genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2708563--2708600	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2711039--2711094	20	2.8	20	86	5	78	37	14	16	32	1.88
2711163--2711188	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2711145--2711208	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2712992--2713212	51	4.3	51	75	3	167	30	23	11	33	1.90
2717815--2717971	20	7.8	20	68	23	80	26	16	14	42	1.87
2717884--2717951	33	2.1	33	97	0	127	26	16	14	42	1.86
2717902--2717932	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
2717865--2717971	53	2.0	52	82	10	128	26	16	14	42	1.86
2720277--2720445	51	3.3	51	82	3	171	28	25	12	33	1.92
2720428--2720818	79	5.0	78	84	4	484	27	26	14	31	1.95
2720381--2720790	158	2.6	155	85	5	576	26	26	15	31	1.96
2728602--2728628	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2730334--2730959	55	10.8	55	81	12	613	26	26	20	25	1.99
2730399--2730793	171	2.3	172	95	1	713	27	27	20	24	1.99
2730334--2731266	116	8.0	115	74	13	695	26	26	19	27	1.99
2730334--2730959	171	3.6	167	86	9	664	26	26	20	25	1.99
2731022--2731327	61	5.0	61	86	4	375	25	25	19	28	1.99
2730332--2731685	355	3.9	355	80	7	1377	25	26	19	27	1.99
2731079--2731616	294	1.8	292	87	3	812	24	26	19	29	1.98
2731371--2731670	61	4.9	60	84	5	370	24	26	19	29	1.99
2732558--2732681	20	5.8	20	73	20	92	28	15	14	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734972--2735076	51	2.1	51	83	3	131	27	25	11	35	1.90
2738019--2738076	8	6.8	8	77	14	53	84	13	0	1	0.70
2738019--2738076	27	2.1	27	87	6	82	84	13	0	1	0.70
2739269--2739608	28	11.9	28	82	4	365	28	30	18	22	1.97
2739269--2739592	113	2.8	113	87	1	459	28	30	17	23	1.97
2739281--2739652	28	12.8	32	79	9	125	28	29	17	24	1.97
2745332--2745456	52	2.4	52	94	2	216	29	17	18	34	1.94
2745332--2745476	52	2.8	50	87	8	193	31	17	18	33	1.94
2745465--2745489	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2745554--2745578	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2746872--2746929	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
2747741--2747845	20	4.7	20	70	22	84	30	16	12	40	1.85
2750089--2750137	24	2.0	24	100	0	98	20	48	14	16	1.80
2751890--2752461	156	3.7	155	76	9	470	39	21	15	23	1.91
2758576--2758647	31	2.3	31	90	0	117	43	11	19	26	1.84
2758634--2758707	20	3.8	20	80	1	87	41	16	10	31	1.82
2761341--2761841	166	3.0	163	85	4	605	47	9	10	32	1.70
2761344--2761851	167	3.1	165	82	5	546	47	9	10	32	1.70
2763115--2763187	32	2.3	32	95	0	128	34	9	15	41	1.79
2763130--2763192	19	3.7	18	66	25	55	34	11	14	39	1.81
2769943--2770091	52	2.9	51	88	4	226	31	17	18	32	1.94
2770080--2770104	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770145--2770211	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2770167--2770191	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2772091--2772132	21	2.0	22	95	4	77	80	2	4	11	0.95
2776466--2776519	20	2.7	20	83	11	67	33	16	18	31	1.93
2778133--2778167	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
2785097--2785150	20	2.7	19	88	11	74	33	14	18	33	1.92
2785386--2785442	30	2.1	29	81	15	68	22	14	7	56	1.62
2787789--2787839	26	2.1	25	82	10	61	29	1	5	62	1.29
2787745--2787877	64	2.1	64	83	8	164	28	2	9	60	1.39
2791463--2791638	52	3.4	52	84	4	234	42	14	13	29	1.84
2791693--2791732	20	2.0	20	95	0	71	32	27	5	35	1.79
2791957--2792417	237	2.0	235	98	0	886	32	20	14	31	1.93
2794585--2794668	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
2794625--2794649	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2794606--2794673	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
2794705--2794858	52	3.0	50	86	5	209	35	19	16	29	1.93
2803901--2803953	23	2.3	23	90	3	81	54	0	0	45	0.99
2805482--2805529	17	2.7	18	77	6	53	54	4	0	41	1.20
