genome.fa.s150.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold150
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1465027

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787089--787143	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
787659--787701	13	3.5	13	78	12	54	79	0	18	2	0.85
797513--797682	51	3.3	50	82	7	198	31	11	26	31	1.91
797437--797756	177	1.8	175	84	7	439	31	11	27	29	1.92
800177--800223	19	2.5	19	92	0	76	40	21	10	27	1.86
801473--801497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
801453--801518	32	2.0	33	97	2	125	34	12	18	34	1.88
801560--801584	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
801573--801721	52	2.9	50	86	6	199	33	17	16	32	1.93
806716--806757	14	2.8	15	85	7	50	83	4	2	9	0.88
807988--808013	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
807966--808174	86	2.4	86	95	2	368	28	16	17	37	1.92
808074--808099	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
810645--810670	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
814572--814616	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
816809--817017	86	2.4	86	96	2	377	29	17	16	36	1.92
816917--816942	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
817500--817780	92	3.1	91	83	4	341	30	24	13	31	1.93
817527--817820	92	3.2	92	84	2	331	30	24	12	32	1.93
818565--818905	46	7.4	46	79	3	308	21	23	11	43	1.85
818565--818905	139	2.5	140	81	3	386	21	23	11	43	1.85
820106--820161	24	2.3	24	87	3	85	60	0	12	26	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823506--823567	32	1.9	33	90	3	99	30	17	12	38	1.88
823617--823703	20	4.7	20	74	21	82	31	11	19	37	1.87
823633--823683	13	4.4	13	72	27	60	33	13	15	37	1.87
823633--823705	33	2.2	33	97	0	137	32	10	17	38	1.85
826954--827053	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
826975--827031	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
826956--827050	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
827093--827118	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
827073--827139	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
829465--829597	52	2.6	51	80	3	158	30	25	10	33	1.90
829586--829657	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
829691--829769	28	2.8	28	90	0	122	22	30	20	26	1.98
829586--829794	107	1.9	107	81	8	246	25	28	15	30	1.96
831833--831870	19	2.0	19	94	0	67	39	15	7	36	1.77
839624--839726	52	2.0	53	92	1	172	43	16	9	30	1.80
842045--842103	13	5.0	12	73	23	54	37	16	13	32	1.88
842112--842240	52	2.5	52	96	0	231	34	17	18	29	1.94
856066--856149	24	3.5	23	81	10	80	83	14	2	0	0.75
856064--856149	33	2.5	34	83	11	104	82	15	2	0	0.77
856064--856148	14	5.5	15	73	16	59	82	15	2	0	0.77
856066--856131	1	66.0	1	75	0	51	86	10	3	0	0.68
857586--858003	28	14.5	29	83	7	487	32	32	15	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857582--857992	58	7.1	59	86	4	520	31	32	16	19	1.93
858020--858391	49	7.8	49	81	8	437	25	25	19	30	1.98
858025--858391	92	3.9	92	89	2	538	25	25	19	29	1.98
858020--858395	141	2.7	141	78	11	435	25	25	18	30	1.98
859141--859199	13	4.9	13	71	26	58	35	16	13	33	1.88
866535--866716	79	2.3	79	80	7	208	34	16	23	26	1.95
866533--866753	79	2.8	78	75	14	202	33	15	24	26	1.95
866685--866804	51	2.4	51	84	2	152	29	15	28	26	1.96
866657--867013	130	2.7	130	80	2	342	30	12	27	29	1.93
866889--867092	79	2.6	79	84	0	264	31	12	25	30	1.93
869393--869466	20	3.7	19	82	7	85	44	13	13	28	1.82
869482--869511	13	2.3	13	94	0	51	40	16	13	30	1.87
869555--869600	21	2.2	20	88	7	65	28	17	21	32	1.96
870058--870157	41	2.4	41	85	6	123	44	11	27	18	1.83
