genome.fa.s144.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold144
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3311329

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562780--2562820	16	2.6	16	81	14	50	70	9	14	4	1.30
2563831--2563894	33	2.0	33	90	3	103	31	12	17	39	1.87
2563976--2564000	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2564595--2564626	16	2.0	16	93	0	55	40	18	6	34	1.76
2566463--2566487	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2566638--2566668	8	3.8	8	95	4	53	61	22	0	16	1.34
2572620--2572645	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2572600--2572663	33	2.0	32	90	3	101	28	12	20	39	1.89
2572745--2572769	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2574133--2576531	28	85.2	28	88	3	3304	29	30	17	22	1.97
2574133--2576531	57	42.6	57	88	4	3326	29	30	17	22	1.97
2574133--2576531	85	28.4	85	88	3	3336	29	30	17	22	1.97
2577135--2577209	20	3.8	20	87	0	105	32	13	13	41	1.83
2577195--2577268	29	2.5	30	88	6	114	27	18	13	40	1.88
2580439--2580528	33	2.6	36	86	8	116	53	0	3	43	1.17
2580462--2580540	19	4.3	18	72	16	72	51	0	2	45	1.14
2581356--2581561	78	2.6	78	73	9	197	35	18	14	31	1.91
2581640--2581714	29	2.6	29	75	12	73	50	14	6	28	1.68
2581785--2581890	29	3.6	29	67	14	72	44	15	11	29	1.81
2581736--2581908	59	2.9	59	82	0	193	43	14	12	29	1.81
2583423--2583488	33	2.0	33	85	5	89	31	19	12	36	1.89
2583541--2583567	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584132--2584172	20	2.0	20	86	9	57	41	24	2	31	1.68
2586007--2586032	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2587239--2587264	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2593292--2593344	20	2.7	20	88	11	74	32	16	13	37	1.88
2593374--2593428	19	2.8	20	83	5	76	34	18	16	30	1.93
2593414--2593439	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2594342--2594397	18	3.2	17	78	9	67	51	1	0	46	1.11
2594358--2594407	17	2.8	18	79	11	59	60	2	0	38	1.09
2594307--2594407	37	2.8	37	84	10	120	55	0	0	42	1.13
2595083--2595122	15	2.8	14	85	7	62	52	5	0	42	1.23
2595447--2595512	26	2.4	29	78	12	77	37	0	19	42	1.52
2595503--2595563	31	1.9	32	83	6	79	52	3	9	34	1.51
2595545--2595591	21	2.2	21	100	0	94	68	0	4	27	1.08
2596959--2597001	15	2.9	15	89	6	61	13	23	32	30	1.93
2597031--2597059	15	1.9	15	100	0	58	20	41	20	17	1.90
2599982--2600179	53	3.7	53	99	0	387	43	6	19	30	1.75
2600141--2600238	30	3.0	34	82	11	141	42	5	18	33	1.72
2603329--2603392	2	32.0	2	80	0	74	45	3	6	45	1.44
2607876--2607973	37	2.6	37	83	4	126	39	18	15	26	1.90
2608032--2608193	37	4.4	37	76	4	96	36	17	16	29	1.92
2607876--2608193	111	2.9	108	74	8	282	36	18	17	27	1.94
2616514--2616546	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616743--2616794	27	2.0	26	82	14	63	51	5	1	40	1.37
2617126--2617207	41	2.0	41	92	0	137	51	13	17	18	1.77
2618704--2618737	7	4.9	7	96	0	59	23	32	29	14	1.94
2623218--2623258	19	2.3	18	87	8	57	58	0	2	39	1.11
2625248--2625302	23	2.4	23	90	0	83	49	0	7	43	1.30
2625270--2625300	14	2.2	14	100	0	62	45	0	6	48	1.28
2625245--2625363	38	3.2	37	81	4	123	49	0	5	43	1.32
2625244--2625345	38	2.7	38	83	4	127	50	0	6	41	1.35
2625319--2625376	16	3.6	16	77	9	55	51	5	1	41	1.34
2628126--2628212	9	9.4	10	79	13	82	28	2	1	67	1.10
2628122--2628184	24	2.7	23	79	15	76	26	3	1	68	1.14
2628148--2628211	3	21.0	3	87	9	94	31	1	1	65	1.11
2629194--2629242	19	2.6	19	96	0	89	57	4	22	16	1.56
2631082--2631144	32	1.9	33	87	6	85	9	12	3	74	1.17
2632952--2633013	21	2.9	22	70	18	67	37	12	16	33	1.87
2633090--2633137	20	2.4	20	96	0	87	31	4	10	54	1.53
