genome.fa.s144.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold144
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3311329

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2017233--2017281	24	2.0	24	88	0	71	34	0	0	65	0.93
2017205--2017289	38	2.1	42	82	10	106	38	0	2	58	1.11
2018365--2018406	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
2018401--2018434	10	3.6	9	85	14	50	47	0	0	52	1.00
2018628--2018671	21	2.1	21	83	8	54	43	2	2	52	1.26
2019154--2019203	23	2.2	23	85	7	66	36	0	2	62	1.07
2019406--2019465	15	3.8	16	88	6	79	58	0	0	41	0.98
2019421--2019465	5	8.8	5	95	4	81	60	0	0	40	0.97
2024042--2024090	18	2.7	18	77	3	62	30	4	0	65	1.11
2024286--2024316	15	2.1	15	100	0	62	48	12	25	12	1.77
2025845--2025877	7	4.9	7	85	7	50	54	0	3	42	1.15
2025838--2025877	18	2.1	20	86	9	57	55	0	2	42	1.13
2026203--2026242	19	2.1	19	85	0	53	52	2	2	42	1.28
2026224--2026263	8	5.1	8	81	6	55	35	5	0	60	1.19
2026397--2026439	21	2.0	21	100	0	86	53	9	4	32	1.53
2026725--2026764	21	1.9	21	84	0	53	52	5	10	32	1.56
2029304--2029358	22	2.5	22	87	0	65	41	10	5	41	1.63
2029316--2029360	22	2.0	22	100	0	90	44	8	6	40	1.62
2029816--2029894	24	3.3	24	76	13	65	40	0	1	58	1.06
2030162--2030190	15	2.0	15	93	6	51	82	0	0	17	0.66
2035461--2035508	2	23.5	2	82	4	60	45	2	2	50	1.25
2035890--2035932	13	3.2	13	78	15	52	13	2	4	79	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036057--2036106	13	3.8	13	78	10	57	52	0	0	48	1.00
2037194--2037233	20	2.0	21	95	5	73	27	0	0	72	0.85
2037219--2037267	17	3.1	16	80	13	57	34	0	0	65	0.93
2037870--2037911	18	2.4	19	88	11	63	40	0	0	59	0.97
2039739--2039788	21	2.4	21	83	9	66	68	0	6	26	1.13
2041607--2041671	11	6.4	10	77	19	64	29	1	0	69	0.98
2041607--2041682	22	3.7	21	75	12	77	30	2	1	65	1.14
2041629--2041669	18	2.3	18	84	12	57	26	0	0	73	0.84
2041610--2041668	30	1.9	31	86	10	86	28	1	0	69	0.98
2041619--2041681	30	2.1	29	82	8	74	28	3	1	66	1.16
2041909--2041953	22	2.0	22	86	4	63	51	0	0	48	1.00
2041955--2041985	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
2042957--2043002	16	2.9	16	81	12	51	36	0	0	63	0.95
2043851--2043898	19	2.5	20	83	10	64	16	4	10	68	1.33
2043857--2043903	19	2.5	19	82	3	51	14	2	10	72	1.21
2045156--2045198	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
2045624--2045686	17	3.7	17	79	10	67	38	3	1	57	1.24
2045624--2045686	23	2.7	23	81	13	67	38	3	1	57	1.24
2045693--2045725	14	2.3	15	89	5	50	66	0	0	33	0.92
2054896--2054947	21	2.5	21	80	0	59	38	9	13	38	1.77
2061659--2061707	20	2.4	21	80	16	59	42	16	14	26	1.86
2064766--2064803	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2066951--2067163	97	2.2	97	85	3	277	37	11	21	29	1.89
2070455--2070529	20	3.8	20	87	3	107	41	13	13	32	1.83
2072984--2073039	23	2.4	23	100	0	112	17	14	8	58	1.61
2075924--2075962	20	2.0	20	89	0	60	35	17	5	41	1.72
2076454--2076507	20	2.7	20	85	2	63	38	14	14	31	1.87
2079029--2079329	79	3.8	77	76	8	261	29	22	10	37	1.88
2079001--2079329	158	2.1	156	81	5	367	29	23	10	36	1.89
2085699--2085963	30	8.9	30	78	3	205	26	30	15	27	1.95
2085704--2085912	90	2.3	90	82	0	238	26	30	15	27	1.96
2086233--2086413	73	2.6	72	84	4	226	25	19	14	40	1.90
2086483--2086588	32	3.3	32	88	2	131	32	25	14	28	1.94
2086489--2086601	33	3.5	33	88	1	147	34	26	15	23	1.94
2086594--2086795	44	4.7	44	79	6	198	21	23	13	41	1.89
2086580--2086795	87	2.5	84	81	10	229	21	23	13	41	1.88
2086595--2086795	43	4.7	41	78	9	199	20	23	13	41	1.88
2086748--2087377	37	16.9	38	69	13	251	24	24	14	36	1.93
2087189--2087255	34	2.0	34	87	0	98	23	26	10	38	1.87
2087188--2087272	34	2.5	35	79	9	95	20	24	11	43	1.85
