genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393310--2393337	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2393401--2393425	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2394238--2394422	93	2.0	93	82	9	225	35	15	14	34	1.88
2395037--2395161	60	2.1	59	80	7	137	37	15	11	36	1.83
2400542--2400930	155	2.5	154	79	6	412	30	11	16	42	1.83
2404769--2404885	52	2.2	52	86	3	164	32	17	17	33	1.93
2404873--2404932	13	5.0	13	75	22	60	31	11	16	40	1.85
2404873--2404954	34	2.4	34	95	0	146	32	10	17	39	1.84
2404976--2405027	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
2405379--2405421	14	3.1	14	86	0	50	41	2	6	48	1.43
2405437--2405490	16	3.2	17	79	10	58	61	0	1	37	1.07
2405471--2405507	18	2.1	18	89	0	56	72	0	2	24	0.97
2405481--2405528	17	2.8	17	84	9	53	66	2	0	31	1.03
2408562--2408703	71	2.0	71	94	2	250	42	11	16	28	1.83
2408951--2409023	35	2.1	35	84	0	92	49	13	10	26	1.75
2409160--2409233	35	2.1	35	82	0	85	43	18	10	27	1.83
2412493--2412561	33	2.1	32	84	10	86	39	17	11	31	1.85
2412523--2412560	20	1.9	20	88	0	58	39	15	13	31	1.86
2413134--2413246	21	5.3	21	78	12	113	30	29	2	38	1.71
2413128--2413244	22	5.4	22	87	4	166	29	29	2	38	1.70
2413128--2413247	43	2.8	43	94	0	204	28	29	2	40	1.70
2415447--2415520	20	3.7	20	78	3	94	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415465--2415540	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2415447--2415540	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2415579--2415604	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2417818--2417862	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2421710--2421789	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2421775--2421813	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2424264--2424337	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2424282--2424357	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2424264--2424357	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2425464--2425490	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2425625--2425666	20	2.2	20	87	8	61	47	21	2	28	1.63
2426850--2426912	19	3.6	19	74	24	75	33	11	19	36	1.87
2426869--2426926	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
2426848--2426925	32	2.4	32	95	0	138	34	12	17	34	1.88
2426964--2426989	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2435222--2435248	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2437433--2437562	61	2.1	61	91	0	206	40	13	23	23	1.89
2437505--2437645	52	2.7	52	85	5	196	36	14	24	23	1.93
2437669--2438174	32	15.7	32	80	4	473	19	16	32	31	1.94
2437669--2438171	65	7.8	65	79	5	425	19	16	33	30	1.94
2437669--2438174	98	5.2	97	79	5	463	19	16	32	31	1.94
2438174--2438350	65	2.7	65	81	8	191	46	9	25	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438166--2438375	33	6.4	33	73	7	158	44	10	25	20	1.82
2438242--2438377	65	2.1	65	87	2	193	46	9	25	18	1.79
2438367--2438440	30	2.6	27	76	12	76	32	12	31	24	1.92
2438436--2438552	30	3.8	30	73	12	110	34	16	27	22	1.95
2438429--2438563	64	2.1	67	87	4	195	39	14	27	19	1.90
2439754--2439805	18	2.8	18	82	8	52	3	9	9	76	1.12
2439774--2439840	12	5.4	12	85	7	89	0	2	11	85	0.72
2439774--2439830	20	2.8	20	78	17	64	0	3	12	84	0.75
2439775--2439839	9	6.9	9	77	16	53	0	3	12	84	0.73
2440329--2440376	25	1.9	25	100	0	96	54	8	16	20	1.68
2446914--2446970	19	2.9	19	82	10	62	35	12	10	42	1.77
2448484--2448509	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2448464--2448527	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2448464--2448534	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2452548--2452611	33	2.0	32	87	3	92	39	15	15	29	1.89
