genome.fa.s144.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold144
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3311329

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169030--2169974	55	16.9	55	88	6	1262	22	20	29	27	1.98
2169530--2169612	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2169695--2169777	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2176115--2176321	79	2.6	79	82	0	225	28	16	29	24	1.97
2176273--2176344	28	2.6	28	88	0	99	25	19	33	22	1.97
2176194--2176426	108	2.2	108	83	3	283	28	16	29	25	1.97
2176305--2176480	80	2.2	82	89	2	266	28	14	27	28	1.95
2176413--2176583	51	3.3	50	80	12	184	31	13	25	29	1.94
2176413--2176583	52	3.3	49	78	14	175	31	13	25	29	1.94
2176570--2176638	27	2.5	27	88	2	93	21	21	31	24	1.98
2179100--2179125	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2179079--2179145	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2179165--2179232	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2179187--2179211	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2179168--2179230	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2181092--2181146	7	7.9	7	97	0	101	14	29	30	25	1.95
2182816--2182879	13	5.1	13	71	21	64	39	0	1	59	1.07
2182819--2182974	11	15.1	11	70	19	63	41	0	1	57	1.12
2182817--2182879	21	2.9	21	86	11	74	39	0	1	58	1.07
2182838--2182918	29	2.8	30	82	14	98	46	0	1	51	1.08
2182886--2182938	20	2.6	21	79	8	56	49	0	1	49	1.12
2182844--2182938	38	2.4	40	75	21	101	46	0	1	52	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182921--2182974	22	2.4	23	87	9	76	33	1	0	64	1.04
2184487--2184569	14	5.8	14	81	5	87	38	0	7	54	1.28
2184487--2184602	14	8.1	14	77	4	72	38	2	6	52	1.40
2184531--2184649	15	8.1	15	69	11	68	35	4	9	51	1.53
2184617--2184668	15	3.5	15	81	5	61	34	7	9	48	1.65
2184531--2184668	29	4.8	29	68	14	88	35	5	9	49	1.59
2184629--2184669	14	2.8	15	81	7	57	34	12	7	46	1.69
2185412--2185519	56	1.9	57	88	1	164	37	4	12	46	1.62
2186573--2186651	37	2.2	36	84	6	97	40	2	1	55	1.21
2187444--2187486	11	4.1	10	82	8	50	60	0	0	39	0.97
2187515--2187541	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2187713--2187740	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2188213--2188245	14	2.3	15	89	5	50	63	0	0	36	0.95
2189138--2189194	13	4.3	13	77	4	60	50	1	0	47	1.11
2189306--2189330	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2189306--2189397	16	5.6	16	70	13	53	52	0	1	46	1.07
2189321--2189373	15	3.3	16	74	10	54	45	0	1	52	1.11
2189370--2189415	21	2.0	21	84	12	56	63	0	2	34	1.07
2191621--2191687	27	2.5	26	80	9	73	40	0	2	56	1.14
2192849--2192879	13	2.4	13	94	0	53	35	12	0	51	1.40
2199450--2199608	82	1.9	82	93	3	275	28	18	13	39	1.89
2202405--2202449	23	2.0	21	87	8	63	26	4	0	68	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206012--2206055	15	2.9	15	83	9	54	56	0	2	40	1.11
2206067--2206117	19	2.7	18	82	11	57	50	0	0	49	1.00
2206589--2206621	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2207127--2207179	26	2.0	28	85	7	74	45	3	0	50	1.19
2207490--2207535	2	23.0	2	86	0	65	50	6	0	43	1.28
2211283--2211307	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2211422--2211473	18	2.8	18	77	13	52	51	0	0	48	1.00
2211450--2211563	35	3.4	34	75	17	96	58	0	0	40	1.04
2211452--2211557	15	6.3	17	71	22	66	59	0	0	39	1.04
2211503--2211557	13	4.0	14	71	19	53	58	0	0	41	0.98
2211450--2211567	34	3.5	34	77	12	127	59	0	0	39	1.03
2213520--2213584	25	2.5	26	80	11	89	40	12	10	36	1.78
2218958--2219005	14	3.4	14	88	5	78	31	0	0	68	0.90
2222727--2222751	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2222784--2222832	21	2.3	21	96	0	89	46	10	22	20	1.80
