genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1575279--1575363	20	3.7	20	71	28	71	28	18	11	41	1.86
1587806--1587852	21	2.3	20	82	7	58	40	17	19	23	1.91
1588617--1588679	32	2.0	32	90	6	101	28	12	14	44	1.82
1591222--1591285	13	4.9	13	94	0	110	31	15	18	34	1.93
1591222--1591285	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
1593366--1593396	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1597453--1597504	19	2.7	20	90	6	88	28	11	15	44	1.81
1598725--1598849	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	35	1.94
1598725--1598869	52	2.8	51	88	4	211	30	17	18	33	1.94
1598858--1598882	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1598925--1599022	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
1598944--1599000	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1598923--1599020	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
1602949--1603029	9	8.8	9	75	15	76	83	9	2	3	0.85
1602949--1603029	22	3.8	19	73	20	72	83	9	2	3	0.85
1602951--1603000	15	3.5	15	84	10	70	88	8	0	4	0.64
1602950--1602999	1	50.0	1	79	0	55	90	6	0	4	0.57
1604243--1604799	28	19.4	28	84	5	632	29	30	17	23	1.97
1604243--1604775	117	4.6	112	85	3	663	28	30	17	23	1.97
1614403--1614453	6	8.8	6	75	16	54	0	15	0	84	0.63
1614409--1614456	14	3.4	14	88	2	69	0	14	0	85	0.60
1614403--1614456	15	3.7	14	82	7	63	0	14	0	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1615610--1615654	15	2.9	16	79	20	51	15	0	4	80	0.87
1616378--1616472	42	2.3	42	96	0	172	33	21	26	18	1.96
1616588--1616695	52	2.1	52	81	13	125	33	16	25	25	1.96
1616953--1617434	31	15.7	31	75	11	359	20	20	31	28	1.97
1616972--1617258	153	1.9	153	86	4	409	19	19	32	29	1.96
1616960--1617478	182	2.8	181	86	6	674	21	20	31	27	1.98
1617432--1617592	30	5.3	30	72	8	119	31	14	30	23	1.94
1617424--1617600	92	1.9	92	80	0	201	33	14	28	23	1.93
1617410--1617592	62	3.0	60	80	4	163	30	14	30	24	1.95
1624910--1624935	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1629574--1629604	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1639241--1639279	21	1.9	20	94	5	69	35	20	12	30	1.90
1639398--1639435	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
1639422--1639446	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
1639402--1639465	33	1.9	33	87	6	94	32	15	10	40	1.82
1644806--1644843	18	2.1	18	95	0	67	15	39	13	31	1.86
1647303--1647755	47	9.7	47	78	5	389	21	22	15	41	1.90
1647331--1647596	93	2.9	92	82	5	320	22	21	15	40	1.91
1647370--1647777	142	2.9	142	83	2	477	21	21	16	41	1.90
1648997--1649319	166	1.9	166	80	4	375	29	8	12	49	1.71
1649621--1649668	13	3.7	13	83	5	53	77	0	22	0	0.78
1649625--1649670	10	4.5	10	80	19	51	76	0	23	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1649622--1649671	11	4.5	11	74	16	50	78	0	22	0	0.76
1649620--1649676	23	2.5	21	81	15	69	77	1	21	0	0.86
1650121--1650183	32	1.9	32	83	6	81	44	14	12	28	1.82
1652380--1652429	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1654227--1654257	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1656315--1656355	13	3.2	13	96	0	73	36	19	14	29	1.92
1657975--1658017	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
1658923--1658948	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1660548--1660818	145	1.9	142	86	6	386	33	10	13	42	1.79
1665409--1665653	69	3.6	68	77	7	201	29	11	17	41	1.84
1673920--1673949	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
1681880--1681924	19	2.3	19	81	11	56	57	0	2	40	1.11
1684075--1684203	68	1.9	69	83	1	170	47	17	10	24	1.79
1691486--1691522	18	2.1	18	100	0	74	27	0	45	27	1.54
1695140--1695171	15	2.1	15	100	0	64	6	25	6	62	1.42
1698861--1698898	19	2.0	19	90	10	60	7	0	7	84	0.79
