genome.fa.s150.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold150
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1465027

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1099--1331	52	4.5	52	96	0	403	30	16	16	36	1.91
1340--1364	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1405--1471	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1427--1451	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2077--2259	53	3.4	52	78	4	152	35	15	24	25	1.94
2212--2338	67	1.9	68	85	4	177	38	13	24	23	1.91
2010--2423	227	1.8	228	86	5	615	36	15	24	23	1.93
2280--2591	52	6.2	51	76	12	270	35	15	23	25	1.94
2395--2525	43	2.9	43	85	6	163	32	18	23	25	1.97
2342--2515	95	1.8	93	89	4	269	33	17	24	25	1.96
2439--2587	53	3.0	50	83	4	185	34	16	24	25	1.95
2531--2657	67	1.9	68	85	1	175	37	13	24	24	1.91
2647--3119	43	10.0	52	77	14	340	32	17	24	26	1.97
2492--2711	122	1.8	120	83	5	291	35	15	23	25	1.94
2126--2834	319	2.2	319	96	0	1292	35	15	23	24	1.94
2713--3125	43	9.0	43	80	11	457	30	18	24	26	1.97
2661--3130	92	5.1	92	93	1	778	31	17	24	25	1.97
3125--3194	33	2.1	35	91	5	117	21	17	35	25	1.95
3179--3591	34	12.3	34	80	10	345	32	12	32	22	1.91
3179--3498	34	9.3	34	83	9	357	33	10	34	21	1.89
3199--3501	71	4.4	71	89	5	421	34	11	33	21	1.89
3478--3624	31	4.7	31	84	5	181	27	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4580--4633	17	3.2	16	80	15	65	0	7	7	85	0.75
11093--11221	54	2.4	54	93	2	217	30	17	17	35	1.92
11232--11256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11297--11363	33	2.0	33	85	0	89	38	14	13	32	1.86
17415--17489	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
17412--17489	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
18051--19367	29	45.0	28	83	6	1155	21	17	32	28	1.96
18052--19369	58	22.5	57	81	6	1398	21	17	32	28	1.96
18052--19371	87	15.0	86	86	5	1410	21	17	32	28	1.96
20590--20665	1	76.0	1	76	0	71	3	1	6	88	0.68
20593--20656	33	2.0	33	87	3	94	3	1	7	87	0.71
27058--27100	19	2.3	19	87	0	59	67	6	11	13	1.41
30349--30392	22	1.9	24	86	9	65	47	11	13	27	1.77
30400--30453	22	2.6	20	86	11	81	62	9	7	20	1.48
30407--30461	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
31353--31427	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
31350--31427	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
35527--35601	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
35524--35601	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
39085--39210	51	2.5	52	85	5	186	28	17	17	36	1.93
39219--39243	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
39306--39330	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39726--40085	189	1.9	189	87	1	524	29	8	29	33	1.86
41203--41430	124	1.8	123	85	2	323	39	3	12	44	1.61
41384--41432	22	2.2	22	85	0	62	44	2	4	48	1.33
41875--41931	26	2.1	27	90	3	89	24	0	24	50	1.49
41884--41939	26	2.2	26	83	0	67	26	0	23	50	1.50
43317--43367	27	1.9	26	84	4	66	29	17	31	21	1.96
44582--44606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44670--44694	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44703--44823	52	2.3	52	95	0	215	35	18	17	28	1.93
49050--49104	18	2.9	18	84	10	58	12	5	5	76	1.13
49325--49367	8	5.1	8	78	10	50	13	0	4	81	0.84
49903--49942	19	2.1	19	85	4	53	40	7	2	50	1.44
58594--58618	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
59138--59174	17	2.1	19	85	10	51	16	2	8	72	1.19
