genome.fa.s144.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold144
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3311329

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318732--2318804	28	2.5	29	79	16	80	56	4	2	36	1.33
2319649--2319700	22	2.4	22	83	3	61	50	0	0	50	1.00
2319649--2319697	23	2.2	21	82	7	53	48	0	0	51	1.00
2319658--2319735	35	2.2	36	84	8	99	50	0	0	50	1.00
2319680--2319714	13	2.7	13	81	0	52	54	0	0	45	0.99
2321404--2321453	23	2.3	22	80	16	59	46	0	2	52	1.12
2324543--2324576	2	17.0	2	93	0	59	0	52	0	47	1.00
2327948--2327985	19	2.0	19	89	0	58	28	50	7	13	1.69
2328872--2328910	3	13.0	3	94	0	69	64	0	33	2	1.08
2331926--2331967	22	1.9	22	85	9	59	57	0	2	40	1.12
2332672--2332717	19	2.6	17	80	12	56	45	2	2	50	1.26
2335376--2335432	12	4.6	13	79	16	59	49	0	0	50	1.00
2335375--2335430	25	2.3	24	81	3	67	50	0	0	50	1.00
2335713--2335777	22	2.9	21	84	11	76	58	0	0	41	0.98
2337010--2337051	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2337391--2337420	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2340154--2340248	30	3.2	29	80	5	100	38	9	3	48	1.52
2349065--2349494	55	7.8	53	78	6	398	24	30	13	31	1.94
2349074--2349494	27	15.4	27	80	8	388	24	30	14	31	1.94
2349066--2350367	28	45.6	28	77	7	618	28	28	16	26	1.97
2349104--2349540	110	4.0	111	81	3	298	24	30	13	30	1.94
2349564--2350068	32	16.9	32	83	7	380	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349547--2350283	141	5.0	154	82	7	534	30	28	17	23	1.97
2349471--2350367	57	15.4	57	77	6	669	29	27	17	24	1.97
2349334--2350367	85	11.9	85	76	8	628	29	28	17	25	1.97
2349471--2350367	113	7.7	113	79	6	762	29	27	17	24	1.97
2354986--2355411	64	6.7	64	72	5	304	35	10	17	37	1.83
2355002--2355411	128	3.2	127	83	2	500	34	10	17	37	1.84
2354986--2355411	32	13.3	32	69	4	232	35	10	17	37	1.83
2356925--2356955	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2356903--2356968	33	2.0	33	88	5	98	33	18	12	36	1.88
2357004--2357053	19	2.5	20	83	6	66	36	18	16	30	1.92
2365702--2365770	33	2.1	33	91	5	113	36	18	11	33	1.87
2365732--2365769	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
2365702--2365749	13	4.2	13	75	25	54	35	18	12	33	1.89
2365839--2365865	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2372894--2372936	19	2.4	17	84	7	50	34	0	11	53	1.37
2377481--2377575	39	2.4	39	82	3	111	33	20	27	18	1.96
2388027--2388406	192	2.0	190	92	1	634	27	17	15	38	1.91
2399701--2399780	34	2.3	34	78	2	88	28	2	31	37	1.71
2401293--2401346	17	3.3	17	74	25	62	42	0	0	57	0.98
2406643--2406840	73	2.7	73	83	1	227	23	13	20	42	1.88
2414811--2414850	2	20.0	2	94	0	71	50	0	47	2	1.14
2414844--2414894	10	5.1	10	79	13	52	52	3	43	0	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418177--2418219	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2419171--2419210	15	2.7	15	88	0	62	25	2	10	62	1.39
2419363--2419464	51	2.0	51	98	1	197	36	26	7	29	1.85
2419450--2419494	21	2.1	21	91	0	72	40	20	2	37	1.65
2424181--2424235	19	2.8	20	88	2	76	38	12	16	32	1.86
2424220--2424246	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2426783--2426818	13	2.8	13	86	0	54	30	16	16	36	1.91
2426851--2426890	20	2.0	21	90	5	64	32	17	10	40	1.83
2431385--2431421	9	4.1	9	89	0	56	29	27	0	43	1.55
2432943--2432995	20	2.7	20	96	0	97	39	13	11	35	1.80
2433124--2433173	19	2.6	19	90	3	73	40	16	14	30	1.87
2433124--2433191	20	3.5	20	84	8	77	38	16	14	30	1.89
2433140--2433191	19	2.7	19	87	3	68	38	17	15	28	1.90
2433500--2433543	20	2.2	20	84	4	54	45	11	13	29	1.79
2439463--2439526	32	2.0	32	87	6	94	34	12	12	40	1.81
2449447--2449512	35	1.9	35	87	9	100	34	19	9	36	1.84
2451304--2451354	20	2.7	18	82	14	66	31	17	13	37	1.89
2451326--2451387	32	1.9	33	90	3	99	37	12	17	32	1.88
