genome.fa.s169.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold169
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2015121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773436--773628	22	8.4	23	69	24	83	20	0	39	39	1.52
774178--774214	16	2.4	16	86	8	51	35	0	0	64	0.94
774675--774768	34	2.7	34	83	1	125	24	0	35	40	1.56
779475--779568	34	2.7	34	91	1	152	21	0	38	40	1.53
782096--782176	8	10.1	8	93	0	108	41	0	7	50	1.30
782096--782176	14	5.8	14	88	0	117	41	0	7	50	1.30
782096--782176	20	4.1	20	90	0	108	41	0	7	50	1.30
782100--782176	22	3.6	22	87	7	113	41	0	7	50	1.31
782687--782713	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
782844--782931	16	5.4	16	71	13	65	34	0	4	61	1.16
782849--782921	31	2.3	33	81	9	89	32	0	5	61	1.19
785992--786055	27	2.4	28	78	7	78	39	0	1	59	1.07
786003--786041	18	2.2	18	90	9	62	33	0	0	66	0.92
786004--786051	8	5.4	9	80	11	55	35	0	0	64	0.94
786272--786310	21	2.0	19	85	14	53	53	0	0	46	1.00
786243--786305	32	2.0	32	81	6	74	52	1	0	46	1.10
787566--787610	17	2.6	17	83	16	58	46	0	2	51	1.13
788863--788892	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
789096--789181	28	2.9	29	75	13	77	50	0	0	50	1.00
791165--791236	19	3.6	19	77	17	74	40	5	1	52	1.33
791222--791267	10	4.5	10	75	24	51	39	10	0	50	1.38
792107--792144	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792300--792340	16	2.4	19	76	23	54	39	0	0	60	0.96
792830--792921	31	3.1	31	73	22	88	35	1	5	57	1.29
792942--793030	30	3.0	30	81	4	99	49	1	8	40	1.42
797135--797172	16	2.4	16	82	4	51	63	5	5	26	1.37
798572--798605	2	17.0	2	87	0	50	52	2	0	44	1.16
801139--801204	34	1.9	34	96	0	123	57	3	3	36	1.29
801153--801208	16	3.4	16	69	26	53	58	1	3	35	1.26
803627--803674	14	3.3	14	77	11	51	50	0	0	50	1.00
803631--803674	23	1.9	23	86	9	63	47	0	0	52	1.00
807200--807224	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
807248--807377	65	2.0	65	95	0	233	47	3	6	42	1.46
810110--810170	22	2.7	22	80	12	70	44	1	0	54	1.10
810115--810173	19	3.0	19	85	14	68	40	1	0	57	1.09
811038--811077	17	2.4	17	95	4	73	47	0	0	52	1.00
813069--813140	15	4.7	15	73	13	58	38	0	1	59	1.06
813063--813169	18	6.0	18	67	17	62	39	0	0	59	1.04
813166--813222	17	3.4	17	72	16	55	36	0	1	61	1.07
813148--813241	10	8.7	11	71	19	58	36	0	2	61	1.08
821629--821744	2	58.5	2	87	1	144	48	6	0	43	1.35
825241--825288	20	2.3	21	86	13	64	20	2	4	72	1.11
825240--825292	21	2.4	23	82	17	69	20	1	3	73	1.08
825351--825407	4	14.8	4	89	7	82	26	3	22	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825349--825403	26	2.1	26	93	0	92	27	3	21	47	1.68
826838--826900	17	3.6	17	77	8	56	58	0	0	41	0.98
832851--833047	101	2.0	101	94	0	349	38	15	15	30	1.89
836180--836228	24	2.0	25	84	7	66	6	4	30	59	1.41
838230--838325	48	2.0	48	93	0	165	26	26	9	38	1.86
840238--840428	93	2.1	93	96	0	355	55	9	15	18	1.68
840464--840509	23	2.1	21	84	8	56	78	0	15	6	0.95
842601--842647	22	2.1	22	84	7	60	48	0	2	48	1.13
842942--842997	22	2.6	22	81	15	73	32	0	1	66	1.03
843180--843220	20	2.0	20	100	0	82	34	14	4	46	1.66
843683--843750	27	2.3	31	83	16	83	44	2	0	52	1.16
843683--843763	31	2.6	30	83	15	85	43	2	0	54	1.13
847159--847229	35	2.0	35	100	0	142	30	14	18	36	1.90
850730--850780	17	3.1	17	77	5	59	41	5	0	52	1.25
851068--851135	28	2.4	26	77	20	66	44	0	0	55	0.99
