genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567799--2568224	86	4.9	86	76	9	352	23	17	27	31	1.97
2567801--2568190	116	3.4	116	85	5	470	22	17	28	32	1.96
2568146--2568494	27	12.7	27	80	7	330	28	14	31	26	1.94
2568205--2568494	110	2.7	108	86	5	381	28	13	32	25	1.94
2568213--2568494	82	3.5	80	87	3	393	29	13	32	24	1.93
2569106--2569142	10	3.6	10	89	7	56	2	10	2	83	0.84
2571355--2571431	20	3.8	20	77	3	73	40	12	14	32	1.84
2571328--2571523	94	2.1	92	80	3	223	37	13	14	34	1.85
2571569--2571615	20	2.3	21	88	3	69	31	19	10	38	1.86
2576932--2577054	52	2.4	52	85	0	165	29	17	17	34	1.94
2576932--2577074	52	2.8	52	80	4	146	30	17	18	33	1.94
2577063--2577087	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2576990--2577173	86	2.2	84	82	8	212	33	15	15	35	1.89
2577130--2577227	19	5.8	18	67	28	72	36	17	11	34	1.85
2577128--2577225	32	3.0	32	93	1	160	35	17	11	35	1.85
2582045--2582154	53	2.1	53	84	6	143	40	25	10	22	1.86
2583779--2583842	32	2.0	32	84	3	83	29	15	14	40	1.86
2586025--2586050	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2591328--2591358	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2593529--2593554	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2594276--2594302	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
2596084--2596109	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598187--2598217	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2600021--2600065	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2600738--2600763	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2600718--2600779	32	1.9	33	90	3	99	27	12	16	43	1.84
2601244--2601302	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2601583--2601608	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2601562--2601626	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
2601657--2601728	20	3.5	20	81	9	74	29	16	13	40	1.87
2604152--2604190	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2608102--2608146	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2610338--2610363	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2610317--2610381	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
2610412--2610485	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
2610453--2611078	322	1.9	322	98	0	1200	36	14	10	38	1.81
2614240--2614451	63	3.4	62	78	4	205	28	15	14	41	1.86
2624497--2624552	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2625463--2625537	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2625460--2625537	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2627464--2627529	26	2.4	28	75	12	64	59	3	7	30	1.41
2627637--2627679	22	2.0	22	90	0	68	55	0	6	37	1.27
2629003--2629218	65	3.3	64	79	5	229	45	13	21	18	1.84
2629052--2629218	64	2.6	65	82	7	198	47	15	19	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629111--2629349	68	3.6	66	78	9	211	50	14	17	17	1.79
2629671--2630175	41	12.9	41	67	14	208	44	16	20	19	1.87
2629677--2630089	112	3.6	112	77	7	305	44	16	19	19	1.86
2629884--2630175	122	2.4	121	82	3	334	42	16	21	18	1.89
2630679--2630974	77	3.9	75	79	3	290	43	15	15	24	1.86
2630817--2631153	169	2.0	169	98	0	647	44	16	15	23	1.85
2637313--2637377	32	2.0	33	87	3	96	35	15	16	32	1.91
2641066--2641160	36	2.9	32	79	13	97	30	24	12	32	1.92
2641626--2641660	17	2.0	18	94	5	63	40	11	22	25	1.88
2644093--2644183	32	2.8	33	76	14	107	30	25	13	30	1.93
2644088--2644183	36	2.9	33	79	11	108	30	26	12	31	1.93
2644663--2644701	20	1.9	21	89	5	62	20	15	25	38	1.92
2650572--2651130	165	3.4	162	85	4	667	50	8	10	31	1.66
2652055--2652296	85	2.8	85	77	3	272	45	14	21	18	1.86
2651987--2652296	170	1.8	169	84	3	426	45	14	21	18	1.85
2652280--2652315	18	2.0	18	88	0	54	41	11	16	30	1.83
