genome.fa.s144.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold144
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3311329

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714450--714490	21	1.9	21	85	5	55	46	0	0	53	1.00
716023--716061	20	2.0	20	89	0	60	12	46	5	35	1.65
718513--718558	21	2.1	22	84	4	58	30	17	30	21	1.96
720442--720512	27	2.6	28	90	2	108	22	5	23	47	1.72
720589--720634	20	2.3	20	84	0	56	10	47	4	36	1.58
726809--726882	14	5.0	15	70	25	59	58	0	0	41	0.98
726807--726909	13	7.3	14	70	22	65	58	0	0	41	0.98
726807--726901	27	3.3	27	77	17	93	58	0	0	41	0.98
726813--726925	32	3.7	31	74	18	96	58	0	0	40	1.04
726830--726881	17	3.2	16	77	15	54	53	0	0	46	1.00
728259--728317	18	3.3	18	74	25	54	52	1	0	45	1.10
729796--729852	20	2.8	20	72	0	60	52	0	0	47	1.00
730246--730292	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
730358--730433	29	2.7	30	78	11	81	60	0	3	35	1.15
730379--730448	27	2.5	29	81	9	83	61	0	2	35	1.11
730422--730485	32	2.0	33	87	3	94	56	1	0	42	1.09
730428--730495	16	4.2	17	74	23	58	57	1	0	41	1.08
730379--730480	42	2.5	40	78	15	109	59	0	1	37	1.15
731225--731269	13	3.5	13	84	0	54	35	0	0	64	0.94
731577--731607	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
734231--734288	13	4.2	14	82	8	66	48	0	3	48	1.18
734263--734310	21	2.3	21	81	0	51	47	0	4	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734241--734298	29	2.0	29	83	6	73	46	0	3	50	1.18
735394--735430	3	12.7	3	94	5	67	64	0	0	35	0.94
736619--736668	25	1.9	26	84	8	66	54	6	14	26	1.63
738280--738329	10	4.7	11	76	18	61	34	0	8	58	1.28
738379--738434	11	5.3	11	76	8	62	39	1	3	55	1.28
738283--738486	21	9.7	21	75	13	127	38	1	7	51	1.42
738460--738500	10	4.0	11	78	18	52	39	0	9	51	1.35
739838--739945	21	5.2	21	77	3	94	32	6	6	54	1.52
739891--740063	21	8.2	19	69	16	76	39	4	4	52	1.39
739996--740060	11	6.1	10	75	10	58	43	3	1	52	1.26
740527--740608	35	2.4	35	78	13	89	50	0	0	50	1.00
741317--741355	16	2.5	15	87	8	51	43	7	5	43	1.55
741406--741445	14	2.9	14	80	0	53	50	0	0	50	1.00
741851--741929	16	5.5	15	68	23	53	55	0	6	37	1.25
741859--741912	27	2.0	26	82	10	65	59	0	3	37	1.15
743955--744005	2	25.5	2	87	0	66	45	47	5	1	1.38
743955--744005	14	3.6	14	89	0	75	45	47	5	1	1.38
743955--744005	16	3.2	16	91	0	75	45	47	5	1	1.38
745912--745992	24	3.1	25	79	13	83	66	2	0	30	1.05
745925--745999	17	4.2	18	78	13	66	70	1	0	28	0.95
745950--745991	8	5.4	8	83	13	52	66	2	0	30	1.04
745909--745997	30	2.9	31	77	14	94	68	2	0	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745920--746015	19	4.8	19	70	20	54	69	2	0	28	0.99
746750--746780	3	10.3	3	92	0	53	0	38	0	61	0.96
748944--748978	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
756310--756338	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
758705--758762	27	2.2	25	79	17	64	48	0	0	51	1.00
759095--759135	5	8.4	5	94	5	75	58	0	0	41	0.98
759432--759456	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
759642--759678	6	6.2	6	93	0	65	16	48	0	35	1.46
760381--760417	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
760600--760634	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
761416--761466	22	2.4	22	83	9	61	17	1	7	72	1.18
761753--761785	11	2.8	12	81	9	50	33	0	0	66	0.92
762744--762785	12	3.4	12	78	15	50	33	4	0	61	1.17
762744--762801	14	4.4	14	76	10	50	32	3	0	63	1.11
764084--764117	6	5.7	6	100	0	68	0	14	52	32	1.42
770823--770898	21	3.7	21	80	1	82	28	1	10	59	1.39
771091--771336	102	2.4	102	82	7	261	30	4	8	56	1.51