2634187--2634224	18	2.1	18	100	0	76	26	26	10	36	1.89
2636215--2636256	19	2.2	19	83	8	50	45	0	2	52	1.13
2636870--2636957	21	4.2	20	74	17	81	28	0	0	71	0.86
2636915--2636959	15	3.1	15	80	6	56	33	0	0	66	0.92
2648348--2648374	13	2.1	13	100	0	54	40	14	37	7	1.74
2651962--2652215	79	3.2	78	88	0	355	23	33	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660874--2660943	23	3.2	21	74	9	61	74	4	10	11	1.20
2662225--2663258	27	37.4	27	79	7	679	25	30	15	29	1.95
2662225--2663534	28	47.3	28	79	8	666	26	30	15	27	1.96
2662225--2663258	82	12.5	81	78	8	565	25	30	15	29	1.95
2662619--2662851	57	4.1	57	88	0	313	28	34	16	20	1.95
2662627--2662913	114	2.5	114	85	2	353	28	32	16	22	1.96
2662225--2663224	110	9.1	111	77	9	587	25	30	15	29	1.95
2662226--2663224	137	7.2	135	75	9	696	25	30	15	29	1.95
2663193--2663579	56	6.9	56	88	2	501	30	28	17	24	1.97
2663282--2663681	28	13.7	31	83	7	169	31	28	17	23	1.97
2663549--2663681	64	2.1	64	85	5	180	32	28	18	21	1.96
2663566--2663827	32	8.2	31	75	8	188	30	25	18	25	1.98
2663549--2663748	96	2.1	95	82	8	237	30	26	21	22	1.98
2664453--2664489	16	2.2	17	86	13	51	75	0	18	5	0.99
2666180--2666843	329	2.0	330	92	3	1107	31	19	18	30	1.96
2671566--2671605	18	2.2	19	90	4	64	62	5	0	32	1.17
2672363--2672404	20	2.1	20	95	0	75	38	19	7	35	1.79
2673053--2673124	36	2.0	35	94	2	126	33	20	16	29	1.95
2677803--2677879	35	2.2	35	97	0	145	41	3	7	46	1.51
2678113--2678158	23	2.0	23	100	0	92	52	4	4	39	1.41
2679347--2679398	18	2.7	20	70	11	54	53	3	0	42	1.19
2683058--2683102	19	2.3	19	84	3	54	40	2	2	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2690617--2690683	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2690637--2690661	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2690726--2690750	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2690759--2690878	52	2.3	52	92	0	204	35	16	17	30	1.92
2698178--2698219	12	3.6	12	83	6	59	64	0	4	30	1.14
2698195--2698232	18	2.1	18	90	9	60	60	0	7	31	1.25
2698517--2698632	11	10.4	11	65	26	57	2	17	3	76	1.03
2698510--2698632	20	6.1	20	71	17	85	2	17	3	76	1.03
2698511--2698628	34	3.5	32	71	27	84	2	17	3	76	1.04
2698525--2698575	15	3.6	14	77	12	50	1	15	1	80	0.89
2698552--2698588	19	1.9	19	88	0	56	2	18	0	78	0.87
2698567--2698635	28	2.4	28	74	11	68	2	17	4	75	1.09
2698510--2698597	42	2.1	42	81	10	101	3	19	1	76	1.00
2698733--2698775	17	2.5	17	82	14	52	11	9	0	79	0.95
2698733--2698775	18	2.5	17	82	14	52	11	9	0	79	0.95
2699111--2699221	43	2.5	43	80	2	114	50	14	14	20	1.77
2702716--2702791	26	2.9	26	88	0	107	34	10	17	38	1.84
2702719--2702824	26	4.1	26	82	4	97	34	9	16	39	1.80
2702716--2702817	52	2.0	52	84	0	132	35	8	15	40	1.79
2704110--2704156	24	2.0	24	84	8	62	48	14	23	12	1.78
2704375--2704433	27	2.2	27	82	8	68	64	6	22	6	1.42
2704550--2704591	22	1.9	22	95	0	75	57	30	7	4	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2704576--2704620	13	3.3	13	76	11	54	48	31	11	8	1.69
2711253--2711294	22	1.9	22	95	0	75	28	9	21	40	1.84
2718340--2718380	21	2.0	20	85	4	55	51	14	14	19	1.77
2719432--2719483	17	2.7	20	77	22	65	36	7	17	38	1.78
2719439--2719474	17	2.1	17	100	0	72	41	5	16	36	1.72
2722213--2722280	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2722234--2722258	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2722215--2722277	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2722320--2722345	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2722300--2722366	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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