genome.fa.s117.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3231771

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332714--2332779	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
2332741--2332810	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
2335599--2335637	5	7.8	5	88	0	51	82	12	2	2	0.89
2336468--2336498	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2337080--2337163	37	2.3	37	95	0	150	29	25	21	23	1.99
2337080--2337178	37	2.7	37	86	9	139	32	26	19	22	1.97
2341829--2341912	37	2.3	37	93	0	141	29	23	21	25	1.99
2341829--2341927	37	2.7	37	87	3	119	33	25	19	22	1.97
2342027--2342124	26	3.4	30	79	12	107	32	7	3	57	1.41
2342690--2342734	23	2.0	23	86	8	65	37	17	13	31	1.89
2342989--2343041	21	2.4	21	81	12	54	33	0	5	60	1.20
2342736--2343104	190	1.9	190	89	3	564	37	8	10	43	1.70
2344367--2344564	55	3.7	53	78	8	229	33	0	28	37	1.61
2349243--2349281	5	7.8	5	91	0	60	82	15	2	0	0.79
2350731--2350817	37	2.4	37	90	3	131	36	27	13	21	1.92
2355469--2355552	37	2.3	37	93	0	141	29	23	21	25	1.99
2355469--2355567	37	2.7	37	87	3	119	33	25	19	22	1.97
2355667--2355764	26	3.4	30	79	12	107	32	7	3	57	1.41
2356330--2356374	23	2.0	23	86	8	65	37	17	13	31	1.89
2356629--2356681	21	2.4	21	81	12	54	35	0	3	60	1.15
2356376--2356744	190	1.9	190	88	3	555	37	8	10	43	1.69
2358007--2358204	55	3.7	53	78	8	229	33	0	28	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362873--2362917	5	9.0	5	87	0	63	80	15	4	0	0.87
2364365--2364451	37	2.4	37	90	3	131	36	27	13	21	1.92
2369108--2369178	37	1.9	37	85	0	97	36	23	12	26	1.91
2369110--2369195	37	2.3	37	80	4	93	39	25	11	23	1.88
2369284--2369348	29	2.3	27	87	7	94	30	1	3	64	1.18
2369376--2369414	17	2.4	17	87	8	55	33	2	10	53	1.48
2369450--2369518	31	2.2	31	89	5	104	44	0	11	43	1.40
2369914--2369958	23	2.0	23	86	8	65	37	17	13	31	1.89
2369960--2370323	191	2.0	183	86	7	511	37	9	9	43	1.70
2373408--2373476	5	13.6	5	74	19	54	27	0	1	71	0.95
2373416--2373476	19	3.1	20	81	11	81	27	0	0	72	0.85
2373432--2373477	12	4.0	12	77	5	51	26	0	0	73	0.83
2373443--2373490	20	2.4	20	83	10	62	33	0	0	66	0.92
2375207--2375237	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2376833--2376860	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2379783--2379825	22	1.9	23	86	13	63	34	6	9	48	1.62
2380809--2381005	102	1.9	102	87	0	286	26	6	24	42	1.79
2380809--2381006	34	5.8	34	81	4	220	26	6	25	41	1.79
2385420--2385638	34	6.5	34	84	2	262	25	6	26	41	1.80
2385420--2385638	102	2.2	101	88	3	323	25	6	26	41	1.80
2385826--2385864	18	2.2	18	86	4	53	15	2	2	79	0.95
2388952--2389078	27	4.9	25	79	12	114	46	25	7	20	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388952--2389004	24	2.2	24	96	3	97	45	30	9	15	1.77
2388954--2389079	24	4.9	24	77	12	92	46	25	7	21	1.77
2390956--2391001	21	2.1	22	88	4	67	19	28	19	32	1.96
2393546--2393615	24	2.8	25	87	6	90	44	24	8	22	1.81
2393600--2393670	27	2.6	27	86	6	90	46	21	7	25	1.76
2404702--2404739	16	2.2	18	86	9	53	60	0	0	39	0.97
2404705--2404739	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
2405705--2405752	25	1.9	25	83	8	62	37	0	6	56	1.25
2406680--2406709	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2407516--2407561	20	2.2	20	84	3	56	47	2	0	50	1.13
2407556--2407636	38	2.1	39	97	2	155	40	12	16	30	1.85
2408188--2408243	23	2.5	22	78	16	62	58	0	1	39	1.08
2409437--2409467	14	2.2	14	94	0	53	38	0	0	61	0.96
2409451--2409533	42	2.2	35	79	14	85	40	0	1	57	1.06
2409542--2409589	22	2.2	22	88	0	69	41	2	0	56	1.11
2409725--2409815	43	2.1	44	81	8	105	37	1	3	58	1.22