2227149--2227194	20	2.3	20	85	3	58	36	10	19	32	1.87
2227589--2227632	23	1.9	23	81	9	54	29	6	22	40	1.80
2229035--2229234	101	2.0	101	93	0	346	35	16	19	29	1.93
2236976--2237105	60	2.2	61	77	13	137	44	16	12	26	1.83
2242205--2242246	20	2.1	20	90	0	66	28	14	30	26	1.95
2246283--2246397	16	7.2	16	75	4	90	40	0	2	56	1.19
2246281--2246397	32	3.7	32	73	3	103	40	0	2	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246283--2246382	48	2.1	46	83	7	128	40	1	3	56	1.22
2246295--2246397	47	2.2	48	89	1	154	41	0	0	56	1.12
2246510--2246571	33	1.9	31	83	6	79	43	1	4	50	1.33
2246578--2246619	21	2.0	21	86	9	59	59	0	4	35	1.19
2246849--2246881	17	1.9	17	93	0	57	63	0	0	36	0.95
2246984--2247030	22	2.1	23	84	11	62	36	4	4	55	1.39
2248501--2248531	13	2.4	13	94	0	53	38	3	16	41	1.64
2248480--2248544	33	2.0	33	87	6	96	38	9	13	38	1.77
2248576--2248650	19	3.9	19	94	1	123	37	17	16	29	1.91
2248635--2248661	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2251179--2251229	13	4.2	13	78	14	63	43	11	13	31	1.80
2251184--2251237	23	2.3	23	100	0	108	42	14	12	29	1.83
2254118--2254159	21	2.0	21	100	0	84	33	23	9	33	1.87
2256653--2256677	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2256633--2256701	32	2.1	33	94	2	122	36	11	15	36	1.84
2256718--2256742	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2256731--2256876	52	2.8	52	87	4	206	36	18	15	29	1.92
2262537--2262598	29	2.1	29	82	5	72	51	4	0	43	1.23
2263865--2263900	14	2.6	14	86	0	54	69	0	2	27	1.02
2264285--2264345	5	12.0	5	78	15	54	39	1	0	59	1.08
2264296--2264345	19	2.5	21	77	9	59	40	0	0	60	0.97
2267718--2267751	11	3.1	11	86	0	50	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272351--2272571	74	3.0	69	75	13	196	54	9	0	35	1.36
2272923--2272948	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2273149--2273178	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2273347--2273486	71	1.9	75	82	7	180	44	1	0	54	1.09
2276850--2277573	363	2.0	363	96	0	1340	24	16	15	43	1.86
2281519--2281569	16	3.2	16	78	10	52	39	0	0	60	0.97
2282741--2282770	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
2283661--2283705	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
2285676--2285700	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2285715--2285751	19	2.0	18	89	5	56	43	0	2	54	1.14
2286463--2286500	7	5.4	7	87	0	58	44	0	0	55	0.99
2287815--2287840	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
2290449--2290511	21	3.0	21	81	9	76	33	0	0	66	0.92
2290453--2290516	30	2.2	29	83	8	76	29	0	0	70	0.88
2292362--2292393	12	2.6	13	85	14	50	71	3	6	18	1.20
2292861--2292891	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2294309--2294638	162	2.0	162	98	0	642	30	10	18	40	1.85
2300213--2300244	16	1.9	17	93	6	57	34	0	3	62	1.11
2300971--2300996	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2301478--2301515	17	2.2	18	90	4	60	63	0	0	36	0.95
2301489--2301560	26	2.9	25	79	16	71	56	0	0	43	0.99
2301522--2301574	18	3.1	18	74	20	60	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301482--2301574	33	2.7	33	77	19	93	56	0	0	43	0.99
2301510--2301574	33	2.0	31	88	11	96	55	0	0	44	0.99
2308739--2308814	23	3.2	25	80	15	81	42	0	1	56	1.07
2309696--2309778	14	5.6	14	70	16	60	75	1	21	1	0.93
2309693--2309731	10	4.0	10	86	3	53	82	0	17	0	0.68
2309689--2309780	23	4.0	23	72	10	82	75	1	22	1	0.94
2311476--2311507	14	2.1	16	88	11	50	53	0	3	43	1.16
2311745--2311784	20	2.0	21	90	5	64	47	2	0	50	1.14
2317592--2317646	19	3.1	18	84	7	69	49	3	0	47	1.19
2318725--2318788	16	4.3	15	69	21	53	56	3	3	37	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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