genome.fa.s150.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold150
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1465027

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159736--160094	125	2.9	123	82	9	353	52	2	4	40	1.34
159820--160094	123	2.2	123	86	7	380	52	1	4	41	1.33
160838--160888	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
163411--163449	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
167993--168023	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
169612--169649	20	1.9	20	94	0	67	28	10	15	44	1.80
169609--169676	33	2.1	32	86	2	91	32	14	16	36	1.89
170327--170401	23	3.2	23	70	12	64	30	2	6	60	1.37
170376--170661	119	2.5	116	81	10	309	41	3	2	52	1.29
170580--170713	68	1.9	68	85	7	180	44	0	0	54	1.05
170580--170713	71	1.9	71	85	7	168	44	0	0	54	1.05
171752--171803	19	2.7	19	90	3	77	34	11	11	42	1.77
175191--175229	12	3.2	12	88	0	51	64	7	7	20	1.45
179524--179567	21	2.0	22	83	12	56	56	13	2	27	1.49
179865--179906	21	2.0	21	90	0	66	47	11	11	28	1.76
180188--180223	18	2.0	18	94	0	63	41	16	16	25	1.89
181600--181625	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
182456--182481	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
183820--183863	22	2.0	22	83	12	56	25	9	31	34	1.87
184916--184944	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
191071--191123	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
191175--191201	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196239--196372	59	2.3	57	87	2	178	29	11	13	44	1.79
196233--196506	58	4.8	57	78	9	254	29	12	12	45	1.78
196239--196460	117	1.9	115	82	9	281	30	11	12	45	1.77
196240--196497	116	2.2	117	80	9	287	29	12	12	45	1.78
196581--196826	49	5.1	48	76	7	194	35	11	11	41	1.78
196592--196767	48	3.6	48	77	8	176	31	10	13	44	1.78
197797--197862	28	2.4	28	89	0	96	30	21	24	24	1.99
197821--198558	79	9.3	79	83	5	823	33	14	23	28	1.94
200896--201075	99	1.8	100	84	3	247	41	12	16	29	1.85
200995--201077	20	3.7	20	69	27	67	42	14	15	27	1.86
200893--201076	50	3.7	50	81	8	205	42	12	16	28	1.84
202138--202208	32	2.2	33	82	12	85	29	8	4	57	1.47
209329--209379	2	25.5	2	95	0	93	49	0	1	49	1.12
210212--210254	21	2.0	21	82	8	52	65	4	9	20	1.40
213255--213281	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
214279--214366	37	2.4	36	83	9	115	52	12	5	29	1.62
214440--214469	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
214673--214708	17	2.1	17	89	0	54	44	2	8	44	1.48
215659--215737	32	2.6	30	75	15	83	45	0	1	53	1.08
215664--215734	27	2.7	26	82	6	72	46	0	1	52	1.09
217876--217907	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
221122--221168	15	3.1	15	84	3	58	36	0	4	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221571--221628	29	2.0	29	86	6	82	37	0	0	62	0.96
221854--221878	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
221859--221915	18	3.1	18	78	14	62	35	1	1	61	1.17
221883--221943	18	3.7	18	67	26	53	40	1	0	57	1.08
221868--221959	30	3.1	29	81	6	103	41	2	1	55	1.19
221912--221969	30	1.9	30	85	0	80	44	3	0	51	1.18
222200--222285	27	3.5	23	81	12	57	32	0	0	67	0.91
222228--222275	6	7.5	6	82	13	60	22	0	0	77	0.78
222218--222290	27	2.7	27	95	4	130	27	0	0	72	0.85
222537--222581	20	2.3	19	81	11	54	57	0	0	42	0.98
223966--224093	32	4.0	31	80	7	125	55	0	0	43	1.05
223996--224083	16	5.7	16	67	16	60	55	0	1	43	1.07
224183--224216	5	6.8	5	90	10	52	23	0	0	76	0.79