2805482--2805530	25	2.0	25	88	7	75	53	4	0	42	1.20
2805614--2805650	20	1.9	19	89	10	58	40	0	0	59	0.97
2806629--2806712	10	8.4	10	72	16	50	40	0	0	59	0.97
2806738--2806875	10	14.6	10	69	17	55	42	0	0	56	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806837--2806867	13	2.4	13	94	0	53	41	0	0	58	0.98
2806789--2806863	21	3.7	20	68	26	50	45	1	0	53	1.08
2806823--2806915	28	3.2	30	76	13	88	44	1	0	54	1.07
2807005--2807047	21	2.0	22	86	4	61	34	0	4	60	1.17
2807040--2807114	6	12.3	6	69	23	50	44	0	0	56	0.99
2807028--2807089	19	3.1	18	72	19	52	35	0	0	64	0.94
2807041--2807112	13	5.8	14	73	18	54	43	0	0	56	0.99
2807849--2807909	24	3.0	20	76	21	63	47	4	0	47	1.23
2807849--2807910	29	2.2	28	82	8	72	46	4	0	48	1.23
2810688--2810713	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2810667--2810731	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
2810667--2810731	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
2810783--2810838	20	2.8	20	83	5	69	30	16	16	37	1.90
2813261--2813298	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2813985--2814032	24	2.0	24	100	0	96	41	29	8	20	1.81
2819466--2819517	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
2819569--2819624	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
2822047--2822084	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2828227--2828278	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
2828330--2828385	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
2830275--2830321	20	2.3	21	82	10	62	38	14	19	27	1.91
2830383--2830501	51	2.3	51	86	4	159	31	15	12	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832739--2832977	95	2.5	94	86	5	329	29	25	12	32	1.92
2832931--2833001	27	2.6	28	85	12	103	28	36	14	21	1.92
2833609--2834300	166	4.2	166	76	10	498	30	10	8	50	1.67
2834548--2834574	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2834618--2834747	63	2.1	63	100	0	260	31	15	20	33	1.93
2836436--2836808	154	2.4	152	82	8	427	24	18	19	36	1.94
2847875--2847929	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
2847825--2847979	70	2.2	71	92	1	258	41	12	16	29	1.85
2849043--2849600	86	6.6	86	81	6	476	23	18	30	27	1.98
2848961--2849600	29	22.6	29	81	6	661	23	18	30	27	1.98
2849607--2849680	13	5.6	13	74	15	55	35	17	14	32	1.91
2850849--2850876	14	2.0	14	100	0	56	7	0	7	85	0.73
2860613--2860653	22	1.9	21	85	5	55	65	4	14	14	1.42
2868700--2868745	20	2.3	20	92	0	74	32	15	8	43	1.77
2876915--2877033	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2876948--2877023	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2876939--2877024	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2876930--2877000	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2877772--2877817	22	2.1	22	91	0	74	4	8	4	82	0.93
2884818--2884897	30	2.7	30	92	3	126	8	45	3	42	1.53
2884843--2884882	21	1.9	21	89	0	62	10	42	2	45	1.51
2890792--2890871	30	2.7	30	92	3	126	8	45	3	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2890817--2890856	21	1.9	21	89	0	62	10	42	2	45	1.51
2891781--2893236	728	2.0	727	97	0	2770	34	23	14	26	1.94
2905936--2906000	32	2.0	32	84	6	85	43	13	13	29	1.83
2910047--2910077	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2913572--2913647	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
2913562--2913652	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
2913592--2913652	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
2913562--2913680	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
2918872--2918909	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2921438--2921490	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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