genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710789--711152	165	2.2	167	85	4	479	49	8	10	31	1.67
711118--711176	24	2.5	24	91	5	93	50	0	5	44	1.24
719455--719479	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
719545--719569	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
719523--719589	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
720458--720615	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
720387--720780	170	2.3	171	94	2	691	36	14	24	24	1.93
720738--720871	43	2.9	45	86	8	191	31	18	23	26	1.98
720695--720880	49	3.9	48	82	11	229	32	17	23	26	1.96
720694--720871	92	1.9	94	93	3	306	32	17	23	25	1.97
720524--721136	265	2.3	265	99	0	1217	34	16	23	25	1.95
720960--721615	49	13.6	49	84	7	855	31	17	25	24	1.97
720959--721617	92	6.9	93	93	3	1009	31	17	25	24	1.97
720893--721615	389	1.9	386	92	4	1211	32	17	25	24	1.97
721620--721745	33	3.8	33	94	4	220	16	19	35	28	1.93
721620--721745	65	1.9	66	93	4	220	16	19	35	28	1.93
721750--722427	34	19.0	33	75	16	473	34	12	33	19	1.89
721734--722427	103	6.5	107	77	14	641	34	11	33	20	1.89
721750--722424	70	9.4	70	79	10	537	34	12	33	19	1.89
721933--722102	87	1.9	88	93	1	297	33	14	32	19	1.91
722403--722575	31	5.8	27	79	10	112	24	18	32	24	1.97
722431--722575	31	4.7	31	84	10	181	24	19	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722587--722618	4	8.0	4	92	0	55	21	0	0	78	0.76
723909--723999	1	91.0	1	68	0	56	0	0	15	84	0.62
723911--723995	9	9.7	9	79	15	90	0	0	16	83	0.65
723909--723999	18	5.3	17	81	13	107	0	0	15	84	0.62
730961--730985	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
731052--731076	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
731030--731096	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
731965--732122	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
731894--732287	170	2.3	171	94	2	691	36	14	24	24	1.93
732245--732378	43	2.9	45	86	8	191	31	18	23	26	1.98
732202--732387	49	3.9	48	82	11	229	32	17	23	26	1.96
732201--732378	92	1.9	94	93	3	306	32	17	23	25	1.97
732031--732643	265	2.3	265	99	0	1217	34	16	23	25	1.95
732467--733122	49	13.6	49	84	7	855	31	17	25	24	1.97
732466--733124	92	6.9	93	93	3	1009	31	17	25	24	1.97
732400--733122	389	1.9	386	92	4	1211	32	17	25	24	1.97
733127--733252	33	3.8	33	94	4	220	16	19	35	28	1.93
733127--733252	65	1.9	66	93	4	220	16	19	35	28	1.93
733257--733932	70	9.4	70	79	10	530	34	12	33	19	1.89
733241--733935	103	6.5	104	74	15	571	34	11	33	20	1.89
733440--733610	87	1.9	89	92	2	292	33	14	32	19	1.92
733911--734083	31	5.8	27	79	10	112	24	18	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733939--734083	31	4.7	31	84	10	181	24	19	31	24	1.98
734095--734121	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
735418--735509	1	92.0	1	69	0	58	0	0	15	84	0.62
735420--735504	9	9.7	9	79	15	90	0	0	16	83	0.65
735418--735509	18	5.4	17	81	13	109	0	0	15	84	0.62
742471--742495	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
742561--742585	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
742539--742605	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
742979--743003	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
743044--743110	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
743066--743090	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
748198--748743	79	6.9	78	78	6	514	28	22	13	35	1.92
748198--748743	157	3.5	157	80	4	593	28	22	13	35	1.92
750552--750624	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
750570--750645	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
750552--750645	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
750684--750709	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
754760--754790	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
756861--756897	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
758692--758784	32	2.9	32	98	1	179	25	3	25	45	1.69
759405--759477	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
759423--759498	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759405--759498	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
759537--759562	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
761591--762817	55	21.9	55	82	9	1391	26	28	21	23	1.99
762645--762786	47	2.9	47	82	12	151	29	30	21	18	1.97
763258--763334	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
763372--763433	31	2.0	32	96	3	117	35	12	16	35	1.87
763390--763414	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
763371--763436	19	3.8	19	75	24	83	36	12	15	36	1.84
763476--763501	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
763456--763522	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
765855--766242	51	7.4	51	69	17	186	30	24	11	32	1.91
765862--765977	54	2.2	51	84	7	144	34	20	8	36	1.84
765961--766036	27	2.8	28	88	6	102	25	32	19	22	1.97
765967--766036	28	2.6	27	88	6	97	24	34	18	22	1.96
766019--766243	52	4.3	51	79	7	202	30	25	12	32	1.92
766226--766302	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
772536--773933	55	24.9	55	82	9	1598	26	28	21	23	1.99
772536--773933	110	12.5	110	88	6	1879	26	28	21	23	1.99
773761--773902	47	2.9	47	82	12	151	29	30	21	18	1.97
773725--773909	102	1.8	102	91	0	307	28	29	21	20	1.98
774372--774429	21	2.8	21	81	5	73	36	15	15	32	1.89
774465--774532	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774486--774510	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
774467--774529	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
776912--777291	51	7.2	52	69	13	172	30	25	11	31	1.92
776913--777027	53	2.2	51	86	6	151	33	22	8	34	1.85
777011--777086	27	2.8	27	88	6	100	25	32	19	22	1.97
777109--777292	52	3.5	52	81	8	205	30	26	11	32	1.91
777275--777351	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
777305--777508	78	2.6	79	77	3	214	24	29	17	28	1.97
782654--782722	30	2.3	30	82	5	86	20	28	14	36	1.92
782725--783606	62	14.3	62	82	5	920	23	23	19	32	1.97
783620--784283	42	16.2	42	75	11	445	19	24	13	42	1.87
783628--784155	43	12.6	42	77	11	458	19	24	14	42	1.88
783629--784272	168	3.9	165	77	9	588	19	24	14	42	1.88
783622--784154	291	1.8	290	85	5	745	18	24	13	42	1.87
783622--784272	82	8.0	85	78	10	497	19	24	13	42	1.88
784127--784320	35	5.4	35	74	12	160	19	22	15	42	1.89
785042--785206	50	3.3	50	88	3	242	25	15	15	44	1.85
787596--788143	79	6.9	79	81	5	522	28	25	13	33	1.93
787578--788143	237	2.4	235	82	5	658	28	24	12	34	1.92
794361--794474	51	2.3	51	90	1	176	44	11	15	28	1.81
795216--795323	52	2.1	52	83	0	135	40	12	19	26	1.88
795163--795388	113	2.0	113	82	3	276	39	14	20	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795187--795412	113	2.0	113	80	1	256	39	15	21	23	1.91
795438--795878	95	4.6	95	82	3	478	21	17	31	29	1.96
795898--796249	28	12.4	28	83	5	386	22	17	31	29	1.96
795898--796389	57	8.4	57	78	8	463	22	17	31	28	1.96
795898--796240	85	4.0	85	91	1	519	22	17	31	28	1.96
795438--796389	32	31.2	31	77	10	482	22	17	31	28	1.96
796296--796547	27	8.9	29	76	11	87	27	14	31	26	1.95
796353--796736	27	12.8	27	74	16	239	30	13	31	24	1.93
796458--796736	66	4.4	66	85	5	357	31	12	32	22	1.92
798773--798813	20	2.0	20	100	0	82	19	29	14	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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