870318--870714	60	6.5	61	81	6	414	31	19	23	24	1.98
870350--870714	121	3.0	121	84	4	466	30	19	24	25	1.98
870318--870714	62	6.5	62	82	4	425	31	19	23	24	1.98
880369--880426	19	3.0	20	82	9	75	31	10	13	44	1.78
881158--882247	49	22.8	49	74	10	767	32	17	24	25	1.97
881158--882247	101	11.4	102	79	8	653	32	17	24	25	1.97
881605--881852	39	5.9	39	73	15	163	27	19	26	26	1.99
881562--881892	87	3.7	87	90	2	482	29	19	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882067--882236	88	1.9	88	87	0	250	28	18	24	27	1.98
882361--882461	28	3.7	26	84	10	130	28	18	29	22	1.98
883159--883253	20	4.8	19	80	12	102	45	12	13	28	1.80
883159--883253	40	2.4	40	89	0	136	45	12	13	28	1.80
886417--886482	33	2.0	33	85	5	89	33	18	15	33	1.92
886511--886563	19	2.7	20	94	2	90	35	15	18	30	1.92
886533--886597	33	2.0	33	87	3	96	36	12	16	33	1.87
887426--887508	37	2.2	37	100	0	166	42	7	15	34	1.75
902771--902802	16	2.0	16	100	0	64	12	37	12	37	1.81
908951--908994	23	1.9	23	95	0	79	45	18	15	20	1.85
909802--909838	18	2.1	18	100	0	74	24	21	32	21	1.98
916939--916991	19	2.7	19	85	5	61	35	13	16	33	1.88
916930--916991	20	3.2	19	81	6	70	32	14	17	35	1.90
917603--917768	80	2.0	82	91	3	273	33	15	4	46	1.67
921043--921091	23	2.1	23	85	7	64	61	14	8	16	1.56
924675--924724	20	2.4	21	90	9	77	30	20	12	38	1.88
927067--927108	19	2.2	19	83	8	50	30	0	11	57	1.35
927210--927271	23	2.6	23	85	10	72	25	1	3	69	1.13
928240--928282	17	2.4	18	84	3	52	16	11	2	69	1.28
929152--929639	156	3.1	155	85	4	608	40	19	14	25	1.90
930200--930739	165	3.3	163	83	4	682	45	15	8	31	1.75
932838--932863	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932818--932881	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
935428--935465	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
941623--941674	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
943980--944375	28	13.7	28	83	5	452	21	16	30	31	1.96
945626--945673	18	2.7	18	90	6	71	0	0	14	85	0.60
945626--945714	8	10.8	8	78	15	58	5	1	10	83	0.86
945645--945688	13	3.6	12	87	12	63	0	2	13	84	0.73
945626--945715	24	3.7	22	77	20	74	5	1	10	83	0.86
945626--945686	31	1.9	32	86	3	88	0	1	14	83	0.72
945642--945715	9	7.9	9	78	14	51	6	1	8	83	0.85
957062--957129	27	2.5	27	97	0	127	19	19	38	23	1.93
963120--963197	20	3.9	20	80	6	104	38	12	16	32	1.87
964385--964969	154	3.8	150	78	7	461	48	8	8	34	1.64
964487--964969	154	3.2	151	79	7	494	48	9	8	33	1.66
964727--965010	154	1.8	153	79	4	329	50	9	8	31	1.65
966337--966663	154	2.1	153	81	9	373	29	15	16	39	1.89
966805--966840	18	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
968316--968350	18	1.9	18	88	0	52	25	2	2	68	1.17
970493--970577	31	2.7	31	98	0	161	49	15	14	21	1.79
973379--973492	51	2.2	51	82	1	138	41	14	18	26	1.88
973540--973590	20	2.5	21	90	3	77	33	19	7	39	1.81
978590--978627	20	1.9	20	100	0	76	39	18	15	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
979543--980102	62	9.1	62	84	1	649	24	23	18	32	1.97
979543--980102	247	2.3	247	85	4	752	24	23	18	32	1.97
980346--980412	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
980366--980390	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
980435--980459	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
980468--980587	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
983689--983901	85	2.5	84	82	6	259	21	26	11	40	1.87
983703--984020	42	7.7	42	73	12	239	20	26	12	40	1.88
983872--983937	35	1.9	34	84	9	89	21	22	18	37	1.94
983825--984040	120	1.8	119	86	3	317	18	26	12	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9