genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104238--2104294	29	2.0	27	80	16	62	31	10	8	49	1.68
2105531--2105591	21	3.0	20	83	7	77	54	18	4	22	1.63
2109204--2109302	28	3.5	28	88	0	135	24	28	19	28	1.98
2109261--2109488	79	2.9	79	80	4	253	29	24	12	32	1.92
2110945--2110970	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2110925--2110988	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2112750--2112780	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
2118785--2119371	92	6.3	92	93	1	978	25	25	18	31	1.97
2119063--2119128	19	3.2	19	67	19	51	25	22	19	31	1.98
2119229--2119296	22	3.1	22	62	19	52	25	23	19	32	1.97
2119272--2119409	52	2.6	55	83	3	174	25	24	15	34	1.94
2119715--2119782	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2119717--2119779	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2119736--2119760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2119822--2119847	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2119802--2119868	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2122204--2122334	51	2.5	53	80	8	160	32	25	9	32	1.89
2122349--2122518	52	3.3	51	78	11	184	30	25	12	32	1.92
2122502--2122578	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2122207--2122546	185	1.8	185	89	3	533	29	25	12	32	1.92
2122453--2122657	107	1.9	107	81	5	243	26	28	15	28	1.96
2122532--2122734	79	2.6	79	80	3	221	24	30	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123707--2123874	52	3.2	52	80	4	183	23	24	15	36	1.94
2123709--2123958	52	4.5	53	72	16	179	24	25	13	37	1.92
2124820--2124950	52	2.5	52	93	0	217	35	16	16	31	1.92
2133290--2133703	61	6.9	62	80	6	433	26	26	20	27	1.99
2133269--2133703	184	2.4	174	80	7	457	26	26	20	26	1.99
2134355--2134402	20	2.4	20	85	0	69	35	14	6	43	1.71
2136719--2136802	28	2.9	29	77	12	84	20	27	19	33	1.96
2136758--2137013	79	3.2	79	79	7	261	27	28	14	30	1.95
2138374--2138410	19	1.9	19	94	0	65	59	0	2	37	1.12
2138963--2138992	4	7.5	4	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2139739--2139804	33	2.0	33	82	5	80	40	4	1	53	1.31
2140856--2140910	21	2.8	20	83	10	60	32	0	0	67	0.91
2142091--2142302	105	2.0	105	86	7	297	40	7	9	42	1.65
2145371--2145400	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
2145596--2145668	16	4.4	17	70	17	55	69	0	0	30	0.88
2145596--2145675	9	8.7	9	76	18	58	70	0	0	30	0.88
2145596--2145686	9	10.9	9	74	15	54	68	0	1	30	0.97
2145917--2145948	16	2.0	16	93	0	55	59	0	9	31	1.29
2153959--2153996	20	1.9	19	89	5	58	52	0	2	44	1.14
2154633--2154771	52	2.7	52	85	1	181	31	12	11	43	1.79
2154633--2154763	51	2.5	51	87	1	172	31	12	11	44	1.79
2155372--2155398	10	2.7	10	100	0	54	18	18	0	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155466--2155496	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2157693--2157717	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2160258--2160296	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2160282--2160360	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2160498--2160529	8	4.0	8	100	0	64	62	25	0	12	1.30
2166662--2166686	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2167786--2167827	21	1.9	21	85	9	57	71	0	26	2	0.98
2167798--2167844	10	4.7	11	73	24	50	65	0	29	4	1.11
2167787--2167844	27	2.2	26	84	12	73	67	0	29	3	1.07
2167875--2167908	17	2.0	17	94	0	59	79	0	20	0	0.73
2167875--2167942	21	3.2	21	74	14	68	75	0	23	1	0.89
2168030--2168096	20	3.4	19	78	12	73	29	1	1	67	1.09
2168056--2168095	11	3.6	11	93	0	53	30	2	0	67	1.04
2168031--2168078	14	3.2	16	72	19	50	33	0	2	64	1.05
2168089--2168127	20	2.0	19	85	5	51	28	2	5	64	1.28
2168050--2168137	30	3.0	30	71	18	69	30	2	4	62	1.27
2168860--2168892	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
2168857--2168899	21	2.0	21	82	8	52	55	0	0	44	0.99
2169577--2169607	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
2188153--2188232	32	2.6	32	88	4	110	51	3	2	42	1.33
2188356--2188405	22	2.3	22	96	0	91	40	0	14	46	1.44
2188422--2188461	21	1.9	21	85	10	55	45	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192580--2192607	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2193195--2193271	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
2193307--2193376	19	4.1	18	75	22	78	35	11	12	40	1.80
2193328--2193352	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2193309--2193371	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
2193414--2193439	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2193394--2193460	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2195787--2196021	51	4.6	50	80	3	245	30	25	11	33	1.90
2208638--2208672	14	2.5	14	85	0	52	88	8	2	0	0.61
2209653--2210188	55	9.4	55	84	8	546	26	26	21	25	2.00
2210919--2210986	19	3.9	19	74	21	76	36	11	13	38	1.81
2210921--2210983	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
2211026--2211051	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2211006--2211072	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2213412--2213635	51	4.3	52	77	5	213	30	23	11	34	1.90
2225151--2225189	1	39.0	1	92	0	51	92	0	2	5	0.46
2225148--2225185	19	2.0	19	100	0	76	84	0	5	10	0.77
2225195--2225251	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2225307--2225374	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2225328--2225352	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2225309--2225371	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2227919--2227989	27	2.6	27	86	6	90	23	33	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227974--2228145	51	3.3	50	76	7	173	29	25	11	33	1.91
2228128--2228209	28	2.9	28	80	7	87	24	30	17	28	1.97
2231604--2231752	52	2.9	52	89	0	226	31	16	16	34	1.92
2231741--2231765	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2231785--2231851	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2231807--2231831	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2237551--2237663	57	2.0	57	92	1	192	30	30	17	21	1.96
2237545--2237655	27	4.0	27	83	6	141	32	31	18	18	1.94
2237636--2237725	32	2.8	32	89	1	135	21	34	13	31	1.92
2237774--2237874	35	3.0	33	80	9	114	18	29	13	37	1.90
2237847--2237942	30	3.3	29	84	7	124	34	32	16	16	1.92
2237866--2237952	28	2.9	30	80	16	101	33	29	17	19	1.95
2237977--2238383	48	8.5	48	79	8	438	25	25	18	31	1.97
2238109--2238186	39	2.0	39	84	0	102	29	23	20	26	1.99
2238066--2238334	87	2.9	88	84	8	299	26	26	18	28	1.98
2238012--2238383	135	2.6	136	81	7	390	26	25	18	30	1.97
2238148--2238393	100	2.5	100	85	4	329	26	25	17	31	1.97
2238163--2238410	48	5.0	47	77	15	148	25	25	17	31	1.97
2245639--2245676	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2247755--2247785	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2251834--2251885	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
2252893--2253096	76	2.6	78	81	5	227	27	16	30	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2252961--2253014	28	1.9	28	88	7	83	31	16	27	24	1.96
2253048--2253119	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2253108--2253277	52	3.3	50	79	11	182	32	12	24	29	1.93
2253251--2253332	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
2255737--2255803	33	2.0	33	85	0	89	43	16	13	26	1.85
2255823--2255890	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2255845--2255869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2255826--2255888	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2255946--2256002	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2256008--2256046	1	39.0	1	92	0	51	5	2	0	92	0.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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