genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  6  of  35  ( 4175 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799455--799614	82	2.0	82	98	0	311	36	17	27	18	1.94
800930--800973	1	44.0	1	81	0	52	90	9	0	0	0.44
800924--800973	17	2.8	18	93	3	84	88	12	0	0	0.53
800930--800973	20	2.3	19	92	4	70	90	9	0	0	0.44
803797--803884	1	88.0	1	77	0	68	0	7	5	86	0.71
803797--803886	31	3.0	31	93	6	150	0	10	5	84	0.77
812561--812652	30	3.0	31	85	7	125	22	33	15	28	1.94
812616--812729	37	3.2	36	81	7	133	19	32	9	38	1.84
812623--812729	34	3.1	34	79	14	119	20	32	10	36	1.86
812712--812843	27	4.2	33	73	14	125	19	30	14	35	1.92
812724--812843	61	2.0	61	85	1	161	20	30	13	35	1.91
812909--814259	49	27.8	49	78	9	1229	23	25	17	32	1.96
812909--814259	101	13.9	99	82	8	1265	23	25	17	32	1.96
813149--814207	150	7.2	147	82	7	1044	23	26	17	32	1.97
813149--814259	251	4.5	249	84	7	1275	23	26	17	32	1.97
814832--814859	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
814812--814877	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
814725--814928	84	2.4	84	97	0	381	33	18	12	35	1.88
818548--818609	33	1.9	33	83	3	81	35	14	11	38	1.82
824407--824805	79	5.1	79	75	9	323	33	13	25	28	1.93
824407--824787	159	2.4	157	78	9	373	32	14	25	28	1.94
830160--830459	149	2.0	149	98	0	582	50	17	5	27	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842346--842810	49	9.6	49	76	8	380	32	17	26	23	1.96
842430--842810	150	2.7	140	83	7	439	32	17	25	24	1.96
842818--843127	33	9.6	35	77	10	206	35	10	32	21	1.88
842815--843410	27	18.7	32	71	14	263	35	12	31	21	1.90
842810--843128	69	4.9	66	73	14	245	35	10	32	21	1.88
843026--843465	34	13.8	33	70	15	135	35	13	30	21	1.92
842874--843144	123	2.2	122	81	5	321	35	11	30	22	1.89
843206--843307	30	3.4	30	89	2	150	27	15	31	25	1.96
843210--844231	31	32.6	30	78	11	810	32	14	30	22	1.94
842999--843598	283	2.1	283	82	7	741	35	13	29	21	1.92
843446--844199	315	2.4	315	92	1	1258	31	15	30	22	1.94
845519--845576	6	9.8	6	80	15	59	1	0	13	84	0.70
845508--845564	28	2.0	27	87	12	80	1	0	15	82	0.75
845507--845576	21	3.3	20	83	13	79	1	0	15	82	0.73
845518--845583	21	3.2	20	83	10	71	3	1	12	83	0.83
846557--846584	9	3.1	9	100	0	56	32	10	35	21	1.88
846609--846745	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
846825--846865	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
853931--853957	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
854359--854408	24	2.0	25	84	3	66	32	8	16	44	1.76
862349--862456	51	2.2	49	88	3	153	47	11	14	26	1.78
865948--866018	20	3.6	20	92	1	117	43	9	15	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866968--867141	60	3.0	57	78	16	155	20	18	31	29	1.96
867035--867392	28	12.6	29	85	5	380	25	17	27	29	1.97
868727--868791	10	6.8	9	80	13	60	1	4	10	83	0.87
868719--868776	28	2.1	27	87	3	80	3	1	10	84	0.81
868717--868791	20	3.8	20	77	10	73	2	5	12	80	0.99
872417--872441	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
872429--872481	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
872542--872567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
872522--872589	33	2.1	32	91	2	109	35	17	13	33	1.89
878274--878307	8	4.2	8	100	0	68	14	0	23	61	1.33
878510--878534	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
878666--878706	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
878968--879019	20	2.4	21	84	9	61	21	50	25	3	1.65
880385--880429	22	2.0	23	87	12	67	40	0	22	37	1.54
887556--887742	100	1.9	100	86	2	268	27	19	29	24	1.98
887656--888771	55	19.9	55	88	3	1543	22	20	28	27	1.99
