	2	55	1.13
205630--205686	23	2.4	24	73	8	62	38	1	0	59	1.08
205828--205869	22	2.0	21	85	4	57	50	0	0	50	1.00
209678--209728	20	2.5	22	78	18	65	41	0	0	58	0.98
211289--211324	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
212419--212464	20	2.3	20	88	7	67	30	10	19	39	1.86
220525--220574	20	2.5	20	90	6	75	30	12	18	40	1.86
221356--221407	27	1.9	27	92	0	86	46	13	3	36	1.62
221448--221495	19	2.6	18	81	18	55	43	6	4	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221750--221808	20	3.0	19	80	14	66	44	15	1	38	1.56
222968--223015	15	3.3	15	75	13	55	47	0	2	50	1.12
225154--225232	30	2.7	30	76	5	81	44	16	6	32	1.73
225160--225236	15	5.3	15	79	1	68	40	16	5	37	1.71
227050--227074	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
228106--228140	14	2.5	15	90	9	56	40	0	0	60	0.97
228876--228930	19	2.8	19	83	2	74	30	21	10	36	1.88
228960--229012	20	2.7	20	87	0	70	32	13	20	33	1.91
233725--233755	16	2.0	15	93	6	53	58	0	9	32	1.31
237585--237648	33	1.9	33	84	12	87	37	17	9	35	1.82
237873--237929	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
237985--238052	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
238006--238030	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237987--238049	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
238092--238117	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
238072--238138	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
240411--240541	51	2.5	53	81	8	169	31	25	10	32	1.90
253046--253118	8	8.9	8	76	15	60	84	5	9	0	0.75
253047--253101	23	2.4	23	87	6	76	87	7	5	0	0.68
253046--253116	35	1.9	38	86	13	105	84	5	9	0	0.77
254105--254693	59	10.1	59	89	4	751	25	28	20	25	1.99
254489--254577	26	3.3	27	63	16	67	28	31	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255626--255756	51	2.5	53	79	8	160	32	25	9	32	1.89
258559--258593	12	2.9	12	82	0	52	57	2	2	37	1.29
259962--260005	16	2.7	16	78	3	52	61	0	0	38	0.96
260188--260333	20	7.6	19	69	17	72	45	0	0	54	0.99
260248--260312	2	36.0	2	71	20	54	47	0	0	52	1.00
260238--260314	14	5.6	14	69	23	56	50	0	0	49	1.00
260174--260319	16	8.8	17	67	21	87	45	0	0	54	0.99
268022--268069	17	2.8	17	81	6	53	33	0	8	58	1.28
270883--270925	17	2.6	17	77	3	52	55	4	0	39	1.20
272343--272384	17	2.6	17	85	7	61	42	0	0	57	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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