68622--68655	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
75316--75352	15	2.4	15	86	4	56	43	0	2	54	1.14
75618--75707	30	3.1	28	78	15	92	41	2	1	55	1.19
75633--75722	30	3.1	28	78	15	101	43	2	0	54	1.12
75646--75722	30	2.6	30	81	8	111	40	1	0	58	1.06
76329--76389	27	2.1	27	82	14	70	59	1	3	36	1.24
76846--76881	17	2.0	19	89	10	58	52	0	0	47	1.00
76845--76888	17	2.3	18	81	18	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76964--76991	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77703--77756	17	3.4	16	74	25	60	42	1	0	55	1.10
77713--77763	14	3.4	14	77	15	57	47	1	1	49	1.24
78048--78088	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
79659--79696	2	19.5	2	86	5	51	55	2	0	42	1.14
86965--87022	29	2.0	29	96	0	107	27	15	13	43	1.85
88586--88629	21	2.1	21	87	8	63	36	0	6	56	1.26
89500--89535	15	2.2	18	85	14	51	50	0	0	50	1.00
94637--94669	6	5.8	6	96	3	52	90	0	9	0	0.44
94966--95011	17	2.6	18	82	3	58	65	0	6	28	1.17
94970--95018	18	2.6	19	77	9	55	65	0	4	30	1.11
98054--98092	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
112029--112053	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
112222--112274	21	2.5	21	93	6	90	58	0	1	39	1.09
113898--113936	20	1.9	21	84	5	53	69	0	0	30	0.89
118312--118410	28	3.6	27	89	4	135	32	19	23	25	1.97
118373--118775	79	5.1	79	81	7	399	34	14	23	26	1.94
118713--118809	50	1.9	51	83	10	128	35	7	25	31	1.83
123261--123311	21	2.5	20	79	14	59	60	19	1	17	1.45
126961--127070	15	7.5	15	73	4	80	34	18	21	25	1.96
126979--127074	29	3.3	30	79	4	97	34	18	18	28	1.95
126961--127074	44	2.6	43	86	5	156	34	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128503--128555	21	2.3	24	75	18	58	32	20	1	45	1.62
131092--131139	20	2.4	20	92	0	87	16	25	8	50	1.73
132503--132531	12	2.3	13	94	5	51	68	3	0	27	1.05
132540--132805	35	7.6	35	96	0	471	44	7	30	17	1.77
134062--134164	51	2.0	51	96	0	188	28	24	12	34	1.92
134065--134181	51	2.3	51	90	0	180	29	26	10	34	1.89
134113--134576	79	5.9	79	90	1	714	27	25	14	32	1.95
134508--134654	52	2.8	50	79	9	161	26	22	13	37	1.91
142845--143240	55	7.0	54	80	9	425	27	28	19	24	1.99
142839--143235	116	3.5	110	82	8	449	26	28	19	24	1.99
142806--144203	171	8.1	169	78	12	1197	26	28	19	25	1.99
143255--144205	55	16.4	54	80	11	853	26	28	19	25	1.99
144218--144446	60	3.9	58	84	9	267	25	29	19	25	1.98
144071--144356	154	1.9	153	86	5	416	26	28	19	25	1.99
144245--144423	60	2.9	62	89	5	283	25	30	18	26	1.98
144951--144985	6	5.7	6	89	3	52	65	2	0	31	1.07
144994--145329	35	9.6	35	97	0	629	44	8	30	17	1.77
146517--146586	27	2.6	27	86	11	90	25	31	18	24	1.98
146540--147031	79	6.2	79	86	3	643	27	24	14	32	1.95
149236--149265	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
152133--152363	49	4.8	49	76	7	215	34	16	24	24	1.96
152126--152317	98	2.0	98	84	2	251	34	16	24	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152379--152792	28	14.7	28	83	8	427	20	16	29	33	1.95
152379--152788	56	7.2	57	83	8	473	20	16	28	33	1.95
154220--154281	10	6.0	10	73	14	54	0	6	11	82	0.84
154237--154296	31	1.9	32	89	3	95	0	8	8	83	0.82
158510--158960	92	4.9	91	83	5	545	34	16	7	41	1.76
158512--158960	180	2.5	179	85	5	589	34	16	7	41	1.76
158902--159017	57	2.0	57	89	0	178	33	18	9	37	1.84
158811--159108	148	2.0	148	86	3	422	33	17	8	40	1.80
158959--159124	91	1.8	91	88	2	253	31	16	8	43	1.78
158959--159154	91	2.2	90	85	2	243	34	16	8	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9