genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5287347

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  1  of  35  ( 4175 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7852--7920	32	2.1	33	91	2	113	34	10	17	37	1.83
7936--8086	52	2.9	52	88	1	221	34	18	17	29	1.94
16269--16388	30	3.9	30	81	7	107	24	28	16	30	1.96
16270--16395	32	4.0	32	82	5	125	23	28	15	32	1.95
16369--16570	27	7.0	27	74	15	172	20	35	13	30	1.91
16417--16620	34	6.4	34	72	17	188	20	35	11	32	1.89
16512--16562	26	1.9	27	84	4	68	19	37	15	27	1.92
16390--16604	61	3.5	61	92	1	369	19	35	12	32	1.89
16606--16737	33	4.1	33	91	2	205	28	28	18	25	1.98
16605--16746	65	2.2	64	91	2	223	28	29	17	24	1.97
16783--17931	43	25.0	43	75	12	939	25	25	18	30	1.98
16785--17877	92	12.0	92	87	3	1439	25	25	18	30	1.98
16754--17935	135	8.6	137	82	8	1166	25	25	18	30	1.98
17786--18140	52	6.8	52	75	9	240	23	24	16	34	1.95
18809--18833	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18791--18857	32	2.1	33	91	2	109	34	11	17	35	1.87
18895--18919	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18928--19056	52	2.5	52	92	0	213	36	20	17	26	1.94
22148--22172	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22225--22287	33	1.9	32	87	3	90	41	15	15	26	1.88
23129--23621	149	3.3	149	78	6	396	34	19	19	26	1.95
25530--25555	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25704--26248	165	3.3	163	77	7	419	48	8	11	32	1.68
25870--26269	166	2.4	165	78	8	388	48	8	11	32	1.68
27915--27953	21	1.9	20	84	5	51	51	7	0	41	1.31
31107--31136	8	3.6	8	91	8	51	10	23	43	23	1.83
31152--31184	17	1.9	17	88	11	50	30	0	0	69	0.88
34178--34208	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
37827--37907	40	2.0	40	100	0	162	39	16	14	29	1.88
44253--44277	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44233--44297	33	2.0	33	84	6	87	36	15	12	35	1.85
44325--44378	19	2.8	19	89	10	83	33	16	16	33	1.92
44497--44552	21	2.6	21	83	8	69	42	14	5	37	1.68
46293--46364	28	2.6	28	86	4	92	22	19	36	22	1.95
46242--46736	263	1.9	262	90	2	796	31	13	26	29	1.94
46352--46573	51	4.3	51	83	5	257	33	11	25	29	1.91
46556--46626	27	2.6	28	86	8	101	22	19	33	23	1.97
46352--46736	51	7.4	51	71	12	219	31	11	25	30	1.92
48473--48501	11	2.7	11	94	5	51	13	0	34	51	1.42
49113--49138	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
49092--49158	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
49200--49224	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49275--49372	21	4.7	21	97	0	187	36	19	10	33	1.85
50121--50972	55	14.9	54	83	10	765	23	20	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50300--50998	61	11.9	59	87	6	769	23	20	30	25	1.99
50121--50972	116	7.4	113	83	8	898	23	20	30	26	1.98
51984--52050	1	67.0	1	72	0	53	0	4	8	86	0.69
51984--52050	9	8.2	8	79	14	59	0	4	8	86	0.69
51984--52047	24	2.7	24	87	4	85	0	4	9	85	0.72
51965--52050	10	8.2	10	73	15	59	1	9	6	82	0.89
62900--62925	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
62986--63058	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
62964--63058	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
63665--63710	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
65516--65554	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
65540--65618	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
67629--67666	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
71730--71755	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
71816--71888	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
71794--71888	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
74640--74711	28	2.6	29	80	10	87	25	19	33	22	1.97
74699--74919	104	2.1	102	84	5	275	33	10	25	30	1.90
74589--75088	263	1.9	262	89	2	779	31	12	26	29	1.93
74903--74975	27	2.6	28	82	8	96	21	20	32	24	1.97
74699--75083	51	7.4	51	73	11	262	31	11	25	31	1.91
77448--77473	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77427--77493	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
77513--77582	19	4.1	18	75	22	78	38	15	10	35	1.81
77535--77559	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77516--77578	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
77616--77671	21	2.7	21	91	0	94	35	17	10	35	1.85
79621--79728	47	2.3	48	95	3	200	36	15	14	33	1.89
100335--100639	76	4.0	76	87	3	418	35	14	23	25	1.94
100260--100639	152	2.5	151	84	5	444	36	14	23	26	1.93
100623--100952	51	6.5	50	77	8	276	35	10	25	28	1.90
100335--100679	76	4.5	76	81	7	270	35	13	24	26	1.93
100617--100944	153	2.1	152	90	1	512	34	11	25	28	1.90
101865--101903	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
102037--102173	53	2.6	53	92	1	229	27	17	18	37	1.93
102161--102214	20	2.7	20	80	8	65	29	12	16	40	1.86
104663--104688	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
105495--105813	55	5.5	60	85	6	339	25	20	26	26	1.99
105506--105813	110	2.7	112	85	7	388	24	21	27	26	1.99
106885--106970	1	86.0	1	71	0	64	0	4	9	86	0.71
106886--106970	8	10.8	8	79	15	79	0	4	9	85	0.72
106885--106968	11	7.9	10	78	13	80	0	4	9	85	0.72
106888--106952	30	2.2	30	83	10	80	0	6	7	86	0.72
106885--106970	40	2.1	41	85	8	122	0	4	9	86	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106886--106969	19	4.0	21	80	14	84	0	4	9	85	0.72
106907--106970	30	2.2	29	88	8	94	0	1	10	87	0.61
117181--117205	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
119381--119792	76	5.4	76	85	5	456	34	15	24	25	1.94
119728--120056	51	6.5	50	77	10	285	34	11	25	28	1.91
119732--120048	152	2.1	153	91	0	519	34	11	25	28	1.91
119728--120048	101	3.2	100	78	7	294	33	11	25	28	1.91
123034--123059	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
126613--126699	31	2.8	31	83	0	111	17	34	18	29	1.94
127607--127658	8	6.6	8	74	12	54	71	1	0	26	0.97
127630--127663	16	2.1	16	94	0	59	76	2	0	20	0.92
127602--127661	11	5.4	11	74	7	50	71	1	0	26	0.95
132107--132150	22	2.0	23	81	4	54	34	18	2	45	1.62
136665--137495	414	2.0	414	97	0	1554	33	18	20	27	1.96
140759--142166	42	33.6	42	82	1	1266	14	29	16	39	1.89
142830--142893	31	2.1	31	93	0	110	37	18	26	17	1.93
143438--143526	31	2.9	30	85	5	115	19	35	16	28	1.93
144445--144489	13	3.5	13	82	11	58	77	2	0	20	0.87
144460--144491	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
157543--157667	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
157543--157687	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
157676--157700	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157766--157790	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
157744--157810	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
165564--166971	42	33.6	42	81	1	1203	14	29	16	39	1.89
167639--167702	31	2.1	31	93	0	110	37	18	26	17	1.93
168247--168335	31	2.9	30	86	5	124	19	35	16	28	1.93
169254--169301	13	3.7	13	74	20	55	77	2	0	20	0.88
169270--169301	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
177680--177709	1	30.0	1	93	0	51	0	3	0	96	0.21
185230--186637	42	33.6	42	81	1	1194	14	29	16	39	1.89
187305--187368	31	2.1	31	93	0	110	37	18	26	17	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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