2652388--2652517	42	3.1	41	76	6	143	49	14	18	17	1.80
2652112--2652451	188	1.8	188	85	6	483	45	13	21	19	1.84
2652345--2652517	85	2.0	85	88	2	258	48	13	19	19	1.80
2652564--2652660	49	2.0	49	81	4	115	39	10	29	20	1.86
2652767--2653200	40	10.7	39	65	16	103	43	14	23	19	1.87
2652510--2652857	130	2.7	128	78	8	348	41	12	25	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652903--2652996	49	1.9	49	82	4	118	42	11	25	20	1.86
2652631--2653099	208	2.2	210	80	5	515	43	13	23	19	1.87
2653049--2653199	40	3.8	39	75	6	133	45	15	19	19	1.85
2653049--2653200	80	1.9	79	85	4	207	45	15	19	19	1.85
2653153--2653249	49	2.0	49	93	2	169	43	12	23	20	1.86
2653632--2653913	92	3.1	91	80	2	312	33	13	23	29	1.93
2654299--2654660	157	2.3	156	80	7	381	44	12	19	23	1.85
2654390--2654670	81	3.5	80	77	9	252	45	13	18	22	1.85
2659801--2659826	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2659783--2659846	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2662423--2663017	153	3.9	151	76	9	520	38	20	16	25	1.92
2666241--2666265	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2668803--2668828	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2670884--2670914	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2672718--2672762	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
2674978--2675003	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2679286--2679406	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2679286--2679426	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2679415--2679439	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2679503--2679527	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2679481--2679547	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2680315--2680791	155	3.1	156	82	3	547	38	21	17	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682955--2683419	165	2.8	165	78	6	478	48	7	12	31	1.68
2683113--2683540	165	2.6	164	81	5	454	48	6	12	32	1.66
2684686--2684781	42	2.3	40	74	13	95	44	12	21	20	1.85
2684966--2685184	81	2.7	82	77	9	234	42	15	23	18	1.89
2685010--2685135	40	3.2	38	72	9	101	40	15	24	19	1.90
2685170--2685868	47	15.0	47	74	7	173	37	14	26	21	1.92
2685244--2686023	140	5.6	139	77	5	459	37	14	25	22	1.92
2685196--2685483	93	3.1	92	74	7	242	37	14	26	21	1.92
2685452--2685830	93	4.1	92	75	8	363	37	13	25	22	1.92
2685312--2686025	47	15.3	46	76	9	389	38	14	24	22	1.91
2685870--2686043	94	1.9	94	83	7	228	40	13	22	22	1.90
2685244--2686092	187	4.6	186	77	7	677	38	14	25	22	1.91
2686071--2686139	35	2.0	35	88	0	102	46	10	20	23	1.80
2686105--2686227	60	2.0	61	81	7	144	43	11	21	22	1.84
2686150--2686228	30	2.6	30	80	4	97	37	13	24	24	1.92
2686324--2686696	89	4.2	90	77	5	339	30	17	26	26	1.97
2687820--2688140	113	2.9	111	79	7	357	39	13	16	30	1.87
2688402--2688445	11	3.8	12	85	14	56	2	11	0	86	0.66
2688403--2688439	13	2.8	14	88	12	60	0	10	0	89	0.49
2688409--2688438	10	2.9	10	95	5	51	0	10	0	90	0.47
2692133--2692205	20	3.7	20	81	0	92	32	15	13	38	1.86
2696664--2696775	20	5.7	20	77	4	111	30	13	11	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696663--2696775	38	2.9	39	81	6	140	30	13	12	44	1.80
2700504--2700529	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2700551--2700656	20	5.7	19	72	24	84	27	15	14	43	1.85
2700566--2700635	33	2.1	33	94	0	122	25	17	15	41	1.89
2700588--2700616	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
2700551--2700655	53	2.0	52	85	10	142	27	15	14	42	1.85
2702205--2702259	20	2.7	21	85	2	76	38	12	20	29	1.89
2702205--2702424	104	2.1	104	99	0	431	34	15	20	30	1.93
2702302--2702363	20	3.0	21	78	7	81	40	11	19	29	1.86
2706467--2706497	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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