2087223--2087377	79	2.0	74	81	6	175	21	25	14	38	1.91
2088092--2088135	20	2.1	21	87	4	63	38	11	20	29	1.87
2088103--2088159	20	2.8	20	81	2	60	33	14	19	33	1.91
2088571--2088636	33	2.0	33	82	5	80	33	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090805--2090848	21	2.1	20	84	16	54	56	4	15	22	1.57
2094183--2094250	35	2.0	35	91	2	111	32	11	26	29	1.92
2094718--2094749	13	2.3	15	89	10	50	53	21	6	18	1.67
2096791--2096963	79	2.2	77	82	6	197	28	27	10	33	1.90
2096898--2097065	51	3.3	49	75	11	162	30	23	7	38	1.83
2096896--2097031	49	2.7	49	77	13	143	30	22	8	38	1.85
2096963--2097220	130	2.0	131	84	7	337	30	22	9	37	1.86
2099284--2099409	63	2.0	63	96	0	234	45	11	10	32	1.75
2101330--2101392	22	2.9	22	83	2	74	44	0	6	49	1.28
2102233--2102342	7	16.3	7	75	15	90	46	0	1	50	1.18
2102710--2102744	16	2.1	18	89	10	56	45	0	0	54	0.99
2105496--2105550	18	3.2	18	70	15	53	60	1	10	27	1.41
2105733--2105787	27	2.0	29	85	7	78	49	0	5	45	1.25
2106376--2106429	26	2.1	26	82	0	63	50	0	3	46	1.19
2110592--2110625	18	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
2112161--2112210	14	3.6	14	81	10	66	44	0	2	54	1.11
2112878--2113148	98	2.9	91	79	11	260	42	6	16	35	1.73
2119899--2119933	16	2.3	15	90	5	52	2	14	0	82	0.77
2119991--2120162	72	2.4	73	74	10	174	55	11	1	32	1.43
2119991--2120162	71	2.4	72	74	15	174	55	11	1	32	1.43
2120592--2120637	24	2.0	23	83	12	58	63	2	0	34	1.07
2121984--2122009	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125644--2125710	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2126189--2126214	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2126267--2126346	23	3.5	24	77	19	98	38	7	27	26	1.83
2126379--2126568	53	3.6	53	97	0	353	27	17	18	36	1.94
2126538--2126608	20	3.5	20	81	11	83	29	11	16	42	1.83
2126648--2126688	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2127985--2128009	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2128565--2128611	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
2134084--2134133	24	2.1	24	85	7	66	30	4	6	60	1.39
2135641--2135687	21	2.2	21	85	7	60	46	23	23	6	1.75
2140848--2140886	19	2.0	21	90	10	64	82	0	12	5	0.83
2140850--2140899	12	4.2	12	78	12	50	88	2	8	2	0.68
2142823--2142872	24	2.1	24	85	7	66	30	4	6	60	1.39
2147991--2148025	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2149991--2150015	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2149971--2150038	33	2.1	33	86	8	95	36	14	14	33	1.87
2158767--2158791	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2158747--2158814	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
2160705--2160752	20	2.5	20	96	3	89	54	0	0	45	0.99
2160728--2160759	15	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
2160776--2160814	17	2.3	17	86	0	51	30	0	2	66	1.05
2165610--2165681	28	2.6	28	88	0	99	25	19	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165642--2165815	80	2.1	82	91	2	280	29	13	28	29	1.94
2165750--2165920	51	3.3	52	79	12	172	31	12	25	30	1.93
2165750--2165920	52	3.3	49	77	14	166	31	12	25	30	1.93
2165907--2165977	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
2165754--2166084	51	6.3	53	69	14	157	32	12	25	29	1.93
2168458--2168483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2168437--2168503	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2168523--2168590	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2168545--2168569	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2168526--2168588	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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