genome.fa.s144.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold144
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3311329

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2724712--2724993	105	2.7	104	82	7	313	30	25	11	32	1.91
2724708--2724992	52	5.4	53	80	9	298	30	25	11	32	1.91
2724708--2724993	157	1.8	157	89	3	450	30	25	11	32	1.91
2724981--2725080	28	3.6	28	81	9	98	23	33	19	25	1.97
2725321--2725439	60	2.0	60	100	0	238	42	18	10	28	1.82
2737614--2737663	17	3.0	16	85	8	57	84	12	4	0	0.76
2738669--2739570	59	15.5	59	90	3	1207	25	28	20	25	1.99
2740316--2740421	21	5.0	21	84	6	99	33	14	16	34	1.89
2740322--2740421	42	2.4	42	84	3	139	35	13	18	34	1.89
2740457--2740524	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2740478--2740502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2740459--2740521	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2740564--2740589	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2740544--2740610	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2742949--2743079	51	2.5	53	80	8	160	32	25	9	32	1.89
2743090--2743264	52	3.4	51	78	6	190	29	26	12	32	1.92
2742952--2743295	184	1.9	185	88	3	523	29	26	12	31	1.92
2743286--2743351	28	2.4	28	86	0	87	21	34	18	25	1.96
2744664--2744702	20	2.1	19	85	9	53	51	10	15	23	1.73
2748041--2748169	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
2754325--2754374	17	3.0	16	85	8	57	84	12	4	0	0.76
2755380--2756281	59	15.5	59	91	3	1234	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757029--2757134	21	5.0	21	84	6	99	33	14	16	34	1.89
2757035--2757134	42	2.4	42	84	3	139	35	13	18	34	1.89
2757170--2757237	19	3.9	19	76	21	76	33	11	14	39	1.83
2757191--2757215	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2757172--2757234	32	2.0	32	93	0	108	33	12	15	38	1.86
2757277--2757302	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2757257--2757323	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2759660--2759790	51	2.5	53	80	8	160	32	25	9	32	1.89
2759720--2759873	79	1.9	80	85	7	215	29	28	14	27	1.95
2759801--2759975	52	3.3	53	84	4	203	29	25	12	33	1.92
2759997--2760062	28	2.4	28	86	0	87	21	34	18	25	1.96
2761375--2761413	20	2.1	19	85	9	53	51	10	15	23	1.73
2764750--2764878	52	2.5	52	97	0	240	28	17	18	34	1.94
2764942--2765039	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
2764937--2765037	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
2764961--2765017	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2765911--2766015	20	4.7	20	70	22	84	40	13	15	30	1.85
2767077--2767277	32	6.4	32	82	6	232	20	17	29	32	1.96
2766568--2767729	28	40.9	28	78	9	625	26	15	29	28	1.96
2767310--2767710	27	14.7	27	85	4	502	30	13	31	25	1.93
2767310--2767710	82	4.9	82	84	3	533	30	13	31	25	1.93
2767310--2767710	55	7.4	54	83	5	502	30	13	31	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772897--2772930	16	2.2	16	94	5	61	82	0	0	17	0.67
2772897--2772930	15	2.4	14	90	5	50	82	0	0	17	0.67
2778849--2778875	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2785099--2785135	13	2.8	13	87	0	56	37	16	8	37	1.78
2785229--2785268	21	1.9	21	85	10	55	32	22	0	45	1.53
2787384--2787431	21	2.2	22	82	10	55	29	8	16	45	1.76
2790540--2790580	16	2.4	16	88	8	55	70	4	4	19	1.24
2791673--2791776	50	2.1	49	91	3	165	37	15	19	27	1.92
2797904--2797945	16	2.6	16	82	10	59	28	4	11	54	1.57
2800908--2801062	78	2.0	77	82	9	190	24	20	12	41	1.87
2802177--2802448	137	2.0	137	89	4	415	27	14	9	48	1.75
2805176--2805205	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2807767--2808191	106	4.0	107	90	4	646	27	21	18	32	1.97
2807767--2808190	214	2.0	214	91	2	692	26	21	18	32	1.97