851111--851171	32	1.9	31	83	9	79	39	1	1	57	1.18
851843--851872	10	3.0	10	95	0	51	0	0	23	76	0.78
851843--851872	15	2.0	15	93	0	51	0	0	23	76	0.78
854981--855029	3	16.3	3	95	0	89	63	0	2	34	1.06
855616--855641	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
861549--861612	2	32.0	2	90	6	103	48	0	3	48	1.17
862517--862562	22	2.0	23	88	12	69	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862856--862890	13	2.7	13	86	0	52	25	0	0	74	0.82
863658--863764	30	3.5	29	75	19	101	57	2	0	39	1.20
871718--871794	15	4.6	16	74	19	68	35	0	2	62	1.09
871718--871765	15	3.1	15	90	6	69	35	0	0	64	0.94
872050--872080	14	2.2	14	100	0	62	67	0	0	32	0.91
872183--872221	17	2.2	18	86	13	55	58	2	0	38	1.12
873616--873641	12	2.2	12	100	0	52	76	15	0	7	0.99
874020--874123	2	52.0	2	88	3	147	47	2	2	47	1.32
875806--875902	47	2.1	47	96	0	176	41	13	3	42	1.60
877392--877448	26	2.2	25	80	17	64	63	3	1	31	1.22
877609--877666	25	2.2	27	78	9	66	44	0	0	55	0.99
878086--878140	3	18.3	3	92	7	94	69	0	0	30	0.89
879650--879712	29	2.2	28	78	8	65	50	0	6	42	1.27
881349--881418	19	3.5	19	77	11	77	54	4	0	41	1.20
885265--885712	224	2.0	224	98	0	869	44	12	13	29	1.81
886390--886435	16	2.9	16	90	0	65	54	4	2	39	1.32
887269--887329	16	3.7	17	76	12	56	39	19	16	24	1.92
888515--888604	33	2.7	33	84	5	110	32	43	1	23	1.61
889080--889104	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
890236--890283	2	25.0	2	83	8	55	52	2	2	43	1.24
890376--890440	22	2.9	22	80	19	73	44	0	0	55	0.99
891152--891177	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891544--891582	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
892810--892872	25	2.6	24	76	11	67	60	1	1	36	1.16
892994--893028	18	1.9	18	100	0	70	65	0	5	28	1.15
893176--893240	29	2.2	28	79	12	69	58	0	0	41	0.98
895809--895865	29	2.0	29	82	6	71	50	0	7	42	1.29
896384--896437	27	1.9	27	85	7	72	24	11	3	61	1.46
896435--896471	14	2.5	15	91	4	58	13	8	2	75	1.13
897976--898191	106	2.0	106	96	0	396	44	9	3	41	1.55
898961--899000	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
901498--901524	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
901635--901689	26	2.1	27	93	3	94	50	7	5	36	1.53
902378--902516	43	3.2	43	84	0	161	36	11	15	35	1.84
902640--902692	23	2.3	23	83	6	63	43	3	3	49	1.38
902660--902702	14	3.2	13	83	3	50	39	4	4	51	1.44
904995--905031	19	1.9	19	100	0	74	75	0	2	21	0.92
906528--906575	14	3.4	14	82	5	62	39	2	6	52	1.39
907228--907257	10	3.0	10	95	0	51	43	10	0	46	1.37
913344--913375	15	2.0	17	88	11	50	56	0	0	43	0.99
913342--913424	26	3.0	27	80	5	78	65	0	0	34	0.93
915039--915073	5	7.2	5	93	6	63	37	0	0	62	0.95
914985--915073	26	3.5	26	80	13	96	41	0	0	58	0.98
914979--915062	27	2.9	30	77	15	95	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915366--915398	13	2.6	13	95	4	59	60	0	0	39	0.97
915549--915617	31	2.2	31	78	0	84	60	2	1	34	1.20
918053--918083	14	2.2	14	94	0	53	19	22	16	41	1.89
918192--918237	24	2.0	23	91	4	74	39	0	2	58	1.10
918243--918286	22	2.0	22	91	4	72	47	0	0	52	1.00
923783--923831	23	2.0	25	84	15	66	53	0	0	46	1.00
923792--923847	16	3.3	16	71	22	51	60	0	0	39	0.97
923796--923861	19	3.6	18	78	14	64	59	0	0	40	0.98
923976--924018	21	2.0	21	86	0	59	48	0	2	48	1.14
924105--924132	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14