genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold212
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1080337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50--3158	7	415.4	7	74	19	2048	39	40	14	4	1.68
49--2908	22	133.1	19	70	23	680	39	40	14	4	1.68
49--3059	29	102.1	27	73	19	1578	39	41	14	4	1.68
2888--2938	26	1.9	27	88	4	77	45	35	17	1	1.60
3192--3222	7	4.3	7	92	8	53	45	54	0	0	0.99
3192--3220	15	1.9	15	100	0	58	41	58	0	0	0.98
3330--3380	18	2.8	17	80	11	57	33	47	5	13	1.67
3420--4793	7	191.6	7	80	14	974	38	52	2	6	1.39
4939--4979	7	6.1	7	77	11	50	41	31	0	26	1.56
4939--4988	20	2.5	20	83	0	64	42	32	2	24	1.66
9515--9650	65	2.1	65	98	0	263	31	12	19	36	1.89
12961--12996	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
13736--13762	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14842--14871	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
15070--15227	79	2.0	79	97	0	298	44	16	13	25	1.84
15215--15246	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
15955--16046	32	3.0	31	76	13	102	55	5	9	29	1.55
15955--16041	28	3.0	28	81	10	77	56	5	10	27	1.55
16918--16969	26	2.0	26	96	0	95	34	5	11	48	1.63
17348--17406	28	2.1	28	90	0	91	33	38	11	15	1.84
18299--18331	16	1.9	18	88	11	52	39	42	12	6	1.67
21716--21767	17	3.1	17	80	8	61	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21783--21807	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
22193--22249	16	3.6	16	80	17	57	45	1	1	50	1.22
23357--23400	21	2.1	21	95	0	79	47	13	6	31	1.69
23461--23509	21	2.3	21	96	0	89	38	28	4	28	1.75
28400--28437	19	2.0	19	100	0	76	31	15	10	42	1.81
30974--31299	162	2.0	162	99	0	643	38	14	13	34	1.84
31285--31439	81	1.9	80	84	3	204	42	15	7	34	1.76
33687--33715	14	2.1	14	100	0	58	65	6	20	6	1.40
36857--36984	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
36993--37051	13	4.9	13	71	26	58	33	13	16	35	1.88
36972--37069	34	2.9	33	80	8	108	33	14	17	34	1.90
37080--37104	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
37779--37830	20	2.6	20	90	0	77	80	3	0	15	0.85
38330--38375	23	2.0	22	84	12	58	63	8	28	0	1.24
38702--38758	22	2.6	22	71	15	55	36	36	17	8	1.81
39020--39069	23	2.1	23	85	14	66	70	20	10	0	1.16
39203--40483	639	2.0	639	99	0	2553	28	14	17	40	1.88
40852--41378	169	3.1	168	90	2	779	28	22	10	37	1.88
41186--41347	72	2.3	71	83	7	211	30	22	8	38	1.84
43266--43305	21	1.9	21	84	0	53	17	15	2	65	1.39
44501--44573	37	1.9	38	86	8	105	73	10	10	4	1.21
45755--47243	29	51.9	28	73	10	706	32	28	14	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45741--47238	57	26.1	57	73	11	497	32	28	14	24	1.95
45925--47243	29	46.3	28	75	7	987	32	28	15	23	1.95
45830--46004	95	1.8	95	84	4	237	33	30	14	22	1.93
47248--47468	32	7.0	31	73	13	150	29	28	19	22	1.98
47248--47468	62	3.5	63	80	6	209	29	28	19	22	1.98
47533--47647	61	1.9	61	83	3	151	23	26	12	38	1.90
47479--47824	174	2.0	174	88	2	516	25	25	11	36	1.90
48488--48538	11	4.6	11	80	9	50	78	3	1	15	0.99
49046--49090	22	2.1	23	84	12	60	62	11	24	2	1.40
49325--49401	35	2.2	35	92	0	127	49	16	24	9	1.75
49405--49438	13	2.6	13	90	0	59	35	35	26	2	1.72
49426--49477	22	2.4	22	80	6	61	30	34	23	11	1.90
49693--49726	16	2.1	17	88	5	52	76	8	14	0	1.01
50863--50892	11	2.7	11	94	0	51	16	30	13	40	1.87
51107--51261	70	2.2	70	86	5	206	32	17	10	40	1.83
51028--51638	170	3.6	169	86	3	813	30	20	9	39	1.85