2809832--2810225	196	2.0	196	96	0	734	26	17	19	36	1.94
2813167--2813236	36	1.9	36	85	5	97	37	11	10	41	1.75
2813362--2813412	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
2815021--2815083	19	3.6	19	76	24	84	25	15	19	39	1.91
2815040--2815065	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2815021--2815083	32	2.0	32	100	0	126	25	15	19	39	1.91
2815125--2815177	21	2.6	21	84	3	72	30	15	15	39	1.87
2815165--2815189	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815746--2815790	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
2817148--2817197	20	2.4	21	83	10	66	4	28	50	18	1.65
2817156--2817197	20	2.0	21	90	4	68	4	28	47	19	1.69
2817692--2817730	20	1.9	21	94	5	71	35	17	10	35	1.84
2823196--2823221	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2823176--2823239	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
2823281--2823333	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
2823321--2823345	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2824319--2824378	27	2.2	27	85	5	77	38	3	5	53	1.39
2824333--2824388	27	2.0	27	89	3	85	37	5	3	53	1.41
2824502--2824660	27	5.8	28	73	14	118	35	12	5	47	1.63
2824502--2824656	55	2.8	54	80	7	154	35	12	5	46	1.65
2824500--2824673	82	2.2	80	80	6	190	35	13	5	46	1.65
2833570--2833740	77	2.3	76	82	7	208	29	12	11	45	1.78
2833570--2833766	72	2.6	74	77	7	195	29	14	12	43	1.82
2838465--2838520	21	2.7	21	88	0	67	42	12	8	35	1.74
2838475--2838538	21	3.0	21	88	0	83	42	14	9	34	1.77
2839744--2839785	2	22.5	2	86	13	63	54	0	0	45	0.99
2839744--2839785	9	4.5	10	85	14	63	54	0	0	45	0.99
2839739--2839785	13	3.6	13	86	11	69	57	0	0	42	0.98
2840328--2840448	57	2.2	56	90	3	190	52	13	21	13	1.74
2840731--2840798	26	2.5	26	83	11	82	64	14	14	5	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2840914--2840966	21	2.5	21	84	6	63	54	18	15	11	1.70
2844629--2844682	23	2.4	24	78	12	60	46	3	11	38	1.57
2849414--2849531	51	2.3	51	86	0	164	32	13	25	28	1.94
2849516--2849590	28	2.7	28	89	0	114	22	18	33	25	1.97
2849464--2849671	107	1.9	107	91	1	337	29	15	29	25	1.96
2852156--2852207	21	2.6	21	84	6	72	30	15	11	42	1.82
2853688--2853863	51	3.7	50	73	18	185	42	12	17	28	1.85
2853736--2853903	20	7.8	20	71	18	115	42	13	14	29	1.85
2853688--2853914	91	2.5	91	94	0	391	42	12	16	28	1.85
2863191--2863236	23	2.0	23	86	0	65	54	0	0	45	0.99
2863392--2863451	18	3.3	18	71	11	59	23	3	0	73	0.98
2863544--2863598	23	2.4	22	82	11	65	23	0	0	76	0.79
2863547--2863594	20	2.3	21	82	13	64	22	0	0	77	0.78
2863558--2863598	17	2.4	17	88	8	57	21	0	0	78	0.76
2863555--2863609	25	2.3	23	81	6	65	25	0	1	72	0.94
2863957--2864030	24	2.9	25	80	13	71	39	2	0	58	1.13
2864759--2864783	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2865665--2865701	4	9.0	4	88	5	56	29	0	0	70	0.88
2865660--2865697	16	2.4	16	95	4	69	31	0	0	68	0.90
2865669--2865711	12	3.4	12	81	9	50	34	0	0	65	0.93
2865711--2865761	15	3.6	14	75	17	52	52	0	0	47	1.00
2865854--2865927	25	2.8	25	75	20	71	21	1	1	75	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865883--2865936	19	2.9	18	78	10	65	20	1	0	77	0.86
2865844--2865948	39	2.7	38	74	16	92	24	0	0	73	0.95
2866068--2866167	52	1.9	52	91	0	164	33	18	11	38	1.85
2866362--2866463	17	5.5	19	70	20	65	27	0	0	71	0.92
2866378--2866447	13	5.5	13	72	23	60	27	0	0	72	0.84
2866402--2866456	26	2.1	26	100	0	110	29	0	0	70	0.87
2866393--2866455	8	7.4	8	72	13	54	30	0	0	69	0.88
2865877--2866815	511	1.8	506	90	3	1519	34	10	7	47	1.67
2871242--2871276	17	2.1	17	100	0	70	37	5	22	34	1.78
2876624--2876669	20	2.2	20	84	3	56	39	8	17	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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