1698850--1698897	10	5.2	9	78	12	53	4	2	10	83	0.87
1700439--1700856	211	2.0	211	96	0	764	29	22	16	31	1.95
1709397--1709531	61	2.2	61	97	0	252	26	16	27	29	1.97
1713042--1713184	51	2.8	52	91	2	229	40	10	20	28	1.85
1715558--1715587	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
1717119--1717912	311	2.6	307	94	1	1331	24	17	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1716907--1717958	153	6.8	153	74	16	796	24	17	22	36	1.94
1718352--1718434	19	4.8	18	83	16	113	32	10	18	38	1.85
1718373--1718442	31	2.2	32	94	2	124	32	11	18	37	1.87
1718487--1718511	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1718500--1718645	52	2.8	52	91	2	231	34	17	18	28	1.94
1723930--1723967	20	1.9	20	94	0	67	44	15	10	28	1.80
1724059--1724083	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1724041--1724104	32	2.0	31	88	8	94	39	17	14	29	1.88
1732791--1732919	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
1732791--1732939	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
1732928--1732952	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1733018--1733042	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1732996--1733062	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1735892--1735916	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1738449--1738511	19	3.6	19	74	24	75	38	15	14	31	1.88
1738468--1738524	13	3.9	13	72	24	51	35	15	14	35	1.88
1738448--1738525	32	2.4	32	97	0	147	35	16	14	33	1.89
1738448--1738547	32	3.1	32	91	4	139	36	16	13	35	1.87
1739247--1739271	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1739224--1739291	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
1741868--1741906	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1748032--1748056	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1748009--1748076	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
1748779--1748832	22	2.5	21	80	11	65	31	5	14	48	1.67
1748779--1748831	21	2.5	22	81	3	63	32	5	15	47	1.68
1753681--1753925	120	2.0	121	98	0	474	32	23	13	30	1.93
1754200--1754268	22	3.2	22	74	17	56	72	10	11	5	1.27
1755439--1755495	20	2.8	20	97	0	105	26	14	14	45	1.82
1757974--1758086	51	2.2	51	85	3	147	28	25	11	34	1.91
1757911--1758226	130	2.4	129	82	2	375	30	25	10	34	1.89
1758102--1758215	51	2.2	51	83	7	142	33	22	9	34	1.87
1758258--1758377	51	2.3	52	82	4	145	29	26	14	30	1.95
1770846--1770911	1	66.0	1	78	0	69	89	9	1	0	0.55
1770847--1770911	17	3.9	17	88	9	98	89	9	1	0	0.56
1770847--1770911	25	2.6	24	92	4	103	89	9	1	0	0.56
1770847--1770911	8	7.9	8	88	6	94	89	9	1	0	0.56
1771887--1772074	94	1.9	95	83	9	236	25	26	18	30	1.98
1771900--1772410	211	2.4	210	87	5	730	26	26	18	28	1.98
1772212--1772818	116	5.2	113	84	7	656	26	26	20	26	1.99
1772232--1772825	61	10.1	60	83	9	644	26	26	19	27	1.99
1772232--1772819	177	3.4	175	89	4	859	26	26	19	27	1.99
1772795--1772997	42	4.8	42	73	11	148	20	28	13	37	1.90
1773665--1773694	13	2.3	13	94	0	51	30	13	16	40	1.87
1775939--1776058	51	2.4	51	86	0	168	28	28	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1775880--1776415	130	4.2	128	77	9	479	29	25	11	34	1.90
1776193--1776310	51	2.3	52	82	4	141	30	27	11	29	1.92
1777821--1778307	27	17.9	27	84	1	571	24	30	16	29	1.96
1777803--1778672	27	30.9	28	77	9	316	26	30	15	27	1.96
1778291--1778498	56	3.6	56	76	11	188	31	26	15	25	1.96
1778545--1778677	32	4.2	32	83	7	125	28	33	17	20	1.95
1778559--1778677	64	1.9	63	83	11	154	28	35	15	20	1.94
1778555--1778709	32	4.9	31	82	7	120	27	32	16	23	1.96
1778625--1778720	32	3.0	32	81	0	102	28	28	15	28	1.96
1779921--1779993	22	3.3	22	76	5	67	76	1	19	2	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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