53946--54065	64	1.9	64	94	0	213	31	10	15	42	1.81
54674--54723	17	2.9	17	72	16	50	56	4	0	40	1.18
54693--54743	22	2.3	24	75	21	58	49	7	0	43	1.32
55340--55384	13	3.2	15	84	9	51	40	6	0	53	1.27
59923--59954	1	32.0	1	93	0	55	0	96	3	0	0.20
60759--60797	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62957--63239	97	2.9	97	91	3	444	36	10	19	33	1.86
67506--67544	20	2.0	20	100	0	78	43	5	10	41	1.61
67508--67553	20	2.3	20	92	0	74	47	4	10	36	1.58
67783--67839	11	5.3	11	82	14	66	0	17	1	80	0.79
67783--67839	22	2.6	23	83	8	82	0	17	1	80	0.79
67793--67841	20	2.4	21	80	10	57	0	18	2	79	0.83
67775--67841	22	3.1	21	78	16	75	0	22	1	76	0.87
76506--76552	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
82186--82210	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82199--82267	19	3.6	19	90	0	102	34	13	15	36	1.87
82340--82468	52	2.5	52	92	0	213	36	17	17	29	1.92
89813--89842	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
90102--90190	28	3.2	27	81	10	117	23	4	15	56	1.58
94704--94792	28	3.2	28	88	3	135	20	5	20	53	1.65
101000--101103	30	3.6	27	80	18	111	41	0	3	53	1.25
101255--101337	37	2.2	38	85	8	107	43	2	1	53	1.21
101512--101583	35	2.1	35	91	0	117	38	2	1	56	1.22
101512--101569	19	3.2	19	68	22	52	39	1	1	56	1.19
101515--101592	35	2.2	35	86	4	104	42	2	1	53	1.22
101907--101942	18	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
101931--101984	21	2.5	22	76	14	58	62	0	1	35	1.06
101931--101983	20	2.5	22	79	14	58	64	0	1	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102027--102074	26	1.9	26	83	8	64	50	4	0	45	1.21
102905--102953	21	2.5	20	80	9	55	44	4	2	48	1.33
103823--103855	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
107984--108027	22	2.0	22	81	0	52	45	0	0	54	0.99
108726--108751	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
110280--110309	6	5.0	6	100	0	60	33	16	33	16	1.92
110452--110501	2	25.0	2	91	0	82	0	48	4	48	1.20
116650--116687	19	2.1	17	90	9	58	21	5	0	73	1.02
121824--121866	17	2.6	16	79	13	52	51	0	2	46	1.13
121828--121860	15	2.1	16	88	5	50	48	0	3	48	1.17
122150--122366	115	1.9	113	83	5	285	31	10	6	52	1.60
122704--122730	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
122714--122768	19	2.8	19	80	2	65	34	16	12	36	1.87
122686--122749	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
125916--125957	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
126819--126877	25	2.4	25	74	8	66	38	1	0	59	1.08
126905--126946	17	2.5	16	82	17	50	64	0	7	28	1.20
127267--127310	22	2.0	22	91	8	72	40	11	4	43	1.61
136228--136319	46	2.0	46	97	0	175	30	19	3	46	1.66
137911--137972	20	3.5	19	68	32	57	54	0	0	45	0.99
137904--137986	32	2.9	28	78	15	96	56	0	1	42	1.07
137901--137974	32	2.3	33	90	4	116	56	0	1	41	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137925--137976	16	3.2	16	71	7	52	61	0	0	38	0.96
144966--144994	12	2.4	12	100	0	58	89	0	10	0	0.48
145194--145248	18	3.1	18	81	5	76	36	0	0	63	0.95
145301--145339	19	2.0	20	90	5	62	58	0	0	41	0.98
145302--145347	19	2.3	19	85	7	56	60	0	0	39	0.97
145325--145362	14	2.8	14	88	4	51	65	0	0	34	0.93
145302--145349	20	2.4	18	80	16	51	60	0	0	39	0.97
145461--145555	32	2.9	32	88	3	136	45	0	0	54	0.99
145463--145520	16	3.6	16	73	0	62	44	0	0	55	0.99
145497--145556	21	2.8	20	76	18	68	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10