771013--771336	21	15.7	21	67	15	124	30	4	7	57	1.45
771147--771370	102	2.2	101	90	3	353	25	5	11	58	1.53
771377--771401	11	2.3	11	100	0	50	24	8	16	52	1.70
771424--771479	28	2.0	28	85	0	76	37	7	7	48	1.58
771452--771492	21	2.0	21	95	0	73	36	4	4	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771571--771619	21	2.3	21	89	6	73	32	2	8	57	1.40
771571--771633	21	3.0	21	83	0	54	31	4	7	55	1.50
771703--771745	15	2.9	15	80	10	52	44	0	0	55	0.99
771722--771770	18	2.5	19	87	9	64	42	0	0	57	0.99
773083--773144	32	1.9	33	86	3	90	45	3	1	50	1.27
773931--773981	16	3.6	13	78	21	50	11	11	0	76	1.02
773932--773981	13	3.4	15	75	20	52	10	12	0	78	0.98
774749--774776	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
775293--775324	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
776160--776224	33	1.9	33	84	9	87	58	0	7	33	1.27
776167--776332	11	15.1	11	67	20	62	59	1	3	36	1.20
776277--776328	17	3.1	16	81	15	52	65	0	0	34	0.93
776780--776808	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
777428--777474	24	2.0	24	83	4	60	2	12	2	82	0.84
780985--781020	2	18.0	2	94	0	63	47	0	52	0	1.00
783107--783158	24	2.3	23	83	6	61	40	3	3	51	1.38
784341--784371	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
784658--784712	23	2.4	23	75	0	56	45	3	1	49	1.30
786624--786653	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
791485--791514	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
791569--791613	14	3.2	14	77	0	54	51	0	0	48	1.00
791846--791918	25	2.9	25	75	16	71	56	1	2	39	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792058--792100	16	2.6	17	78	10	54	51	2	0	46	1.13
792107--792140	16	2.1	17	88	5	52	47	0	11	41	1.40
792938--792998	30	2.0	30	83	3	77	36	13	9	40	1.77
796431--796460	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
799168--799211	15	3.0	15	80	3	54	61	2	0	36	1.09
801595--801641	22	2.1	22	100	0	94	29	27	12	29	1.93
803425--803455	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
806062--806123	32	1.9	33	90	9	101	48	0	0	51	1.00
806094--806160	17	3.8	17	76	13	55	37	0	0	62	0.95
806062--806146	32	2.5	31	83	12	98	43	0	0	56	0.99
806064--806148	11	7.0	12	70	19	52	42	0	0	57	0.98
806094--806166	19	4.0	19	75	18	66	36	1	0	61	1.05
806067--806166	32	3.3	29	76	13	87	40	1	0	59	1.04
809980--810009	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
812567--812608	20	2.1	20	95	0	75	21	14	11	52	1.73
812659--812690	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
814843--814874	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
816521--816545	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
817230--817262	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
819119--819160	22	1.9	22	90	9	68	50	2	4	42	1.36
819119--819169	23	2.2	24	86	10	72	49	3	3	43	1.39
819123--819177	24	2.3	23	84	9	65	49	3	1	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820027--820052	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
820417--820498	34	2.4	34	93	0	137	23	1	35	40	1.63
820417--820510	34	2.8	34	90	0	125	23	1	36	39	1.62
821131--821170	15	2.7	15	88	0	53	40	2	2	55	1.27
821196--821239	16	2.8	16	92	0	70	27	13	13	45	1.81
821190--821239	16	3.2	16	85	2	57	28	12	14	46	1.79
821747--821810	22	3.0	21	70	20	60	51	1	0	46	1.10
822101--822134	14	2.4	14	90	5	50	47	2	0	50	1.16
822146--822178	12	2.5	13	85	14	50	54	0	0	45	0.99
828166--828234	6	12.2	6	74	18	51	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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