2452717--2452761	23	1.9	23	86	4	63	40	11	8	40	1.72
2461189--2461228	20	2.0	20	90	0	62	32	12	7	47	1.69
2461402--2461446	23	1.9	23	81	4	54	40	8	8	42	1.67
2465340--2465477	51	2.7	51	94	0	231	34	9	27	28	1.88
2465449--2465505	28	1.9	28	86	10	78	36	17	24	21	1.94
2465411--2465776	79	4.6	79	80	1	356	36	10	24	27	1.89
2468495--2468878	61	6.4	61	79	5	372	28	17	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491283--2491552	79	3.4	78	81	3	308	32	11	27	28	1.91
2491492--2491588	51	1.9	51	89	0	149	36	10	21	31	1.87
2491538--2491684	79	1.9	79	80	5	172	36	11	22	29	1.90
2491628--2491734	50	2.1	50	84	5	135	35	10	23	30	1.88
2491620--2491734	51	2.3	51	83	4	144	33	9	26	30	1.88
2491410--2491814	130	3.1	127	77	7	402	33	11	25	29	1.91
2491670--2491931	78	3.4	77	81	8	298	32	11	26	29	1.92
2491968--2492068	51	2.0	51	82	5	123	34	8	27	28	1.87
2496227--2496282	20	2.8	20	86	2	67	39	12	17	30	1.87
2496310--2496448	51	2.7	51	80	3	145	31	14	13	40	1.85
2503955--2504116	33	4.5	35	72	22	124	37	14	15	32	1.87
2503995--2504019	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2503994--2504113	33	3.5	33	73	20	127	38	14	15	32	1.87
2503955--2504124	72	2.4	72	91	2	279	37	13	15	32	1.87
2505019--2505118	33	3.0	33	91	0	155	29	15	29	27	1.96
2506663--2506702	20	2.0	21	90	5	64	30	15	12	42	1.83
2508642--2508678	15	2.5	15	95	0	65	24	18	5	51	1.67
2512676--2512740	33	2.0	33	87	6	96	29	18	13	38	1.89
2513202--2513390	80	2.4	79	83	4	236	30	11	27	31	1.91
2513325--2513525	92	2.2	93	86	2	271	29	8	26	34	1.87
2513521--2513709	86	2.2	86	84	2	254	31	13	24	30	1.94
2518237--2518270	3	11.7	3	87	6	52	38	0	29	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522805--2522852	13	3.7	13	91	0	78	29	12	20	37	1.90
2524074--2524129	21	2.7	21	100	0	112	35	10	17	35	1.85
2524187--2524211	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2525222--2525264	21	2.2	19	91	8	68	20	18	18	41	1.90
2531546--2531592	16	2.9	15	87	12	67	87	6	0	6	0.68
2531547--2531591	14	3.4	14	87	6	60	88	6	0	4	0.61
2532601--2532860	34	7.8	34	79	10	236	20	34	11	33	1.89
2532606--2532860	67	3.8	65	78	11	232	20	34	11	33	1.89
2532602--2532880	134	2.1	136	80	8	320	21	35	11	32	1.89
2532864--2533136	33	8.5	32	84	7	358	28	34	16	19	1.94
2532867--2533136	65	4.2	66	87	6	376	29	34	16	19	1.94
2532862--2533137	97	2.9	94	87	8	369	29	34	16	19	1.94
2533124--2534052	92	10.1	92	94	0	1570	25	25	17	31	1.97
2533951--2534159	52	4.0	52	84	3	238	24	24	14	36	1.93
2533954--2534159	107	2.0	104	81	2	241	24	23	14	36	1.93
2535057--2535082	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2538742--2538833	35	2.6	35	92	0	157	45	0	23	30	1.53
2539473--2539497	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2539585--2539611	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2540589--2540674	42	2.0	43	95	2	156	48	3	23	24	1.66
2544059--2545327	629	2.0	633	88	2	1890	30	23	14	32	1.94
2555572--2555872	81	3.8	78	77	11	265	32	11	28	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2555705--2555846	75	1.9	75	85	1	196	28	11	30	28	1.92
2555805--2555917	51	2.2	51	95	0	199	31	4	32	30	1.78
2557649--2557724	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2557648--2557733	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2557639--2557757	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2567493--2567610	49	2.5	46	81	8	139	31	22	27	19	1.98
2567725--2567871	32	4.7	32	80	5	158	19	20	28	31	1.97
2567711--2567832	63	1.9	64	83	1	156	24	21	26	27	1.99
2567799--2568234	28	15.2	28	76	8	315	22	17	28	31	1.97
2567865--2568234	56	6.5	57	78	8	362	23	17	27	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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