887989--888074	26	3.2	26	65	20	68	23	20	29	26	1.99
888325--888413	26	3.3	26	66	14	72	20	19	31	29	1.97
888546--888688	27	5.3	26	61	21	69	22	20	30	26	1.99
888658--888811	60	2.5	63	89	5	251	30	18	26	24	1.98
895066--895292	76	2.9	76	87	5	323	34	15	24	25	1.95
895229--895343	51	2.3	49	89	7	171	33	13	24	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895173--895473	130	2.3	128	86	3	435	32	13	25	27	1.94
894986--895422	203	2.1	206	82	8	517	33	14	24	26	1.94
895359--895501	51	2.8	51	83	2	180	32	11	25	30	1.92
895354--895526	51	3.4	51	78	5	179	31	13	27	27	1.94
897825--897918	20	4.7	20	85	5	111	40	13	17	28	1.87
897957--897982	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
904828--904965	51	2.7	51	89	2	215	47	12	13	26	1.79
904880--905005	20	5.8	20	75	18	72	42	14	12	30	1.82
906354--906384	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
908854--908908	11	5.1	11	77	4	58	76	0	20	3	0.94
913795--913834	20	2.0	21	85	5	55	17	5	2	75	1.10
920065--920114	21	2.4	21	86	3	75	32	16	14	38	1.88
921805--921845	22	1.9	22	90	5	66	73	2	2	21	1.07
922120--922476	153	2.3	154	82	6	420	24	18	19	37	1.94
924635--924659	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
925697--925765	33	2.1	33	86	0	93	36	24	18	20	1.95
927250--927289	13	3.1	13	88	0	62	37	10	15	37	1.80
930992--931188	79	2.5	79	82	3	209	29	15	28	25	1.96
931145--931216	28	2.6	28	86	0	90	25	18	34	22	1.96
931205--931542	52	6.4	52	67	17	169	31	12	25	30	1.92
931348--931429	27	3.0	28	80	10	89	28	21	28	21	1.99
931416--931547	51	2.5	51	80	10	149	33	9	24	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933885--933951	33	2.0	33	85	0	89	44	16	14	23	1.85
933971--934070	19	5.9	18	73	26	103	37	15	12	36	1.84
933993--934049	13	3.9	13	76	24	60	33	15	14	36	1.88
933974--934068	32	3.0	32	98	0	181	35	15	12	35	1.86
934909--936623	55	30.3	55	82	8	1962	24	20	27	27	1.99
934981--935069	29	3.2	29	62	26	73	21	17	31	29	1.96
934908--936601	171	9.9	172	93	2	2170	24	20	27	27	1.99
934909--936623	226	7.6	222	82	7	2001	24	20	27	27	1.99
937581--937639	12	4.8	12	79	4	55	1	8	6	83	0.89
938817--938898	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
938881--939216	51	6.4	51	68	14	182	31	11	25	30	1.91
939034--939109	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
941577--941602	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
941556--941622	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
941642--941709	19	3.9	18	73	23	74	38	13	11	36	1.81
941645--941707	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
941745--941822	21	3.8	21	86	8	115	32	12	16	38	1.87
941745--941822	41	1.9	41	89	5	122	32	12	16	38	1.87
941824--941869	7	7.0	7	85	14	71	13	0	0	86	0.56
941826--941870	12	3.6	12	85	8	63	11	0	0	88	0.50
941826--941870	19	2.4	19	92	0	81	11	0	0	88	0.50
942467--943437	55	17.3	55	87	6	1250	22	19	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943083--943160	29	2.9	26	64	17	68	23	17	28	30	1.97
944406--944461	15	3.7	15	85	4	76	0	3	8	87	0.65
956861--957058	79	2.5	78	82	4	211	29	16	28	25	1.97
957013--957084	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
957073--957410	52	6.4	52	68	17	187	31	12	26	30	1.93
957229--957299	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
956959--957352	107	3.7	105	71	13	318	30	14	27	27	1.95
957288--957415	51	2.4	51	79	11	141	33	10	24	32	1.89
959763--959788	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
959828--959895	19	3.9	18	75	23	74	39	14	10	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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