224183--224216	9	3.4	10	88	12	52	23	0	0	76	0.79
224183--224216	14	2.2	16	85	15	54	23	0	0	76	0.79
224684--224747	27	2.3	29	78	7	80	39	1	4	54	1.31
224672--224803	64	2.0	64	92	2	219	39	2	3	54	1.31
224862--224924	28	2.1	31	85	8	87	30	3	1	65	1.18
225651--225704	25	2.2	25	80	6	67	27	1	5	64	1.26
226027--226052	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
227640--227681	17	2.4	17	88	4	57	59	0	0	40	0.97
228343--228395	15	3.3	16	77	15	56	77	0	1	20	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230118--230204	28	3.3	27	69	18	74	42	1	0	56	1.07
230118--230192	35	2.1	35	83	13	93	40	1	0	58	1.06
230259--230304	25	1.9	23	86	8	65	30	4	2	63	1.26
233349--233417	11	6.6	11	79	15	76	34	0	1	63	1.03
233336--233396	28	2.1	29	85	8	81	39	0	1	59	1.08
234320--234361	20	2.1	21	83	12	54	38	0	4	57	1.20
234801--234843	17	2.5	17	85	10	61	74	0	0	25	0.82
234886--234996	30	3.6	29	74	14	98	49	0	5	44	1.31
236167--236200	17	1.9	18	88	5	52	67	2	0	29	1.05
236196--236284	32	2.6	33	77	12	92	52	2	1	43	1.20
236475--236522	20	2.2	21	85	10	62	64	2	6	27	1.28
238752--238796	16	2.8	17	86	6	67	33	0	0	66	0.92
239399--239457	26	2.3	25	80	11	75	67	1	3	27	1.16
239600--239647	17	2.8	18	87	6	64	60	0	4	35	1.16
239619--239651	17	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
239754--239807	28	1.9	28	81	7	65	61	0	0	38	0.96
239853--239887	13	2.7	13	90	0	52	65	2	0	31	1.07
240331--240423	21	4.4	21	69	19	61	35	1	1	62	1.10
240317--240395	18	4.4	17	75	15	61	41	0	0	58	0.98
240350--240422	23	3.5	22	79	17	75	35	1	1	61	1.13
240870--240987	30	3.8	29	76	16	110	34	5	22	37	1.78
240857--240987	66	2.0	66	93	0	226	35	6	22	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240857--240958	30	3.0	35	72	21	117	37	6	22	33	1.81
240995--241232	98	2.5	96	85	3	311	29	7	26	36	1.85
243372--243431	20	3.1	19	80	7	75	70	0	25	5	1.08
243381--243418	15	2.5	15	87	8	51	76	0	18	5	0.97
244616--244674	22	2.7	21	86	5	73	33	1	13	50	1.52
245161--245191	14	2.2	14	100	0	62	25	6	38	29	1.81
245190--245345	39	4.0	39	95	0	285	25	11	18	44	1.83
245320--245370	25	2.0	25	100	0	102	35	11	19	33	1.88
245902--245962	29	2.1	29	84	0	77	31	3	18	47	1.64
245935--245980	22	2.1	22	83	0	56	43	2	10	43	1.51
246242--246401	77	2.1	77	91	0	257	28	17	8	45	1.78
246540--246605	22	3.0	22	86	0	87	30	1	16	51	1.54
247941--247998	30	2.0	29	89	3	89	31	0	18	50	1.48
247968--248011	22	2.0	22	82	8	54	34	0	13	52	1.41
248444--248485	21	2.0	21	90	0	66	40	0	11	47	1.40
248609--248663	27	2.0	27	92	0	92	34	14	14	36	1.87
249120--249176	18	3.3	17	77	18	55	47	1	0	50	1.11
249171--249217	25	1.9	24	82	4	58	44	0	0	55	0.99
249172--249336	64	2.5	65	82	5	199	43	2	1	52	1.25
249236--249282	24	2.0	24	91	0	76	42	0	4	53	1.20
249294--249373	35	2.6	29	73	21	79	41	2	0	56	1.13
249298--249399	30	3.3	29	77	14	87	39	2	0	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251443--251498	25	2.3	23	80	19	62	10	7	3	78	1.06
251459--251496	12	3.1	12	85	14	51	7	10	2	78	1.04
254588--254767	81	2.3	78	80	9	197	23	29	18	28	1.98
259370--259412	17	2.4	19	88	7	63	46	2	0	51	1.13
260547--260582	2	18.5	2	88	5	56	47	2	0	50	1.15
266797--266836	20	2.0	21	85	5	55	22	5	10	62	1.46
267373--267398	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
267386--267424	13	2.8	15	81	18	57	30	0	5	64	1.15
267680--267735	9	6.9	8	79	20	55	50	0	0	50	1.00
268818--268863	15	2.9	16	80	9	58	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9