2416695--2416740	10	4.5	10	89	5	56	36	0	2	60	1.09
2416701--2416740	11	3.6	12	80	16	50	35	0	0	65	0.93
2417659--2417701	17	2.5	17	78	14	52	58	4	0	37	1.19
2420529--2420891	181	2.0	181	98	0	708	33	15	21	30	1.94
2422358--2422382	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2422820--2422853	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423082--2423231	5	29.8	5	69	15	51	64	1	0	34	1.02
2423080--2423150	20	3.5	21	76	5	58	69	1	0	29	0.98
2423082--2423233	11	14.0	11	70	14	84	63	1	0	34	1.03
2423080--2423232	21	7.1	21	67	19	75	64	1	0	33	1.02
2423072--2423236	35	4.8	34	69	17	110	63	1	0	35	1.02
2423085--2423250	84	2.0	85	83	7	212	62	1	0	35	1.11
2424261--2424303	12	3.8	12	79	17	56	81	0	0	18	0.69
2424269--2424302	9	3.9	9	84	7	52	79	0	0	20	0.73
2424261--2424301	21	2.0	21	95	0	73	80	0	0	19	0.71
2429571--2429604	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
2432309--2432333	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2434947--2434989	19	2.2	20	84	12	63	55	2	0	41	1.12
2435497--2435528	6	4.9	7	85	14	50	43	0	0	56	0.99
2439742--2439844	31	3.3	31	72	14	95	44	2	0	51	1.23
2440144--2440190	23	2.2	22	85	11	62	61	0	0	38	0.96
2440364--2440389	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
2442649--2442688	14	2.8	14	88	3	53	40	2	2	55	1.27
2442773--2442798	12	2.2	12	100	0	52	23	7	0	69	1.14
2446776--2446816	20	2.0	20	100	0	82	43	12	4	39	1.63
2450928--2450956	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2456388--2456437	15	3.1	15	81	13	55	78	2	0	20	0.86
2458979--2459004	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458961--2459024	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
2468329--2468690	169	2.1	169	80	4	399	18	28	18	34	1.95
2468575--2469662	169	6.4	167	80	7	975	15	28	18	37	1.92
2468406--2469667	42	29.8	42	77	5	899	16	28	18	37	1.92
2468660--2469627	127	7.6	124	78	9	586	15	28	18	37	1.91
2470093--2470136	21	2.2	20	83	4	52	77	2	0	20	0.88
2470757--2470787	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
2474011--2474075	28	2.3	28	82	10	80	50	7	4	36	1.52
2482554--2482627	30	2.5	30	86	6	98	39	0	2	58	1.13
2482574--2482632	16	3.8	16	73	11	59	40	1	1	55	1.20
2482874--2483095	116	1.9	115	85	0	309	42	3	7	45	1.50
2487959--2488005	24	2.0	24	95	0	85	25	25	10	38	1.88
2488370--2488402	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2489498--2489543	23	2.1	21	84	8	56	50	0	2	47	1.13
2489594--2489664	28	2.5	30	74	21	80	52	0	0	47	1.00
2490214--2490257	19	2.4	19	84	3	54	59	0	2	38	1.10
2490474--2490529	23	2.3	24	79	14	62	44	1	0	53	1.11
2490836--2490867	13	2.4	14	94	5	57	56	0	6	37	1.25
2491415--2491443	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
2494223--2494301	41	2.0	41	85	5	108	50	0	0	49	1.00
2494232--2494289	29	2.0	29	83	12	75	46	0	0	53	1.00
2494733--2494781	26	1.9	25	83	4	62	61	4	2	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495171--2495207	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2495859--2495898	15	2.7	15	88	11	57	50	2	0	47	1.14
2499337--2499377	22	1.9	21	90	5	64	43	2	0	53	1.13
2499502--2499542	12	3.5	12	96	3	75	65	0	0	34	0.93
2504321--2504397	22	3.5	22	74	22	90	25	20	10	42	1.84
2504300--2504373	21	3.5	21	70	23	64	24	21	10	43	1.84
2504295--2504447	43	3.5	43	86	9	186	26	20	8	45	1.79
2504406--2504479	5	14.8	5	86	0	85	21	21	6	50	1.72
2504406--2504491	10	8.8	10	80	3	86	20	22	8	48	1.75
2504409--2504487	15	5.4	14	82	7	77	20	21	7	50	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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