2456753--2456780	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2468719--2468752	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
2470672--2470697	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2475321--2475351	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477154--2477198	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2479417--2479442	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2480244--2480297	20	2.7	20	88	5	74	38	18	11	31	1.86
2480754--2480826	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
2480772--2480847	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
2480754--2480847	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2480886--2480911	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2484976--2485006	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2487075--2487112	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2489560--2489632	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
2489578--2489653	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
2489560--2489653	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2489692--2489717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2491211--2491268	13	3.9	13	73	26	53	37	17	15	29	1.90
2491224--2491288	20	3.6	20	73	26	81	38	18	15	27	1.91
2491193--2491289	33	3.0	33	93	4	162	39	17	15	27	1.90
2491296--2491356	30	2.0	30	100	0	122	26	13	19	40	1.88
2491422--2491482	21	2.9	21	75	17	56	42	9	1	45	1.47
2491899--2491936	20	1.9	20	89	10	60	10	23	10	55	1.65
2492675--2492720	11	4.0	12	76	18	53	13	15	0	71	1.14
2492672--2492744	10	7.0	10	78	17	69	10	13	0	75	1.05
2492672--2492744	20	3.5	21	83	12	89	10	13	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2496268--2496308	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2496345--2496401	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
2496389--2496525	53	2.6	53	92	1	229	36	18	18	26	1.94
2496549--2496579	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2496567--2496622	21	2.6	22	91	5	96	26	25	12	35	1.91
2496636--2496665	14	2.1	14	93	0	51	30	26	6	36	1.82
2508455--2508513	20	2.9	20	80	5	64	35	11	10	42	1.76
2508463--2508513	21	2.5	20	83	3	66	33	9	11	45	1.74
2510210--2510390	57	3.2	59	78	9	212	28	11	15	44	1.81
2510145--2510495	163	2.2	162	80	7	381	28	11	13	46	1.78
2510549--2510720	75	2.3	74	77	6	175	34	14	18	32	1.91
2513702--2513741	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2514010--2514061	19	2.7	19	83	13	63	44	3	0	51	1.19
2516417--2516694	29	9.7	29	71	12	173	43	25	6	24	1.77
2517409--2517473	14	4.6	14	74	14	71	43	0	0	56	0.99
2517457--2517561	47	2.2	45	81	17	117	43	2	7	45	1.47
2517576--2517672	44	2.2	44	100	0	194	58	6	6	28	1.46
2517581--2517649	21	3.2	21	65	15	59	53	8	7	30	1.59
2517583--2517652	22	3.2	22	68	8	70	51	8	7	32	1.60
2519346--2519518	51	3.4	50	80	4	175	34	18	15	31	1.92
2519657--2519746	45	2.0	45	97	0	171	35	12	17	34	1.87
2535162--2535292	46	2.8	47	81	9	160	41	8	3	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537746--2538219	165	2.9	163	80	6	501	29	10	8	51	1.65
2537746--2538290	165	3.3	165	80	5	417	28	11	9	50	1.68
2538831--2538874	10	4.2	11	81	18	58	68	0	29	2	1.02
2538834--2538875	12	3.8	11	84	9	59	69	0	28	2	1.01
2539792--2540225	164	2.7	162	84	3	541	35	11	12	40	1.80
2540954--2541503	156	3.5	154	78	8	481	23	19	21	36	1.95
2540947--2541503	157	3.6	154	78	8	547	23	19	21	35	1.96
2542628--2542680	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
2544879--2544923	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2555840--2555945	20	5.7	19	77	20	91	33	15	12	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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