genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187913--188001	31	2.9	30	86	5	124	19	35	16	28	1.93
188922--188966	13	3.5	13	82	11	58	77	2	0	20	0.87
188937--188968	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
202864--202988	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
202864--203008	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
202997--203021	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203087--203111	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203065--203131	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
210885--212283	42	33.4	42	80	3	1121	14	29	16	39	1.89
212960--213023	31	2.1	31	93	0	110	37	18	26	17	1.93
213568--213656	31	2.9	30	88	5	124	19	37	16	26	1.93
214577--214621	13	3.5	13	82	11	58	77	2	0	20	0.87
214592--214623	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
228516--228640	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
228516--228660	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
228649--228673	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
228739--228763	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
228717--228783	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
234248--234404	37	4.2	37	82	4	199	15	10	30	42	1.82
234249--234403	36	4.2	36	82	6	193	16	10	30	41	1.82
234242--234404	76	2.1	75	89	2	245	15	11	30	42	1.81
234242--234404	39	4.3	39	79	8	192	15	11	30	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235242--235282	17	2.4	17	88	8	57	12	4	4	78	1.07
239021--239052	17	1.9	17	93	6	57	81	9	6	3	0.97
239029--239086	19	2.9	19	80	10	55	82	10	3	3	0.90
239029--239078	26	2.0	26	92	4	84	84	10	4	2	0.84
240381--240879	28	17.6	28	82	6	542	29	31	17	22	1.96
240394--240935	56	9.4	61	76	12	292	29	30	17	22	1.97
242770--242810	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
245334--245449	50	2.3	50	92	0	187	25	19	13	40	1.89
249315--249349	18	1.9	18	88	0	52	82	11	0	5	0.82
250622--251070	28	15.6	28	80	9	403	28	32	16	22	1.96
250620--251070	56	7.8	56	81	6	465	28	32	16	22	1.96
252552--252624	20	3.7	19	85	8	85	30	13	16	39	1.87
254292--254328	3	12.3	3	94	0	65	35	0	32	32	1.58
258775--258826	20	2.6	20	100	0	104	30	23	11	34	1.90
261349--261421	20	3.7	19	85	7	76	30	15	16	38	1.89
271564--272167	28	21.6	28	76	13	390	29	30	16	23	1.96
271567--271662	48	2.0	47	91	2	156	33	30	15	20	1.94
271643--271737	47	2.0	47	89	0	145	34	27	15	22	1.94
271671--271707	19	1.9	19	94	0	65	37	29	13	18	1.90
271564--271758	75	2.6	75	96	0	354	32	30	15	21	1.94
271748--272135	142	2.7	138	79	9	330	28	30	17	23	1.97
272009--272195	95	2.0	92	86	3	257	29	31	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275112--275162	20	2.5	20	84	6	59	39	13	13	33	1.84
277210--277243	3	11.3	3	93	0	59	32	2	35	29	1.73
277418--277464	24	1.9	25	86	4	69	55	19	19	6	1.64
281766--281791	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
284263--284287	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
284599--284665	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
284619--284643	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
284706--284730	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
284739--284862	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
289184--289222	20	2.0	20	89	0	60	28	25	12	33	1.93
297639--297763	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
297646--297783	52	2.7	52	87	4	190	31	17	17	33	1.93
297772--297796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
297858--297882	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
302349--302389	21	2.0	22	85	9	59	31	24	0	43	1.54
307884--307967	13	5.5	13	68	28	51	34	16	13	35	1.88
307884--307969	32	2.7	33	87	5	140	36	16	12	34	1.87
311627--311700	20	3.8	19	84	8	87	36	14	16	32	1.89
313707--313734	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
313720--313860	52	2.7	50	83	6	174	33	17	17	31	1.93
313740--313868	52	2.5	52	87	5	188	35	17	16	31	1.92
319082--319106	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319115--319239	52	2.4	52	93	2	207	35	18	16	29	1.93
324320--324347	10	2.8	10	100	0	56	92	7	0	0	0.37
325267--325635	31	11.9	31	74	13	221	20	34	15	28	1.93
325283--325721	62	7.0	63	78	12	347	21	34	15	29	1.93
325283--325484	96	2.1	94	83	8	241	20	35	15	27	1.94
325305--325689	127	3.1	125	82	10	398	21	34	14	29	1.93
325495--325669	89	2.0	89	85	6	239	21	35	15	27	1.94
325554--325640	27	3.2	27	88	0	129	19	37	16	26	1.92
325608--325691	35	2.5	33	82	3	105	21	33	11	33	1.90
325687--325807	33	3.7	33	91	4	192	27	33	19	20	1.96
325687--325814	65	2.0	63	90	6	204	28	33	18	19	1.96
325807--326979	49	24.6	49	85	6	1538	25	25	17	30	1.97
325807--326983	92	12.4	94	87	5	1367	25	25	17	30	1.97
325802--326983	141	8.3	141	87	6	1536	25	26	17	30	1.97
326870--326936	21	3.1	21	66	19	57	29	23	16	29	1.96
326997--327123	67	1.9	68	85	1	175	25	24	11	38	1.89
328023--328050	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
328036--328176	52	2.7	50	83	6	174	33	17	17	31	1.93
328056--328184	52	2.5	52	87	5	188	35	17	16	31	1.92
329622--330106	142	3.4	140	81	6	503	22	16	29	31	1.96
329641--330106	28	16.5	28	82	2	509	22	15	30	31	1.95
331362--331443	17	4.8	17	70	18	62	4	3	8	82	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331370--331443	15	4.5	15	70	18	58	4	4	8	83	0.88
331355--331443	11	7.8	11	72	14	65	4	3	8	83	0.90
336845--337305	167	2.8	167	80	6	429	49	7	11	31	1.66
338382--338439	20	2.8	21	84	5	73	34	15	13	36	1.87
343664--344725	163	6.5	163	78	9	906	29	10	7	52	1.63
343642--344753	492	2.3	490	85	4	1524	30	10	7	51	1.63
346035--346059	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
346012--346079	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
348597--348632	13	2.8	13	95	0	63	33	13	19	33	1.91
351575--351600	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
351557--351620	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
353807--353851	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
355653--355683	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
357759--357784	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
357905--357950	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
360322--360346	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
364744--364768	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
364724--364788	33	2.0	33	87	3	96	30	13	18	36	1.90
366751--367631	155	5.7	154	81	4	875	23	15	19	41	1.90
366751--367597	309	2.7	308	83	3	988	24	15	19	40	1.90
384603--384644	21	2.0	21	90	0	66	38	19	30	11	1.88
385916--386045	52	2.5	52	93	1	224	28	18	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
386054--386078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
389961--390028	23	3.1	23	77	16	72	70	5	11	11	1.32
391330--391941	27	22.4	27	85	4	712	25	31	13	29	1.94
391330--391941	55	11.2	54	83	6	691	25	31	13	29	1.94
391955--392081	63	2.0	63	86	6	177	29	25	16	28	1.97
391985--392678	32	22.2	32	74	11	385	29	27	18	24	1.98
391923--392678	61	12.2	61	74	12	437	30	27	17	24	1.97
391923--392639	125	5.8	119	75	12	508	29	27	17	24	1.97
392559--392635	31	2.6	29	78	10	82	31	29	18	20	1.96
395429--395595	32	5.2	32	74	5	115	35	26	15	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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